マロン酸CoAトランスフェラーゼ(Malonate CoA-transferase、)は、以下の化学反応を触媒する酵素である。 アセチルCoA + マロン酸酢酸 + マロニルCoA

従って、基質はアセチルCoAとマロン酸の2つ、生成物は酢酸とマロニルCoAの2つである。

この酵素は転移酵素、特にCoAトランスフェラーゼに分類される。系統名は、アセチルCoA:マロン酸CoA-トランスフェラーゼ(acetyl-CoA:malonate CoA-transferase)である。この酵素は、β-アラニン代謝及びプロピオン酸代謝に関与している。

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