長崎自動車株式会社（ながさきじどうしゃ、）は、長崎県長崎市に本社を置く日本のバス事業者。通称は長崎バス（ながさきバス）、または長バス。長崎市を中心に路線バスを運行する。
長崎県西海市は一部を除き子会社のさいかい交通が、貸切バスは子会社の長崎バス観光が運行している。
沿革 草創期 - 戦時中 長崎自動車は、長崎市内で競合していた小規模なバス事業者を統合して誕生したバス事業者である。大正末期から昭和初期にかけて多数の個人事業者が弱小資本で路線バス事業者を乱立する傾向が全国で見られ、1933年（昭和8年）時点で全国のバス事業者数4,311社、1業者あたりの平均営業キロ数30.1キロ、平均保有台数5台という状況であった。
1936年（昭和11年）、雲仙地区で雲仙小浜自動車を運営していた鹿児島出身の豪商・上野喜左衛門は、長崎市で乱立されていたバス事業に目を付け、長崎市内で競合していた崎陽（きよう）自動車商会、金子自動車商会を買収・合併して茂木乗合自動車を設立した。その後、上野のバス会社は長崎自動車と名を変え、乱立された長崎県西部 - 南部の小規模事業者6社を1940年（昭和15年）から1944年（昭和19年）の間に買収・統合して規模を拡大した。第二次世界大戦末期までに主な事業者の統合が終わり、終戦の頃には長崎市から長崎半島と西彼杵半島に渡る路線権を持つ、規模の大きな事業者となっていた。
1944年（昭和19年）に政府鉄道省から「バス事業の統合による総力の集結を求める通達」が出され、長崎県内では他にもバス事業者の統合が行われているが、長崎自動車は政府の通達よりも前に買収・合併を済ませていた。
しかし、路線を拡大した頃に戦争が激化し、タイヤなどの資材やバスを運行するための人員を軍に取られたため、1944年（昭和19年）に一部路線の運休申請が行われた。
戦後復興期 - 1970年代 長崎市は原子爆弾の投下により多大なる被害を受けたが、数台の車両がほぼ無事であった。原爆投下直後からしばらく、難を逃れた車両は食糧輸送や救援のために被爆直後の長崎市内を走り回った。
その後、老朽車両の使えそうな部品を寄せ集めて組み直して代燃車を6台整備し、1945年（昭和20年）10月より運行を再開した。さらに1947年（昭和22年）末までにはシボレー、フォード、トヨタ、日産の代燃車18台を確保して運行が行われ、運行状態は平常近くまで復旧した。その後、国産バスの生産体制が軌道に乗ったことから1948年（昭和23年）8月にガソリン車やディーゼル車などを購入、1952年（昭和27年）には国の燃料統制が廃止されて燃料不足の問題も解消した。新型車への切り替えにより、代燃車は1952年（昭和27年）末までに全廃された。また、1944年（昭和19年）に運休を申請していた路線の一部は悪路や資材不足のため代燃車が運行できず引き続き運休していたが、1954年（昭和29年）までに全ての路線で運行を再開した。
戦後復興期の頃は、茂木線を茂木営業所、時津線を時津営業所、その他の市内線や西彼杵半島、長崎半島の路線を大波止営業所の管轄としていた。しかし事業拡大に伴い路線数が増大し、大波止営業所の運行管理が煩雑化したため、市内や郊外の各地に設置した営業所への機能分散を行うこととした。1956年（昭和31年）に飽の浦営業所、戸町営業所、瀬戸営業所、1957年（昭和32年）に田上営業所、崎戸営業所と、2年で5営業所が開設された。
1950年代後半（昭和30年代）からは、車両に対して先端技術の積極的な導入を行うようになった。1957年（昭和32年）9月には全国2例目となる自動扉を取り付けた車両を導入した。自動扉付きの新型車両では扉位置が変更され、従来は前乗り前降りとなっていたものを中乗り中降り方式に変更した。1959年（昭和34年）6月29日には九州初となる完全冷房バスを導入し、1982年（昭和57年）7月には全国で最も早く全車冷房化を完了している。長崎バスが冷房化率100%を達成した時点で全国のバス事業者の冷房化率は30%未満であったとされる。
1980年代 - 1990年代 1987年には、本社ターミナルの老朽化した発車案内設備を交換する際、全自動化されたシステムへの交換が行われた。新しいシステムは沖電気工業と長崎バスが共同開発したもので、行き先や発車時刻、発車合図や遅延案内が全て自動化された。完全に自動化されたシステムの導入事例は長崎新地ターミナルの設備が全国初の事例となる。
運賃箱は1990年より全国に先駆けて自動精算式の運賃箱を採用している。バーコード式整理券、硬貨、共通回数券を感知し、機械によって自動で清算を行うシステムである。この新型運賃箱は順次各営業所で採用され。翌1991年1月末までに全車で取り付けが完了した。
この際に導入された運賃箱は磁気式バスカードにも対応しており、整理券にバーコードが印刷され、運賃精算の際にはバーコードで運賃を読み取り、読み取られた運賃をバスカードから差し引く方式であった。バスカードは1,000円券（利用額1,100円）、2,000円券（同2,200円）、3,000円券（同3,300円）、5,000円券（同5,500円）の4種類が存在した。
1990年のバスカード導入にあたっては、運輸省から「昭和63年度バス交通活性化補助」が交付されていた。バスカード導入で補助対象になったのは日本で初めてである。なおこの年度には、神奈川中央交通の「神奈中バスカード」システム導入も補助対象となり、1988年にバスカードを導入している。
2000年代 - 2010年代 2002年より長崎スマートカードの運賃精算システムを他の県内4社局と共に導入。これに伴い、旧システムで対応していた磁気式バスカードは使用できなくなった日本初の共通ICバスカード、H14.1.21から発車！！ 長崎自動車公式サイト（インターネットアーカイブ）。長崎自動車ではこれを「日本初の共通ICバスカード」としている。
2001年よりLED式行先表示器の導入を開始。現在はさいかい交通の一部のバスを除く大型バス・中型バスの全車に搭載されている。
2000年代には、事業所の再編が2度実施された。2002年には常盤町営業所を廃止してバスターミナルを併設した桜の里営業所を新設、2006年9月1日には茂里町営業所、稲佐橋営業所を廃止し、柳営業所とダイヤランド営業所を新設した。茂里町営業所の跡地には、2008年にバスターミナル併設型の大型商業施設「みらい長崎ココウォーク」をオープンさせた。
2011年からは液晶式の運賃表表示器を導入。液晶運賃表はモニターに運賃表を表示するもので、表示項目数の多寡に合わせて画面内に表示するマス目の数や大きさを変更することができる。整理券番号が12以下なら縦2マス横6マスだが、12を超すと縦3マス横8マス、24を超すと縦4マス横10マス、40を超すと縦5マス横12マスと数が増えていく。
2013年頃からはドライブレコーダーの設置も進められているほか、長崎スマートカードのシステム改良なども中期経営計画として発表された長崎バス中期経営計画 01-品質向上、02-事業拡大のページ、2019年3月からは新型運賃箱も段階的に導入されている。
システム老朽化に伴う長崎スマートカードの運用終了を控え、2018年7月2日に株式会社エヌタスを設立、2019年より「エヌタスTカード」を導入して長崎スマートカードから移行した。
2020年代 - 現在 2020年には長崎自動車とさいかい交通で、交通系ICカード全国相互利用サービス対象のICカード利用が開始された。また同年には新地ターミナルの発車案内設備の交換を行い、ココウォークと同型のものになった。
2021年、長崎県交通局と競合していた路線を一元化する協議（長崎市域乗合バス事業共同経営計画）が行われた。
2022年、4月より滑石線を長崎自動車（長崎バス）、東長崎線を長崎県交通局（県営バス）に一元化して該当路線の運行本数を調整する共同経営体制が始まった。更に10月にもダイヤ改正を行い、バス路線の再編に伴い長崎バスが東長崎地区から撤退するため東長崎営業所は閉所され、施設はバス待合所へ転用されたのち、2023年より長崎県交通局の営業所として運用されている。また一部路線は長崎市コミュニティバスに転換した上で県営バスが運行を引き継ぐことになった。
2024年、4月1日にダイヤ改正で大規模な路線の削減が行われた。日常的に利用者が極めて少なかった長崎半島を走る岬木場線や式見桜の里線、無線中継所線、七工区線、ミニバス路線など16路線（区間）23.41キロを廃止し、他の路線でも最終便の繰り上げや減便が行われた。また、長崎市域乗合バス事業共同経営計画＜令和６年４月改訂版＞に基づき、本原線・立山（目覚町）線を県営バスへ、矢の平線・立神（昼間のみ）線を長崎バスへ一元化した。さらに、バス停名称の変更や行先表示の変更、経由番号の変更を行った。また10月にもダイヤ改正を行い、西海市地域公共交通の再編にかかる実施方針に基づき、亀浦線・宮浦線・下岳線の3路線（区間）11.5キロが廃止された。長崎スタジアムシティ開業に先立ち、銭座町と幸町の停留所名が変更された。
2026年、1月に慢性的かつ深刻な運転士不足により、従来の運行便数を維持するために必要な運転士を確保できていないことから、1月31日～3月31日の間減便ダイヤで運行されることとなった。平日は一部路線を減便・土曜ダイヤは日祝ダイヤで運行・ミニバスみかんの土日祝日運休・観光ルートバス運休（こちらは1月17日～運休）の措置がなされた。 また、3月9日に長崎空港線・ながさき観光ルートバスでクレジットカードのタッチ決済乗車サービスの開始が告知され、長崎空港線（県営バス運行便も含む）では3月23日から、ながさき観光ルートバスでは4月4日から利用ができるようになった。4月1日にダイヤ改正を行い、長崎市域乗合バス事業共同経営計画に基づき運行していたまちなか周遊バスの運行を終了し、一般路線も全体的に削減された。
4月28日に創立90周年を迎えるにあたり、長崎バス90周年特別サイトが公開される。また、90周年企画として「ハウステンボスのミッフィーデザイン」をしたながさき観光ルートバスを運行開始。運行に使用する5台のうち1台をバッテリーに蓄えた電気エネルギーで走るEVバス（いすゞ エルガEV）として長崎で初導入。
年表 1936年（昭和11年） 4月28日 - 上野喜左衛門の出資により長崎・茂木乗合自動車株式会社が設立される。 本坊豊吉ら7名が発起し、崎陽自動車商会と金子自動車商会を買収して創立。（資本金3万円） 8月15日 - タクシー部を設立することに伴い社名を長崎自動車株式会社（現在名）に改称。（資本金7万5,000円） 運行当初の路線は、鍛冶屋町から茂木町本郷までの8.1km。 車両は1929年式フォード幌型6人乗り乗用車6台を使用。従業員数は20名。 10月 - タクシー部を創設（タクシー20台）。 1938年（昭和13年）1月26日 - 本社（鍛冶屋町）とタクシー部（大浦八坂町）を、元船町（大波止営業所、現在の大波止バス停前付近ゼンリンの住宅地図 昭和36年版）に移転。 1941年（昭和16年）1月 - タクシー部を、新設の日の丸自動車株式会社に譲渡し、バス事業一本で新発足。 前年1940年（昭和15年）末頃、長崎市内にタクシー業者が乱立したため、経営が苦しくなり、戦時統合の行政指導に従ったもの。 1944年（昭和19年） - 戦時体制でタイヤなどの資材確保が難しくなり、社員の徴用で輸送人員も確保できなくなったため、一部路線運休の申請が行われる。 1945年（昭和20年） 8月9日 - 長崎市に原爆が投下され、大きな被害を受ける。 10月 - 焼失車両の中から6両の代燃車を復旧整備して営業を再開。 1947年（昭和22年） 9月1日 時津村（現・時津町）にて、エンジンが停止し、ブレーキも効かなくなった木炭バスが崖から転落しそうになったため、車掌であった鬼塚道夫が自らバスの下敷きとなり、運転手・乗客全員を救ったが、鬼塚は殉職した（21歳）。現在は「打坂の地蔵」として祀られている打坂地蔵尊 | 長崎バス。 12月 - 代燃車18台体制となり、認可路線の運行状態が平常に近い状態まで回復する。 1950年（昭和25年） 1月16日 - 県営バスとの間で稲佐橋〜大橋間の相互乗り入れ協定を締結。 9月25日 - 松が枝から岩川町へ整備工場を移転する。 1952年（昭和27年） - ガソリン車・ディーゼル車を購入して台数を確保したことや、国の石油統制撤廃に伴う燃料入手の自由化に伴い、代燃車が不要となり完全に廃止される。 1955年（昭和30年）10月5日 - 茂里町整備工場（面積4,800m2）が完成し、岩川町から移転。 1957年（昭和32年） 4月20日 - 福田子供遊園地の開園式を挙行。 9月 - 日本で二例目となる自動ドア（引戸式自動扉）バスを20台導入。 1959年（昭和34年）6月29日 - 九州で初めて完全冷房バスを導入。 1961年（昭和36年） 5月4日 - 福田遊園地前発大波止行き路線バスが飽の浦付近で大雨による転落事故。死者2名。負傷者41名。 10月1日 - 夜間観光バスの運行を開始。 1962年（昭和37年）10月1日 - 茂里町の本社構内に茂里町営業所を新設。野母半島方面行き路線が発着する長崎市初のバスターミナルとなる。 1966年（昭和41年）10月22日 - 本社を茂里町から、新地町に新築したターミナルに移転し、大波止営業所を廃止。 1968年（昭和43年） - バスのワンマン化が行われる。 1971年（昭和46年）3月1日 長崎電気軌道のバス部門（電鉄バス）を譲受。 1982年（昭和57年） 7月 - 全国で最も早く、全車の冷房化を完了する。 7月23日 - 長崎市大水害発生。茂里町の整備工場が冠水し、全在籍車の約半数（305台）が被害を受ける。死者なし、負傷者4名。 1987年（昭和62年）10月1日 子会社として大崎自動車を新設し、大島出張所のバス事業を同社に譲渡。対象は大島町・崎戸町内（いずれも現・西海市）の各路線。 1990年（平成2年） 自動読み取り式運賃箱を順次各営業所へ採用。翌年1月末までに全車取り付け完了。 1998年（平成10年） 1月22日 - 長崎市福田本町にてバスジャック事件発生。乗客2名と運転手が人質となったが2時間後に犯人は確保され、人質も救出された。 初の女性運転士が登場。 2002年（平成14年） バスターミナル併設型の事業拠点となる桜の里営業所を新設する。 1月21日 - 神の島営業所で新しいタイプの運賃箱と共に長崎スマートカード導入・運用開始。（その後3年かけて全営業所で導入・運用開始） 2003年（平成15年）10月1日 - 子会社さいかい交通を新設し、瀬戸営業所のバス事業を同社に譲渡。対象は大瀬戸町・西彼町・西海町内（いずれも現・西海市）の各路線。 2004年（平成16年） 7月2日 - 子会社として長崎バス観光を新設し、貸切バス事業を同社へ譲渡。 10月1日 - さいかい交通が大崎自動車を吸収合併。 2005年（平成17年） - 社章がリニューアルされる。 2006年（平成18年） - 女性運転士の制服をリニューアル。また8月に営業所を再編、稲佐橋営業所・茂里町営業所を廃止して柳営業所・ダイヤランド営業所を新設。 2007年（平成19年） - 原油価格の高騰に伴い、燃料節約を目的にデジタルタコグラフが導入される。 2008年（平成20年）10月1日 - バスターミナル併設型大型商業施設「みらい長崎ココウォーク」を廃止した茂里町営業所の跡地に新設。 2014年（平成26年）4月1日 - 東長崎営業所を開設し、東長崎地区に本格参入東長崎地域におけるバス運行ついて。 2015年（平成27年） 4月6日 - 時津営業所を時津町日並郷に移転し、時津北部ターミナルとする平成27年度ダイヤ改正について。 10月1日 - 長崎バスおよびさいかい交通で乗合バスの運賃改定が行われる乗合バスの運賃改定実施について 長崎自動車株式会社乗合バスの運賃改定実施について さいかい交通株式会社。 2016年（平成28年） 1月1日 - 創立80周年を記念して運転者募集のテレビCMを開始。主演・監督は俳優の役所広司主演・監督：役所広司 「長崎バス」創立80周年・運転者募集CMが完成@CMJapan 2016年1月6日 2016年2月10日閲覧長崎バス 80周年CMスペシャルサイト長崎自動車HP 2016年2月10日閲覧。 12月7日 - 日野・ブルーリボンのハイブリッド車両を初導入【長崎バス】路線バスに新型ハイブリッド車両を初導入。 2017年（平成29年） 4月1日 - 運転者の制服をリニューアル。役所広司の出演したCMで先行使用された制服が、現場でも使用されるようになる【長崎バス】運転者の制服がリニューアルされました！。 11月13日 - 地域経済活性化支援機構の支援の下、島原鉄道を子会社化して経営再建を実施することを発表官民ファンドが長崎県の島原鉄道を支援…長崎自動車の傘下へresponse.jp 2017年11月14日 2017年11月19日閲覧。 2018年（平成30年） 11月30日 - この日を以って長崎 - 名古屋間を結んでいた夜間高速バス「グラバー号」廃止と同時に、長崎 - 大阪・京都間を結んでいた「オランダ号」の運行からも撤退。これにより、長崎県の事業者が運行していた本州方面夜間高速バスは全て姿を消す。 12月1日 - 長崎バスおよびさいかい交通で乗合バスの実施運賃の改定が行われる。 2019年（平成31年・令和元年） 9月16日 - 前日をもって長崎スマートカードの新規発行を終了、当日よりエヌタスTカードを運用開始長崎スマートカード終了のお知らせ 長崎電気軌道株式会社。 12月27日 - 長崎スマートカードの当社での積み増し・利用を終了。 2020年（令和2年） 2月16日 - SUGOCA、nimocaなどの全国相互利用サービスに対応した交通系ICカードが利用可能になる。 3月28日 - 住吉・道の尾経由長崎空港線の利用者数減少に伴い、この日をもって運行を終了。 2021年（令和3年）4月6日 - ダイヤ改正を行い、平日朝夕の通勤時間帯に長崎北部地区（滑石・横尾・時津）~長崎市内中心部間を結ぶ快速シャトルバス『プレミアムライナー』の運行を開始。 2022年（令和4年） 4月1日 - ダイヤ改正により長崎県交通局との共同経営体制となり、一部路線で一元化される。 9月30日 - 東長崎営業所を閉所。施設は待合室に転用される。 10月1日 - ダイヤ改正により畔別当線以外の東長崎地区の路線を全廃。大部分の路線は長崎市コミュニティバス東部線に転換される。また、長崎県営バスと共同運行する「まちなか周遊バス」の運行を開始。 2023年（令和5年） 5月15日 - ダイヤ改正を行い、平日朝夕の通勤時間帯に長崎北部地区（滑石・横尾・時津）~長崎市内中心部間を結んでいた快速シャトルバス『プレミアムライナー』を廃止し、ながさき観光ルートバス(ハートストーン号)は、毎日の運行を土日祝日のみの運行に変更した。また各路線の最終便の繰り上げと削減がされた。 8月5日 - 長崎市と連携して長崎市恐竜博物館直行バスの試験運行を実施。 2024年（令和6年） 3月26日 - ジョルダン株式会社によるシステムを導入してバスロケーションシステムの運用を開始 4月1日 - 春のダイヤ改正を行い、岬木場線や式見桜の里線、無線中継所線、七工区線、ミニバス路線など16路線を廃止し、その他の路線でも最終便の繰り上げや減便が行われた。また、長崎市域乗合バス事業共同経営計画＜令和６年４月改訂版＞に基づき、県営バスと競合していた一部路線が一元化された。さらに、バス停名称の変更や行先表示の変更、経由番号の変更が行われた。 10月1日 - 秋のダイヤ改正を行い、西海市地域公共交通の再編にかかる実施方針に基づき、亀浦線・宮浦線・下岳線の3路線が廃止された。また、長崎スタジアムシティ開業に先立ち、銭座町と幸町の停留所名が変更された。 2025年（令和7年） 4月16日 - ダイヤ改正で全体的な運行本数の削減が行われる。 9月1日 - 長崎バスおよびさいかい交通で乗合バスの実施運賃の改定が行われる 2026年（令和8年） 1月31日 - 慢性的かつ深刻な運転士不足により減便ダイヤとなる。 3月23日 - 長崎空港線でクレジットカードのタッチ決済乗車サービスを開始。 4月1日 - ダイヤ改正で一般路線の全体的な運行本数の削減が行われる。また、長崎市域乗合バス事業共同経営計画に基づき運行していた「まちなか周遊バス」の運行が終了した。 4月4日 - ながさき観光ルートバスでもクレジットカードのタッチ決済乗車サービスを開始。 4月24日 - いすゞ・エルガのEVバスを初導入。
事業拠点 主要な事業所 グループ全体 本社 長崎市新地町3番17号 整備工場 長崎市小瀬戸町809番14号 長崎バス（長崎・長与・時津周辺の路線バス事業） 桜の里営業所 長崎市さくらの里3丁目382番3号 松ヶ枝営業所 長崎市松が枝町6番6号 大橋営業所 長崎市油木町2番9号 神の島営業所 長崎市神ノ島町1丁目331番65号 時津営業所 西彼杵郡時津町日並郷字岩山1085番地110 柳営業所 長崎市小ヶ倉町3丁目76番48号 ダイヤランド営業所 長崎市ダイヤランド4丁目10番276号
さいかい交通（西海市の路線バス事業） 本社・営業所 西海市大瀬戸町瀬戸板浦郷920番10号
長崎バス観光（観光バス事業） 本社・営業所 長崎市滑石4丁目6番33号
廃止した営業所 大島営業所 長崎県西海市大島町字馬込1616 1969年（昭和44年）5月26日瀬戸営業所の出張所となった後、1987年（昭和63年）8月18日に大崎自動車として分社化。その後2004年（平成16年）10月1日にさいかい交通が吸収合併して消滅。 常盤町営業所 長崎市大浦町1番32号 2002年（平成14年）4月29日に松ヶ枝営業所へ移管する形で廃止。 田上営業所 長崎市田上1丁目2番49号 2001年（平成13年）7月16日に茂里町営業所の出張所となった後、2003年（平成15年）4月7日に稲佐橋営業所へ統合して完全に廃止。 瀬戸営業所 西海市大瀬戸町瀬戸板浦郷920番10号 2003年（平成15年）10月1日付でさいかい交通株式会社として分社化。 茂里町営業所 長崎市茂里町1番59号 2006年（平成18年）9月1日廃止。跡地はみらい長崎ココウォーク。 稲佐橋営業所 長崎市光町1番5号 2006年（平成18年）9月1日廃止。 東長崎営業所 長崎市平間町373番2号 2022年（令和4年）10月1日廃止。路線の再編に伴い東長崎地区から撤退のため閉所。施設はバス待合所に転用。 2023年（令和5年）5月1日以降は、これまで長崎市田中町にあった長崎県交通局矢上営業所を当施設に移転の上、同局「東長崎営業所」に名称変更し、供用開始。 貸切大村営業所 大村市森園町1648番1 諫早市と大村市が貸切営業区域に加わったため1982年（昭和57年）に開設された。既に廃止されており、跡地は空港線の車庫となっている。
一般路線バス 長崎市内を中心に長崎半島・西彼杵半島一帯を主な営業エリアとして事業を展開しているほか、長崎市内から長崎空港への空港連絡バスも運行している（長崎県営バスと共同運行）。
燃料等資材費の高騰により、現在は1キロ当たり32円50銭の運賃で運行されている。
運行している市町村 高速バスのみ運行の市町村を除く。 長崎市 西彼杵郡 長与町・時津町 西海市 西彼町 長崎バスとしての路線は北西部が樫山まで、北東部が大串まで。残りの西彼杵半島一円はさいかい交通が単独運行を行なっている。 かつては西海橋を経由して佐世保市方面にも乗り入れていた 巻末資料の路線図。
主な路線 長崎市は市内を山に囲まれており、平坦地が少ないため、市内中心部に向かう道路が限られている平成28年度 第1回 長崎県交通渋滞対策協議会 11ページ。このため長崎バスの路線も市中心部に集中しており、北部方面は宝町、南部方面は中央橋から分岐するようになっている。長崎駅から中央橋の間は経路が二分され、中央橋方面へ向かう全ての路線が大波止経由か市役所上経由のどちらかで運行される。大波止経由は船着場や商業施設ゆめタウン夢彩都のある大波止（波止場周辺地域を差す名称であるが、住居表示上の正式な町名ではない）を通り、市役所上経由は長崎市役所を初めとしたオフィスビルの建ち並ぶ地区を通る。
山坂やカーブ、道幅が狭い道路などが多く存在する長崎市内であるが、長崎バスでは全路線とも基本大型バスでの運行となっている。例外として、一部に大型バスでは運行できないほど道路が狭い場所を運行する路線のみ、中型バスや小型バスで運行される体制を取っている。
1973年（昭和48年）から、主な経由地別で経由番号を設定しており、行先別に路線をグループ化してまとめている（経由番号の経路に該当しない路線には番号が付与されない）。方向幕による行先表示では、大波止経由を青や黒、市役所前経由を赤の経由番号で示すルールが定められていた。
なお、経由番号については2000年代時点で見直しを行うという方針はあったが、長崎市中心部の再開発事業（新幹線、県庁舎や市庁舎の移転など）が計画されており、大波止・市役所の運行ルートの見直しなどが予想されるという理由から即座の変更には至らなかった。
経由番号の見直しは2024年（令和6年）4月になって実施となり、主要観光地を通るかどうかを基準に番号が振り分けられた。その後2025年（令和7年）1月、4月にも一部で再変更が行われている。公式の路線図には、経由番号の他にアルファベットの枝番が設けられているが、実際のバスには適用されない。
北部・西部方面系統方面経由地主な目的地1平和公園住吉・道の尾・榎の鼻満永・堂崎・琴の尾登口住吉・道の尾・時津溝川・時津北部ターミナル・琴海・大串方面住吉・道の尾・大神宮前滑石・桜の里・三重・外海方面2平和公園住吉・昭和町・三川橋三川町・西山台団地・恵の丘住吉・昭和町・女の都入口女の都団地・長与ニュータウン・緑ヶ丘団地3ロープウェイ前城栄町下大橋・小江原ニュータウン・長崎市運動公園前・相川春木町小江原ニュータウン・長崎市運動公園前・相川4ロープウェイ前西城山下大橋5稲佐山稲佐山公園6めがね橋市役所上大浦方面→立神・神の島方面7出島大波止南部方面→出島・大波止経由ココウォーク茂里町8浦上天主堂医学部前下大橋9飽の浦大曲福田車庫前・柿泊・福田経由相川飽の浦トンネル福田車庫前立神愛宕方面・ダイヤランド→立神・みなと坂（風の広場前）・神の島方面100板の浦滑石・桜の里大瀬戸・板の浦・（板の浦行き連絡便）桜の里ターミナル南部・東部方面系統方面経由地主な目的地10新地中華街市役所上・万才町北部・西部方面→新地中華街・メディカルセンター16市役所上・めがね橋17大波止・出島20中央橋高野屋前北部方面→中央橋26市役所上・めがね橋27大波止・出島30小ヶ倉戸町 / 二本松口長崎半島方面35栄上（三和地域センター）戸町 / 二本松口川原・晴海台団地・樺島40ダイヤランド上戸町ダイヤランド車庫・柳営業所入口50早坂・飯香の浦愛宕町・白木早坂・飯香の浦55風頭山風頭山60大浦天主堂下めがね橋・大平橋国立長崎病院・八景町経由上戸町70矢の平新大工町矢の平経由田上・風頭山80田上愛宕町・弥生ヶ丘田上・三景台団地・唐八景85茂木茂木・茂木港・北浦・宮摺・千々
ミニバス担当路線 全長7メートル弱の車両を使って運行される路線で、ミニバスと呼ばれている。路線にはそれぞれ愛称が付けられている。