Johannes Pistorius den yngre, efter sin födelseort även benämnd Niddanus, född 14 februari 1546 i Nidda, Hessen död 19 juni 1608 i Freiburg im Breisgau, var en tysk läkare, historiker och romersk-katolsk teolog under konfessionaliseringens tidsålder. Han var son till den hessiske reformatorn, Johannes Pistorius d.ä.
1588 konverterade han från lutherdomen till katolicismen, efter att först under en tid ha lutat åt kalvinismen. På hans initiativ anordnades religionssamtalen i Baden (1589) och Emmendingen (1590).
Kategori:Tyska historiker Kategori:Romersk-katolska teologer Kategori:Tyska teologer Kategori:Födda 1546 Kategori:Avlidna 1608 Kategori:Män Kategori:Tyska läkare Kategori:Tidigmoderna teologer