thumb|300px|En romantisk skildring av kroningen av kong Tomislav av Kroatia, ved Oton Ivekovic. Kroatias historie berører det geografiske området som med ulike størrelser kalles for Kroatia og den etniske folkegruppen kroater. Kroatia komme til syne som et hertugdømme på 600-tallet og deretter som et kongedømme på 900-tallet. I det neste ti århundrene forble landet en egen stat med en hersker (ban) og et eget parlament, men underkastet seg mektigere konger og keisere i ulike nabostater, hovedsakelig Ungarn og Østerrike. I perioden fra 1400-tallet til 1600-tallet var Kroatia preget av en bitter krig med Det osmanske rike. Etter å ha blitt underlagt Jugoslavia det meste av 1900-tallet oppnådde Kroatia selvstendighet i 1991.
Kroatia før kroatene thumb|left|Lokalisering av området KroatiaDet området som er Kroatia i dag har vært befolket gjennom hele den forhistoriske tiden, helt siden steinalderen. På midten av den paleolittiske tiden levde neandertalere der. Tidlig i neolittisk tid var ulike folk og kulturer spredt over området: Starčevo-kulturen (eller Körös-kulturen etter elven Körös-ér sør for Ungarn og nord for Serbia), Vučedol-kulturen og Hvar-kulturen. Fra jernalderen er det funnet levninger etter Hallstatt-kulturen og La Tène-kulturen.
Området kommer inn i de historiske kildene med folkegruppen illyrere, en samlebetegnelse på de indoeuropeiske stammene som i antikken bosatte seg i det historiske området Illyria mellom Adriaterhavet og elven Donau. Den første kjente kongen av Illyria var Hyllus som etter sigende skal ha dødd i år 1225 f.Kr. Hans rike strakte seg fra Trieste i dagens Italia i nord og sørover til elven Vjosë i dagens Albania. Rikets hovedstad var Scodra som i dag heter Shkodër (i nordlige Albania).
thumb|right|Tanais-steinen med inskripsjonen Horovathos uthevet. På 400-tallet f.Kr. bosatte et keltisktalende folkeslag seg i nordlige Kroatia, mens kysten ble befolket av grekere. Det sørlige illyriske kongedømmet Illyris var en egen stat i det området som i dag er Montenegro og Albania fram til romerne erobret området i år 168 f.Kr. Vestromerriket organiserte provinsene Pannonia og Dalmatia, men i nedgangstiden falt disse i hendene på hunerne, østgotere, og deretter til Det bysantinske riket. Forfedrene til dagens kroater, Kroatias nåværende slaviske befolkning, bosatte seg der tidlig på 600-tallet.
Den eldste bevarte referansen til Kroatia som navn, Horovathos, kan leses på to steininskripsjoner (Tanais-steinen) på gresk språk og skrift. Den er datert til en gang rundt år 200 e.Kr. og ble funnet i havnen Tanais ved Azovhavet på Krim-halvøya. Inskripsjonen viser «Horoathos archon Tanaiton» (= «Kroat-ordfører av Tanais») og «Synodos Horouathon» (= «Konverteringen av kroatene»). Begge skrifttavlene blir i dag oppbevart på Det arkeologiske museet i St. Petersburg i RusslandUstinova, Julia (1991): The «Thiasoi» of Theos Hypsistos in Tanais
Kroatene kommer til Kroatia I folkevandringstiden på 500-tallet vandret slavere inn i sørøstlige Europa i det området som skulle bli Kroatia og ble det folket som ble kroater. På 620-tallet kom kroatene sammen med serbere til Balkan og det sørøstlige Europa i en andre slavisk innvandringsbølge. Kroatene hadde opprettet et rike i dagens sørlige Polen, men ble invitert av Østromerriket til Balkan for å drive ut avarene, en tyrkisk folkegruppe.Resic, Sanimir (2006): En historia om Balkan. Jugoslaviens uppgång och fall. Lund: Historiska media. ISBN 91-85057-75-4. Side 23. Kroatene slo seg ned i området mellom elvene Drava og Sava og Adriaterhavet. Gjennom frankisk misjon på slutten av 600-tallet ble kroatene kristnet til romersk-katolsk kristendom. Kristningen ble fullført en gang ut på 800-tallet.
Kroatia i tidlig middelalder (fram til 925) thumb|right|Moderne statue av hertug Branimir som paven anerkjente. Kroatene organiserte seg i to hertugdømmer; hertugdømmet Pannoniatiske Kroatia (kroatisk: Panonska Hrvatska, som har sitt navn etter Den pannoniske slette) i nord og hertugdømmet Kyst-Kroatia (kroatisk: Primorska Hrvatska) i sør.
Den kroatiske hertugen Trpimir I, (kroatisk Knez) av Kyst-Kroatia (845–864), grunnlegger av Huset Trpimirović, drev krig mot bulgarerne, og mot bysantinske strategos ved byen Zadar med adskillig hell. Han utvidet sitt rike i øst til elven Drina. Den første innfødte kroatiske hersker som ble anerkjent av en pave var hertug Branimir som pave Johannes VIII kalte dux Croatorum i 879.A review of the historical development of the Republic of Croatia
Et kuriøst trekk er at kroatene aldri ble pålagt å benytte latin i kirkelige handlinger, men isteden holdt sine gudstjenester på sitt eget språk og benyttet det glagolittiske alfabetet. Dette ble offisielt stadfestet av pave Innocent IV i 1248, og først langt senere ble det latinske alfabetet innført.
Kongedømmet Kroatia (925-1102) thumb|left|150px|Statue av Petar Krešimir i Šibenik. thumb|Den siste kroatiske konge, Petar Svačić, ligger død igjen i fjellene i nærheten av Gvozd, 1097. Maleri av Oton Iveković. Kroatias første konge, Tomislav (910–928) fra Huset Trpimirović, ble kronet i 925. Tomislav, rex Croatorum, forente de to tidligere kroatiske hertugdømmene og dannet en nasjon av en viss størrelse. Han beseiret den bulgarske tsar Simeon I i slaget på det bosniske høylandet. Middelalderens kroatiske kongedømme nådde sitt høydepunkt under regimet til kong Petar Krešimir IV (1058–1074).
Det kroatiske samfunnet gikk gjennom betydelige endringer i løpet av 900-tallet. De lokale ledere, župani, ble erstattet av kongens vasaller som tok landområdene fra de tidligere jordeierne, og således innførte en form for føydalt system. De tidligere mer eller mindre frie bøndene ble livegne og opphørte å tjenestegjøre som soldater, noe som på sikt bidro til å minske Kroatias militære styrke.
Den kroatiske kongeætten døde ut på slutten av 1000-tallet i slaget ved Gvozd-fjellene da kong Petar Svačić, den siste av de innfødte kongene i Kroatia, ble drept i kamp mot hæren til kong Koloman av Ungarn. Kroatene anerkjente etter hvert Koloman som felleskonge av Kroatia og Ungarn i en traktat i 1102, ofte referert til som Pacta conventa.
Personalunion med Ungarn (1102–1526) thumb|right|Personalunion med Ungarn thumb|Et typisk militær merke fra Det osmanske rike, kjent som «arma». Kroatia ble i økende grad angrepet av osmanene i løpet av middelalderen. Konsekvensene av endringen til en ungarsk konge betydde at føydalismen ble innført, noe som ga grobunn for en framvekst av lokale, kroatiske adelsfamilier som Frankopan og Šubić. De senere konger søkte å gjenopprette noe av sin tidligere innflytelse ved å gi enkelte privilegier til byene. Hovedguvernør for de kroatiske provinsene var titulert ban.
Prinsene av Bribir fra familien Šubić vokste og ekspanderte til å bli spesielt mektige og tok kontroll over store deler av Dalmatia, Slavonia og Bosnia. Senere grep angevinene inn og gjenopprettet kongelig kontroll. De solgte også hele Dalmatia til den mektige italienske bystaten Venezia i 1409.
Da det muslimske angrepet på Europa begynte befant Kroatia seg atter i grenseområdet mot fiendtlige makter. Kroatene kjempet et økende antall slag og mistet gradvis mer og mer av sine landområder til osmanene, spesielt etter slaget ved Krbava-markene i 1493 i sørlige Kroatia som var et knusende nederlag for kroatene. Rundt 7000 kroatiske soldater og de fremste menn fra den gamle kroatiske adelen ble drept, inkludert Mirko Derenčin. Etter slaget gikk det strømmer av kroatiske flyktninger inn i Østerrike og til den italienske kysten.Goldstein, Ivo (forfatter) & Jovanovic, Nikolina (oversetter) (2000): Croatia: A History. McGill-Queen's University Press, ss.31
Habsburgere, Venezia og osmaner (1527–1918) thumb|left|Ludvig II av Ungarn døde i kamp mot osmanene. Det katastrofale slaget ved Mohács i 1526 betydde slutten på Ungarns autoritet over Kroatia. I slaget ble kong Ludvig II av Ungarn, sammen med rundt 14 000 ungarske soldater, drept av osmanene.Turner, Corvisier & Childs: A Dictionary of Military History and the Art of War, ss. 365–366: «I 1526 i slaget ved Mohács ble den ungarske hæren knust av tyrkerne. Kong Ludvig II døde sammen med 7 biskoper, 28 baroner og det meste av hans arme (4 000 kavalerister og 10 000 infanterister)» Kroatia kom isteden under habsburgernes monarki, noe som ble akseptert av den kroatiske adelen ved en forsamling i Cetingrad. I løpet av 1500-tallet ekspanderte Det osmanske rike videre, til det også omfattet det meste av Slavonia, vestlige Bosnia og Lika.
Senere i det samme århundret ble store områder i Kroatia og Slavonia som grenset opp mot Det osmanske rike, lagt inn i «det militære grenselandet» (kroatisk: Vojna Krajina, tysk: Militaergrenze) og styrt direkte fra de militære hovedkvarterene i Wien. Området ble tømt for sin opprinnelige bosetning og ble deretter befolket av serbere, valakere, kroater, tyskere og andre. Som et resultat av obligatorisk militærtjeneste for habsburgerne i løpet av krigen mot osmanene, var befolkningen i det militære grenselandet blitt fritatt for livegenskap. De kunne nyte relativt stort politisk selvstyre, i motsetning til befolkningen som levde i områder styrt av Ungarn.
thumb|Festningen i Bihać i år 1590. Etter at festningen i Bihać var blitt endelig beseiret i 1592, var det kun en mindre del av Kroatia som fortsatt var fritt og ikke erobret. De gjenværende 16 800 km² ble referert til som levningene av levningene av det en gang så store kroatiske kongedømmet. Vendepunktet kom i 1593, da den osmanske hæren for første gang ble beseiret på kroatisk område i slaget ved Sisak. De tapte områdene ble i stor grad gjenerobret, unntatt større deler av dagens Bosnia og Hercegovina.
På 1700-tallet ble osmanene drevet ut av Ungarn og Kroatia, og Østerrike brakte riket under sentralisert kontroll. Keiserinne Maria Teresia ble støttet av kroatene i den østerrikske arvefølgekrig (1740–1748) og ga deretter betydelige bidrag for de kroatiske sakene.
Da republikken Venezia falt i 1797 ble republikkens besittelser i det østlige Adriaterhavet et stridsemne mellom Frankrike og Østerrike. Habsburgerne sikret seg dem til slutt i 1815, og Dalmatia og Istria ble en del av riket, skjønt de var underlagt Cisleithania da Kroatia og Slavonia var underlagt Ungarn.
Nasjonal oppvåkning thumb|Josip Jelačić. thumb|left|Vlaho Bukovac: Kroatias nasjonelle gjenoppvåkning (illyrisme) Da nasjonalistiske strømninger gikk gjennom Europa oppsto det også en romantisk nasjonalisme i Kroatia på midten av 1800-tallet. Denne kjempet mot den tyske og ungarske innflytelsen i Kroatia. Den illyriske bevegelsen, en politisk og litterær selvstendighetsbevegelse, tiltrakk seg en antall innflytelsesrike figurer fra 1830-tallet og framover. Bevegelsen frambrakte flere betydningsfulle bidrag til kroatisk språk og kultur. En lederskikkelse var Ljudevit Gaj, som ville gjøre kroatisk til et moderne språk. I 1835 kom den første utgivelsen av tidsskriftet Novine Hrvatske på kajkavisk, den ene av tre kroatiske dialekter. Et år senere byttet tidsskriftet navn til Illirske Novine og ble utgitt på štokavisk, en dialekt som ble benyttet i både Kroatia, Serbia og Bosnia.
I 1874 ble det jugoslaviske vitenskapsakademi og Zagrebs universitet grunnlagt av den kroatiske biskopen Josip Juraj Strossmayer. Han håpet at utdannelse og kunnskap ville bidra til å samle de sydslaviske folkene.
Fra ungarsk side ble det ført en politikk som ikke skulle oppmuntre den nasjonale bevisstheten i Kroatia. I 1827 ble ungarsk arbeidsspråk i kroatiske skoler, og i 1844 ble det bestemt at ungarsk også skulle være administrasjonsspråk. Latin hadde vært det offisielle språket i Kroatia, og den kroatiske landdag svarte i 1847 med å beslutte at kroatisk skulle bli offisielt språk.