miniatyr|Utsikt av Uppsala med Uppsala domkyrka på 1700-talet, utförd av Elias Martin. Uppsala är en av Sveriges äldsta städer, och har varit en politisk, ekonomisk och religiös centralort i området med omnejd i över 1000 år. Staden var svearnas huvudort och var mellan 1164 och 1531 Romersk-katolska kyrkans ärkebiskopsstift. Den är sedan 1531 Svenska kyrkans ärkebiskopsstift. En viktig faktor för Uppsalas historia är universitetet, som är det äldsta i Norden. Stadens historia har sedan medeltiden präglats starkt av universitetet, Uppsala domkyrka och närheten till Stockholm.
Förhistoria ( –550) miniatyr|Yngve-Frej grundar Uppsala tempel. För cirka 11 500 år sedan avslutades Weichselistiden och den inlandsis som täckte stora delar av Nordeuropa började smälta bort.Nationalencyklopedin, Weichselistiden. Läst 3 december 2012. En av de främsta spåren av istiden i Uppsala är Uppsalaåsen vilken sedan dess varit en viktig del av Uppsalas historia och geografi. Då isen smälte bort emigrerade djurlivet norrut, och nomadiska jägar- och samlarsamhällen följde efter. Uppsala låg dock vid den tiden under vatten. Först under tidigneolitikum höjde de första delarna av dagens Uppsala sig över havsytan. Lunsens högsta delar höjde sig över havsytan omkring 5000 f.Kr., omkring 4000 f.Kr. ingick delar av Sävja i den ön. Omkring 3000 f.Kr. blev de högsta delarna av Stadsskogen en ö. Boplatser visar att människor redan under neolitikum rört sig i vad som då var ett skärgårdslandskap. Den ön växte omkring början av vår tideräkning ihop med fastlandet vid Håga, men centrala Uppsala var då ännu en fjärd som sträckte sig upp mot Bälinge.Land och samhälle i förändring – Uppländska bygder i ett långtidsperspektiv volym 4, kap. Strandförskjutningen i centrala/norra Uppland, Jan Risberg s. 119–129
Uppsala ligger vid den plats där Uppsalaåsen möter Fyrisån. Fyrisån står i direkt kontakt med Östersjön och ger goda möjlighet till kommunikation via vattenvägar, medan åsryggen både fungerat som försvarsposition och kommunikationsled. I och med landhöjningen har den seglingsbara slutpunkten rört sig ner längs ån. Vid 500-talet låg denna punkt vid Kvarnfallet. Platsens läge var under denna tid att jämföra med Stockholms senare ställning, ett lås mot de inre vattenvägarna. Under äldre järnåldern låg platsen norr om en fjärd, Salafjärden, som förenade vattenleden Långhundraleden från det östliga Attundaland med resten av den dåtida havsviken Mälaren i söder. Fyrisån mynnade i Salafjärdens nordvästligaste vik vid Östra Aros vilket betyder Östra Åmynningen. Här steg, på grund av landhöjningen, en sten- och gruströskel, som fortfarande är synlig, upp mot vattenytan i början av vikingatidenGeologiska kartan över Uppsala (SGU). Därefter krävdes dragning av båtarna för vidare färd norrut i Tiundaland. Det största transporthindret låg vid nuvarande Ulva kvarn, nordväst om Gamla Uppsala. Där kan ett vattenfall ha börjat resa sig kring år 0.
Enligt den mytologiska Ynglingasagan skall staden ha grundats av Ynglingaättens stamfader Yngve-Frej samtidigt med Augustus regeringstid, och därefter länge varit centralort för Svearna.Nationalencyklopedin, Gamla Uppsala. (hämtad 2015-10-24) Föreställningen var på 1600-talet att sagornas Uppsala hade legat på platsen för dagens Uppsala. Redan på 1800-talet började dock sägnerna om Yngve-Frej som Uppsalas grundare att ifrågasättas. Idag anses det i sagorna omtalade Uppsala vara Gamla Uppsala, och dess position som centralpunkt för Sveakungarna i Uppland verkar etableras först på 500-talet efter Kristus, eftersom bebyggelse av mer ordinärt slag förekommit sedan förromersk järnålder.Gamla Uppsala under äldre järnålder, Per Frölund i Land och samhälle i förändring – Uppländska bygder i ett långtidsperspektiv volym 4, sid. 361–377
Den första historiskt erkända källan som omnämner Svearna är Tacitus, som år 98 i sitt verk Germania skrev att svionerna var en mäktig stam, vars militära försvar var styrt av en kungamakt, anmärkningsvärd inte bara för sina krigare utan också för sin stora flotta med fartyg som såg likadana ut i både för och akter.
Järnåldern (550–1087) miniatyr|Målningen Midvinterblot, konstnären Carl Larssons tolkning av Uppsala tempel. miniatyr|Uppsala tempel avbildat av Olaus Magnus i Historia om de nordiska folken (1555). Se även Gamla Uppsala fornlämningsområde
Perioden efter mellersta 500-talet brukar i svensk historia kallas för Vendeltiden. Under vendeltiden byggdes ansenliga rikedomar upp kring Gamla Uppsala förmodligen från bergsbruk och handel. Skeppen blev allt viktigare och hästarna från vendeltidens Sverige är omtalade som särskilt bra. Den 16-typiga runraden, som de flesta runstenar är skrivna med, ersätter den 24-typiga i hela Skandinavien, vilket tyder på starka kungar med nära kontakter med varandra.
Det var under den här perioden som de stora Kungshögarna restes. Från den här tiden kommer de främsta källorna om Uppsala tempel, vilket skall ha varit centralhelgedom för svensk asatro. Templets existens baseras på ett omnämnande som Templum Nobilissimum av Adam av Bremen omkring år 1076: Detta folk har ett berömt tempel som kallas Uppsala, beläget inte långt från samhället Sigtuna.Adam av Bremen, Historien om Hamburgstiftet och dess biskopar (Stockholm 1984), s. 224, Adam av Bremen beskriver vidare att det i templet fanns avgudabilder föreställande Tor, Oden och Frej. Templet uppges dessutom ligga omgivet av berg som bildar ett slags teater. Möjligen är det Gamla Uppsala högar som avses, då dessa ligger i en båge och därmed i någon mening kan påminna om en antik teater. I samband med Sveriges kristnande skall templet ha bränts år 1087. Till saken hör dock att Adam av Bremen aldrig varit i Sverige, och att detta sannolikt är en påhittadHenrik Janson, Templum Nobilissimum. Adam av Bremen Uppsalatemplet och konfliktlinjerna i Europa kring år 1075, Göteborg 1998.Henrik Janson, ”What made the pagans pagans?” Medieval Christianitas: Different Regions, 'Faces', Approaches. Mediaevalia Christiana nr 3. Sofia 2010, 13-30. konstruktion av Adam riktad mot en med ärkesätet Hamburg-Bremen konkurrerande kyrka med centrum i just Uppsala.
Där bebyggelsen vid dagens Uppsala etableras är okänt. Ynglingasagan omtalar platsen för dagens Uppsala som platsen för Uppsalakungarnas hamn. Oklart är dock om det syftar på vad som gällde då sagan skrevs i början av 1200-talet eller möjligen ett mannaminne tillbaka. I vilket fall som helst borde platsen sedan slutet av vikingatiden ha varit närmaste hamnplatsläget i förhållande till Gamla Uppsala, och kungsgården i Uppsala som går att belägga på 1240-talet borde åtminstone vara äldre än så. De arkeologiska spåren är dock få. Bebyggelse i form av ett antal gårdar har funnits på platsen, bland annat en gård med bygravfält på nuvarande Uppsala slotts plats. I höjd med nuvarande Kvarndammen har också sedan slutet av vikingatiden funnits ett vadställe över Fyrisån. Först under 1100-talet kan man spåra de första beläggen på en mera stadsliknande bildning på platsen. I skriftliga handlingar omtalas Uppsala första gången i Sveriges äldsta originalhandskrift, donationsbrevet till Viby kloster från 1164–1167 (kallas här Arusia).Det medeltida Sverige 1:2 Tiundaland
Medeltiden (1087–1521) miniatyr|Helga Trefaldighets kyrka med Domkyrkan i bakgrunden, två av Uppsalas medeltida kyrkor. Helga Trefaldighets romanska arkitektur kan jämföras gentemot domkyrkans gotiska. miniatyr|Olaus Guthos föreläsningsanteckningar från slutet av 1400-talet. Aristoteles ses argumentera med Albertus Magnus. Erik den Helige (död c:a 1160), kung över i alla fall delar av Sverige och enligt legenden även missionär i Finland, skall enligt samma legend ha dödats i Uppsala av den danske tronpretendenten Magnus Henriksson efter en gudstjänst i en Helga Trefaldighets kyrka, som skall ha stått där domkyrkan idag står, och då skall Sankt Eriks källa vid Sankt Eriks torg ha runnit upp. Han skrinlades i Gamla Uppsala och överfördes till den nya domkyrkan troligen 1273. Under senmedeltiden var hans kult omfattande.Nationalencyklopedin, Erik den helige. (hämtad 2015-10-24)Nordisk Familjebok: Erik, 5. Läst 26 januari 2014Svenska kyrkan: Uppsala domkyrka: Erik den helige. Läst 26 januari 2014. Stockholm: Legenden om Sankt Erik Hans reliker finns ännu kvar i domkyrkan. Över källan byggdes på 1800-talet det pumphus av gjutjärn som finns kvar än i dag, och 1875 anslöts källan till pumphuset vid Islandsbron.Thoresmatches: Gjutjärnspumpen. Läst 26 januari 2014.
Under medeltiden flyttades mycket av makten i området från Gamla Uppsala till det nuvarande Uppsala, vilket under den tiden kallades Östra Aros. År 1164 blev Gamla Uppsala Sveriges ärkebiskopsdöme och därmed kyrkans huvudsäte i Sverige. Efter en brand i den tidigare domkyrkan (i Gamla Uppsala) gav påven Alexander IV tillstånd att flytta biskopssätet från Gamla Uppsala till nuvarande Uppsala (Östra Aros). Ett krav för flytten var att även ortsnamnet skulle följa med vid flytten, varpå Östra Aros blev Uppsala och dåvarande Uppsala blev Gamla Uppsala. Flytten motiverades av att Gamla Uppsala hade blivit alltför otillgängligt och lantligt. Det tog dock, på grund av ekonomiska svårigheter och traditionalistiskt motstånd, lång tid för beslutet att genomföras. Förflyttningen skedde officiellt den 24 januari 1273 då Erik den Heliges fördes i procession från Gamla Uppsala till Sankt Eriks kapell i nuvarande Uppsala. Samma år påbörjades konstruktionen av Uppsala domkyrka. Man började planera för kyrkobygget redan 1258.Den grundläggande vetenskapliga analysen av domkyrkans historia tillkomst, nuvarande utseende, inventarier och så vidare utgörs av 6-bandsverket Uppsala domkyrka (band 227–232 i serien Sveriges kyrkor. Konsthistoriskt inventarium), Uppsala 2010: Band 1. Skriftliga källor. Arkivbildning. – Band 2. Domkyrkan i Gamla Uppsala. Nuvarande domkyrkans omgivningar. – Band 3. Byggnadsbeskrivning. Byggnadshistoria. Domkyrkans konsthistoriska ställning. – Band 4. Interiörens fasta utsmyckning. – Band 5. Inredning och inventarier. – Band 6. Gravminnen. Först år 1435 invigdes den nya domkyrkan av ärkebiskopen Olaus Laurentii.
Den 27 februari år 1477 stiftas Uppsala universitet genom en bulla av påven Sixtus IVNationalencyklopedin, Uppsala universitet. (hämtad 2015-10-24) och blev därmed Nordens första och världens då nordligaste universitet. Kansler för det nyöppnade universitetet blev ärkebiskop Jakob Ulvsson som varit drivande vid grundandet. Utbildningen var uppdelad på fyra fakulteter; den Filosofiska fakulteten som fungerade som grundutbildning och de Medicinska, Juridiska och Teologiska fakulteten vilka fungerade som vidareutbildningar. Undervisningen kretsade kring den skolastiska filosofin som inspirerats av den antike filosofen Aristoteles. Bland andra de skolastiska filosoferna Thomas av Aquino och Albert Magnus studerades, men även Euklides matematik, astronomi och fysik. Universitetet var en stat i staten och studenterna lydde under dess domstol. Initiationsriterna, eller nollningen med modernt språkbruk, var våldsamma och de blivande studenterna skändades med låtsasvapen av trä. Den huvudsakliga källan för denna tid i universitets historia är föreläsningsanteckningarna från en gotländsk student vid namn Olaus Johannis Gutho vilka finns bevarade på Gustavianum. Han studerade i Uppsala 1477–1486.Berättelser från det lärda Uppsala. TV-versionen. DVD. Bo G. Erikson Television, 2007. Del 1: 1477–1700. Undervisningen sköttes av ledamöter av domkapitlet som utomlands erhållit magister- eller doktorsgrad.
Staden var under den här tiden tydligt delad i den kyrkliga delen väster om Fyrisån och den borgerliga öster om ån.Nationalencyklopedin, Uppsala (hämtad 2015-10-24) Uppsalas akademiska historia börjar år 1246 då Katedralskolan grundades som stiftets första skola. Året därpå etablerade sig Uppsala franciskankonvent i staden vid nuvarande Klosterparken. 1498 fick Uppsala stadsprivilegier som uppstad.