ハプログループR1a (Y染色体)（ハプログループR1a (Yせんしょくたい)）とは分子人類学で用いられる人類の父系を示すY染色体のハプログループ（型集団）の分類で、ハプログループRの子系統R1のうち、「L62, L63, L120, M420, M449, M511, M513」の変異で定義づけられるものである。
18,500年前以降に誕生した。
分布
ハプログループR1aはインド北部から中央アジアや東ヨーロッパに高頻度に分布している。
ロシア人（ベルゴロド州）に59.4%Balanovsky O, Rootsi S, Pshenichnov A, Kivisild T, Churnosov M, Evseeva I et al. (2008). "Two sources of the Russian patrilineal heritage in their Eurasian context". Am. J. Hum. Genet. 82 (1): 236–50. doi:10.1016/j.ajhg.2007.09.019. PMC 2253976. .、ポーランド人に55.9%Tambets K, Rootsi S, Kivisild T, Help H, Serk P, Loogväli EL et al. (2004). "The western and eastern roots of the Saami--the story of genetic "outliers" told by mitochondrial DNA and Y chromosomes". Am. J. Hum. Genet. 74 (4): 661–82. doi:10.1086/383203. PMC 1181943. .、パシュトゥーン人に51%Haber, Marc; Platt, DE; Ashrafian Bonab, M; Youhanna, SC; Soria-Hernanz, DF; Martínez-Cruz, Begoña; Douaihy, Bouchra; Ghassibe-Sabbagh, Michella; Rafatpanah, Hoshang; Ghanbari, Mohsen; Whale, John; Balanovsky, Oleg; Wells, R. Spencer; Comas, David; Tyler-Smith, Chris; Zalloua, Pierre A. et al. (2012). "Afghanistan's Ethnic Groups Share a Y-Chromosomal Heritage Structured by Historical Events". PLoS ONE 7 (3): e34288. Bibcode:2012PLoSO...734288H. doi:10.1371/journal.pone.0034288. PMC 3314501. . 、インド北部に48.9%Trivedi, R.; Singh, Anamika; Bindu, G. Hima; Banerjee, Jheelam; Tandon, Manuj; Gaikwad, Sonali; Rajkumar, Revathi; Sitalaximi, T; Ashma, Richa (2008). "High Resolution Phylogeographic Map of Y-Chromosomes Reveal the Genetic Signatures of Pleistocene Origin of Indian Populations" (PDF). In Reddy, B. Mohan. Trends in molecular anthropology. Delhi: Kamla-Raj Enterprises. pp. 393–414. .、アルタイ人に46.9%Tambets, Kristiina et al. 2004, The Western and Eastern Roots of the Saami—the Story of Genetic “Outliers” Told by Mitochondrial DNA and Y Chromosomes、タジク人に44.7%Wells, Spencer et al. 2001, The Eurasian Heartland: A continental perspective on Y-chromosome diversityなど。
故にインド・イラン語派やバルト・スラブ語派に属する集団は、このハプログループR1a系統（特にR1a1a）とほぼ同等であろうと考えられる。
ハプログループR1aは印欧語族サテム語の担い手とする見方がある（これは同時にハプログループR1b (Y染色体)はケントゥム語の担い手とする見方でもある）Eupedia。
印欧祖語が話されたヤムナ文化の人骨からはハプログループR1b (Y染色体)が91.5%の高頻度で検出されているが、R1aは検出されていないEupedia。
故に印欧語の元来の担い手はR1bであり、ある時点でR1aが印欧語に言語交替を起こしたものと考えられ、その際にR1a集団の基層言語の特徴がサテム語の特徴として受け継がれたものと思われる。
縄目文土器文化やアンドロノヴォ文化の主要な担い手はこのハプログループR1aである。
下位系統
系統はHaplogroup R and its Subclades - 2015による。関連言語、文化を付記する。
R1a L146/M420/PF6229, L62/M513/PF6200, L63/M511/PF6203, L145/M449/PF6175 R1a* - R1a1 M459/PF6235, L120/M516/PF6236, L122/M448/PF6237, Page65.2/PF6234/SRY1532.2/SRY10831.2 R1a1* - R1a1a M512/PF6239, L168, L449/PF6223, M17, M198/PF6238, M514/PF6240, M515 R1a1a* - R1a1a1 M417, Page7 R1a1a1* - R1a1a1a CTS7083/L664/S298 R1a1a1b S224/Z645, S441/Z647 縄目文土器文化 R1a1a1b* - R1a1a1b1 PF6217/S339/Z283 R1a1a1b1* - R1a1a1b1a S198/Z282 バルト・スラブ語派 R1a1a1b1a* - R1a1a1b1a1 M458/PF6241 R1a1a1b1a2 S466/Z280, S204/Z91 R1a1a1b1a3 S221/Z284, S443/Z289 ゲルマン語派の基層 R1a1a1b2 F992/S202/Z93 インド・イラン語派 シンタシュタ文化 R1a1a1b2a F3105/S340/Z94, L342.2/S278.2 アンドロノヴォ文化 R1a1a1b2a* - R1a1a1b2a1 L657/S347 インド語群
脚注