Biologiens filosofi omfatter den grenen av filosofien, spesielt av vitenskapsteorien, som beskjeftiger seg med biologi som fag, men også de grenene av filosofien som påvirkes av funn som er gjort i biologien.
Oversikten som følger, nevner noen av spørsmålsstillingene som har blitt diskutert i biologiens filosofi gjennom de siste tiår, sortert etter de berørte filosofiske deldisiplinene. (Oversikten gjør selvfølgelig ikke krav på å være uttømmende.)
Vitenskapsteori Et grunnleggende spørsmål er om biologi i det hele tatt er en autonom vitenskap, eller om den kan reduseres til fysikk og kjemi. Alle oppdagelser man gjør i biologien, må utvilsomt være forenlige med fysikkens og kjemiens naturlover. Men forenlighet er ikke reduserbarhet. De fleste vitenskapsteoretikere mener i dag at biologiske fenomener er for komplekse til å forklares ut ifra fysikken og kjemien alene. Biologiske prosesser omfatter interaksjoner som ikke lar seg beskrive som summen av fysiske prosesser.
Den motsatte siden av det samme spørsmålet er om andre vitenskaper kan reduseres til biologi. Enkelte biologer har antydet at psykologi og samfunnsvitenskapene (sosiologi, antropologi osv.) vil kunne forklares gjennom biologiske prosesser. Men også her mener de fleste biologer og filosofer at samfunnets kompleksitet er for høy til en slik teorireduksjon. Sosiologiske hendelser bygger på psykologiske tilstander hos aktørene, som igjen bygger på biologiske prosesser. Sosiologiske og psykologiske oppdagelser må derfor være forenlige med biologiske sådanne, men de lar seg ikke beskrive som summen av biologiske prosesser alene.
Behovet for å likestille biologien med fysikken, som på mange måter er vitenskapsteoretikernes paradevitenskap, har ført til at noen paralleller har blitt trukket for langt. Mesteparten av fysikken hører til de nomotetiske vitenskapene, som leter etter regelmessigheter i naturen og oppdager naturlover. Biologien er imidlertid kjennetegnet av at idiografisk vitenskap (beskrivelsen og forklaringen av unike fenomener) har en mye større plass. Beskrivelser av arter, oppnøstingen av næringsnett, oppdagelsen av DNA-koden og rekonstruksjonen av organismenes stamtre er f.eks. viktige vitenskapelige aktiviteter i biologien, men de er ikke nomotetiske. DNA-koden kunne ha vært annerledes uten at dette hadde kommet i konflikt med noen biologiske naturlover; organismenes stamtre kunne ha sett annerledes ut, og er et resultat ikke bare av lovmessigheter, men også av tilfeldigheter. Disse biologiske disiplinene ligner altså mer på historiske fag (historie, arkeologi, geologi m.fl.) enn på fysikk: De handler om å rekonstruere hvordan en hendelse i fortiden har gått for seg, ikke om å avlede lovmessigheter. (Også fysikken omfatter imidlertid idiografiske disipliner: Astrofysikk er idiografisk i den grad den rekonstruerer hendelsesforløpet av f.eks. big bang eller dannelsen av solsystemet vårt.)
Samtidig er det ikke omstridt at visse deler av biologien er nomotetiske: Den komparative biologien har avdekket mange klare sammenhenger på tvers av arter. Eksempler er forholdet mellom klima og kroppsstørrelse (Bergmanns regel m.fl.), mellom populasjonsstørrelse og gendrift (demografisk stokastisitet) og så videre. Disse lovmessighetene betegnes gjerne som «regler», ikke som «lover». Til forskjell fra fysiske lover er biologiske lovmessigheter gjerne av statistisk art, slik at enkelte arter som ikke «følger regelen», ikke er uvanlige. Dette har ført til debatten om det i det hele tatt fins biologiske naturlover – i den forstand at ett moteksempel ville være nok for å motbevise loven (jf. falsifiserbarhet). Mange vitenskapsfilosofer anser imidlertid naturlig seleksjon som en fullgod naturlov på linje med fysikkens og kjemiens naturlover. Man antar altså at eventuelle ukjente livsformer (på andre steder i universet, eller til andre tider, eller basert på andre kjemiske forbindelser enn på jorden) vil gjennomgå evolusjon ved naturlig seleksjon.
I deler av biologien har dessuten overenskomster en stor betydning: Systematikken og fylogenetikken benytter seg av både nomotetisk vitenskap (f.eks. molekylære klokker), idiografisk vitenskap (rekonstruksjon av slektskapsforhold) og overenskomster (klassifikasjon, kategorisering og nomenklatur). Overenskomster er nødvendigvis skjønnsbaserte og ikke testbare. Dermed er de ikke vitenskap, men kan likevel være en forutsetning for vitenskapelige aktiviteter. Mange opphetede debatter i systematiske fagtidsskrifter hadde sitt utspring i at debattantene ikke evnet å skille mellom nomotetisk vitenskap, idiografisk vitenskap og skjønnsbaserte overenskomster. Hva som er menneskets søstergruppe (bare sjimpansene, eller både sjimpansen og gorillaen) er f.eks. et vitenskapelig spørsmål (et idiografisk sådant). Om mennesket «bare» fortjener sin egen «slekt» eller sin egen «underfamilie» eller sågar «familie» i systematikken, er derimot en nokså vilkårlig overenskomst.
Metafysikk Ontologi har spilt og spiller en stor rolle i mange biofilosofiske diskusjoner. De handler ofte om realiteten av visse fenomener, dvs. om de (og, hvis ja, hvilke som) virkelig eksisterer uavhengig av iakttageren, eller om de er rent konsepsjonelle begreper skapt av biologene. For andre begreper var det uklart om de betegnet universalia («typer») eller partikularia («ting»). De viktigste slike debattene gjelder: Gen – selv om alle snakker om gener, om effekten av gener, om egenskaper som ligger i genene osv., er det få som er klar over at gen kan bety mange ulike ting. Genetikere, evolusjonsbiologer og utviklingsbiologer mener ikke nødvendigvis de samme enhetene når de snakker om gener. De bruker alle en definisjon som er hensiktsmessig i sine respektive fagfelt, men som ikke nødvendigvis er kompatibel med andre fagfelts definisjoner. Alle er for så vidt enige om at gener består av DNA, men hvordan man skal avgjøre begynnelsen og slutten av et konkret gen kan besvares på mange ulike måter. Også antallet gener i en organisme vil variere sterkt med definisjonen man bruker. Karakter – karakterer er det som brukes for å beskrive organismer, både for å forstå deres morfologi og for å kunne systematisere dem. Men hva som brukes som karakter er veldig mangfoldig: egenskaper (f.eks. farge, størrelse), deler (organer, celletyper), økologiske krav (foretrukket temperatur, bytterorganismer), adferdstrekk (fuglesang, yngelpleie), utbredelse (endemisme, disjunkt forekomst) m.m. Det fantes en systematisk skole på andre halvdel av 1900-tallet som mente at enhver organisme kunne deles opp i et endelig antall «minste karakterer» (atomisme). Dette har blitt tilbakevist på bl.a. filosofisk grunnlag. Det fins ingen måte å avgjøre om et linseøye er én karakter eller flere (og i så fall hvor mange). Individ – av begrepene i denne listen skulle man tro at individ var enklest å definere. Skillet mellom to mennesker er da heller ikke spesielt uklart (om enn kanskje i tid: når skal et foster regnes som et nytt individ?). Hos andre organismer kan skillet derimot være nokså vanskelig: Overgangen mellom aggregasjoner av éncellede organismer til enkle flercellede organismer er gradvis. Mange kolonidannende flercellede dyr (f.eks. mosdyr eller kolonimaneter) er forbundet med de andre organismene i kolonien, og danner funksjonelle og fysiologiske enheter: Utgjør de mange individer eller én «superorganisme»? Mange planter formerer seg ved rotskudd, og danner «datterindivider» (rameter) – selv om forbindelsen etter hvert råtner bort, er de genetisk identiske, og utgjør en såkalt genet: Er det rameten eller geneten som er individet? Slike spørsmål illustrerer at heller ikke individbegrepet alltid kan defineres entydig. Art – hva som utgjør en art, har vært og er ett av de mest diskuterte temaene i systematikken og i biologiens filosofi. Det har blitt foreslått et tjuetall ulike artsbegreper eller artsdefinisjoner. Forskjellene mellom disse ligger hovedsakelig i hvilke biologiske fenomener som trekkes frem som avgrensningskriterium mellom to arter (morfologi, atferd, genetikk, økologi, evolusjon osv.). Implisitt og delvis eksplisitt ligger det imidlertid også dype ontologiske forskjeller mellom noen av artsbegrepene. Mens enkelte biologer leter etter et artsbegrep som er enkelt å bruke i praksis (f.eks. i bestemmelsesnøkler), leter andre etter et artsbegrep som resulterer i naturlige enheter som eksisterer uavhengig av menneskets inndelende og kategoriserende virksomhet. De førstnevnte enhetene kan defineres ved skjønn, de sistnevnte må oppdages og er «hemmet» av de samme erkjennelsesteoretiske problemene som all annen vitenskap (f.eks. at man simpelthen kan ha tatt feil). Det er i dag ikke noe tvil om at det blant seksuelt reproduserende organismer finnes objektive enheter som er kjennetegnet av genflyt innad og fravær av genflyt mot andre slike enheter. Det såkalte biologiske artsbegrepet ønsker å betegne nettopp disse enhetene som arter. Men dette er som sagt ikke den eneste muligheten. Det som lenge hadde blitt oversett, er nettopp den ontologiske forskjellen mellom objektive arter og skjønnsmessig definerte arter (f.eks. ved hjelp av morfologiske eller genetiske likheter): Arter ifølge det biologiske artsbegrepet er partikularia, ikke universalia. Arten elg er f.eks. ikke (bare) et sammensurium av alle individuelle elger, det er også en konkret en- og helhet som har sin egen, unike evolusjonære historie, som holdes sammen av genflyt mellom populasjoner, som har hatt en begynnelse i tid, og som kommer til å forsvinne en gang, enten ved utdøing eller ved å dele seg i to nye arter. Er arten borte, vil den ikke kunne komme tilbake. Derfor har arten en ontologisk realitet som er dypt forskjellig fra universalia som f.eks. stol. Økosystem – begrepet økosystem er av relativt ny dato og ble ikke utbredt før systemvitenskapen kom inn i biologien på 1970-tallet. De filosofiske problemene knyttet til begrepet ligner de som gjelder artsbegrepet: Er økosystemer objektive enheter som biologer må oppdage (partikularia), eller er de (subjektive) merkelapper som man definerer slik at de muliggjør en mest mulig formålstjenlig klassifisering av økologiske samfunn? Etter en periode der økosystemer nokså ukritisk og ureflektert ble omtalt som «superorganismer» – noe som impliserer en reell eksistens som partikularia –, har dette synet fått en del kritikk. Etter en periode der man helst unngikk hele begrepet, er det nå igjen blitt vanligere,, men ofte uten at det spesifiseres hva slags enhet man har med å gjøre.
Darwins utgivelse av Artenes opprinnelse utgjorde et grunnleggende metafysisk paradigmeskifte. Ett eksempel er at målrettetheten forsvant ut av biologien – eller i det minste fikk en helt ny betydning. Tidligere hadde tilpasninger hos organismer blitt forklart med deres mål. De fantes, fordi de hadde en mening; de hadde blitt til for å fylle en oppgave. Denne typen målrettethet kalles teleologi, og den mistet sin metafysiske begrunnelse når livet i sine former ikke lenger kunne anses å være skapt av en allmektig skaper. I stedet mener man i dag at tilpasninger fins – ikke fordi de har en oppgave i fremtiden, men – fordi de har vist seg å ha vært fordelaktige i fortiden. De har blitt formet gjennom naturlig seleksjon, som er en prosess som er «blind» for fremtiden. Men selv om tilpasninger ikke har noen «mening», er de ikke tilfeldige, fordi de bevares i og med at de oppfyller en funksjon. Man har innført begrepet teleonomi for å beskrive denne formen for tilsynelatende målrettethet i biologien.