miniatyr|stående|300px|Samer från Karasjok avbildade av Johan Fredrik Eckersberg 1852.
Samernas ursprung är frågan om hur den etniska gruppen samerna har formats genom historien. Frågan har intresserat forskare åtminstone sedan Johannes Schefferus tid på 1600-talet. Samerna har ofta kopplats ihop med finnarna, eftersom det samiska språket är uppenbart närbesläktat med finskan. Utvecklingen av fysisk antropologi under 1800-talet gav upphov till rasbiologiska teorier. Många olika teorier har kommit upp och vederlagds, såsom att samerna ska ha utvecklats som en isolerad grupp under istiden vid Norra Ishavet, eller att de först i modern tid invandrade till Skandinavien österifrån.
Förhistoria Modern genetikforskning visar att den samiska gruppen har utvecklats genom tillskott från flera olika håll vid olika tidpunkter av flera olika jägar-samlarfolk som rörde sig över Nordkalotten, och att samer, skandinavisktalande och finsktalande bönder kunde beblanda sig med varandra under järnåldern. Detta tolkas som att den samiska kulturen fick sin speciella form genom den halvnomadiska renskötseln, som uppstod för omkring 2 500 år sedan, snarare än genom en strikt avgränsad folkgrupp.
Genom forskning av mitokondrie-DNA (som ärvs via mödernet) och YDNA (som ärvs på fädernet, men aldrig av kvinnor) har flera haplogrupper identifierats som är dominerande bland dagens samer men är mer sällsynta i de flesta andra befolkningsgrupper. Eftersom en del genvarianter förekommer i betydligt högre frekvens hos samerna än hos andra folkslag har samerna kallats för en genetiskt unik befolkning.
Europa har befolkats av fyra förhistoriska invandringsvågor, varav de tre första bidrog till de germanska och nordiska folken (se svenskarnas ursprung), medan den samiska och finska befolkningen även har stor del av sina rötter i den fjärde vågen.
Den första vågen bestod av jägare och samlare. En kultur som tros ha övervintrat istiden i Sydeuropas refugium nådde Skandinavien söderifrån för 13 000 år sedan. Spår av dem återfinnes i Nordens befolkning troligen som MtDNA- (som ärvs via mormors mor och så vidare), vilken är särskilt vanlig bland samer. En annan kultur hade övervintrat i refugium i dagens Ryssland, och befolkade Skandinavien och Europa från nordöst efter istidens slut för cirka 10 000 år sedan. Med denna invandring kom MtDNA- som är särskilt vanlig bland samisktalande. Den är i dag ovanlig på Europeiska kontinenten, där jägar-samlarbefolkningen tros ha trängts undan av senare jordbrukare till områden i Europas periferi. Varianten U5b1b1 återfinns i Norden i stort sett bara hos personer med samiska rötter, men förekommer även i Nordafrika (bland berber), i nordligaste Asien och i Sydeuropa. En studie från 2004 visar att knappt hälften av alla samer bär den mitokondriella haplogruppen U5b1b och drygt 40 procent haplogruppen V.
Nutida sydsamer har en högre frekvens av haplogrupper som man kan förvänta sig av en kontinentaleuropeisk befolkning, än nordsamer. En studie publicerad 2007 visar att endast 18,8 procent av sydsamerna hade haplogruppen U5b (med undergrupper) och 18,1 procent haplogruppen V. Sydsamer som är aktiva inom renskötseln har en något högre andel av dessa haplogrupper, än de som inte bedriver renskötsel.
En andra utomeuropeisk invandringsvåg bestod av stenåldersbönder med rötter i Mellanöstern, och en tredje våg av indoeuropeiska herdar från den ryska stäppen strax innan bronsåldern.
En fjärde våg, från Sibirien, nådde Europa för cirka 4 000 år sedan utgjorde ett betydande tillskott till finnar och samer. YDNA-haplogruppen (som ärvs från far till son) N1c är särskilt vanlig i Finland och bland samer, och tros ha kommit in i Fennoskandinavien österifrån för minst 1 500 år sedan., inskannad N1c-folket förde med sig ananjinokulturens metallbruk, resulterande i vad som tros vara de tidiga samernas metallframställning och asbestkeramik. Asbestkeramik förekommer i Sverige endast ned till Medelpad. Det har gett upphov till hypotesen att det funnits en gräns som skiljde Övre Norrland från Mellannorrland och att det var olika kulturer och språkgrupper som bodde i respektive områden.
På 500-talet anslöt sig även människor från kusttrakterna i Finland och från Mellansverige, främst tillhörande YDNA-haplogrupperna I1 och som är vanliga bland jordbrukare, till den samiska gruppen. Samerna var mycket få vid denna tid och drabbades därför av flaskhalseffekten, som resulterade i unikt autosomalt DNA och en avvikande frekvens av haplogrupper, men samer handlade med och beblandade sig med tiden med bofast befolkning i norra Fennoskandinavien, inte minst de nordisktalande som började kolonisera Mellannorrland sedan bronsåldern och Norra Norrland sedan medeltiden. Bland svenskar har personer från Västerbotten något högre frekvens av haplogrupper som är vanliga bland samisk- och finsktalande, och befolkningen i Norrland varierar mer än andra germanska befolkningsgrupper.
Urinvånare eller finnar? thumb|På ett träsnitt från Olaus Magnus Historia om de nordiska folken avbildas Nordens olika folkslag i form av en moskovit, en finne, en same och en göt.
Enligt den samiska tradition som Johan Turi ger uttryck för har samerna alltid bott i Lappland och inte kommit dit någonstans ifrån. Dock har samernas ursprung länge varit en omdiskuterad fråga. I verket Lapponia från 1673 ägnade Johannes Schefferus ett kapitel åt samernas härstamning. Han inledde med att konstatera att samerna inte kunde härstamma från svenskarna "...då ingenting är mera olikt än en lapp och en svensk. Intet i kroppsform, kynne, språk, klädsel, ja intet överensstämmer hos dem". Lika litet kunde de antas härstamma från ryssarna eller norrmännen. Schefferus kom fram till att det troligaste var att samerna ledde sina anor från finnarna, framför allt eftersom det samiska språket har sådana uppenbara likheter med finskan, men även för att de båda folken var så lika till såväl kynnet som utseendet: "Finnarna ha svart hår, brett ansikte och bister uppsyn, så ock lapparna". Till och med ifråga om klädedräkten fanns enligt Schefferus mening obetydlig skillnad mellan samer och finnar.
K.B. Wiklunds övervintringsteori miniatyr|stående|Att mäta olika kroppsmått, i synnerhet skallens mått, var basen för det sena 1800-talets och det tidiga 1900-talets fysiska antropologi. Här står Gustaf Retzius i begrepp att mäta upp samen Fjellstedt från Härjedalen. Alla var dock inte överens om samernas och finnarnas fysiska likheter. I början av 1900-talet slog språkforskaren K.B. Wiklund fast att samerna "äro i antropologiskt avseende lika skilda från finnarna som någonsin från nordborna" (Wiklund syftade på den fysiska antropologin, alltså studiet av fenotypiska karaktärer, vilket då var ett stort forskningsområde). Karaktäristiskt för samerna var, enligt Wiklund, kortskallighet, liten kroppslängd, svart hår, bruna ögon och svag haka. Enligt hans uppfattning hade ingen kunnat påvisa något antropologiskt sammanhang mellan samerna och något annat folk. Hans slutsats blev att "den lapska rasen" uppkommit genom lång tids fullständig isolering från andra folkslag.
Men hur skulle en sådan isolering ha kunnat komma till stånd? När botanisten Rolf Nordhagen ansåg sig kunna visa att relativt stora delar av den norska Ishavs- och Atlantkusten varit isfria under den senaste istiden passade detta utomordentligt ihop med Wiklunds tankar. Arkeologen Anders Nummedal hade nämligen också hittat mycket gamla boplatser vid Komsafjället i Alta, just inom det område som Nordhagen identifierat som isfritt. Därmed ansåg sig Wiklund slutligen kunna lösa "den lapska urtidens gåta". Komsakulturens lämningar måste vara spår efter samernas förfäder, som tillbringat istiden i isolering vid kusten. Därifrån skulle de ha spritt sig söderut när isen smälte.
Som ytterligare belägg för denna övervintringsteori påpekade K.B. Wiklund att den nutida befolkningen i Möre fylke och Sunnfjord i södra Norge var av en ”antropologisk typ” som var förbluffande lik samerna, och att arkeologer just i detta område hade hittat lämningar efter den så kallade Fosnakulturen, som kraftigt påminde om Komsakulturen. Wiklund menade att detta sammanträffande inte kunde vara en tillfällighet. Även de så kallade pyttarna på Bohus Malmön utanför den svenska Västkusten röjde enligt Wiklund "en omisskännlig likhet med våra lappar". Ända in i modern tid skulle det alltså, hävdade Wiklund, längs såväl den norska som den svenska kusten ha funnits reliktförekomster av en befolkning som överlevt istiden.
K.B. Wiklund menade att samernas förfäder, som hade övervintrat vid Ishavskusten, inte hade talat samiska utan ett numera okänt språk som han kallade för protolapska. Han tyckte sig finna kvardröjande spår av protolapskan i form av ord som inte kunde kopplas till andra språk. Dit hörde exempelvis det samiska ordet för vatten, čáhci, som är helt annorlunda än finskans vesi. Ortnamnet Luleå var enligt Wiklunds uppfattning också en protolapsk relikt. Eftersom det kan uttydas som "det öster om, nedanför fjällryggen belägna vattendraget" konstaterade han att det verkade vara givet västerifrån. Även många andra ortnamn i Lappmarken, som Sulitelma och Abisko, skulle enligt Wiklund kunna vara relikter från den protolapska tiden. Först senare hade samerna bytt ut sitt ursprungliga språk mot ett finsk-ugriskt.
Det bör påpekas att K.B. Wiklunds tal om "den lapska rasen" mycket snart kom att betraktas som föråldrat. Redan 1941 skrev ärftlighetsforskaren Gunnar Dahlberg att tanken "att européerna härstammar från ett antal rena raser är ett obekräftat antagande". Trots att han själv var verksam vid Rasbiologiska institutet drog han slutsatsen att "rasbiologi [är] ett uttryck för nationella fördomar och har inget med vetenskap att göra". Skillnaderna mellan samer och andra svenskar berodde enligt Dahlberg troligen på miljöfaktorer.
Samband med älgjägare och asbestkeramiker thumb|Mellannorrlands älgjägare skildrade sitt favoritbyte på hällmålningar, som den här vid Fångsjön i Jämtland. Inte heller K.B. Wiklunds åsikter stod sig i längden. Bara något decennium efter hans död hade de flesta forskare övergivit övervintringsteorin. Idén om det protolapska språket levde däremot kvar i viss utsträckning. Etnologen Phebe Fjellström pekade på 1980-talet på de stora olikheter som finns mellan nordsamiskt och sydsamiskt och menade att den samiska folkgruppen egentligen bestått av två folkslag. Den ena skulle efter istiden ha levt vid den norska kusten och därifrån ha flyttat över Kölen till Lappland och norra Ångermanland för att där livnära sig som älgjägare från 4000 f.Kr. och framåt. Detta folk skulle ha talat protolapska. Ungefär 2000 f.Kr skulle sedan ett folk med ett finsk-ugriskt språk, asbestkeramikens folk, ha kommit till Norden från öster. När de båda folkgrupperna mötts skulle de ha smält samman till en folkgrupp, som blev samerna.
Även forskare som inte förespråkat detta dubbla ursprung har kopplat ihop samerna med asbestkeramikens folk. I Sverige förekommer denna fyndtyp nämligen inte söder om en gräns som skiljer Övre Norrland från Mellannorrland och Jämtlands län. Norr om denna gräns är älvnamn och de äldsta ortnamnen ofta samiska eller finska, medan motsvarande namn söder om gränsen är av germanskt ursprung. Det folkslag som framställde asbestkeramik skulle enligt detta synsätt vara förfäder till samerna, medan de folkslag som bodde längre söderut skulle vara förfäder till nordborna.
Genetiska studier
När den fysiska antropologins fader, Johann Friedrich Blumenbach (1752–1840) delade in människan i fem olika raser förde han alla folk som talade finsk-ugriska språk till den mongolida rasen. Trots K.B. Wiklunds uppfattning om att samerna var lika skilda från finnarna som från nordborna följde denna klassificering med långt in på 1900-talet.