UEFA-cupen 1998/99 ble vunnet av den italienske klubben Parma FC med 3–0 i finalekampen over den franske klubben Olympique de Marseille. Dette var UEFA-cupens 28 sesong, og den andre sesongen med kun én finalekamp på nøytral bane etter en større omskiftning av kampformatet. Turneringens toppscorer ble Enrico Chiesa fra Parma FC med åtte mål totalt.
Første kvalifiseringsrunde
FK Žalgiris Vilnius videre på bortemålsregelen.
Andre kvalifiseringsrunde
FC Arges Pitesti, Fenerbahçe, RSC Anderlecht og SK Rapid Wien videre på bortemålsregelen. Strømsgodset videre på straffesparkkonkurranse etter ekstraomganger i kamp to.
Første runde
Slavia Praha, Røde stjerne Beograd og Leeds United videre på straffesparkkonkurranse etter ekstraomganger i kamp to. PFC CSKA Sofia videre på bortemålsregelen.
Andre runde
Liverpool FC videre på bortemålsregelen.
Tredje runde
Bordeaux videre på bortemålsregelen.
Kvartfinaler
Semifinaler
Marseille videre på bortemålsregelen.
Finale
1998/99 Kategori:Fotball i 1998 Kategori:Fotball i 1999