小保方 晴子（おぼかた はるこ、1983年〈昭和58年〉9月25日 - ）は、日本の元研究者。2014年にメディアを席巻した疑惑のSTAP細胞論文（撤回済）の筆頭著者。
概要 早稲田大学を卒業し、東京女子医科大学、ハーバード大学、および理化学研究所で研究を行った。
2014年1月末に、哺乳類の体細胞から遺伝子導入を伴わずに多能性を持つ細胞（STAP細胞と命名）を作出したことをNature誌に論文報告し、一夜にして時代の寵児となった。しかしながら、博士論文を含むデータの疑義がネット上で噴出し、一転して研究不正疑惑の渦中の人物となった座談会「最先端研究どう伝える STAP報道の現場から」(PDF 4.5MB) 林敦彦（朝日新聞）、佐藤俊彰（読売新聞）、鹿児島昌樹（日本経済新聞）、砂沢融（TBS）、元村有希子（司会：毎日新聞）。日本記者クラブ会報、2014年11月10日、第537号。NHKと全ての民放が生中継した記者会見での「STAP細胞はあります」という発言は流行語となった。
理化学研究所の第三者委員会は、部門長の姿勢も鑑み、小保方在籍部門の解体を提言した。Nature誌の論文は撤回された。NHKスペシャル『調査報告 STAP細胞 不正の深層』が放送された直後には指導役の笹井芳樹が自殺した。
STAP細胞作出の再現実験を成功できないまま、2014年12月末に理化学研究所を依願退職した。早稲田大学の博士号も1年の猶予の後に取り消された。他の早稲田大学の博士論文にも大量の問題が見つかっていたが、小保方以外は全員取り消されなかった博士学位論文の訂正について 早稲田大学先進理工学部 2017年3月27日 2025年11月5日閲覧。
退職後には文筆活動を行った。このSTAP騒動の回顧録『あの日』はベストセラーとなった。
履歴 経歴 2002年3月 - 東邦大学付属東邦高等学校 卒業 2006年3月 - 早稲田大学理工学部応用化学科 卒業 2008年3月 - 早稲田大学大学院理工学研究科応用化学専攻修士課程 修了 2008年 - ハーバード大学医学大学院 研究員 2011年3月 - 早稲田大学大学院先進理工学研究科 博士課程 修了、博士（工学） 2011年4月 - 理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター 客員研究員 2013年3月1日 - 理化学研究所 発生・再生科学総合研究センター 研究ユニットリーダー 2014年10月7日 - 1年間猶予付きながら、博士号の学位取り消し処分 2014年11月21日 - 発生・再生科学総合研究センターの改組に伴い、理化学研究所研究不正再発防止改革推進本部検証実験チーム所属の研究員に役職変更。 2014年12月21日 - 理化学研究所 依願退職 2015年11月2日 - 博士号の学位取り消し処分の確定が早稲田大学から発表
奨学金・奨励金 早稲田応用化学会 第3回給付奨学生（2007年度） 日本学術振興会特別研究員DC1（2008 - 2010年度）
受賞歴 第10回 日本再生医療学会総会（2011年3月1日 - 3月2日）ベストポスター賞
来歴・人物・STAP騒動 幼少期から早大卒業まで 1983年（昭和58年）9月25日生まれ、千葉県松戸市出身。松戸市立第六中学校、東邦大学付属東邦高等学校卒業。幼い頃から研究者を志し、生命や再生医療に興味を持っていた。
2002年4月、AO入試によって早稲田大学理工学部応用化学科に入学。ラクロス部で活動し、卒業研究では常田聡の下で微生物に関する研究に取り組んだ (3S4-AM8) (PB-29)。2006年3月に大学を卒業した。
TWInsでの細胞シートの研究 常田聡のサポートもあり、大学院に進学後は希望していた再生医療分野に転向した。東京女子医科大学先端生命医科学研究所の研修生となり、大和雅之や岡野光夫の指導の下、先端生命医科学センター (TWIns) にて再生医療の研究を開始した。
温度応答性培養皿で作製した口腔粘膜上皮細胞シートを皮下移植する技術について研究し、国内の学術講演会小保方晴子、大和雅之、西田幸二、常田聡、岡野光夫「温度応答性培養皿で作製した口腔粘膜上皮細胞シートの皮下移植」2007年3月14日。小保方晴子、大和雅之、西田幸二、常田聡、岡野光夫「温度応答性培養皿で作製した口腔粘膜上皮細胞シートの皮下移植」、『第7回日本再生医療学会総会』2008年3月14日。（名古屋）。や国際会議（シカゴH. Obokata, M. Yamato, K. Nishida, S. Tsuneda, T. Okano (2007-04). “Subcutaneous transplantation of autologous oral mucosal epithelial cell sheets fabricated on temperature-responsive culture dishes”. Society for Biomaterials 2007 Annual Meeting. (4/17-21, Chicago, IL)、大阪H. Obokata, M. Yamato, K. Nishida, S. Tsuneda, T. Okano (2007-06). “Time-course observation of subcutaneous transplanted autologous oral mucosal epithelial cell sheets fabricated on temperature-responsive culture dishes”. The 13th World Congress of International Society for Artificial Organs, IFAO-JSAO Annual Meeting. (6/28-31, Osaka, Japan)、東京H. Obokata, M. Yamato, K. Nishida, S. Tsuneda, T. Okano (2007-12). “Inflammatory analyses of subcutaneously-transplanted human epithelial cell sheets”. Termis-AP. (12/3-5, Tokyo, Japan)）における学会発表も経験した。修士課程の間に筆頭著者の論文を出版した。
2008年3月に修士課程を修了し、日本学術振興会特別研究員 (DC1)として早稲田大学大学院先進理工学研究科生命医科学専攻博士課程に進学した。
尚、TWInsでの研究を開始した直後の2006年8月に、京都大学の山中伸弥らが、複数遺伝子を導入することによって哺乳類マウスの分化細胞が多能性を持つようになる現象を報告し、その多能性を獲得した細胞をiPS細胞と名付けた。翌年にはiPS細胞がヒトの分化細胞からも作られ、後の2012年10月に山中伸弥はこの業績でノーベル賞を受賞することになる。
BWHでの胞子様細胞の研究 小島宏司と大和雅之の縁で、グローバルCOEプログラムの一環としてハーバード大学医学大学院教授のチャールズ・バカンティの研究室に短期留学する。『あの日』によると、半定量的なRT-PCRでOct4のバンドを観察したことを根拠として胞子様細胞の多能性について仮説を立ててプレゼンテーションをしたところ、それがバカンティに激賞された。2009年8月に論文を書いてPNAS誌に投稿するが、多能性を厳密に証明するキメラマウスの作成が行われていないという指摘を査読で受け、2010年春に論文は却下された。この論文は、最終的にティシュー・エンジニアリング誌に2011年に掲載された（後述の騒動を経て2020年に撤回された）。
CDBにおけるSTAP研究（Nature論文発表まで） キメラマウスを作成することにより胞子様細胞の多能性を厳密に検証するプロジェクトを始めることになった。そこで、ハワイ大学の柳町隆造の下で体細胞クローンマウスの作出に成功したことで世界的に有名であった理化学研究所発生・再生科学総合研究センター（Center for Developmental Biology: CDB）の若山照彦（後に山梨大学教授）の協力を2010年7月から仰ぐことになった。尚、若山照彦は高校のテストで0点を取るほど英語が苦手であり、英語の論文を読まなくて済むような自分だけの研究分野を切り開いていったことで知られていたが、後述の騒動時にはこの英語の苦手さは報道されていない。
『あの日』によると、2010年の小保方は、東京女子医大と神戸のCDBの間の往復をしながら研究を行った。その過程で、多能性を持つ胞子様細胞は、生体内に元々あるのではなく、刺激によって作られるとのアイデアを小保方や大和雅之やバカンティは考えたとされる。つまり、植物やイモリでは損傷刺激後に自然と起こる分化細胞の多能性回復が、哺乳類でも起こると考えたことになる。また、iPS細胞作出時のような遺伝子導入を行わずとも多能性を持つ哺乳類細胞を作ることができると考えたことになる。刺激は様々な種類のものが考えられており、後述の特許出願では、機械的刺激、超音波刺激、化学物質への曝露、酸素欠乏、放射線照射、粉砕、低浸透圧などが挙げられていた。
2011年2月に博士論文「三胚葉由来組織に共通した万能性体性幹細胞の探索」を提出して、3月15日に早稲田大学から博士（工学）の学位を取得した（後述の騒動を経て2015年に学位の取り消しが確定した）。
2011年4月から2013年2月までは理化学研究所発生・再生科学総合研究センター（CDB）ゲノムリプログラミング研究チーム（チームリーダー：若山照彦）の客員研究員となった。この間ハーバード・メディカルスクールの博士研究員（非常勤）の籍も持った。CDB近くの神戸ポートピアホテルなどに滞在したが、宿泊費用はハーバード側から支出された。このハーバードからの待遇は、東日本大震災の影響で米国の就労ビザの発行が遅れたことも背景にあった。
2011年11月にCDBでキメラマウスの作成に成功したことになった。すなわち事実であれば大きな成果を得た。
2012年4月1日付けで小保方を理化学研究所に受け入れてた若山照彦は転出し、山梨大学に着任した。但し、理化学研究所の客員研究員の身分を持つことによって、CDBの実験室は2013年3月末まで維持された。
2012年4月にNature誌への論文投稿と米国仮特許出願を行う。しかしNature誌には受理されなかった。Cell誌やScience誌にも投稿したが、ES細胞の混入を疑うなど不信感を明記する査読者もおり、全て不採用となった。
2012年11月15日に、小保方へ対して、発生・再生科学総合研究センター（CDB）の研究ユニットリーダー公募への応募の打診が、小保方に強い印象を持っていた西川伸一からあった。
2012年12月21日に、研究ユニットリーダーの採用面接が行われた。本来規定されているはずの英語での研究発表といった一部試験を省略する特別扱いを受けた。
採用面接の後に、「論文執筆の天才」とも呼ばれた笹井芳樹が小保方の論文の作成を支援することになった。小保方は、刺激で体細胞を初期化する現象を「刺激惹起性多能性獲得」（英語名のstimulus-triggered acquisition of pluripotencyから略称は「STAP」）」、それで得られる胎盤を含む全ての生体組織の細胞へと分化できる多能性を持った細胞を「STAP細胞」（スタップさいぼう、STAP cells）と呼ぶことを笹井から12月26日に提案されたと『あの日』で述べている。
2013年1月からは丹羽仁史が論文作成に参加した。
2013年1月、バカンティが笹井芳樹に論文の共著者になるよう要請した。
2013年3月1日に研究ユニットリーダーに就任し、細胞リプログラミング研究ユニットを主宰した。後述の「研究不正再発防止のための改革委員会」の提言書によると、この就任の背景には、前年にノーベル賞を受賞したiPS細胞研究を凌駕する画期的な小保方の成果を獲得したいとのCDBの動機があったと推測されている。このユニットリーダーの人事選考過程への批判的な意見も後述の騒動時に出たが、小保方の人事資料を騒動中の調査で見た今井猛（現九州大学教授）は、小保方の提案書は良く書けていたと述べている。
2013年3月に米国仮特許出願とNature誌への再投稿を行った。
2013年4月に国際特許出願を行った。
2013年8月、若山照彦は、論文の内容が難しくなり、また異動先の山梨大学でSTAP細胞作出の再現実験が上手くいかなかったことから、責任著者から外してほしいと笹井芳樹に伝えた。笹井が引き留め、若山自身も少し魅力を感じたことから責任著者に残ることになった。
2013年10月に国際特許が公開され、2013年12月にNature誌に論文2報が受理された。そのNature論文の1報目は万能細胞の作製法が中心のアーティクル論文であり（後述の騒動を経て2014年7月に撤回された）、2報目は多能性の検証が中心のレター論文（後述の騒動を経て2014年7月に撤回された）であった。最終的な1報目の責任著者は小保方とバカンティ、最終的な2報目の責任著者は小保方と笹井芳樹と若山照彦だった。笹井芳樹が2報目の責任著者になったのは論文改訂中であった。筆頭著者は双方の論文とも小保方だった。CDBのセンター長の竹市雅俊は、論文の仕上げから参加した笹井芳樹が著者になっていたことを論文発表時に初めて知って驚いたとされる。尚、STAP細胞に増殖能を持たせた胎盤にならない細胞は「STAP幹細胞」、STAP細胞に増殖能を持たせた胎盤になる細胞は「FI幹細胞」と名付けられた。胎盤になるということはES細胞やiPS細胞にはあまりない特徴だった。前述の通りSTAP細胞（胞子様細胞）を作る刺激には様々なものがあると考えられていたが、論文中では弱酸刺激によって作られたSTAP細胞が主に使われていた。
論文の受理から発表までの間、笹井芳樹に連れられて論文の宣伝のための官庁訪問などをしたシンポジウム「研究不正問題のこれからを考える―ガイドライン施行10年」（2025/2/11(火・祝)開催）。このシンポジウムは「研究不正に対応する指針の策定から10年 都内でシンポジウム」というタイトルで2025年2月11日のNHKの午後11時台のニュース番組のトップで報道された。。2014年1月28日にはNature論文についての記者会見を理化学研究所で実施した。記者会見には約50人のメディア関係者が集まった。
CDBにおけるSTAP騒動（Nature論文発表後） 論文発表直後の絶賛報道（2014年1月29日～2014年2月上旬） 報道解禁日は当初2014年1月30日であったが、イギリスの報道機関が解禁破りをしたため、1月29日の夜から全世界で報道が始まった。日本の報道番組では軒並みトップニュースとなり、ほぼすべての新聞社が1月30日の朝刊一面トップで扱った。記者会見で配布された資料に沿う形でiPS細胞より優れた部分が強調された。研究内容だけでなく小保方の人物像やキャリアも大きくクローズアップされ、「リケジョ」という新しい言葉が広がる機会にもなった。白衣の代わりに割烹着を使用する姿や、記者会見で着けていたヴィヴィアン・ウエストウッドの指輪、研究室のピンク色の内装、実験機器に貼られたムーミンの大型ステッカー、カメをペットにしていることもワイドショーなどで大きな話題となったフジテレビ Mr.サンデー: 世紀の大発見！リケジョ小保方さんの普通じゃない超女子力の原点を追跡…恩師が語るケタ外れの情熱: 出演 三澤絢香、小越しほみ 他、撮影協力 東京バイオテクノロジー専門学校: 2014年2月2日22時～ 。Nature論文の著者ではなかった常田聡も1月30日午前中に小保方のことを説明する記者会見を早稲田大学で開催し、慶応大学に一矢報いたとする報道も行われた。1月31日の国会では安倍晋三内閣総理大臣から賞賛の答弁が行われた。下村博文文部科学大臣も1月31日の定例記者会見で紹介し、小保方を日本学術振興会特別研究員として採用していたことにも言及した。
1月31日に自らの研究室のホームページで報道の沈静化を呼びかけた。CDBも同様の呼びかけをした。
1月31日、バカンティから、STAP細胞を用いたサルの脊髄損傷の治療で驚くべき結果が出ていることが発表された。2月5日には、ヒトから作出したSTAP細胞の写真が公開された。いずれも論文発表の形式はとっておらず、現在でも論文は公開されていない。
ネット上での水面下の議論と疑義の発覚（2014年1月29日～2014年3月9日） 2014年1月当時、日本の学術界では研究不正問題が既に深刻な話題となっていた。2013年には、ディオバン事件および東京大学史上最悪の不祥事といわれた分生研の不正事件の二つの大型案件が、全国紙の一面で時折報道されていた東大43論文に改竄・捏造疑い 元教授グループ 朝日新聞 朝刊一面 瀬川茂子 2013年7月25日。研究不正事件が表沙汰になる原因として、11jigenという匿名の人物や2ちゃんねらーと呼ばれる匿名の人物たちのネット上での活動があった。過去にCDBに在籍していた近藤滋が2013年6月に立ち上げた「日本の科学を考える」というサイトの「捏造問題にもっと怒りを」というトピックの掲示板では、研究不正問題の議論が匿名の人物たちも交えて行われていた。近藤滋が年会長を務めた2013年12月の日本分子生物学会では、計6回の研究倫理問題シンポジウムが3日間行われ、文部科学省の幹部やNature編集部員や報道機関も演者として参加した。このような直近の背景がある中、ネット上でSTAP細胞の議論が開始された。
Nature論文が報道された1月29日の当日に、カリフォルニア大学のポール・ノフラーは、STAP細胞の信憑性を考えるサイトを早速開設した。
同じくNature論文が報道された1月29日に、PubPeerにおいて、ノフラーのサイトを引用する形でSTAP細胞論文の議論が始まった。このPubPeerで、2月5日に、Nature論文の電気泳動画像に切り貼りの加工をした跡があることが指摘された。この2月5日の指摘が、公に出た疑義の最初とされている。
2月9日、２ちゃんねる生物板に「STAP細胞の懐疑点」というスレッドが作られたインターネットにおける論文不正発覚史 田中嘉津夫, Journal of the Japan_Skeptics, 24号, 4-9 (2015)。そのスレッドにおいて、2月12日18時51分に、2011年のティシュー・エンジニアリング誌に掲載された論文のFig. 2～4に重複画像がある可能性が指摘された。そして、「捏造、不正論文 総合スレネオ 12」という別のスレッドにおいて、2月12日23時26分に、図に含まれる半定量的なRT-PCRの画像データの上下反転加工と重複を具体的に示す画像が投稿された。『あの日』によると、これらの指摘については、ネット上で情報が明らかになるより前にCDBの竹市雅俊センター長のところに警告文書として届いており、その警告文書の送り主は生物学分野の学会に所属する有名な人物たちの連名だったとされている。尚、2ちゃんねる生物板のこれらのスレッドには「ムーミン谷のオホホポエム」と後に呼ばれることになる専門的な内部事情のようなものが独特の文体で時折記載されるようになり、週刊文春において特集された。後にSTAP騒動の報道活動で表彰を受ける須田桃子と古田彩は、共に2ちゃんねるの役割が大きかったと述べている。
2月13日22時7分、11jigenがSTAP細胞についての活動を開始した。2月13日23時9分、２ちゃんねる生物板の「STAP細胞の懐疑点」においてNature論文の二つの異なるはずの胎盤画像が酷似していることが指摘された。そして、2月14日1時3分に、11jigenはこの胎盤画像の不可解な類似性をツイートした。また、STAP細胞への疑義を扱うブログを開設した。
2月14日、文部科学省は朝から大騒ぎとなり、ライフサイエンス課は朝一番で理化学研究所に調査を命じた。この日に予定されていた小保方の総合科学技術会議への出席とそれに伴う安倍晋三内閣総理大臣との対面はキャンセルとなった。
2月14日、ネット上の疑義についての報道がlivedoor newsにより開始された。ほとんどの全国紙も数日中には報道を開始した。
3月3日、日本分子生物学会理事長の大隅典子は声明を出し、ネット上の指摘について憂慮していることを表明した。『あの日』によると、この声明の影響を強く感じたという。
3月5日、丹羽仁史と笹井芳樹と共に、STAP細胞の作成方法を解説する論文を発表した。しかし、この論文の内容は、T細胞受容体遺伝子の再構成の有無に関する新しい記述などに関し、科学界のSTAP細胞への疑念をさらに深める結果となった。
3月6日、スラッシュドットにおいて、（暗に笹井を指して）「この件、Sさんが鍵というか主犯」と主張する長文の投稿がなされた。この投稿は、冷静な疑義を突きつけなければならなかった役のSがイニシャルOを囲い込んでしまい、他の著者からの指摘が充分に機能しなかったことを主張したものである。この投稿のイニシャルSが笹井芳樹を示唆するものであることは、『あの日』の中で認めている。
3月9日14時57分23秒に、11jigenが、国会図書館に保管されていた小保方の早稲田大学博士論文中の別細胞の画像データとNature誌の画像データの一致をTwitter（X）で指摘し、大きな反響を呼んだ。『あの日』によると、この画像データの一致については、2011年のティシュー・エンジニアリング誌についての警告文書を竹市雅俊に見せられた日、すなわち１ヶ月前には気づいており、直ちにその報告をした笹井芳樹も把握したが、2月20日に行われた理化学研究所の調査委員会の際には単なる画像の取り違いとして伝え、博士論文の別細胞の図からの流用の疑いがあるものとしては説明していなかった。この調査委員会へ説明の不十分さは、3月13日のNHKにおいて単一のニュースとして報道されることになった。
若山の撤回呼びかけから退職まで（2014年3月10日～2014年12月21日） 3月10日に、論文の共著者だった若山照彦が論文撤回を呼びかけた。これによってメディアの姿勢ががらりと変わり、今度は研究不正の被疑者として大きく報道されることになった。
3月11日に、11jigenは、国会図書館に保管されていた小保方の早稲田大学博士論文の冒頭20ページは、アメリカ国立衛生研究所（NIH）のサイトに掲載された文章のほぼ完全な剽窃であることをTwitter（X）で指摘した。これは、世の研究者に対して、衝撃を与えるとともに、納得感をも与えた。また、同様の大量剽窃が早稲田大学の他の博士論文に広く見られることも11jigenは見つけて指摘した（詳細は早稲田大学博士論文不正問題を参照）。さらに、匿名掲示板等では、小保方博士論文の図のデータがコスモ・バイオ社のホームページに掲載された画像を盗用したものであることなどが指摘され、それを様々なメディアが報道した。
3月12日に、総合科学技術会議は、特定国立研究開発法人の一つに理化学研究所を決定することを先送りした。
3月14日に、Wall Street Journalの取材に対して、国会図書館に保管されていた博士論文は下書きであると説明した。しかし、後日提出された博士論文のデジタルデータの日付はその提出日の直前になっていた。
同じく3月14日に、理化学研究所は研究不正調査の中間報告として4時間の記者会見を開催した。野依良治理事長は冒頭で謝罪した。
3月20日、バカンティが、STAP細胞を作る方法をブリガム・アンド・ウィメンズ病院のホームページで公開した。方法はNature論文とは異なっており、事態の深刻さを浮き彫りにしていた。
3月25日に、若山照彦が小保方に渡したマウスの系統と、小保方が作ったSTAP細胞から作られたSTAP幹細胞とでは、遺伝的情報が異なるという分析結果が報道された。笹井芳樹の未亡人によると、この結果を聞いた笹井芳樹は、これはもう致命傷だな、と述べたという。
3月28日に、早稲田大学は博士論文について調査委員会を立ち上げることを発表した。
4月1日に、理化学研究所の調査委員会（石井俊輔委員長）は1報目のNature論文の不正を認定する最終報告を行った。一方、笹井芳樹や若山照彦が責任著者を務める2報目の不正は認定されなかった。つまり、理化学研究所所員では小保方のみが責任著者である論文のみを不正と認定した。
4月7日に、丹羽仁史がSTAP現象の検証実験についての記者会見を行った。ES細胞混入の可能性は低いと述べた。
4月9日に、小保方は理化学研究所の不正認定に反論する2時間半の記者会見を大阪梅田の大阪新阪急ホテルで行った。記者会見の前には三木秀夫ら4名の弁護士からなる弁護団を代理人に選任した。約300人の報道陣が詰めかけ、NHKと民放4局はすべて番組編成を変更して生中継した。すなわち5局が競合したが、いずれの局も前日より高視聴率であった。田中良幸の質問に対する返答「STAP細胞はあります」は、2014年の新語・流行語大賞にノミネートし、ネット流行語大賞に選ばれた。また、「200回以上作製に成功しています」などと強い口調で断言するなど、不正は無かったことを主張した小保方氏会見、なお分からぬ真実「STAP細胞はあります」日本経済新聞 2014年4月10日記事。この記者会見に関し、日本分子生物学会理事長の大隅典子は、『科学の世界では自分が発見したことを知らせるための「手続き」がきちんと決まっています。自らが「悟った！」「発見しました」「信じています」と言うだけでは駄目なのです』というメッセージを全学会員に送付した。
4月15日、調査委員会の石井俊輔委員長が、理化学研究所の内部の会議において、まだ調査していない疑義を取り上げない理由として訴訟対策をあげ、理解を求めた。
4月16日、笹井芳樹が3時間20分の記者会見を行った。ES細胞の混入については否定的な意見を述べた。
4月24日に、小保方の不正を認定した石井俊輔の過去の論文への疑義が通報され、石井俊輔は調査委員長を辞任した。通報された論文には、小保方に対して不正認定した行為の一つと類似の「ゲル画像の切り貼り」という行為が含まれていた。日本分子生物学会の幹部は「自分の論文の切り張りは問題なく、STAP論文の切り張りは不正と言うのはかなりきつい」と述べた。
5月13日に、理化学研究所は、石井俊輔の過去の論文のゲル画像の改変は、小保方のゲル画像の改変とは質が異なり、研究不正には当たらないと判断したことを発表した。
5月下旬から、STAP現象の検証実験への助言のため、CDBに出勤した。
6月11日に、NHK、日経サイエンス（号外）、毎日新聞は、Nature論文中のSTAP細胞の遺伝子データを分析したところ、ES細胞に含まれるようなトリソミーが存在していることを報道した。これは前述のスラッシュドットでも活動していた理化学研究所の遠藤高帆上級研究員らによる解析を元にしていた。
6月12日、4月10日から開催されていた理化学研究所の第三者委員会「研究不正再発防止のための改革委員会」は、CDBの解体を提言した。当初第三者委員会のメンバーは解体を提言することは考えていなかったが、竹市雅俊センター長がCDB自己点検検証委員会が作成した報告書の一部を自らの判断で削除し、第三者委員会が何度も諫めたにもかかわらず削除する姿勢を変えなかったことで解体提言に至ったとされる。この解体提言が出された6月12日はCDB自己点検検証委員会が作成した報告書が提出された日でもあった。
6月下旬に、小保方が逮捕される可能性が各社から報道された。
6月30日に、理化学研究所は、4月1日に発表した不正認定に伴う懲戒委員会を停止し、新たに調査委員会を設置して調査を行うことを発表した。また、STAP現象の検証計画に小保方を参画させることを発表した。