応仁の乱（おうにんのらん）は、室町時代中期の応仁元年（1467年）に発生し、文明9年（1477年）までの約11年に及んで継続した日本の内乱。発生時の元号から一般に「応仁の乱」と呼ばれるが、戦が続いたことにより、応仁は僅か3年で文明へと改元されたため、応仁・文明の乱（おうにん・ぶんめいのらん）と称されることもある百瀬今朝雄「応仁・文明の乱」（『岩波講座日本歴史7 中世3』岩波書店、1976年）。
乱の発生については、室町幕府8代将軍の足利義政の後継者問題を発端とする通説が長らく支持されてきた。すなわち、当時嫡子のなかった義政は弟の義視を後継者としたが、その直後に男児（義尚）を出産した義政正室の日野富子が実子を将軍に就けるべく画策し、さらに幕府の実権を握ろうと争っていた細川勝元と山名宗全がこの御家騒動に介入したため応仁の乱へと発展したという説明が一般的に行われている。しかし、この通説には批判も多く提出されており、他の要素も乱の原因として指摘されている。
この乱は、東西両軍に属する各地の諸大名や諸勢力が上洛・参戦したことで、京都を主戦場とする大規模な争乱に発展した。また、京都のみならず、諸国にも争いが拡散するなど、11年にわたる大乱となった。
最終的には西軍が解体されたことで戦乱は終息したが、主要な戦場となった京都全域は壊滅的な被害を受け、荒廃し果てた。また、乱の終結後も畠山政長と畠山義就が畿内で戦闘を継続するなど、全ての争いが終わることはなかった。
応仁の乱は明応2年（1493年）の明応の政変とともに、室町幕府の権威が失墜し、日本が戦国時代へ移行した原因とされる。
背景 足利義政の8代将軍就任
鎌倉時代後期から公家をはじめとする旧来の支配勢力は、相次ぐ戦乱の結果、力を付けて来た国人・商人・農民などの台頭によって、その既得権益を侵食されつつあった。
守護大名による合議制の連合政権であった室町幕府は、成立当初から将軍の権力基盤が脆弱で、三管領（細川氏、斯波氏、畠山氏）など宿老の影響力が強かった。それは宿老や守護大名も例外ではなく、領国の守護代や有力家臣の強い影響を受けていた。こうした環境が、家督相続の方式が定まっていなかったことも相まって、しばしば将軍家・守護大名家に後継者争いや「お家騒動」を発生させる原因になった。
幕府は、4代将軍の足利義持の弟で、くじ引きによって選ばれた6代将軍の足利義教は専制政治を敷き、守護大名を抑えつけて将軍の権力を強化したが、嘉吉元年（1441年）6月に赤松満祐に殺害された。この嘉吉の乱を収束させたのは、管領の細川持之や畠山持国といった有力大名であった。
嘉吉2年（1442年）6月、細川持之は畠山持国に管領を譲って隠居し、同年8月に死去した。また、7代将軍となった義勝（義教の嫡子）も就任1年足らずのうちに、嘉吉3年（1443年）7月に10歳で急逝した。
義勝の死後、畠山持国邸おける幕府重臣らの衆議により、義勝の同母弟である8歳の足利義政が次期将軍に選ばれた。そして、文安6年（1449年）4月に正式に将軍職を継承した。
細川氏・山名氏の連携と、畠山持国の隠居
畠山持国は足利義教の治世に隠居させられていたが、嘉吉の乱の際に武力で家督を奪還した。そして、持国は義教によって家督を追われた者達を復権させ、その勢力を拡大した。
畠山持国には実子がなかったため、弟の持富を自身の後継者としていた。だが、永享9年（1437年）に実子（庶子）の畠山義就（義夏）が生まれたため、文安5年（1448年）に持国は家督継承者を持富から義就に変更した。これは足利義政にも認められ、義就は義政から偏諱を授けられている。
宝徳2年（1450年）、義政や乳母の今参局は斯波氏家臣の争いに介入し、織田郷広の尾張守護代復帰を支援した。しかし、尾張守護の斯波氏がこれに反発し、畠山持国も義政に抗議した。また、越前・遠江守護代の甲斐常治の意を受けた日野重子（義政の母）も反対し、宝徳3年（1451年）に京都から出奔したため、この件は頓挫した。このように、義政の治世初期から近臣層と重臣層の対立がみられていた。
さらに、畠山氏内部でも重臣の神保氏は持富の廃嫡に納得せず、宝徳4年（1452年）に持富が死去すると、その息子である弥三郎を擁立しようとする動きが強まり、家中の対立は深刻化していった。そのため、享徳3年（1454年）4月3日、持国は弥三郎を擁立しようとした神保国宗らを、遊佐国助らに誅殺させた。
この畠山氏の内紛に対し、細川勝元や山名宗全、そして畠山氏被官の多くが、勝元の下に逃れた畠山弥三郎を支持し、8月21日に弥三郎派が持国の屋敷を襲撃した。難を逃れた畠山持国は8月28日に隠居を余儀なくされ、義就も京都を追われることとなった。
その結果、義政は弥三郎と対面し、畠山氏の家督継承者と認めなくてはならなかった。一方で、義政は弥三郎を匿った勝元の被官の処刑も命じ、喧嘩両成敗の形も取られた。
しかし、山名宗全はこの命令に激怒し、処刑を命令した義政とそれを受け入れた細川勝元に反発した。義政は宗全追討を命じたが、勝元の嘆願により撤回され、宗全が但馬国に隠居することで決着した。
12月6日、宗全が但馬国に下向すると、13日に畠山義就が軍勢を率いて上洛し、弥三郎は逃走。そして、再び義就が家督継承者となった。
なお、文安4年（1447年）に勝元が宗全の養女を正室として以来、細川・山名の両氏は連携関係にあった。
細川勝元と畠山義就の対立
享徳4年（1455年）3月26日、畠山持国が死去し、畠山義就が畠山氏の家督を相続した。義就は弥三郎派の勢力を一掃するため、領国内で活発な弾圧を行った。
この最中、義就は義政の上意と称して軍事行動を行ったため、次第に義政の信任を失った。さらに、義就は細川勝元の所領である山城国木津を攻撃したため、勝元は弥三郎を擁立することで義就の追い落としを計画した。一方で、山名宗全は長禄2年（1458年）に赦免され、同年に義就と共に八幡神人討伐に参陣した頃から親義就派となっていった。
長禄3年（1459年）7月23日、弥三郎が赦免され、9月には上洛を果たしたが、間もなく死去した。弥三郎に代わって、弟の畠山政長が弥三郎派の家臣団に擁立され、勝元の支持を得た。
寛正元年（1460年）9月15日、義就は義政に謁見し、弁明したようであるが、それは認められなかった。また、同日に伊勢貞親が義就の被官である遊佐氏と誉田氏に対し、政長に畠山邸を引き渡すよう命じている。
9月20日、義就が河内に下向し、遊佐氏ら被官は自邸を焼いた。そして、義就は若江城に入ると、堺や和泉を攻撃したため、義政の怒りを買った
9月26日、義政は政長と対面し、畠山氏の家督と河内・紀伊・越中の守護職を与えた。さらに、閏9月8日に義政は朝廷に奏上し、義就に対する治罰綸旨の発給を求めている。
10月、政長が大和の龍田において、義就に大勝した。義就はこの戦いで、遊佐国助など父以来の有力家臣を失った。
これにより、義就は河内の嶽山城に籠もって徹底抗戦を図ったため、義政は追討軍を発し、義就を攻撃させた（嶽山城の戦い）。しかし、義就は寛正4年（1463年）4月15日まで攻撃を耐え抜き、嶽山城が落城した後は紀伊国、次いで吉野へ逃れた。
寛正5年（1464年）10月、政長は勝元から管領の地位を譲られた。
足利義政の関東政策と斯波氏
一方、関東では、享徳3年（1455年）に鎌倉公方（後に古河公方）の足利成氏が幕府に叛旗を翻し、享徳の乱を起こしていた。義政は成氏を討伐するため、長禄元年（1457年）7月に異母兄の足利政知を新たな鎌倉公方と定めた「足利政知」『朝日日本歴史人物事典』。
長禄2年（1458年）5月25日（6月8日とも）、政知は幕府から「天子御旗」を渡され、関東へ下向した。だが、成氏の力が強大なため、政知は鎌倉へ下向できず、 伊豆国堀越に留まった（後の堀越公方）。
義政は斯波義敏を中心とする成氏追討軍を派遣しようとしたが、義敏が執事の甲斐常治と争いを起こし、関東に赴かなかった（長禄合戦）。そのため、義政は義敏を更迭し、息子の松王丸（義寛）を斯波氏当主に替えた。
寛正2年（1461年）、義政は斯波氏の家督を松王丸から、政知の執事である渋川義鏡の子・斯波義廉に替え、堀越府の軍事力強化を企図した。しかし、義鏡が扇谷上杉氏の上杉持朝と対立し、やがて失脚したため、義政は斯波義敏の復権を画策した。
足利義政と政所執事
畠山氏や斯波氏の他にも、富樫氏、小笠原氏、六角氏でもお家騒動が起こっている。幕府はこれらの調停も行ったが、対応が首尾一貫せず、守護家に分裂の火種を残した。この政策は、室町幕府政所執事であり、義政側近の伊勢貞親が、将軍権力の向上を企図して主導したものであった。
さらに、寛正4年（1463年）8月、義政の母である日野重子が没すると、大赦が行われ、畠山義就、武衛騒動で失脚した斯波義敏ら多数の者が赦免された。この前後の一貫性のない幕府の対応を興福寺別当の尋尊は「公武御成敗諸事正体無し」と批判している。しかし、この大赦には、斯波義敏の妾と伊勢貞親の妾が姉妹であることや、細川勝元への牽制などの動機があった。
ところが、この伊勢貞親の政策の裏では、中央から遠ざかっていた山名宗全が斯波義廉に接近し、畠山義就、伊予国や安芸国で細川勝元と対立する大内政弘とも提携、反勢力の中核となっていった。
嘉吉の乱鎮圧に功労のあった宗全は、その主謀者である赤松氏の再興に反対していた。だが、長禄2年（1458年）に勝元が宗全の勢力削減のため、長禄の変で赤松氏遺臣が功績を立てたことを根拠として、赤松氏の再興を許し、赤松政則を加賀守護職に取り立てた。そのため、勝元と宗全の両者は激しく対立した。
足利義視の還俗と足利義尚の誕生
寛正5年（1464年）、足利義政は29歳になったが、自身の男子が早世するなどしたため、生存している足利宗家の男子は3名のみと、その断絶が危惧される情勢にあった。そのため、義政は弟の義尋を還俗させ、自身の後継者とすることにした。義尋は再三固辞したものの、義政が「自身に男子が出来ても幼少のうちに僧侶とし、神仏に誓って将軍職を譲る」と誓紙を出し、さらには細川勝元をその証人として立てたため、これに応じた。
11月26日、義尋は還俗し、名を足利義視と改めると、今出川邸に移った。間もなく、義視は日野家から日野良子を迎え、正室とした。良子は義政の正室である日野富子の妹であり、この縁組は義政と富子のとりもちによるものであった。
寛正6年（1465年）11月23日、義政と富子との間に、足利義尚（後に義煕と改名）が誕生した。義尚は伊勢貞親の邸で養育されるなど、出生当時から「世嗣」として扱われていた。
他方、義視は義尚の誕生以降も、義政の後継者としての待遇を変らずに受け、順調に官位の昇進を続けている。そのため、義視は義政から将軍職を譲られることを前提に、20歳以上離れた義尚が将軍となるまでの「中継ぎ」として扱われていたと考えられる。
文正元年（1466年）7月30日、義視と良子との間に、足利義材（後に義稙と改名）が誕生した。義材は義政の甥であると同時に富子の甥でもあり、義尚に万が一のことがあれば、代わりの後継者となり得る存在であった。
富子の依頼により、山名宗全が義尚の後見人とされたという『応仁記』一巻本・三巻本の記述が従来の通説であったが、近年では反証もあげられている。実際に義尚の後見人であったのは「御父」とされた義政側近の伊勢貞親であり、むしろ宗全は赤松政則を支援する義政側近と敵対していたため、義政の早期隠退と義視の将軍就任を望む立場であった。また、『大乗院寺社雑事記』には、義視と宗全が共同して義就を支援していた記述が見られる。
さらに、細川・山名の両氏が対立関係となるのは、寛正6年（1465年）から文明6年（1474年）までであり、勝元と宗全の対立を乱の原因とする理解は、『応仁記』一巻本・三巻本の叙述によるものであるとの見解も提起されている家永遵嗣『室町幕府将軍権力の研究』（東京大学日本史学研究室、1995年）家永遵嗣「軍記『応仁記』と応仁の乱」（学習院大学文学部史学科編『歴史遊学―史料を読む―』山川出版社、2001年）家永遵嗣「再論・軍記『応仁記』と応仁の乱」（学習院大学文学部史学科編『〔増補〕歴史遊学』山川出版社、2011年）。
文正の政変 thumb|200px|山名宗全 文正元年（1466年）7月23日、足利義政は側近の伊勢貞親・季瓊真蘂らの進言で斯波氏宗家・武衛家の家督を突然、斯波義廉から取り上げ、斯波義敏に与えた。さらに、8月25日に義政は越前・尾張・遠江守護職を義敏に与え、義廉を討つよう命じている。
しかし、勝元は義廉の討伐を拒否し、宗全も義廉について戦うと表明した。貞親ら側近衆は守護大名の抵抗により、窮地に追い込まれた。
9月5日、伊勢貞親が義政に義視の誅殺を訴える事件が発生した。貞親のこの動きは、義視が義廉に近かったことのみならず、義視の将軍職襲職を阻止する意図があったとされる。義尚の養育を任された貞親は、義視を中継ぎとすることを快く思っておらず、義政から義尚への継承を願っていたとみられる。
義政も貞親の讒言を信じ、同日の夜に義視を捕らえて誅殺しようとした 。だが、義視は夜陰に紛れて居館の今出川殿を脱出し、勝元の屋敷に入り、自身の無実を訴えた。次いで、9月6日朝には宗全の屋敷に入り、同様に自身の無実を訴えた。
そして、勝元と宗全は協力して、義政に義視の無実や貞親の排除を訴えた。これを受けて、義政は貞親を切腹させるよう命じた。貞親は京都から逃亡し、季瓊真蘂、斯波義敏、赤松政則も失脚した。
この文正の政変により、有力な側近を失った義政の影響力は著しく低下し、その政治的立場を大きく後退させた。また、14日に斯波氏の家督は斯波義廉に戻された。
経過 高まる緊張・両畠山氏による前哨戦
文正元年（1466年）12月、畠山義就が大軍を率いて上洛し、千本地蔵院（京都市北区）に陣取った。寛正元年の追放以来、6年ぶりの上洛であった。
これまで連携していた細川勝元と山名宗全であったが、畠山氏の継承問題を巡っては立場を異にしていたため、両畠山の抗争が再び中央に持ち込まれ、緊張が高まると対立するようになる。ただし、宗全の斯波氏や畠山氏の継承問題への介入は、あくまでも赤松政則とその支持勢力に対する牽制であり、そこから長く連携を続けてきた勝元との決別にまで発展させることには、嫡男の教豊を含めた山名氏一門・被官の間でも不満があったとする指摘もある/所収:。
文正2年（1467年）1月2日、義政は正月の恒例である春日万里小路の畠山邸（政長側）への御成を取り止めて、室町第に義就を招いた。さらに追い討ちをかけるように、5日には義政は義視と共に山名邸の酒宴に出席して、義就・宗全側を支持する姿勢を示した。
1月6日、義政は政長の管領職を罷免し、畠山邸を義就へ明け渡すよう命じた。これに対して、勝元は室町第を包囲して将軍から義就追討令を得ようと企図したが、勝元夫人（宗全の娘）が事前に宗全に情報を漏らしたため、宗全・義就・斯波義廉（管領）が先手を打って室町第を占拠し、勝元側は御所巻に失敗した。
1月18日、政長は自邸に火を放って、上御霊神社（京都市上京区）に陣を敷き、抗戦の構えを見せた。義就は天皇や上皇らも室町第に避難させて、将軍とともに抱え込んだ。他方、勝元・政長・京極持清の兵がこれを御所巻にした。
ここに至って、義政は畠山氏の私闘への関与を禁じたが、宗全や山名政豊（宗全の孫）・斯波義廉・朝倉孝景（斯波氏宿老）らはこれに取り合わず、義就に加勢した。義政の命に従って政長への加勢を止めた勝元は、「弓矢の道」に背くものとして非難を受けた。
義就側は釈迦堂から出兵して御霊社の政長軍を攻撃した（御霊合戦）。戦いは夕刻まで続いたが、政長は夜半に社に火をかけて自害を装い逃走した。勝元邸に匿われたといわれる。
義政の中立は将軍家近臣である奉公衆の主張によるもので、彼の本意であるかの確証はなく、合戦終結前に政長に対する治罰の院宣が出されていることや、政豊や義廉らが処分を受けた形跡がないことから、この時点の義政は宗全との連携に傾いていた可能性もある。
大乱前夜
山名宗全らが室町第を占拠したことにより、幕府中枢から排除された格好となった細川勝元は御霊合戦の後も没落せず、なお京都に留まり続けていた。山名方は斯波義廉（管領）の管領下知状により指令を行っていたが、勝元も代々管領職を務める細川京兆家当主の立場で、独自に（管領の職務である）軍勢催促状や感状の発給、軍忠状の加判などを自派の大名や国人に行った。そして、四国など細川氏一族の分国からも兵を京都へ集結させるなどしたため、緊迫した状態が続いた。
応仁元年（1467年）4月、細川方の兵が山名方の年貢米を略奪する事件が相次いで起き、足利義視が調停を試みている。また、細川方の兵は宇治や淀など各地の橋を焼き、4門を固めた。
5月20日、宗全は評定を開き、五辻通大宮東に本陣を置いた。両軍の位置関係から細川方を「東軍」、山名方を「西軍」と呼ぶ。『応仁記』によれば東軍が16万、西軍が11万以上の兵力だったというが、これは誇張と考えられる。
京都に集結した諸将は北陸、信越、東海と九州の筑前、豊後、豊前が大半であった。守護分国の分布では、東軍が細川氏一族の畿内と四国に加えその近隣地域の自派の守護、西軍は山名氏の他に細川派の台頭に警戒感を強める周辺地域の勢力が参加していた。
当初の東軍の主力は細川氏・畠山政長・京極持清・武田信賢に文正の政変で失脚した赤松政則・斯波義敏を加えた顔ぶれで、西軍の主力は山名氏・斯波義廉（管領）・畠山義就・一色義直・土岐成頼・大内政弘であった。
開戦と東軍の足利義視推戴
応仁元年（1467年）5月、東軍は赤松氏（かつての播磨守護）一門の赤松政則が、山名氏分国の播磨国に侵攻し奪還した。また、武田信賢・細川成之らが若狭国の一色氏の領地へ、斯波義敏が越前国へ侵攻した。美濃土岐氏一門の世保政康も旧領であった一色氏の伊勢国を攻撃している。
そして、5月26日に京都での戦いが始まる（上京の戦い）。夜明け前、東軍は成身院光宣（興福寺衆徒）が室町第西隣の一色義直邸に近い正実坊を、武田信賢が実相院を占拠した宮本義己『応仁の乱に生きる』下（日本放送出版協会、1994年）。武田信賢・細川成之の軍が続いて一色邸を襲撃し、義直は直前に脱出したものの屋敷は焼き払われた。
細川勝元は戦火から保護するという名目で室町第を押さえて将軍らを確保し、自邸（今出川邸）に本陣を置いた。勝元は匿っていた畠山政長を含む自派の諸将兵に応じるよう呼びかけた。また、西軍についた幕府奉行衆の責任を追及し、6月11日には恩賞方を管轄していた飯尾為数が殺され、8月には伊勢貞藤（貞親の弟）が追放された。
京都で開戦した26日、西軍は斯波義廉（管領）配下の朝倉・甲斐氏の兵が山名宗全邸南側の細川勝久邸を攻めて細川勢と激戦を展開し、東から援軍に来た京極持清を返り討ちにした。東軍の赤松政則は南下して正親町を通り、猪熊に攻め上って斯波勢を退け、細川勝久はこの隙を見て東の細川成之邸に逃げ込んだ。西軍は勝久邸を焼き払い、さらに成之邸に攻め寄せ雲の寺、百万遍の仏殿・革堂にも火を放ち成之邸を攻撃したが東軍の抵抗で勝敗は決せず、翌日両軍は引き上げた。この合戦による火災のため、京都は北の船岡山から南の二条通りまでの一帯が延焼した。
28日、義政は両軍に和睦を命じ、勝元の行動を非難しながら、義就には河内下向を指示した。また、伊勢貞親に軍を率いて上洛させるなど、乱の収束と復権に向けた動きを取っていた。
ところが、6月3日に勝元の要請によって将軍の牙旗が東軍に下され、足利義視が総大将に推戴されたことで、戦乱は拡大する方向に向かっていった。東軍は軍事行動を再開し、6月8日には赤松政則が一条大宮で山名教之を破った。さらに、義政が降伏を勧告すると斯波義廉ら西軍諸将は動揺して自邸に引きこもったが『私要鈔』同年六月九日条、東軍は義廉邸も攻撃した。
京都は再び兵火に巻き込まれ、南北は二条から御霊の辻まで、東西は大舎人町から室町までが炎上した。義廉・六角高頼・土岐成頼はいったんは降伏の意向を示したが、東軍に激しく抗戦する朝倉孝景（斯波氏宿老）の首級を条件とされたため断念した『雑事記』同年六月十三日条。
大内政弘の入京と足利義視の出奔 応仁元年6月14日、古市胤栄が、次いで19日に越智家栄が西軍の求めに応じ、それぞれ大和国から上洛した。また、19日には紀伊国の畠山政国も上洛するなど、西軍のもとに援軍が到着し始めた。
7月20日、大内政弘が周防・長門の両国のほか、筑前・筑後・豊前・安芸・石見、さらには伊予国の河野通春からなる8か国の軍勢数万、兵船500～600艘を率い、摂津兵庫に上陸した。
京都での戦況は膠着状態だったが、勝元は大内勢の上洛よりも先に西軍に勝利する必要性を感じ、7月24日に総攻撃を命じた。だが、西軍は大内勢の入京まで持ちこたえるべく、必死に応戦したため、東軍の総攻撃は失敗した。
8月23日、大内政弘が軍勢を率いて入京し、東寺に陣取った。これにより、西軍はその勢いを回復した。
同日、勝元は細川教春らを御所に遣わし、後土御門天皇と後花園上皇に遷幸を奏請した。これを受け、天皇と上皇が三種の神器を奉じ、室町第に遷幸した。以後、天皇と上皇は室町第を仮住まいとし、義政らと居を共にすることになった。
だが、同日に足利義視が京都から出奔し、北畠教具を頼って伊勢国に逃亡した。義視の出奔理由は定かではないが、西軍の優勢を見て身の危険を感じたとも、山名宗全らとかねてから親しかったことで西軍への内応を疑われたためともされる。
8月24日、大内政弘は東寺から船岡山に陣替えした。
激化する戦乱
応仁元年9月1日、等持寺に攻めかかった武田勢を畠山義就・朝倉孝景が追い払い、武田勢が逃げ込んだ三宝院に火を放った。
9月6日、義政は義就に対し、河内下向を再度命じたが、義就は従わずに戦いを続けた。
9月13日、畠山義就が内裏と仙洞御所に陣取った。その後、葉室教忠や阿野季遠ら西軍方の公家衆が番衆として置かれた。
9月18日、京都郊外の南禅寺山で、東西両軍の戦いが起こった（東岩倉の戦い）。この戦いにより、南禅寺上生院が炎上した。
10月3日、東西両軍による相国寺での戦いは激戦となり、両軍に多くの死傷者を出した（相国寺の戦い）。だが、両軍の勝敗を決するには至らなかった。しかし、焼亡した相国寺跡には斯波義廉が陣取り、また義就は宗全邸の西に進出し、東軍は劣勢に立たされた。
10月3日、後花園法皇が興福寺に山名宗全の追討を命じる治罰の院宣を発している。また、義政も興福寺に御内書を下し、味方になるよう伝えている。
10月5日、山名宗全・畠山義就・斯波義廉は興福寺と東大寺に連署書状を発給し、領地の寄進をするので西軍に味方するよう伝えている。
応仁2年（1468年）3月17日、大内政弘と東軍の毛利豊元・小早川煕平が、北大路烏丸で交戦した。
3月21日、東軍の足軽大将である骨皮道賢が、山名氏ら西軍の諸大名らの攻撃によって討死し、稲荷社が全焼した。この骨皮道賢は勝元に抜擢された人物で、稲荷山の稲荷社に陣を張り、西軍の補給路を断つなど撹乱攻撃を繰り返していた。
5月2日、細川成之が斯波義廉邸を攻めたり、5月8日に勝元が宗全の陣を、8月1日には勝元の兵が相国寺跡の義就の陣を攻めていたが、戦闘は次第に洛外に移り、山科、鳥羽、嵯峨で両軍が交戦した。
西軍による古河公方接触・斯波義廉の管領解任
管領の斯波義廉は西軍に属したものの、義政から直ちに解任されなかった。また、将軍が主宰する御前沙汰なども、管領不在のまま行われていた木下昌規「応仁・文明の乱期室町幕府の政務体制における一考察」（『大正大学大学院研究論集』33号、2009年/改題所収:「応仁・文明の乱期における室町幕府と日野勝光」木下『戦国期足利将軍家の権力構造』岩田書院、2014年 ISBN 978-4-87294-875-2）。
だが、応仁2年（1468年）、義廉は幕府と敵対していた古河公方の足利成氏に和睦を提案し、山名宗全と畠山義就の連名の書状を送った。この理由については、義廉は幕府の関東政策の一環として斯波氏の当主に据えられたため、成氏と幕府の和睦という成果を挙げて、家督と管領職の確保を狙ったと推定される。義廉の書状が出された月は2月から3月と推定され、相国寺の戦いの後に西軍有利の状況で義廉が動いたとされる。
4月、成氏が義廉から返事を受けた。その内容は、成氏が申請した和睦に関して、義廉や山名宗全、畠山義就が了承したというものであった。成氏はそれまでの間、「都鄙和睦」について何度か申請していたとされる。なお、西軍に成氏討伐を命じた人物がいないことから、これは和睦ではなく、軍事同盟であったとする見方もある。
しかし、義政は独断で成氏と和睦を図った義廉を許さず、7月10日に義廉を管領から解任して、勝元を管領に任命した。また、義廉の斯波氏家督と3ヶ国守護職も取り上げられ、松王丸に替えられた。
足利義視の西軍入り・幕府の東西分裂
応仁2年（1468年）9月22日、しばらく伊勢国に滞在していた足利義視は、足利義政や細川勝元らの説得に応じて京都に戻り、東軍に帰陣した。帰京した義視は義政に対し、義政側近の公家である日野勝光（富子の兄）の排斥を訴えたが受け入れられず、逆に義政の怒りを買った。
閏10月16日、義政は文正の政変で義視と対立した伊勢貞親を政務に復帰させ、11月10日には義視と親しい有馬元家を殺害するなど、義視に対して報復を行った。勝元も義政の意向を汲んだのか、義視に味方せず、かえって出家をすすめた。そのため、義視は東軍内で孤立を深める形となった。
こうして、11月13日に義視は京都から再度出奔して、比叡山延暦寺に逃れた。義視が出奔した直接の原因は、日野勝光・富子兄妹にあったとされ、自身の命の危機を実感したからとみられる。
西軍は将軍である義政を擁する東軍に対し、その正統性を主張できずにいたため、山名宗全が比叡山に使者を出して、11月23日に義視を斯波義廉の邸宅（陣）迎え入れた。そして、大内政弘ら西軍諸将は義視の西軍入りを喜び、義視のことを将軍として奉じた。
義政はこれに激怒し、12月5日に義視から正二位・権大納言の官位を剥奪させたほか、後花園法皇に追討を命じる治罰の院宣まで出させ、義視を朝敵として扱った。また、同日に正親町三条公躬（公治）や阿野季遠、阿野公煕、葉室教忠、清水谷実久、橋本公国、西川房任、河鰭公益といった公家も、官位を剥奪された。彼らは、日野勝光・富子兄姉の属する日野家と対立関係にあった三条家の一族や縁者が多く、義視を支持していた公家達であった。
ここに、義政を戴く「東幕府」（室町幕府）と、義視を擁する「西幕府」が対峙する事態となった。
西幕府は将軍（義視）・管領（義廉）を有し、正親町三条公躬や葉室教忠ら公家も義視に祗候したことで、その体裁を整えていった。以降、西幕府では有力守護による合議制の下、義視が発給する御内書によって命令が行われ、独自に官位の授与も行うようになった。
東幕府では一方、日野勝光や伊勢貞親ら義政側近の勢力が拡大し、文正の政変以前の状態に戻りつつあった。勝元には義視をあえて西軍に送り込むことで、親宗全派であった富子を幕府内で孤立させる目論見があったとも推測されている。以降、勝元は西軍との戦いをほとんど行わず、対大内氏との戦闘に傾注していった。
大内軍の山城制圧と戦線の膠着 大内政弘の圧倒的な軍事力によって、山城国は西軍に制圧されつつあり（西岡の戦い）、京都内での戦闘は散発的なものとなって、戦場は摂津・丹波・山城に移っていった。そのため、東軍は反大内氏の活動を活発化させた。
文明元年（1469年）には、九州の大友親繁・少弐頼忠が教幸（政弘の叔父）を擁して西軍方の大内領に侵攻、文明2年（1470年）2月には教幸自身が反乱を起こしている。しかし、いずれも留守居の陶弘護に撃退されたために政弘は軍を引くことなく、7月頃までには山城の大半が西軍の制圧下となった。
これ以降、東西両軍の戦いは膠着状態に陥った。長引く戦乱と盗賊の跋扈によって、何度も放火された京都の市街地は焼け野原と化し、荒廃した。