Do aresztowania nie doszło, za wstawiennictwem prezydenta Hindenburga. NSDAP uznało sterowce za świetne narzędzia propagandowe narodowo-socjalistycznych Niemiec. Linie DELAG zostały przejęte przez Lufthansę, która ówcześnie była związana z NSDAP, ich dyrektorem został członek partii nazistowskiej i znany pilot sterowców Ernst Lehmann, między którym a Eckenerem często dochodziło do sporów (między innymi przy dziewiczym locie sterowca Hindenburg, ze względu na błąd Lehmanna). W późniejszych latach trzydziestych Eckener miał niewielki wpływ na firmę Zeppelin, naziści skutecznie odsuwali go od działań w firmie oraz nie zezwalali na wymienianie jego nazwiska w oficjalnej prasie.
Po II wojnie światowej Pomimo sprzeciwu wobec nazistów Eckner przeżył II wojnę światową. Po wojnie był zaangażował się w plan budowy dużych sterowców dla firmy Goodyear Zeppelin Corporation, ale projekt skończył się niepowodzeniem.
W 1945 roku razem z Johannesem Weylem założył regionalną gazetę Südkurier, w której Eckner opisywał współpracę niemiecko-francuską. W listopadzie 1945 roku Eckner został oskarżony o kolaborację z nazistowskimi Niemcami, w 1947 władze Francji narzuciły na niego karę grzywny w kwocie 100000 marek niemieckich.