vignette|redresse=1.5|alt= |Carte présentant une hypothèse en plusieurs étapes du peuplement de l'Amérique effectuée à partir du couloir béringique, actif durant plusieurs dizaines de millénaires.
Le premier peuplement de l'Amérique fait l'objet de débats au sein de la communauté scientifique, principalement entre archéologues et paléogénéticiens. Ces débats portent sur la date et l'identité des premières populations humaines ayant peuplé le continent américain. Il est depuis longtemps admis que l'Amérique a été peuplée pour la première fois au Paléolithique supérieur par des groupes venus de Sibérie et passés par la Béringie, nom donné aux territoires exondés qui reliaient jadis l'Alaska à la Sibérie, là où le détroit de Béring les sépare aujourd'hui (mais où les profondeurs sont faibles). Les études génétiques modernes et les découvertes archéologiques des dernières décennies ont toutefois fait émerger une profonde divergence entre deux théories contradictoires.
Selon la génétique, la plupart des populations amérindiennes actuelles sont issues d'une population souche, les Paléoindiens, qui aurait traversé la Béringie il y a environ , et aurait franchi le barrage de l'inlandsis laurentidien il y a environ , avant de se répandre sur l'ensemble du continent américain. De leur côté, les archéologues ont mis au jour des sites préhistoriques plus anciens de plus en plus nombreux, datés entre avant le présent (AP), et peut-être encore plus âgés pour certains, que l'on ne pourrait attribuer qu'à une population antérieure hypothétique, dénommée Paléoaméricains, dont il n'existe aucune trace fossile, mais qui aurait peut-être laissé une infime trace génétique dans certaines tribus d'Amazonie actuelles.
Historique Culture Clovis vignette|Pointe Clovis.
Le site archéologique de Clovis est l'un des plus connus des États-Unis. Il est situé dans l'État du Nouveau-Mexique, dans le sud-ouest du pays. On y a trouvé à partir de 1929 des outils préhistoriques datés de AP. Les premières fouilles ont mis au jour une pointe à enlèvement flûté. À l'époque, la découverte fit grand bruit, car ce type de pointe était inhabituel. Grâce au squelette d'un mammouth (estimé contemporain) qui se trouvait sur le site, on a pu dater l'objet de façon relativement précise.
Au cours des décennies qui suivirent, les archéologues ont trouvé en Amérique du Nord des milliers de pointes du même genre, caractérisées par des techniques de taille identiques, et cela jusqu'au Costa Rica, et dans toutes sortes de milieux naturels. Les scientifiques avaient également montré que tous les animaux géants d'Amérique (mammouths, tatous géants ou glyptodons, paresseux géants, tigres à dents de sabre, camélidés et équidés) avaient soudainement disparu, et on a envisagé qu'une population venue d'ailleurs avait apporté avec elle une arme redoutable : la pointe Clovis.
On a conclu que les porteurs de la culture Clovis étaient venus d'Asie par le détroit de Béring, qui était exondé pendant les périodes glaciaires, et que cette culture était la plus ancienne du continent américain. Cette expansion depuis la Sibérie, donnant naissance au premier peuplement américain, aurait eu lieu il y a moins de , peu avant les premiers vestiges lithiques de la culture Clovis. Ensuite, le peuplement humain se serait rapidement étendu vers l'Amérique centrale, puis l'Amérique du Sud. Jusque dans les années 1980, la thèse d'un premier peuplement Clovis de l'Amérique était celle qui concordait le mieux avec les vestiges archéologiques et datations admis.
Anciennes théories craniologiques L'analyse craniologique a été utilisée jusque dans les années 1990, période à partir de laquelle se sont développées les analyses génétiques, beaucoup plus précises.
Ces théories étaient présentées ainsi :
Crâne Hypothèse Description Crânes dolichocéphales Hypothèse type europoïde ou caucasien Un squelette entier, classé de type europoïde ou de type caucasien, l'homme de Kennewick, datant de plus de , a été découvert dans l'État de Washington en Agence Science-Presse, Le défunt le plus controversé du monde, sciencepresse.qc.ca, 7 septembre 1998., sur les bords du Columbia. Néanmoins, en , une étude génétique établit que l’ADN du squelette était plus étroitement relié aux populations amérindiennes qu'à n'importe quelle autre population dans le monde... Les restes d'un homme de type « caucasien » ont été retrouvés sur le site de la grotte de l'Esprit, au Nevada ; il a été daté entre 11 000 et 8 000 av. J.-C... Là encore, les analyses génétiques n'ont pas confirmé ces supputations. En , Eske Willerslev a prélevé des échantillons d'os et de dents sur les restes. L'analyse de l'ADN indique que les restes étaient similaires aux groupes autochtones d'Amérique du Nord et d'Amérique du Sud.. Crânes dolichocéphales Hypothèse type australoïde ou africain 75 crânes, dont le crâne de Luzia, ont été mis au jour au Brésil sur une carte et Who Were The First Americans?. Luzia est datée d'environ ; ils ont été décrits comme ayant un aspect australoïde ou africain. Les 250 crânes et squelettes de Cerca grande au Brésil ont été étudiés par les scientifiques Walter Neves et Mark Hubbe du Laboratoire des Études sur l'Évolution Humaine, Département de Génétique et de Biologie évolutive, de l'Institut des Sciences, Université de São Paulo. Ils sont datés dans une fourchette allant de à . Ils ont la même morphologie australoïde ou africaine que Luzia. Les analyses génétiques ont contredit ces descriptions. En 2018, un article dans la revue Cell montre que les restes de Lagoa Santa provenant d'un site proche des restes de Luzia possèdent un ADN amérindien. Trois des individus de Lagoa Santa ont le même haplogroupe de chromosomes Y Q1b1a1a1- M848 trouvé dans le génome de la momie de Spirit Cave de .. Le buste de Luzia présentant des caractéristiques australo-mélanésiennes/africaines était faux, il a été créé en 1999. André Strauss de l'Institut Max Planck, l'un des auteurs de l'article du journal Science, commente: « la forme du crâne n'est pas un marqueur fiable d'ancêtre ou d'origine géographique. La génétique est la meilleure base pour ce type d'inférence... Les résultats génétiques de la nouvelle étude montrent catégoriquement qu'il n'y avait pas de lien significatif entre les habitants de Lagoa Santa et les groupes d'Australasie. » Donc, l'hypothèse que Luzia et son peuple dérivent d'une précédente vague migratoire aux ancêtres des Amérindiens d'aujourd'hui est infirmée. Au contraire, l'ADN montre que le peuple de Luzia était complètement amérindien. Crânes dolichocéphales et mésocéphales Hypothèse mixte type europoïde ou aïnou ou australoïde Les ossements de la femme de Peñón (environ ), découverts près de Mexico présentent des caractéristiques dolichocéphales, proches de celles des crânes de Baja California. Certains spécialistes rapprochent ce crâne soit de ceux de Cerca grande ou de Luzia ou de celui de l'homme de Kennewick. L'occupation humaine fut analysée par la mise au jour, sur le site de la caverne de Babisuri en Basse-Californie, de nombreux outils (artefacts, bois brûlés, coquillages travaillés). Plusieurs dizaines de squelettes datés de à furent découverts par plusieurs équipes d'archéologues, dans la même région mexicaine de Baja California. Les sites préhistoriques de cette région, riches de nombreuses peintures pariétales, livrent des ossements humains « paléoaméricains », dont les crânes semblent indiquer une parenté avec celui de la femme de Peñón, ainsi qu'aux autres restes humains découverts dans la même région centrale du Mexique (c'est-à-dire près de Mexico), comme ceux de l'homme du métro Balderas (). L'homme de Tlapacoya (District de Mexico) daté de possède un crâne dolichocéphale et s'apparente à sa voisine, la femme de Peñon. Crânes mésocéphales Hypothèse type local La femme de Tepexpan () ainsi que l'homme de Chimalhuacán () tous les deux découverts dans l'État de Mexico.
Archéologie vignette|redresse=1.4|Carte de l'Amérique montrant des sites antérieurs à la culture Clovis. vignette|redresse=1.1|Flèches préhistoriques amérindiennes, conservées à Washington.
De nombreuses découvertes archéologiques remettent en cause par leurs datations la théorie admise par les paléogénéticiens d'une première occupation humaine de l'Amérique par les Paléoindiens, il y a environ .
Une étude publiée en 2020 analyse les données chronométriques de 42 sites archéologiques nord-américains et béringiens en utilisant une approche de modélisation bayésienne de l'âge, et utilise le cadre chronologique résultant pour élucider les modèles spatio-temporels de dispersion humaine. Elle intègre ensuite ces modèles avec les preuves génétiques et climatiques disponibles. Les données obtenues montrent que « les humains étaient probablement présents avant, pendant et immédiatement après le dernier maximum glaciaire (il y a environ 26,5 à ) » mais qu'une occupation plus étendue n'aurait débuté qu'à l'occasion d'une période de réchauffement rapide, le Groenland Interstadial 1 (environ 14,7 à avant l'an 2000). Elle identifie également le début quasi-synchrone des traditions culturelles béringiennes, clovis et du rameau occidental, et un chevauchement de chacune avec les dernières dates d'apparition de de faune aujourd'hui disparus. L'analyse suggère que l'expansion généralisée des humains en Amérique du Nord a été un facteur clé dans l'extinction des grands mammifères terrestres Becerra-Valdivia, L., Higham, T., The timing and effect of the earliest human arrivals in North America, Nature, 22 juillet 2020, https://doi.org/10.1038/s41586-020-2491-6. L'archéologue Ben Potter reste réservé quant à cette étude, affirmant que « les auteurs supposent que chaque date et site n’ont aucun problème contextuel ou autre », ce qui est « loin d’être le cas ».
Amérique du Nord Les controverses débutèrent aux États-Unis à partir de la découverte en 1957 du site de Lewisville, au Texas. Là furent mis au jour les squelettes de nombreux animaux, dont certaines espèces aujourd'hui disparues (mammouths, glyptodons, camélidés, équidés, cerfs, ours) avec des pointes de lances du type Clovis. Or tous ces ossements et artéfacts furent datés par le carbone 14 de . Cette estimation fut largement rejetée à l'époque par les scientifiques américains, d'autant que les pointes de lances étaient bien considérées comme de type Clovis. D'autres expertises de datation effectuées en 1963 confirmèrent la date avancée initialement. Enfin, en 1978 puis en 1980, Dennis Stanford de la Smithsonian Institution, aidé de deux ingénieurs de l'Armée américaine, annoncèrent parallèlement une date de . Néanmoins, la présence de graines de micocoulier correspond à un cycle de chasse et une occupation humaine du site remontant à l'ère Clovis, il y a environ The Lewisville Prehistoric Archeological Site, dentoncountyhistoryandculture.wordpress.com, 18 janvier 2020. Le site de également au Texas a livré une industrie lithique datée de ..
Au Nord-Ouest des États-Unis, dans la grotte de Paisley Cave, des coprolithes humains plus anciens que l'époque Clovis ont été mis au jour en 2008.. Ces excréments fossiles seraient vieux de , selon la datation au carbone 14 réalisée par des chercheurs de l'Université de l'Oregon, qui ont étudié les restes d'ADN qu'ils contenaient, en collaboration avec une équipe danoise de l'Université de Copenhague. Cet ADN serait en rapport avec celui des Amérindiens modernes, ce qui laisse penser que ces populations étaient déjà là avant la naissance présumée de la culture Clovis..