Vitenskapsåret 1639 er en oversikt over hendelser, prisvinnere, fødte og avdøde personer med tilknytning til vitenskap i 1639. miniatyr|Jeremiah Horrocks' observasjon av Venus som krysser solskiven 4. desember 1639. Tegningen ble publisert i beretningen «Venus in sole visa», 1662
Oppdagelsesreiser Cristóbal de Acuña reiste gjennom elva Casiquiare som første européer, en naturlig bifurkasjon mellom Amazonasbekkenet og Orinocoelva. Beretningen hans ble ikke trodd i samtiden, men ble anerkjent i 1756.
Astronomi 1. juni − Hevelius observerte solformørkelsen i Polen, på oppfordring av Peter Crüger som døde fem dager senere. Giovanni Battista Zupi observerte at planeten Merkur har faser i omløpsbanen. – Jeremiah Horrocks og William Crabtree observerte som de første en Venuspassasje. De var alene som observerer denne, etter en forhåndsberegning av Horrocks. Mathias Hirzgarter fikk publisert katalogen «Astrononiae Lansbergianae», der han navnga alle de hittil observerte astronomiske objektene (stjerner, planeter og måner). «Astrononiae Lansbergianae» siste side.
Matematikk Girard Desargues fikk publisert avhandlingen «Brouillon projet d'une atteinte aux événements des rencontres du cône avec un plan» (Utkast til beskrivelse av det som skjer i møtet mellom en kjegle og et plan), der han innførte uendelighetskonseptet i geometrien.«Brouillon projet d'une atteinte aux événements des rencontres du cône avec un plan»
Fødsler 12. april – Martin Lister (død 1712), engelsk naturhistoriker og fysiker. 18. desember – Gottfried Kirch (død 1710), tysk astronom.
Dødsfall 6. juni – Peter Crüger (født 1580), tysk naturhistoriker. 7. august – Martin van den Hove (født 1605), nederlandsk astronom. 15. desember − Mutio Oddi (født 1569), italiensk matematiker.
Referanser