平成28年熊本地震（へいせい28ねんくまもとじしん）は、2016年（平成28年）4月14日21時26分以降に熊本県と大分県で相次いで発生した地震。
気象庁震度階級では最も大きい震度7を観測する地震が4月14日夜（前記時刻）および4月16日未明に発生したほか、最大震度が6強の地震が2回、6弱の地震が3回発生している。日本国内の震度7の観測事例としては、4例目（九州地方では初） および5例目 に当たり、一連の地震活動において、現在の気象庁震度階級が制定されてから初めて震度7が2回観測された。また、熊本県益城町で観測された揺れの大きさは計測震度6.7で、東北地方太平洋沖地震の時に宮城県栗原市で観測された揺れ（計測震度6.6）を上回り、国内観測史上最大となった。さらに、一連の地震回数（M3.5以上）は内陸型地震では1995年以降で最多となっている地震回数が中越地震超え最多に 余震は熊本市南西側にも広がる - （産経ニュース 2016年4月17日）。 __TOC__
概要 4月14日21時26分、熊本県熊本地方を震央とする震源の深さ11 km、気象庁マグニチュード (Mj) 6.5、モーメントマグニチュード (Mw) 6.2 の地震（前震）が発生し、同県の益城町で震度7を観測した。
その28時間後の4月16日1時25分には、同じく熊本県熊本地方を震央とする震源の深さ12 km、Mj7.3、Mw7.0 の地震（本震）が発生し、西原村と益城町で震度7を観測した。Mj7.3 は1995年に発生した兵庫県南部地震（阪神・淡路大震災）と同規模である。
当初、14日に発生したM6.5 の地震が本震と想定されていた。しかし16日未明に上記Mj7.3 の地震が発生したことを受けて気象庁は同日、後者（16日未明）の地震が本震で、前者（14日）の地震は前震であったと考えられるとする見解を発表している。過去に当初の発表から訂正され、本震と余震が入れ替わる事態は海溝型地震である2011年の東北地方太平洋沖地震においても起こっているが、内陸直下型地震（活断層地震）でマグニチュード6.5以上の地震の後にさらに大きな地震が発生するのは、地震の観測が日本において開始された1885年以降で初めての事例であり、また同じ地点で震度7が2回観測されるのは、初めてのことであった。一方で、静岡大学客員教授の吉田明夫は14日と16日の地震のメカニズムが異なるとし、「『前震 - 本震』ではなく独立した活動とみた方がいい」と指摘している。
14日の地震は日奈久断層帯の北端部の活動、16日未明の地震は布田川断層帯の活動によるもので、隣接する二つの断層帯が連動することで発生した連動型地震とみられている。東京大学地震研究所教授の纐纈一起は、「活発な断層帯が隣り合う特別な条件下において一連の地震が発生した」と指摘している。一方、名古屋大学教授の鈴木康弘は「別々の断層帯でなく、一続きの断層帯とみるべき」と主張しており、前震の割れ残りが動いたことで本震が発生したとしている熊本地震「連鎖」に3つの可能性 前震で地下の力変化 2断層帯、実は一体 ひずみ蓄積し余震誘発（日本経済新聞 2016年5月2日）。
さらに16日の本震以降、熊本県熊本地方の北東側に位置する阿蘇地方から大分県西部にかけての地域と、大分県中部（別府-万年山断層帯周辺）地域においても地震が相次ぎ、熊本地方と合わせて3地域で活発な地震活動がみられた（詳細は後節）。熊本地方の大地震が離れた地域の地震活動を誘発した可能性（誘発地震）が考えられているが、このような例は気象庁の担当官も「（日本の）近代観測史上、聞いたことがない」としている。これらの理由により、前震・本震・余震の区別が難しいとされ、気象庁は「16日のものが本震とも言えるが、3種の区別をせずに見ていきたい」と説明している。
地震学者の石橋克彦は、前震と本震の大きさに関して厳密にM6.5で区切らなければ観測時代でも内陸の浅い地震にも多くの類似事例があり、歴史時代には近い時期に地震が連続した例として慶長豊後地震前後の一連の地震、寛文近江・若狭地震、善光寺地震、伊賀上野地震など多くの事例があるとしている。メディアなどは本地震の特異性を強調しすぎているが、この様な事例は決して不思議でもなく地震現象を冷静に理解しておくことが地震対策の基本であると指摘を行っている石橋克彦, 「」『科学』 86巻 6号, p.532-540, 2016-06, 岩波書店, 。遠田晋次も地震が連続した例として、2002年のデナリ断層帯の地震をはじめとして、過去には天正地震、慶長豊後地震-慶長伏見地震の一連の地震など遅れ破壊型の連鎖地震の例を挙げている遠田(2016), p191-206.。
なお、10年後の2026年（令和8年）7月28日には周辺の日奈久断層帯付近で再びMj7.1、最大震度7の令和8年熊本地震が発生している熊本県で震度7 2016年の熊本地震の活動域と重なる 日奈久断層の活動か - ウェザーニュース (2026年7月28日)、2026年7月28日閲覧。。
名称 気象庁は最初の4月14日21時26分の地震を「平成28年（2016年）熊本地震」（）と命名し、4月15日に発表した。4月16日には、さらに規模が大きい地震が発生し、同庁は4月17日、今後の状況を見た上で名称を再検討する意向を表明。しかし4月18日に、気象庁地震津波監視課課長の青木元が、記者会見で一連の地震について「熊本地震と引き続く地震活動と捉えている」との見解を示し、名称を変更しない考えを明らかにした。4月21日に気象庁は、「平成28年（2016年）熊本地震」は「4月14日21時26分以降に発生した熊本県を中心とする一連の地震活動」を指すとする説明を発表した。
報道においては朝日、産経、毎日、読売の各全国紙の電子版で熊本県外への地震の影響に言及する記事（2016年5月1日以降）でも見出しなどで「熊本地震」という呼称を使用している例がある。他方、大分県の地方紙である大分合同新聞の記事（4月22日付け朝刊以降）では、「熊本地震」のほか「熊本・大分地震」という呼称も使用している。
主な地震の一覧 熊本県又は大分県において2016年4月14日以降2026年7月27日までに発生した震度5弱以上またはMj5.0以上の地震を以下に示す。
なお、2019年1月3日に和水町で震度6弱を観測した地震について、気象庁の担当官や京都大学の梅田康弘は、熊本地震の活動領域から離れているため直接的な関連はないとの見解を示している。詳細は「熊本地震 (2019年)」を参照。
2026年7月28日以降の地震については「熊本地震 (2026年)」を参照のこと。
+ 熊本県又は大分県において2016年 4月14日以降に発生した震度5弱以上またはMj5.0以上の地震（気象庁資料による）発震日時発震日時、最大震度の右肩に (精査後) がついたものは、後日の精査により地震が追加されたり、震度が修正されたりしたものである。震源震源の深さは、6 - 16km の範囲にある。規模 最大震度出典2016年4月14日21時26分#熊本県熊本（深さ11km）6.572016年4月14日22時7分#熊本県熊本（深さ8km）5.86弱2016年4月14日22時38分#熊本県熊本（深さ11km）5.05弱2016年4月14日23時43分 (精査後)熊本県熊本（深さ14km）5.15弱 (精査後)2016年4月15日0時3分#熊本県熊本（深さ7km）6.46強2016年4月15日0時6分 (精査後)熊本県熊本（深さ11km）5.05強 (精査後)“震度データベース検索結果（2016/04/15 0:06:4121.3 の地震）”. 気象庁. 2016年10月13日閲覧。2016年4月15日1時53分熊本県熊本（深さ12km）4.85弱2016年4月16日1時25分5秒#熊本県熊本（深さ12km）7.372016年4月16日1時25分37秒大分県中部（深さ12km）5.72016年4月16日1時30分熊本県熊本（深さ11km）5.342016年4月16日1時44分#熊本県熊本（深さ15km）5.45弱2016年4月16日1時45分#熊本県熊本（深さ11km）5.96弱2016年4月16日3時3分#熊本県阿蘇（深さ7km）5.95強2016年4月16日3時9分 (精査後)熊本県阿蘇（深さ10km）4.25弱 (精査後)“震度データベース検索結果（2016/04/16 03:09:29.8 の地震）”. 気象庁. 2016年10月13日閲覧。2016年4月16日3時55分#熊本県阿蘇（深さ11km）5.86強2016年4月16日7時11分#大分県中部（深さ6km）5.45弱2016年4月16日7時23分熊本県熊本（深さ12km）4.85弱2016年4月16日9時48分#熊本県熊本（深さ16km）5.46弱2016年4月16日9時50分 (精査後)熊本県熊本（深さ15km）4.55弱 (精査後)“震度データベース検索結果（2016/04/16 09:50:06.2 の地震）”. 気象庁. 2016年10月13日閲覧。2016年4月16日16時2分#熊本県熊本（深さ12km）5.45弱2016年4月18日20時41分#熊本県阿蘇（深さ9km）5.85強2016年4月19日17時52分#熊本県熊本（深さ10km）5.55強2016年4月19日20時47分熊本県熊本（深さ11km）5.05弱2016年4月29日15時09分大分県中部（深さ7km）4.55強2016年6月12日22時08分熊本県熊本（深さ7km）4.35弱2016年8月31日19時46分熊本県熊本（深さ13km）5.25弱2017年7月2日0時58分熊本県阿蘇（深さ11km）4.55弱2019年1月3日18時10分#熊本県熊本（深さ10km）5.16弱2019年1月26日14時16分熊本県熊本（深さ10km）4.35弱表註
最大震度ごとの地震の回数(震度5弱以上)は次の通り。 最大震度回数震度72回震度6強2回震度6弱4回震度5強5回震度5弱14回合計27回
前震 4月14日21時26分の地震
4月14日21時26分、一連の地震で最初の地震（Mj6.5）が発生し益城町で震度7（計測震度6.6）を観測した地方公共団体震度計の波形データ 気象庁、2016年6月26日閲覧。。震度5弱以上が観測された市町村は以下の通り。熊本県の嘉島町では、地震直後に震度情報が未入電となり、震度5弱以上と推定されていた。中部地方の一部から九州地方にかけての範囲で震度1から震度4を観測した。
+ 4月14日21時26分の地震で震度5弱以上が観測された気象庁の発表地点震度都道府県観測点名7熊本県益城町宮園6弱熊本県玉名市天水町・西原村小森・嘉島町上島・宇城市松橋町・宇城市不知火町・宇城市小川町・宇城市豊野町・熊本東区佐土原・熊本西区春日・熊本南区城南町・熊本南区富合町5強熊本県玉名市横島町・菊池市旭志・宇土市浦田町・大津町大津・菊陽町久保田・御船町御船・熊本美里町永富・熊本美里町馬場・山都町下馬尾・氷川町島地・合志市竹迫・熊本中央区大江・熊本北区植木町5弱熊本県熊本高森町高森・阿蘇市内牧・南阿蘇村吉田・南阿蘇村河陽・八代市平山新町・八代市松江城町・八代市千丁町・八代市鏡町・菊池市泗水町・長洲町長洲・大津町引水・甲佐町豊内・氷川町宮原・合志市御代志・和水町江田・上天草市大矢野町・上天草市松島町・天草市五和町宮崎県椎葉村下福良
気象庁は地震検知から3.8秒後の21時26分42.5秒に緊急地震速報（警報）を熊本県・大分県・宮崎県・福岡県・佐賀県の全域、長崎県の南西部と北部と島原半島、鹿児島県の薩摩地方と大隅地方、山口県の西部と中部、愛媛県の南予地方を対象として発表した。
+ 前震の最大加速度上位5地点防災科学技術研究所の観測網による。観測点名観測点コード最大加速度 Gal計測震度1KiK-net益城KMMH16 1580 6.42K-NET矢部KMM009 669 5.33K-NET熊本KMM006 604 5.94K-NET砥用KMM011 491 5.25KiK-net豊野KMMH14 357 5.4
この14日の地震は、北北西 - 南南東方向に張力軸を持つ、この地方で一般的な「右横ずれ断層」型であり、北北東 - 南南西方向に伸びる震源断層を持つと推定されている。政府の地震調査委員会は、この地震および翌日のMj6.4の地震は、日奈久断層帯（約81 km）の北端部に当たる、高野 - 白旗区間（約16 km）の活動によるものとの見解を発表している。地震調査委員会は地震前、同区間で将来M6.8程度の地震が発生すると推定し、発生確率は不明としていた。
4月15日0時3分の地震 最初の地震から約2時間半後の4月15日0時3分に熊本県熊本地方を震央とするMj6.4（Mw6.0）、最大震度6強の地震が発生している。気象庁が発表したこの地震の は、最初の地震のより南西に約5.5 kmずれている。
気象庁はこの地震に対して若干の海面変動予想を発表したが津波は観測されなかった。
+ 4月15日0時3分の地震で震度5弱以上が観測された気象庁の発表地点震度都道府県観測点名気象庁震度データベース検索 気象庁、2019年8月10日閲覧。6強熊本県益城町宮園・宇城市豊野町6弱熊本県宇城市松橋町・宇城市小川町・氷川町島地・熊本南区城南町5強熊本県八代市千丁町・八代市鏡町・宇土市浦田町・西原村小森・御船町御船・嘉島町上島・熊本美里町永富・熊本美里町馬場・宇城市不知火町・氷川町宮原・熊本西区春日・熊本南区富合町5弱熊本県八代市平山新町・八代市松江城町・玉名市天水町・甲佐町豊内・山都町下馬尾・熊本東区佐土原
本震
サムネイル|国土地理院による本震・前震の震源断層モデルと地震調査委員会による布田川・日奈久断層帯の位置図
最初の地震から約28時間後の4月16日午前1時25分5.4秒にMj7.3（Mw7.0）、最大震度7の地震が発生した。気象庁が発表したこの地震のは、4月14日に発生したMj6.5の地震のより西北西に約4.5 kmずれている。この地震の最大震度は当初、震度6強とされていたが、気象庁に送信されていなかった熊本県益城町と熊本県西原村の震度計のデータを同庁の現地調査で解析した結果、震度7を観測していたことが判明し、4月20日に公表された（計測震度は益城町で6.7・西原村で6.6）。
地震発生直後の1時27分、有明海と八代海の沿岸に津波注意報が発表されたが、内陸地震であったため津波は観測されず、約1時間後の2時14分に全て解除された。津波がなかったにもかかわらず気象庁が津波注意報を発表した理由は、地震による地殻変動が海域にも及ぶ可能性があると（当初は）判断されたためである。
気象庁は地震検知から3.9秒後の1時25分14.0秒に緊急地震速報（警報）を熊本県の全域、大分県の南部と西部、福岡県の筑後地方、佐賀県の南部、長崎県の南西部と島原半島、鹿児島県の薩摩地方、宮崎県の北部山沿いを対象として発表し、さらに4.7秒後（地震検知から8.6秒後）には福岡県の北九州地方と福岡地方と筑豊地方、佐賀県の北部、長崎県の北部と壱岐と五島、大分県の北部と中部、宮崎県の北部平野部と南部、鹿児島県の大隅地方と甑島、山口県の全域、広島県の南西部、島根県の東部、愛媛県の南予地方と中予地方、高知県の西部を対象に続報を発表した。
地震動 震度 震度5弱以上が観測された市町村は以下の通り。このほか、山形県の一部から九州地方までの範囲で震度1から震度4を観測した。発震から約32秒後の1時25分37.4秒に大分県中部でMj5.7の地震が発生しており、下記における各地の震度はこの地震によるものも含む。また、韓国でも、各地で震度1 - 3程度の揺れを感じた（ソウル首都圏で震度1相当）。
+ 4月16日1時25分の地震で震度5弱以上が観測された気象庁の発表地点震度都道府県観測点名7熊本県西原村小森・益城町宮園6強熊本県南阿蘇村河陽・菊池市旭志・宇土市浦田町・大津町大津・嘉島町上島・宇城市松橋町・宇城市小川町・宇城市豊野町・合志市竹迫・熊本中央区大江・熊本東区佐土原・熊本西区春日6弱熊本県阿蘇市一の宮町・阿蘇市内牧・南阿蘇村中松・南阿蘇村河陰・八代市鏡町・玉名市横島町・玉名市天水町・菊池市隈府・菊池市泗水町・大津町引水・菊陽町久保田・御船町御船・熊本美里町永富・熊本美里町馬場・宇城市不知火町・山都町下馬尾・氷川町島地・合志市御代志・和水町江田・熊本南区城南町・熊本南区富合町・熊本北区植木町・上天草市大矢野町・天草市五和町大分県別府市鶴見・由布市湯布院町川上5強福岡県久留米市津福本町・柳川市三橋町・大川市酒見・みやま市高田町佐賀県佐賀市川副・佐賀市久保田・上峰町坊所・神埼市千代田長崎県南島原市北有馬町熊本県南小国町赤馬場・熊本小国町宮原・産山村山鹿・熊本高森町高森・南阿蘇村吉田・八代市平山新町・八代市松江城町・八代市千丁町・玉名市中尾・山鹿市菊鹿町・山鹿市鹿本町・山鹿市鹿央町・菊池市七城町・玉東町木葉・長洲町長洲・甲佐町豊内・氷川町宮原・芦北町芦北・芦北町田浦・上天草市松島町大分県別府市天間・豊後大野市清川町・日田市前津江町・竹田市直入町・竹田市荻町・九重町後野上宮崎県椎葉村下福良・高千穂町三田井・宮崎美郷町田代5弱愛媛県八幡浜市保内町福岡県福岡市南区塩原・遠賀町今古賀・久留米市小森野町・久留米市城島町・久留米市三潴町・久留米市北野町・柳川市大和町・柳川市本町・八女市吉田・八女市黒木町今・八女市矢部村・八女市本町・筑後市山ノ井・小郡市小郡・大木町八町牟田・福岡広川町新代・筑前町篠隈・みやま市瀬高町佐賀県佐賀市駅前中央・佐賀市栄町・佐賀市諸富・佐賀市東与賀・白石町福田・白石町福富・白石町有明・みやき町北茂安・みやき町三根・小城市芦刈・神埼市神埼長崎県諫早市多良見町・島原市有明町・雲仙市国見町・雲仙市小浜町雲仙・南島原市口之津町・南島原市西有家町・南島原市深江町・南島原市加津佐町熊本県阿蘇市波野・八代市東陽町・八代市泉支所・八代市坂本町・荒尾市宮内出目・玉名市岱明町・山鹿市老人福祉センター・山鹿市山鹿・南関町関町・宇城市三角町・山都町大平・山都町今・和水町板楠・人吉市西間下町・あさぎり町須恵・山江村山田・水俣市牧ノ内・津奈木町小津奈木・上天草市姫戸町大分県大分市長浜・別府市上野口町・臼杵市臼杵・津久見市宮本町・佐伯市蒲江蒲江浦・佐伯市春日町・佐伯市鶴見・佐伯市上浦・日田市上津江町・日田市田島・日田市中津江村栃野・竹田市久住町・竹田市会々・玖珠町帆足宮崎県延岡市北川町川内名白石・延岡市北方町卯・椎葉村総合運動公園・高千穂町寺迫鹿児島県長島町獅子島・長島町伊唐島 熊本県の西原村と益城町で震度7を観測。同一の地震により複数箇所（2箇所以上）の観測点で震度7を観測したのは、1996年に震度計による震度観測が開始されて以来初めてのことであった。
長周期地震動 4月16日の本震（M7.3）において観測された長周期地震動階級は以下の通り。
+ 4月16日の本震（M7.3）において観測された長周期地震動階級 階級地方地域4九州熊本県阿蘇・熊本3九州福岡県筑後、大分県中部・西部2関東千葉県北西部近畿大阪府南部中国・四国鳥取県西部、徳島県北部、高知県東部・西部、山口県東部九州佐賀県南部、長崎県北部・島原半島、熊本県球磨・天草芦北、大分県北部・南部、宮崎県北部平野部・北部山沿い・南部平野部・南部山沿い、鹿児島県薩摩1関東茨城県南部、群馬県南部、埼玉県北部・南部、千葉県北東部・南部、東京都23区、神奈川県東部中部新潟県下越、富山県東部・西部、石川県加賀、福井県嶺北・嶺南、長野県中部・南部、静岡県西部、愛知県西部、三重県北部・中部近畿滋賀県南部、京都府北部、大阪府北部、兵庫県北部・南東部・南西部・淡路島、和歌山県北部・南部中国・四国鳥取県東部・中部、島根県東部、西部、岡山県北部・南部、広島県北部・南東部・南西部、徳島県南部、香川県西部、愛媛県東予・中予・南予、高知県中部、山口県北部・西部・中部九州福岡県福岡・北九州・筑豊、佐賀県北部、長崎県南西部・壱岐、鹿児島県大隅 はるか遠くの関東平野にも長周期地震動が伝わり、震源から約900kmも離れた千葉県北西部でも長周期地震動階級2が観測されるほどであった。
加速度 本震における最大加速度は以下の表のとおり。前震と異なり、上位10観測地点ですべて600 galを超える値を観測している。
+ 本震の最大加速度上位10地点防災科学技術研究所の観測網による。観測点名観測点コード最大加速度 Gal計測震度1KiK-net益城KMMH16 1362 6.52K-NET宇土KMM008 882 6.23K-NET熊本KMM006 843 6.04K-NET矢部KMM009 831 5.75KiK-net菊池KMMH14 800 6.16K-NET砥用KMM011 778 5.67K-NET湯布院OIT009 723 6.08KiK-net小国KMMH02 687 5.59K-NET大津KMM005 669 5.710KiK-net豊野KMMH14 612 5.8
なお、韓国の釜山広域市では改正メルカリ震度階級IIIと推定されている。
防災科学技術研究所設置のKiK-net益城の速度応答スペクトルでは、周期0.9秒前後に300センチメートル毎秒 (cm/s) 近いピークがある2016年4月14日熊本地震 東京大学地震研究所、2016年6月26日閲覧。。家屋被害に大きな影響を及ぼす1 - 2秒周期も200 cm/s前後あり、1995年の兵庫県南部地震（阪神・淡路大震災）と同程度かそれ以上の、家屋被害を起こしやすい揺れであった非常に強い長周期地震動 熊本地震で観測 NHK ONLINE、2016年5月14日。。また、非常に強い長周期地震動を観測し、周期3 - 4秒において、1995年兵庫県南部地震時の神戸市、2003年十勝沖地震時の北海道苫小牧市、2011年東北地方太平洋沖地震時の宮城県栗原市でそれぞれ観測した揺れを上回った。
メカニズム この地震は、南北方向に張力軸を持つ右横ずれ断層型（正断層成分を含む）の内陸地殻内地震であり、北東 - 南西方向に伸びる震源断層を持つと推定される気象庁、2016年4月22日。。政府の地震調査委員会は発生翌日の17日、布田川断層帯（約64 km以上）の北東端に当たる布田川区間（約19 km）がこの地震の震源断層で、同区間を含む約27 kmが動いたという見解を発表した熊本地震 「本震」震源は布田川断層帯（毎日新聞 2016年4月16日）。同区間で将来的に発生する地震はマグニチュード7.0程度と推定されていたが（地震調査研究推進本部、2013年）、今回の地震で動いた断層の範囲は調査委の想定よりも東西に数 kmずつ長く、東側は阿蘇山のカルデラまで達していた。また、この付近では前震の震源域とされる日奈久断層帯と布田川断層帯が交差しており、これらの断層帯が連動して動いたことで、前震と本震を中心とした熊本県熊本地方における一連の地震活動が引き起こされた可能性が指摘されている熊本地震 「M7.3」14日の地震が誘発か（毎日新聞 2016年4月16日）活断層、横ずれ50キロ…大分にも震源域（読売新聞 2016年4月16日）。
長周期地震動 4月14日21時26分の発震からの一連の地震では、階級1以上の長周期地震動を2018年8月までに計13回公表している回数には2016年04月16日07時11分発生の大分県中部を震源とするM=5.3の地震を含む。。特に、最初の発震（4月14日21時26分、M6.5）では階級3、その40分後の地震（4月14日22時7分、M5.8）では階級2を記録、さらに翌15日深夜の地震（4月15日0時3分、M6.4）と、翌16日深夜に最大規模となった地震（4月16日1時25分、M7.3）では気象庁が2013年3月に「長周期地震動に関する観測情報」の公開を開始以来初めてとなる階級4を共に記録している。
ただし気象庁の事後的なデータ分析によって、2013年2月以前においても、2004年の新潟県中越地震や2011年の東北地方太平洋沖地震（東日本大震災）でも階級4相当の長周期地震動が発生していたことが判明している。
余震域外での地震活動の活発化 4月16日1時25分の熊本県熊本地方の地震（Mj7.3）以降、熊本県の阿蘇地方（阿蘇山の北東側）および大分県中部（別府市から由布市付近）においても地震活動が活発化した。熊本県の阿蘇地方を震源とするものでは、最大でMj5.9、最大震度6強を観測した。また、大分県中部では熊本地方のMj7.3の直後（同時刻）にM5.7前後の地震が発生して最大震度6弱を観測し、その後も地震活動が続いた。大分県中部の地震活動は別府-万年山断層帯付近において発生している。
気象庁は、熊本県阿蘇地方と大分県の地震について熊本地方における一連の地震の震源域からは離れており、別の地震活動と見ている連続する地震 東の活断層や南海トラフへの影響は（朝日新聞デジタル 2016年4月16日）「阿蘇や大分の活動は別の地震」 気象庁（山陽新聞デジタル 2016年4月16日）。一連の地震は九州中部の北東から南西にかけて広がる別府‐島原地溝帯に沿って発生しており、東京大学の平田直や名古屋大学の山岡耕春などの専門家らは、熊本県阿蘇地方と大分県の地震について本震 (Mj7.3) による誘発地震である可能性を指摘している熊本地震、次々誘発か 大分へ震源移動、専門家の見解は（朝日新聞デジタル 2016年4月17日）連なる断層帯「異常」誘発 阿蘇、大分まで影響 熊本地震1000回超（西日本新聞 2016年4月29日）。東北大学教授の遠田晋次は、本震の断層運動によって周辺地域での急激な応力変化が起きた（周辺地域の力のバランスが崩れた）ことにより、阿蘇地方や大分県の地震が発生したと推定している熊本地震「連鎖」に３つの可能性 前震で地下の力変化 ２断層帯、実は一体 ひずみ蓄積し余震誘発 日本経済新聞、2016年5月2日。平成28年熊本地震（M6.5, M7.3）による推定応力変化と広域余震活動について 東北大学災害科学国際研究所、2016年4月21日。。また、益城町は布田川断層帯と日奈久断層帯の交差する地点に位置し、2度の激震に襲われる原因ともなった遠田(2016), p200-206.。遠田によれば、このような地震の誘発は科学的に特に異常な現象ではないという。なお別府‐島原地溝帯では、南北方向に引っ張る力がはたらいており、一連の地震活動で発生した地震の多くも、南北方向に張力軸を持つ横ずれ断層型であった。
防災科学技術研究所や気象庁の発表によると、4月16日未明の本震発生の32秒後、大分県（由布市付近）を震源とするM5.7前後の地震が発生していたとみられる。大分県の由布市と九重町で、本震の揺れが始まった後、観測点付近で発生した別の地震によるとみられる、より大きな揺れが観測されていた。本震の際に由布市では震度6弱の激しい揺れを観測したが、これは本震に誘発地震の揺れが重なった結果で、誘発地震がなければ震度4程度だったと考えられるという。
地震活動の推移 最初の地震から1か月後までには、大分県中部の地震活動は低下した。熊本県熊本地方および阿蘇地方では、5月以降減衰傾向であるが6年後の2022年現在も活動が継続している熊本地震の活動は依然継続 地震調査委「強い揺れないと思っては困る」 産経新聞2017年4月11日。熊本県熊本地方で地震 最大震度5弱 津波の心配なしウェザーニュース2022年6月26日。
4月14日21時以降、2年後の2018年4月13日までに一連の地震で震度1以上を観測する地震（有感地震）は4,481回発生しており、うち最大震度4以上の地震は145回発生している。最初の地震から1年間の有感地震は4,297回で、新潟県中越地震の999回、鳥取県西部地震の1,196回を超え、内陸または沿岸で発生した地殻内地震としては、震度計による観測が始まった1996年4月以降で最多となっている平成28年（2016年）熊本地震 ～The 2016 Kumamoto Earthquake～ 気象庁 【資料3】震度観測の状況（2016年4月14日〜2017年4月30日） 2017年8月8日閲覧。。