菅 直人（かん なおと、1946年〈昭和21年〉10月10日 - ）は、日本の政治家、弁理士（登録番号：07558）弁理士ナビ。勲等は桐花大綬章。
衆議院議員（14期）、厚生大臣（第79代）、副総理（鳩山由紀夫内閣）、財務大臣（第13代）、国家戦略担当大臣、内閣府特命担当大臣（科学技術政策、経済財政政策）、内閣総理大臣（第94代）、旧民主党代表、民主党代表（初代・3代・8代）、民主党政策調査会長、民主党幹事長、民主党代表代行、旧立憲民主党最高顧問、立憲民主党最高顧問を歴任。中選挙区制時代の選挙区は、旧東京7区。小選挙区比例代表並立制導入後は東京18区及び比例東京ブロック。
来歴 幼少期 1946年10月10日、岡山県出身の父・菅寿雄の勤務先である山口県宇部市に長男として生まれる。父・寿雄は宇部曹達（のちのセントラル硝子）に勤める技術者（後に常務『 政治家人名事典 』（2003年、編集、発行 - 日外アソシエーツ）192頁）だった木下厚著『菅直人総理待望論 菅直人政権で日本はこう変わる』105頁。母は純子で姉が一人いる。
宇部市立神原小学校を経て1959年3月に宇部市立琴芝小学校を卒業。1962年3月、宇部市立神原中学校を卒業。同年4月山口県立宇部高等学校へ進学。少年時代は、勉強はできるが運動神経は鈍かった伊藤雄一郎 『菅直人の一歩』 第3章p90-128 KKベストセラーズ、1996年。幕末の志士・高杉晋作に憧れていたという。このころは父と同じ東京工業大学（現在の東京科学大学）に進み、サラリーマン技術者になろうと考えていた。1963年、高校2年生の夏、父の転勤に伴い菅一家は東京都三鷹市に引っ越し、東京都立小山台高等学校2年に編入。父は再度の転勤で三重県に引っ越すが、菅は姉と東京に残る。その後、津田塾大学に入学していたのちに妻となる従姉の伸子が菅家で下宿を始める。1965年3月に小山台高校を卒業。
学生運動から市民運動へ 1965年4月、東京工業大学理学部に入学、1年後に応用物理学科へ進学。在学中は学生運動にのめり込んだ。東工大の同級生によれば、大学の自治会に入り込んでいた中核派に対して菅は「イデオロギーでは何もかわらない。現実的な対応をしなければ」と批判し、15人ほどの組織「全学改革推進会議」を立ち上げて極左系とは違う学生運動を行った『週刊新潮』（2010年6月17日号）27頁「菅直人の研究」。この全学改革推進会議は先鋭化していく全共闘や共産党の支配下にある民青とも異なり蔵前ジャーナル 2009年冬号(No.1016)、大学寄りの体制側グループでもない第4のグループであった木下厚著『菅直人総理待望論 菅直人政権で日本はこう変わる』107頁。この集団は200人ほどの組織になった。
大学紛争の影響で卒業研究ができなかったため、紛争が収まった後できちんとやりたいという自身の意向により、1年留年本学卒業生が内閣総理大臣に就任（2011年1月4日時点のアーカイブ）。1970年3月、東京工業大学理学部応用物理学科を卒業。この年、弁理士試験を受験するが不合格。同年冬に菅伸子と結婚。
1971年、小田島特許事務所に就職し、弁理士試験に合格。弁理士を志望したのは、同じ東工大出身の技術者であった父から会社組織内での技術者の不遇を聞かされており、本屋で見つけた弁理士の本で関心を持ち、有名企業に就職しても、自分の将来や先がわかるなどの理由からだった『弁理士への道』（法学書院）より。
また、「社会運動に関わりたい、そのためにはあまり拘束されず自営できる道を確保したいというのが最大の理由だった木下厚 『菅直人総理待望論 菅直人政権で日本はこう変わる』108頁。1974年に独立して「菅特許事務所」を開設する。その後弁護士となっていた大学の後輩と共に菅・高橋特許法律事務所を設立した。
市川房枝立候補運動 1971年、東京の地価高騰に疑問を抱き、一橋大生の協力を得て土地問題のシンポジウムを開催。1972年の春に「宅地並み課税推進討論集会」を開催し、市川房枝、青島幸男、青木茂、都留重人を招く。「よりよい住まいを求める市民の会」と「恐怖の化学物質を追放するグループ」を結成し、市民運動を展開。
1973年、市川や青木が代表幹事を務める「理想選挙推進市民の会」から誘われて東京都議会議員選挙を手伝い、その後菅らのグループは市民運動の成果を政治に反映させたいと考え、1971年の参議院選挙で落選し引退を宣言していた市川に1974年の参院選全国区への立候補を依頼。市川は度重なる要請にも応じなかったが、菅らは「市川房枝を勝手に推薦する会」を結成。根負けした市川が立候補を決めたことを受けてグループは「市川房枝さんを推薦する会」を結成した。菅は選挙事務長を務めた市川房枝「七月の参院選挙に対する私の立場」 『月刊婦人展望』1977年6月号、財団法人婦選会館、15頁。。20日間余りの選挙運動で人員の手配や事務管理などを切り盛りした菅は「庶務課長」と呼ばれ、市川は2位当選した。1981年に市川が死去した際、菅は「政治家としての発言力、信頼性は恐らくナンバーワンで、なにより存在そのものに意味がありました」「私は何ものにも替えがたい貴重な薫陶を受けたと感謝しています」といった言葉を寄せている。
政界へ 無所属立候補 市川の支援団体「あきらめないで参加民主主義をめざす市民の会」の支持を得て、1976年の第34回衆議院議員総選挙に旧東京7区から無所属で立候補するも次点で落選社民連十年史 社会市民連合結成前夜 江田五月公式サイトザ選挙。
社会市民連合・社会民主連合 1977年、江田三郎の要請を受けて社会市民連合に参加した社会市民連合結成 江田五月公式サイト が、市川房枝から反対され「参加民主主義をめざす市民の会」から退会した。社会市民連合では江田とともに代表に就任。同年7月の第11回参院選に東京都選挙区から出馬したが落選。
翌1978年、田英夫らが合流した社市連は社会民主連合となり、菅は副代表に就任。1978年度版の平凡社百科年鑑に市民運動家として掲載された。
1979年10月7日に行われた第35回衆院選に旧東京7区から社民連公認で立候補するも、次々点で落選した。この頃は経済的に苦しく、弁理士業務の傍ら補習塾を開いていた。
衆参同日選挙となった1980年6月22日の第36回衆院選では、前回を9万近く上回る票を獲得して1位で初当選。当時の朝日新聞社の石川真澄記者は、自宅が菅の選挙区の近くだったこともあり、裏方の手伝いをし、当選後も自宅に菅が来ることがあった。些細な雑談の折に、石川記者は「甘いマスクで上手に隠しているが、頭のいい勉強家」であると感じている石川真澄 『人物戦後政治 』岩波現代文庫 、p.241。。マスコミは「政治家の秘書や二世、官僚ではなく、労組や宗教団体の支援も持たない、いわば『顔のない男』が激戦区を勝ち抜いた」「市民選挙の有効性を実証」と書き立てた。土地問題や税制などを中心に、政府を鋭く追及する市民派の論客として知られるようになっていった。1981年には丸山ワクチンの不認可問題を追及し、後の薬害エイズ事件に繋がる官僚との対立姿勢を見せた。
1983年12月18日、第37回衆議院議員総選挙で当選（2期目）。1985年、社会民主連合副書記長兼政策委員長に就任。1986年7月6日、第38回衆議院議員総選挙で当選（3期目）。この総選挙で社会民主連合は4議席を獲得したが、選挙直後に2人ずつ日本社会党会派と民社党会派に分かれて所属することになり（その結果民社党会派が日本共産党会派を数で上回り、議会内ポストを共産党会派に渡すことを阻止した）、菅は社会党会派に属した。この形式は、1990年の総選挙まで続いた。1990年2月18日、第39回衆議院議員総選挙で当選（4期目）。
1992年6月13日、PKO国会において、衆議院本会議で中西啓介議院運営委員長の解任決議案に賛成の討論を行ったが、制限時間を超過し、村山喜一副議長の発言中止命令を無視して演説を続け、衛視に壇上から押し出されて降壇させられるなどPKO協力法成立の際に激しく抵抗した。
同年11月、江田、菅らは社会党、連合参議院の若手議員を中心に改革派勢力結集を目的として政策集団「シリウス」を結成。さらに同時期に日本新党代表・細川護熙、自由民主党のユートピア政治研究会座長・武村正義らと共に「制度改革研究会」を立ち上げるなど、超党派による政界再編に向けた動きを見せる様になった。
非自民連立政権から自・社・さ政権へ 1993年7月18日、第40回衆議院議員総選挙で当選（5期目）。同選挙後、社会党との統一会派を単独で離脱。当初は社民連からの離党も表明していたが、江田の引き留めもあり社民連党籍を有したまま日本新党及び新党さきがけによる統一会派「さきがけ日本新党」の結成に参加。同年に成立した細川非自民連立政権では、衆議院外務委員長に就任した。
1994年1月、社民連は社会党との統一会派を解消。将来的な政界再編を見据え社民連は日本新党と行動を共にすることを決め、統一会派「さきがけ日本新党」に加入した。しかし、先行して同会派に参加していた菅は親さきがけの立場を取っていたことから、これ機に新党さきがけに入党した。
村山自社さ連立政権では、新党さきがけ政策調査会長として政策調整に当たった。当時の自民党政調会長の加藤紘一とは「KKライン」と呼ばれ、この時代に「住専処理スキーム」が決定。また、さきがけ東京代表として1995年統一地方選挙や第17回参議院議員通常選挙で党勢拡大に尽力参院選で東京都選挙区で中村敦夫を擁立、社民連時代から共闘していた生活者ネット結成以来初の国政選・推薦候補となったが田英夫平和・市民代表に数万票及ばず次点。。
厚生大臣として初入閣 1996年1月、第1次橋本内閣で厚生大臣（第79代）として初入閣。薬害エイズ事件や病原性大腸菌集団感染問題やらい予防法の廃止に対応した。
薬害エイズ事件
1995年（平成7年）秋、エイズ訴訟問題の集会で妻の伸子が川田龍平と会ったことがきっかけでこの問題に関わるようになる伊藤雄一郎 『菅直人の一歩』 第1章p10-38 KKベストセラーズ、1996年。新党さきがけは党を挙げて取り組む方針を決め、菅は自民・社会両党にプロジェクトチーム作りを提案するが拒否される。翌1996年1月の橋本内閣発足にあたり、自民党は自社さ連立政権の政策合意文として「薬害問題を教訓として再発防止に努める」を提案するが、菅は「教訓といったらもう終わってしまったことのようではないか」と反発、「責任問題を含めて真相究明に努める」と改められた。また橋本龍太郎総理大臣が行う施政方針演説に盛り込まれていた自民党案も合意文に改めさせた。前政権の大蔵大臣に代わる重要ポストとしてさきがけが厚生大臣に送り込んだ菅は、住専問題処理の難航で第136回国会後の衆議院解散もあり得ると考え、3カ月でできることとしてエイズ訴訟の和解と公的介護保険導入の2つに絞った。
1996年（平成8年）1月23日、菅は11人の専従スタッフによる薬害拡大の原因解明調査班を設置。26日、それまで厚生省が見つからないと繰り返し主張していた薬害エイズに関する資料について、1983年（昭和58年）当時のエイズ研究班によるメモが、厚生省3階にある薬務局審査課の書庫で発見され、通称「郡司ファイル」当時の厚生省生物製剤課長・郡司篤晃がまとめていたのでこの別名があると命名される。ファイルの内容は非加熱製剤の危険性を十分認識しているものとした。2月9日に報告を受けた菅は、同日夜の緊急記者会見で発表。発見から2週間かかったことについて「厚生省は建物が大きいので、担当者から大臣のところまでたどり着くのに2週間かかったようだ」とコメントした。この会見により厚生省と安部英医師を薬害エイズを作り出した元凶として一方的に断罪するマスコミ報道が繰り返し続けられた。この発見について飯島勲は、内部資料の捜索は前任の森井忠良が始めたものであり、菅は森井と官僚たちの手柄を横取りしたと主張している。一方菅は「資料がわずか3日で見つかるのはおかしい」との質問に「調査班を設置して本格的に調査を始めた。そして見つかった」と答えている。
また、テリー伊藤と対談した当時の大蔵省官僚（匿名）は当時の菅の指示について、「あいつ（菅）は本当に頭がいいなあとわれわれが驚いたのは、それを小さい単位にしたことですよ。小さく分けた。しかも縦に分けた。（中略）どういう分け方かというと、単に班をつくったわけじゃなくて、この部屋のこのロッカーはこの3人、このロッカーはあんただけ、というふうに細かく縦に分けたんです。それを全部自分で割り振った。それを表にして突きつけた。文句いいようがなかった。ロッカーが自分だけの責任になったら、それは探しますよ。（後略）」と述べている。
2月16日、菅は厚生省で原告や弁護団を前に「菅も官僚も謝る」「謝ってすむ問題ではありませんが、本当に心から、心からお詫びいたします」と謝罪し、頭を下げた。またある女性が持ってきた、息子の骨壷に跪いて手を合わせ、この光景にすすり泣きの声とともに拍手が沸いた。菅が厚生大臣として厚生省の責任を認めたことで、真相究明を求める世論が高まった。
菅によるこの事件の処理について、彼の対談の際、カレル・ヴァン・ウォルフレンらは、日本に初めて官僚の説明責任という概念を持ち込み、『アカウンタビリティ』という言葉を定着させたと述べている。2月21日に厚生省が公開した薬務局生物製剤課の資料では、1983年（昭和58年）7月4日に、危険な非加熱製剤の取り扱い中止と安全な加熱製剤の輸入を奨励しているのに対し、7月11日の資料は正反対の内容となっていた。この方針転換について、荒賀泰太薬務局長は課の方針ではないとしたが、菅は衆議院厚生委員会で「転換理由を判断できる資料はなく不可解」と答弁した。
O157とカイワレ問題
1996年8月のO157騒動の時には「大阪府内の業者が出荷したカイワレ大根が原因となった可能性は否定できない」と発表。その直後からカイワレ大根への風評被害が発生し、その結果倒産・破産するカイワレ農家や業者（その大半が自営業者や零細企業であった）が続出、自殺者まで出る事態となった。しかし、その後の立入検査において施設、従業員および周辺環境からO157は検出されなかった厚生労働省報道発表資料【堺市学童集団下痢症の原因究明ー概要】厚生労働省報道発表資料【堺市学童集団下痢症の原因究明ー調査結果まとめ】1厚生労働省報道発表資料【堺市学童集団下痢症の原因究明ー調査結果まとめ】2厚生労働省報道発表資料【堺市学童集団下痢症の原因究明ー調査結果まとめ】3 ため、菅は記者会見で自らカイワレサラダを食べることで安全性をアピールし、沈静化を図った。一方で「O157以外の通常自然界に存在するはずの細菌も一切検出されなかったのだから、事件後消毒されたことは明白で証拠隠滅が図られた」などと主張した。
その後、東京と大阪で風評被害を受けたカイワレ大根生産業者らが起こした国家賠償を求める民事裁判では、2002年には大阪地裁が判決文で「当時のO-157感染症の発生状況に照らし、これから更なる調査を重ねなければならない状況下において、かかる過渡的な情報で、かつ、それが公表されることによって対象者の利益を著しく害するおそれのある情報を、それによって被害を受けるおそれのある者に対する十分な手続的保障もないまま、厚生大臣が記者会見まで行って積極的に公表する緊急性、必要性は全く認められなかったといわざるを得ない」として、「中間報告の公表は、相当性を欠くものと認定せざるを得ない」と厚生大臣だった菅および厚生労働省公表方法の過失と風評被害を認定した。この大阪地裁での判決について、菅は、ホームページ上で「十分な科学的根拠がない」と判決が認定した疫学調査は、集団食中毒などでは極めて有効な調査方法であるとして「裁判官の判断は疑問」と控訴した。しかし2004年にも大阪高裁の判決では、厚生省の公表によって「被控訴人が被る打撃や不利益に思いを至せば、その時点では、公表すべき緊急性、必要性があったものということはできない」「公表方法の選択が政策的判断であるという見地に立つとしても、その判断には逸脱があり違法である」と当時の菅大臣および厚生省の過失を認定し、国側が敗訴した裁判所判例検索システム 該当裁判の判決文堺市のO157感染とカイワレとの因果関係が争われた裁判における、大阪地方裁判所と大阪高等裁判所による判決の要旨は以下の通り。 2002年3月15日 大阪地方裁判所 平成9年（ワ）第2222号 損害賠償請求事件 カイワレが原因とする厚生省（当時）の判断は問題があり、厚生労働省に対してカイワレの生産業者に対して損害賠償を命じた。 2004年2月19日 大阪高等裁判所 平成14年（ネ）第1531号 損害賠償請求控訴事件 一審の判決を支持し、カイワレが原因とする厚生省（当時）の判断は問題があり、厚生労働省に対してカイワレの生産業者に対して損害賠償を命じた。。
ほか、1996年8月、シュレッダーダストの大量不法投棄で問題になった香川県豊島（てしま）へ、厚生大臣として初めて現地視察に入った。 菅の厚生大臣在任中に基礎年金番号制度の導入が閣議決定された（導入されたのは小泉純一郎が厚生大臣だった1997年1月）。そのため、2007年に自民党から年金記録問題（「消えた年金記録」問題）についての責任を問う主張があった年金政策のパンフレット - 自民党PDFファイル）。これに対して菅は、問題の原因は基礎年金番号の導入ではなく年金記録の名寄せ作業がしっかりできていなかったためであるとして「言いがかり以外の何ものでもない」と反論した「菅直人の今日の一言」2007年6月1日付。
民主党結党・初代民主党代表 1996年9月28日、新党さきがけの鳩山由紀夫が旧民主党を旗揚げすると、これに菅も参加。菅は鳩山と共に共同代表となり、旧民主党が結党された。結党当初は衆議院議員が50人、参議院議員が5人の計55人が参加した。同年10月20日、初の小選挙区比例代表並立制での選挙となる第41回衆議院議員総選挙において、東京18区から立候補し当選。（6期目）
1998年4月27日に新進党分党後に誕生した統一会派「民主友愛太陽国民連合（民友連）」と合流し新民主党を結成し、党代表となる。合流当初は衆議院議員98人、参議院議員38人の136人が参加した。
1998年7月12日の第18回参院選で橋本内閣の経済失政を鋭く批判し［決戦の記憶 参院選］＜４＞自民「恒久減税」で迷走 菅民主が躍進…９８年読売新聞、27議席を獲得する。自民党が参議院での過半数回復に失敗し、当時総理大臣だった橋本龍太郎は敗北の責任を取り、退陣した。内閣総理大臣指名選挙では、自由党と日本共産党は第一回投票から菅に投票し決選投票では公明・改革クラブ・社民党・さきがけの支持もあり参議院では首相に指名されたが、衆議院の優越により衆議院の議決で指名された小渕恵三が首相となった。
1999年（平成11年）に2回行われた民主党代表選挙で、1月の代表選では再選するが松沢成文と拮抗し、9月の代表選では鳩山由紀夫に敗北した。この直後、党政策調査会長に就任した。
2度目の代表就任 2000年（平成12年）に党幹事長に就任。同年6月25日、第42回衆議院議員総選挙で当選（7期目）。2002年（平成14年）12月に鳩山由紀夫が代表を辞任すると、岡田克也幹事長代理を代表選で破り、再び党代表に就任。次の内閣の総理大臣にもあわせて就任した（社民連時代は社会党シャドーキャビネットに入閣しなかった）。政治家の年金未納問題により辞任に追い込まれる2004年5月10日まで務めた。
民由合併・マニフェストの導入 2003年9月26日に小沢一郎が党首を務める自由党との合同を実現した（民由合併）。
同年11月9日の第43回衆院選では「高速道路の原則無料化」、「小学校低学年の30人以下の学級実現」などをマニフェスト（政策綱領）に掲げ、公示前勢力を大幅に上回る177議席を獲得し、比例代表では自民党を上回った。菅代表は衆院選を迎えるに当たり、時の小泉首相に対し、自民党はマニフェストを国民の前に提示するかどうかを迫り、期限や事後チェック付きの政権公約としてのマニフェストと従来の公約との違いを自民党にも明確化するよう迫った衆議院会議録情報 第１５６回国会 予算委員会 第２６号。実際に2003年衆院選が行われることになると、小泉自民党を含む主要政党のほとんどがマニフェストを掲げて選挙戦を戦うこととなり、結果として菅および民主党が日本におけるマニフェスト選挙の定着に大きな役割を果たすこととなる。菅個人は、この2003年衆院選において初めて小選挙区のみで出馬し、比例上位優遇で国替えしてきた鳩山邦夫を破った。
年金未納の発覚と党代表辞任
小泉内閣の閣僚3人の国民年金未納が相次いで発覚した際、菅は街頭演説で「ふざけてますよね。“未納三兄弟”っていうんですよ」と自民党議員を批判し、年金未納問題に火を付けた（“未納三兄弟”は、1999年に発売された歌『だんご3兄弟』にちなむ）。年金未納閣僚はその後も続々と発覚した。これをチャンスと捉えて民主党次の内閣全員の国民年金納付書を公開して国民にアピールしようとしたところ、菅自身の厚生大臣時代の年金未払い記録が明らかとなった福田長官ら4閣僚が未納 年金保険料、菅民主代表も 47NEWS 2004年4月28日。菅は行政側のミスであると何度も主張したが、行政側がその都度強く否定し、マスコミ報道などによる世論により、2004年5月10日に党代表を辞任。しかし辞任後、社会保険庁側から間違いを認めて国民年金脱退手続きを取り消したこと、同期間に国民年金の加入者であったことを証明する書面が送付された社会保険庁が菅代表の国民年金脱退手続の誤りを認める 民主党 2004年5月14日。菅が主張したとおり、国民年金の資格喪失は「行政上のミス」によるものであるにも拘らず、事後納付もできないため、未納は解消されなかった（未納期間2ヶ月）。政治評論家の岩見隆夫からは「菅氏の国民年金未加入問題は、本人の申し立て通り『行政上のミス』であった。当時、菅は辞めたほうがいいと書いたことは誤り、お詫びします」としつつ「自身の無年金のおかしさに気付き、対応しなかったのは、政治家としてうかつであった」といった指摘もなされた2004年7月17日毎日新聞、岩見隆夫「近聞遠見：菅さんにお詫びします」。
民主党代表辞任後 2004年7月、菅は自己を見つめ直したいという意図から「お遍路さん」スタイルで四国八十八カ所巡りを開始した。これは都合7回に分け、2013年9月に結願した歩きお遍路に込めた思い 菅直人オフィシャルブログ 2014年2月14日付。
2005年4月、法政大学大学院の客員教授に就任、「国民主権論」と題して講義を行う（2005年10月まで）。
2005年（平成17年）9月11日の第44回衆院選（小泉首相の解散による郵政選挙）では、長年の宿敵と言われた土屋正忠武蔵野市長（当時）が自民党公認で立候補し、事実上の一騎討ちとなった。郵政民営化・刺客選挙を展開して時流に乗る自民党に対し、民主党は党全体が大逆風を受けていたが、菅は勝利し（9期目）東京の小選挙区では唯一の当選者となる（土屋は比例復活）。
同年9月17日民主党敗北を受けて党代表を辞任した岡田克也の後任を決める党代表選挙に立候補し、小沢一郎からも本命視されていたものの、投票直前の演説で若き日からの辛酸と情熱を巧みに訴えた若手の代表格、前原誠司に2票差で敗れた。その後、党国会対策委員長就任を要請されたが固辞し、一兵卒として前原民主党を支えると表明した。党代表戦に敗れた後は、団塊の世代を取り込むための「団塊党」なる運動や、バイオマスの活用を盛んに提唱し始めた。
トロイカ体制時代 2006年4月7日、「堀江メール問題」により前原執行部は総退陣した。その後行われた代表選挙に再度立候補し、小沢一郎と激しく争うも47票差で敗れた。その後、党代表代行に就任。代表に就任した小沢一郎、幹事長の鳩山由紀夫と菅の3人による挙党一致体制はトロイカ体制と呼ばれ、2009年に起きた政権交代の原動力となった。菅は党代表代行として国会論戦について主に担当し、国会での代表質問、テレビ出演などを積極的にこなした。
2007年東京都知事選挙 140px|thumb|2007年撮影 2007年4月の東京都知事選挙への出馬待望論が民主党内で沸き起こった。背景には、民主党が都議会で与党だったにも拘らず、独自候補の擁立を図る小沢執行部の方針と人選がなかなか決まらないという事情があり、党中央の要職にある菅本人が出馬の可能性を否定し続ける中、石原慎太郎東京都知事に対抗できる目玉候補として朝日新聞などにも立候補を促された。しかし「国政に携わり政権交代を実現する」ため「太陽が西から出ても、出ることはない」と固辞を貫いた。その一方で、浅野史郎前宮城県知事など党内外の知名度の高い人物に出馬を打診したとされるが、ことごとく失敗した。この問題では、菅直人と親交関係にある五十嵐敬喜法政大学教授や当時・菅グループのメンバーで民主党都連会長円より子らが立ち上げた市民団体「浅野史郎さんのハートに火をつける会」（現都民のハートに火をつける会）などの説得に応える形で浅野が立候補を決意したことで、民主党は独自候補の擁立を見送って社民党などとともに支援に回ることとなったが、浅野があまり都政に精通していなかったことや、決断が遅く立候補の表明が遅れたこと、さらに日本共産党が擁立した吉田万三前足立区長との一本化に失敗したことなどが響き、浅野は都知事選で惨敗した。
ガソリン国会 2008年2月、民主党道路特定財源・暫定税率問題対策本部長として、小沢代表のもとでガソリン国会の陣頭指揮を取り、国会論戦、テレビ出演、地方視察を行った。この中で自民党の二階俊博、古賀誠などを、道路族幹部として激しく批判した。
YKKK このころ、自民党の山崎拓、加藤紘一、国民新党の亀井静香としばしば意見交換を交わすなど連携を深め4人の頭文字から「YKKK」と称された。山崎は2008年12月14日に4人そろって出演したテレビ朝日系の番組サンデープロジェクトで「この4人が政界再編の一つの軸となり得る」と語った時事ドットコム 2008年12月14日 「YKKK」政界再編の軸?＝山崎、加藤、菅、亀井氏がテレビ出演。
2009年5月に小沢一郎が西松建設事件に関連して自身の公設秘書が逮捕された件で党代表を辞任すると、後任の代表となった鳩山由紀夫により、菅は引き続き党代表代行に再任。小沢も代表代行に就任しトロイカ体制は継続された。
鳩山由紀夫内閣 thumb|右|240px|2009年9月16日、副総理就任に際して会見 2009年8月30日、第45回衆議院議員総選挙で当選（10期目）。2009年9月16日、鳩山由紀夫内閣の発足により、副総理として入閣。あわせて内閣府特命担当大臣（経済財政政策・科学技術政策）および「税財政の骨格や経済運営の基本方針等について企画立案及び行政各部の所管する事務の調整」（いわゆる国家戦略担当大臣）に就任した。しかし、その後国家戦略相として予算編成の「司令塔」を期待されながら、その役割を果たせていないと鳩山首相から評された「国家戦略になっていない」 鳩山首相が戦略室の“機能不全”認める」産経、2009.12.2。政府の新成長戦略策定の主導を果たしたが、予算編成には間に合わずに出遅れ感を際立たせることにもなった。
2010年1月7日、藤井裕久財務大臣の辞任に伴い、副総理、経済財政政策担当相と兼務する形で、後任の財務大臣に横滑りとなる形で就任した。国家戦略担当大臣および科学技術政策担当大臣は退任し、国家戦略担当相は行政刷新担当相の仙谷由人が、科学技術政策担当相は文部科学大臣の川端達夫がそれぞれ兼務し引き継いだ。財務大臣就任以後も、脱官僚をアピールするために、財務省の大臣室ではなく引き続き官邸内の副総理室にとどまり、財務官僚が官邸に通う形にした。
一方で、国会質疑の場で乗数効果、消費性向などについての質問を受けると答に窮し、質疑を止めて官僚を呼ぶ第174国会、参議院予算委員会-1号 平成22年01月26日 議事録 など財政政策に対する理解の浅さを指摘された場面もあった。