『ゼノギアス』（Xenogears）は、1998年2月11日にスクウェアが発売したPlayStation用RPG。アメリカでは同年10月20日発売。
当時スクウェアに籍を置いていたゲームデザイナー・高橋哲哉 （現・モノリスソフト取締役）を主軸としたチームによって制作された。
概要 同社のファイナルファンタジーシリーズに近いオーソドックスな構造の3DRPGに加え、ジャンプアクションを駆使したダンジョンの探索、FFシリーズのアクティブタイムバトルに格闘ゲームのようなコマンド入力を織り交ぜた戦闘システム、人型二足歩行ロボット「ギア」への搭乗など、独自の要素を多数盛り込んだ内容となっている。
本作は同社の『ファイナルファンタジーVII』（以下『FFVII』）とほぼ同時期に開発がスタート。『FFVII』のフルポリゴンによるキャラクターと一枚絵の背景とは逆に、フルポリゴンによる背景と一枚絵のキャラクター方式を取っており、これは高橋哲哉の「これ（プリレンダリングCGの背景）だと世界は表現できない」「それで全部3Dに振ったものを作ろう」という意向による。
テレビコマーシャルでは「聖剣伝説が出ない理由、ファイナルファンタジーとは異なる可能性、そして ゼノギアス」というキャッチコピーも使われた。『FFVII』本編でクラウドが魔晄中毒になっている時、「百億の 鏡のかけら 小さな灯火 とらわれた 天使の歌声 ゼノギアス」と呟くシーンがある。このイベントを担当したのは途中で『FFVII』の開発に加わった加藤正人である。
多くの批評家やプレイヤーから高い評価を受け、いくつかのレビューで「スクウェア最高のRPG」「最高のストーリー」などと称賛されたが、Disc2のサウンドノベル的な展開は批判も受けている（#評価、#Disc2）。
作品の特徴 ストーリーは多数の伏線があり、臨床心理学、パンスペルミア説、生物学、多くの科学用語、ニーチェ、ユング、キリスト教、ユダヤ教、社会問題、SF、映画、アニメ(特にロボットアニメ)、特撮などの様々な価値観や概念を織り交ぜた構成となっており、それらがストーリーにも深く関係するため非常に難解なものとなっている。
また、プレイステーション作品でありながら、キャラクターボイスや、クオリティの高いプロダクション・アイジー制作のアニメーションムービーが合計30分以上採用されている。加えて本作はスクウェア作品で初めて声優によるキャラクターボイスを使用し、初めてエンディングテーマにヴォーカル曲を用いた。
作中世界には「ギア」と呼ばれる人型ロボットが存在し、主人公らは生身のキャラクターだけではなくギアに搭乗しても戦闘やダンジョン探索を行う。エンカウント戦闘においては生身の人間vsギアも可能な場合がある。物語が進むにつれてギアに搭乗して行動する機会が増えていく。 その他 オープニングでの伏線はストーリーが進んでも回収されず、終盤に入り一気に謎が解明される。そのためゲームDisc2では、サウンドノベルのように文章を読み進めていくシーンが続き、プレイヤーが操作するシーンは少ない。このようなモノローグ形式になったのは壮大なストーリーに対する制作期間不足の側面も大きい（#Disc2）。 トランプゲームの「スピード」や、「バトリング」と言うギア同士を戦わせる格闘ゲームのようなミニゲームがある。特にバトリングはストーリーにも関わってくる。 セーブを行うと、進行具合に応じてアニメ作品のようなサブタイトルが付けられる（#セーブポイントのタイトル）。
ゲームシステム
装備・能力 キャラクター 徒手空拳で戦うキャラクターが多いが、武器を装備するキャラクターは武器の装備変更可能。武器によっては特殊効果や属性などがついている。 アクセサリは最大3つまで装備可能。防具もアクセサリと同じ枠内で装備することになる。アクセサリによっては、ギアにも効果がある。 ギア エンジンは出力＝攻撃力と燃料の搭載量に影響する。ギアにはそれぞれ出力係数があり、これにエンジンの出力を掛けたものが攻撃力になる。 素手で戦うギアが多いが、武器を装備するギアは武器の装備変更可能。 フレームは、最大HP値に関わる。 装甲は、防御力に影響。 ギアとギア用アクセサリには重量が設定されていて、重いギアなら重い装備でもあまり影響を受けないが、軽いギアが重い装備にすると大幅にスピードが下がりターンがなかなか周ってこなくなる。
戦闘 キャラクター 攻撃は、各ターン毎にAPポイント（最大7）以内の組み合わせで攻撃する。 弱攻撃はAP1、中攻撃はAP2、強攻撃はAP3を使って攻撃する。強力なほど命中率は低い。 それぞれの通常攻撃の使用回数がカウントされ、レベルと使用回数の条件によって必殺技を覚える。 AP7を使う組み合わせの必殺技は、超必殺技とされている。必殺技の使用に制限はないが、必殺技を使うと通常攻撃の使用回数がカウントされない。 使わなかったAPはその戦闘の間だけストックされ、溜めたAPを消費して必殺技だけを連続で繰り出す「連殺」を使用可能。 「エーテル」（キャラによって「気功」や「秘術」など名称は様々）は魔法のようなもので、EPを消費して使用する。 ギアに搭乗可能な場所では、戦闘途中にギアに搭乗することも可能。 ギア 攻撃は、燃料を消費して攻撃する。 弱・中・強の3種類。消費燃料はそれぞれ10・20・30。強力なほど命中率が低い。 ギアの必殺技は搭乗キャラクターの必殺技に対応していて、新たな必殺技を覚えることでギアの必殺技も使用可能になる。 攻撃するたびにアタックレベルが1上昇し、最大値は3。アタックレベル1から二連続攻撃が可能になり、アタックレベルと燃料を消費して必殺技が使える。アタックレベルを2以上にするには、攻撃を1回行い連続攻撃をキャンセルすればよい。それぞれのアタックレベルに3つの必殺技が用意されており、必殺技を使ったターンはアタックレベルは上昇しない。 物語がある程度進行すると、アタックレベル3の状態から一定確率でハイパーモードと呼ばれる状態に突入出来るようになる。アタックレベルは∞と表示され、一定ターンの間、強力な超必殺技が繰り出せる。ハイパーモード突入確率はHPが低いほど高くなる。ただし連続攻撃はできない。 人間サイズの敵には必殺技は使えず、踏み潰しなどの攻撃になる。 ギアは半永久機関で動いている設定であり、チャージをすると燃料が回復する。燃料の回復量はアタックレベルが高いほど増加する。 「ブースト」を使用すると、毎ターン燃料を消費する代わりにターンが周ってくるのにかかる間隔が半分になる。 「エーテル機関」はエーテルのギア版で、EPを消費して使用する。ギアにはエーテル係数という値があり、これによって威力が増加する。 「特殊装置」は、燃料を大量消費して攻撃や回復などを行う。
登場人物 詳細はゼノギアスの登場人物を参照。 フェイ 本作の主人公。重傷を負い、ラハン村に預けられてからの住人だが、過去の記憶は失くしている。自らの暴走によってラハン村を壊滅させてしまい、自身の過去を知るべく旅に出る。 エリィ 本作のヒロイン。ソラリスの住人で将校。自らの出生に疑問を持ち、解明するためにフェイに同行する。 シタン ラハン村では「先生」と呼ばれる研究者であり医者。ソラリスの人間であることを隠しており、天帝の命によってフェイを監視している。 天帝カイン エリィが属する「神聖ソラリス帝国」を統べる者。あまりにも長く生き過ぎているため、現在は通常の執政をカレルレンに任せている。 カレルレン 現在ソラリス帝国を事実上掌握する者。自らの望む神を作り出す計画のために世界を利用しようとする。 グラーフ 自らを「力の求道者」と称する仮面の男。世界の闇に潜み暗躍する。 イド 正体不明で謎の男。フェイを「臆病者」と罵る。
ストーリー 本作では、セーブポイント（メモリーキューブ）やマップでセーブすると順にサブタイトルが付く。これによりストーリーの進捗状況が書籍やアニメののように把握しやすくなっている。詳しくは「#セーブポイントのタイトル」を参照。
前史（オープニングムービー） 一万年前、星間戦争時代。惑星ミクタムの衛星軌道を周回する工業衛星内で開発段階の完全自立型兵器デウスが意図せず暴走。工業衛星を破壊し、惑星ミクタムで甚大極まりない被害を齎したデウスをどうにか停止させた人類は、デウスをブロック単位で分解して恒星間移民船エルドリッジに収容。生き残った移民と暴走事故の調査のために他星系に向けて移動を開始する。
しかし、分解保存したはずのデウスは突然再起動し、エルドリッジの中枢システムである航行システムと火器管制システムを占拠。人々の殺戮と人類発祥の星「ロスト・エルサレム」への空間歪曲によるワープの実行を試みるも、艦長が整備用システムを強制始動したことで、阻止に成功。数多のブロックに分解されたエルドリッジは、名も無き惑星に墜落する。
序章～仲間と敵との出会い（DISC1開始～中盤） 創始暦9999年。北の大陸イグニスでは東のキスレブと西のアヴェとの300年にもわたる泥沼の戦争を続く。遺跡で発掘された巨大人型戦闘兵器ギアによる技術解析で戦争を拡大していった両国の戦局は遺跡が多く存在するキスレブが優勢。永きに渡る膠着を憂いたアヴェの王の手でキスレブと和平を実現させつつあったが、高度な科学技術を持ったゲブラーが戦局を五分まで回復させ、アヴェの宰相シャーカーンとクーデターを起こす。
戦火の及ばない辺境の村ラハンで暮らす主人公フェイ。15歳の時に記憶を失い、謎の男性によって村長に預けられた彼は家族の顔どころか己の素性すらも知らずに過ごしていた。
3年後、親友二人の結婚式が迫ったある日の夜。落下した人型巨大兵器を追うギアによって親友の一人が流れ弾で倒れ、ラハンは戦場と化す。。フェイは戦いを止めるため、放置されていたヴェルトールに搭乗するが暴走。敵味方関係なく親友を含めた村そのものを破壊。
失意の中で世界に旅立つフェイは、為すべきことも見出せず、ただ生きているだけの旅で、エリィ（エレハイム）と親密な仲となっていく。また自分の素性を知り、父親を殺したと述べるグラーフとの遭遇や、アヴェの王子バルト（バルトロメイ）と親交など、多くの仲間との出会いを通じてフェイは立ち直り、仲間たちと共に戦争を終わらせるため、ゲブラーの筆頭幹部カーラン・ラムサスとその副官ミァン・ハッワーと幾度も激突。ゲブラーの陰にいる空中国家「ソラリス」の存在に混迷するフェイに、仮面の男ワイズマンは空の国家「シェバト」の武官ウォン・カーンがフェイの父親であることを告げる。
世界の真実～覚醒（DISC1終了まで） デウスは幾多の惑星を侵略するためにゾハルという機関が組み込まれた自我を持つ戦略兵器である。しかしエルドリッジがこの星に落下した際に大きく損傷。復活するために生み出した生体部品「ヒト」が繁栄し、完全修復できるようになるその時まで眠っていた。そして、原初のヒトとして生み出されたのが、ソラリスを統治する天帝カインとガゼル法院である。
時は流れ、いずれデウスの部品となる運命を変えようとするカインを、「デウスの復活」を目論む法院とソラリスの事実上のトップであるカレルレンはカーラン・ラムサスに暗殺させた。カレルレンは自身の目的のため言葉巧みにガゼル法院にデウスの封印（マハノン）を解かせ、用済みとなった法院のデータを葬り去る。
その後、ソラリスと敵対する「シェバト」と手を組むフェイたちは、マハノンでグラーフと激突。圧倒的な彼の力での前に敗北し、囚われの身となってしまったフェイたちを救出に来たエリィもまたソラリスに連れ去られてしまう。
グラーフに圧倒され、愛する者を守れなかったことでフェイはすっかり無力感に囚われてしまう。そこへ現れたのは、父の友人を名乗る男ワイズマンだった。彼はグラーフの強さの正体が想いの強さであり、フェイにはそれに対抗できるだけの想いがなかったから敗れたと告げた。立ち直ったフェイは仲間たちと共に戦艦メルカバーへと突入。エリィの救出に向かう。そこでカレルレンとミァンからこれまでの真実を聞かされる。
エリィの正体はミァンの上位存在であり、デウスが生み出した半身とも言える存在だった。ミァンもまたデウスの半身であり、世界中の女性がミァンの因子を持つ。つまりすべての女性がミァンになり得る可能性を持っていた。そしてそれは、ヒトに転生したエリィも同様であった。ミァンは恋人であるラムサスを挑発して自身を殺させ、エリィを次のミァンとすることで乗っ取ることに成功する。カレルレンとミァン（エリィ）、そしてフェイたちのギア・バーラーはデウスと一つになり、吸収されてしまった。カレルレンとミァンは、このためにフェイたちを生かしここへ誘導していたのだ。
こうして無力化されたフェイらを置き去りに、カレルレンたちはデウスと融合して姿を消した。
すべてを一つに（DISC2開始～中盤） 暴走したフェイはカレルレンたちを追いかけたが、原因不明の昏睡状態となって仲間たちに保護された。その力を危険視したシェバトの首脳たちは、女王の反対を押し切ってフェイをカーボナイト凍結に処して封印してしまう。だがしかし、突如として目覚めたフェイは凍結を破るとヴェルトール2を駆り、いずこかへと去っていった。実はフェイはゾハルの力を継承した影響で三つの人格を有していた。主人格は深層意識の底に引き篭もって表には出てこず、3年前までは狂気の第二人格である「イド」が現れていた。「フェイ」はその下位人格にあたる。ラハンを破壊したのもこのイドの仕業だった。グラーフが幼少のフェイを狙ってきた際、接触者の力が暴走し、母カレン（実は先々代のミァンに憑依されていた）が犠牲になっていた。このため主人格は深層意識に引きこもり、代わりにイドが表出していた。そこでグラーフは暗殺者としてイドを鍛え上げていたが、憑依する段階になってカーンに阻まれる。イドは敗れ、カーンによって記憶を封印され、そこへ新たなる人格である「フェイ」が生まれた。こうしてフェイはラハンへと預けられた。事実を知ったフェイだが、時既に遅く完全にイドに乗っ取られてしまう。イドは自分を生み出した元凶たる全てを破壊しようと画策。ゾハルの力をより完全なものにするために「原初の地」に安置された「ゾハル」と接触する。ヴェルトールは真紅の機体へと変貌し、駆けつけた仲間たちとワイズマンを圧倒的な力で追い詰める。ワイズマンを見て激昂したイドは、彼こそ父カーンであると見破る。父はグラーフから息子を守れなかったことで「息子に合わせる顔がない」として仮面をつけ正体を偽っていた。一方、フェイもイドの精神に飲み込まれ自分を見失いつつあった。しかし、仲間と父の声によってフェイは己を取り戻し、イドと「主人格」を逆に説得。イドは自分の力が母を殺したことで「全てを破壊することでしか一体感を得られない」と思い込んでしまっていた。しかし、実際には主人格が暴走させた力はフェイを滅ぼすはずだった。母は先々代のミァンに支配されていたが、息子の危機に自分を取り戻し、身代わりとなって命を落としたというのが真相だった。母の愛を知ったイドは改心し、すべての人格は1つに統合され「フェイ」となった。
直後、フェイはイドが持っていた前世の記憶を知り己の正体を知る。フェイの前世は上述した恒星間移民船エルドリッジの唯一の生き残りアベルであり、この星に初めて降り立った人間であった。エルドリッジに搭載されていたシステム「ゾハル」と接触したことで戦略兵器デウスを倒すだけの力を得ており、その力と記憶は「輪廻転生」という形で受け継がれてきていた。そしてエリィ（エレハイム）とは、亡き母親を求めるアベルの精神が反映されたことでゾハルから生まれた存在であった。そのためゾハルと接触した接触者とエレハイムは二人で一つの存在でもあった。しかし、これまでの歴史の中でエリィは幾度となく悲劇による死を繰り返していた。今から500年前に起こったソラリスとの戦いにフェイとエリィの前世は深く関わっていた。この時代におけるフェイの前世はラカン。そしてエリィはニサンのトップに立つ女性ソフィアと呼ばれていた。ニサンはシェバトと共同戦線を組みソラリスの支配から逃れようと戦争を起こしたはずだったが、人々の信頼と尊敬はソフィアに集まりつつあった。これを快く思わなかったシェバトの高官たちは秘密裏にソラリスと取引を行い、ソフィアたちニサンの人々を抹殺しようとした。ソラリスの軍勢に囲まれ窮地に陥ったラカンたちを救ったのは、ソフィアによる捨て身の戦艦特攻であった。死に際にラカンに対して「生きて……」と言葉を残し、彼女は敵の戦艦と共に消え去った。このことから二人の男の人生の歯車が狂い始めてしまう。一人はラカン。自分の弱さがソフィアを死なせたとして異常なまでに力を求めるようになってしまう。彼はデウスの半身とも言える女性ミァンと出会う。ゾハルが安置された原初の地へと導かれ接触するが、精神状態が不安定だったこととソフィア（エレハイム）を失っていたことで不完全な接触となってしまい、ディアボロスと呼ばれる悪魔のようなギアを無数に生み出してしまう。ラカンはそれを率いて世界を滅ぼすことで復讐を行おうとしたが、かつての仲間たちに倒される結果となってしまい、やがて孤独な旅の中で死亡した。しかし「ラカンの怨念」はグラーフとして存在し続け、彼は他者の肉体を奪うことで500年間生き続けてきた。グラーフの正体とは、ゾハルとの不完全接触によって生まれた「ラカンの怒りの人格」であった。そしてもう一人の男はカレルレン。ソフィアの愛に触れ、彼女の寵愛を求めた男であった。ソフィアを失ったことで「神がいないのならばこの手で創り出してみせる」と述べ、仲間たちから離れてソラリスへと身を投じた。己の体にナノマシンによる延命処置を施し、500年もの歳月を生き続けてきた。カレルレンがデウスを求めたのはこういう経緯からだった。そしてフェイは精神世界にて「波動存在」と呼ばれる神に等しい存在と接触。彼はデウス（に組み込まれたゾハルという物質）によってエネルギーとして吸収されてしまい、自由を奪われてしまっていた。デウスを倒し、自分を解放してくれる存在としてアベルに力を授け、1万年近くものの間フェイのことを待っていたと語った。フェイが授かった力とは、「神」が自分をデウスから解放するものとして託した「デウス（ゾハル）を破壊するための力」であった。
決戦（～エンディング） 人格の統合によってフェイはゾハルの力を完全なものにし、真紅の機体は清浄なる白の機体「ゼノギアス」へと変異進化を遂げ、全ての元凶たるデウスを倒し得る唯一の存在となった。父との再会を迎えたフェイだが、突如、父カーンはグラーフへと豹変し襲い掛かってきた。実は3年前、肉体に限界が来ていたグラーフはカーンに憑依しており、その支配が弱まったときだけカーンの人格が表れていた。グラーフはエレハイムとミァンはデウスの代弁者などではなく、デウスの本体であると語る。すべてのヒトの女性は、誰もがミァンの因子を持っている。だからミァンが死ねば即座に代替わりし、新たな女性がミァンとなる。エリィもそういう手段で肉体を支配された。グラーフは完全な力を得たフェイの肉体を奪い、ゼノギアスによってデウスを破壊し、ヒトも消し去り、二度とミァンが生まれることのない世界にしようとしていた。フェイはゼノギアスに搭乗しグラーフの駆る「真ヴェルトール」と死闘を演じ、勝利。フェイは自分が戦っているのがグラーフではなく「父親」であると気づいており、止めは刺さず和解の手を伸ばす。その最中、完全なるゾハルの力を求めたデウスの呪縛によってフェイは吸収されそうになる。だがフェイの前世であるグラーフが庇う形で吸収され、一時的にデウスの呪縛を解くことに成功する。確かにグラーフは「ラカンの怒り」を持っていたが、息子を守り教え導くという「父の想い」も持っていた。彼は最後に、デウスを破壊し、犠牲になった大切な人たちを救ってほしいと「息子」にすべてを託して消え去った。
フェイはエリィを救うべく、そして父との約束を果たすべく仲間たちと共に最後の戦いに赴く。星そのものを兵器に改造するべく惑星と一体化を始めたデウスの内部へと突入。かつての親友から大切な人の行方を賭けた最後の戦いが幕を開けた。フェイはゼノギアスの力を以ってデウスを破壊し、ゾハルこと「神」の解放に成功する。そして、フェイとエリィの愛を試すべくカレルレンが生み出した刺客「ウロボロス」をも撃破。デウスの内に取り込まれたエリィを救出し、更に改心したカレルレンの手助けによりデウスから脱出する。フェイはカレルレンにも手を差し伸べたが、彼はデウスに残ることを選び、異次元へと転移した波動存在と共に姿を消した。ゼノギアスに乗ってフェイとエリィが仲間たちのもとへ帰還するところでこの物語は幕を閉じる。
勢力・組織 本作の舞台となっている惑星は空に浮かぶ神聖ソラリス帝国によって、ソラリス本土が真上に存在する小島を中心に4つのエリアに大別されている。北東にアヴェ王国、ニサン、キスレブ帝国が存在するイグニスエリアが。北西には狩猟民族や遊牧民族が多いテランエリア。「教会」本部があり、「多島海エリア」と呼ばれているアクヴィエリアが南西に配し、イグニス大陸から比較的離れた位置の海域で、亡国エルルやゼボイムのマスドライバーがある中規模程度の大陸を中心とするアイリスエリアが南東にある。また、オープニングムービーから、惑星の周りに環があることが確認できる。
なお、年表はエルドリッジ墜落の年を元年とした「創始暦」という年号が一貫して使われている（作中では年号や「今年は創始暦〜年」などの言及や記述は一切登場していない）。
神聖ソラリス帝国 本作における黒幕的存在であり、最終的に闘う勢力となる。惑星の赤道上の大気圏上層に浮かぶ国家であり、惑星全体を支配する世界唯一の超大国。帝都は反重力を使った空中都市エテメンアンキ。ゲートと呼ばれる歪曲空間障壁によって守られているため外部からその姿は視認できず、内部では強固な階級社会を維持している。高度な科学技術を保有し、軍事組織である帝室特設外務庁（通称ゲブラー）や地上の表向きは宗教組織である帝室特設教務庁（通称「教会」）を用いて地上にも大きな影響力を有する。なお、国家維持に必要な資源などは「教会」を通じて地上から得ており、労働力に関しても地上人を「教会」が拉致し、洗脳を施した上で第三市民階級（通称「働きバチ」）として働かせているなど経済面で地上に大きく依存している。表面上のソラリスの統治者は天帝カインであるが、実際実権を握っているのは地上人のカレルレンである。
アヴェ王国 ソラリスの北東に位置するイグニス大陸南部の砂漠地帯に位置する王国。元首は国王で、現在は空位。王都はブレイダブリク。数百年に渡って、北の隣国キスレブ帝国と交戦状態にある。12年前、当時の国王エドバルトIV世はキスレブとの講和を進めていたが、宰相シャーカーンはこれに反対し、武力政変を起こすと、エドバルトIV世を殺害し、政権を奪取した。その後、謎の軍事組織ゲブラーと同盟を結び、その助力を得ると、キスレブとの講和を放棄し、劣勢にあった戦況を五分にまで回復させた。東には砂漠の街ダジルがある。
ラハン村 物語の始まりとなる村。イグニス大陸の東端の山の麓にあるキスレブとの国境に近いアヴェ王国ラハン地区の村。フェイが三年間生活していた村でもある。500年前はここに、ラカンが生まれ育った村や、ソフィアが幼少時に療養した修道院があった。
海賊組織 潜砂艦ユグドラシルを駆ってシャーカーンに反抗する旧王国派の勢力。王子のバルトを救出してからは、バルトが率いている。
サンドマンズ 砂漠の盗賊。ストーリーには関わらない。
宗教国家ニサン アヴェの北、キスレブの西に位置するニサン正教の宗教国家。古代人が大昔に隕石が落ちた場所に湖を建設した地、カテドラルなどがある。アヴェとは血縁関係もあり友好を結んでいたが、シャーカーンが実権を握ってからは絶縁状態となった。現在のニサン正教の教義はソフィアがつくったものであり、かつてのニサン教はエーテル能力者崇拝から始まり、信仰が広まって国政を左右するようになった、いわばカトリックに似た宗教形態であった。
500年前のニサン ソフィアの改革後、シェバトの技術、ファティマ兄弟の商隊、ソフィアの教えなどによって多くの人が集まり巨大な勢力になっていった。
キスレブ帝国 ソラリスの北東に位置するイグニス大陸北部に位置する軍事国家。帝都はノアトゥン。以前は教会の下部組織「委員会」が牛耳っていたが、現総統になってからは放逐されてバトリング運営を行うのみの「B委員会」になっている。ノアトゥンではギア同士が対戦するバトリングが開催されている。
シェバト王国 空に浮かぶ都市国家。王都はアウラ・エーペイル。かつてはバベルタワーの頂上に位置していた。バベルタワーはエルドリッジの先端部が大地に刺さったものであり、この巨大な遺跡の設備の使用と解析によって、500年前のシェバトはソラリスと対抗できる程にまで発展していた。メルカバー起動後の混乱の間に南方の雪原地帯に墜落し、アジトとして使用された。
タムズ サルベージャーの海上都市として機能している巨大な船。アクヴィエリアには他にも大小様々な多くのサルベージ船の勢力がある。
教会 各大陸にも支部を持ちアクヴィエリアに中央教会がある。救済の名目で難民を集めたり、ギア整備の工房、発掘、ウェルス退治など活動内容は幅広い。その正体はソラリスの下部組織。
ビリーの孤児院 ビリーが自宅を改造して個人的に経営する孤児院。地下にはレンマーツォが格納されている。
エルル イグニス大陸の南に位置する大陸にあった国。ここに住む人種は能力が高い。ソラリスに反抗的だったために粛清されることになった。その際に現れた謎の男イドと赤いギアがソラリスとエルルの双方を滅ぼしている。この時、ラムサスもイドに倒されたため凄まじい敵対意識を持っている。また、エレメンツのドミニアの出身国である。
原初 エルドリッジ墜落後の十数年間。1万年前のエピソード2にあたる物語の時代。カインたちアニムス原体はヒト原種を生み出し、ヒトは幾何級数的・爆発的に産み増えていき、カインは自らを神として崇めさせ、ヒトを支配した。
ゼボイム エルドリッジ墜落から約6,000年後、本編から約4,000年前のエピソード3にあたる時代。エルドリッジの遺跡の発掘・解析が進んで高度に発達していた文明。終盤に訪れる事が可能な遺跡は、本作品発売当時の新宿がモデル。文明としてはピークに達してはいたが、ゼボイムのヒトには遺伝子的欠陥が蔓延しており、平均寿命は30代、先天的に子を為す能力がないヒトも多かった。また、世界情勢的にもいつかは自滅する可能性が高かった。やがてデウス復活の材料に不適と判断したミァンが核戦争を引き起こし、全人口の90%の命を奪って文明を滅ぼした。そのため、地殻変動が発生し、海底プレートが大きく動いた他、逃走した実験動物の繁殖により、チュチュをはじめとするヒト亜種の母体が誕生する。ミァンがヒトを滅亡させてふるいにかけ生き残りから再スタートさせるのはこれが3度目（1度目は原初の人種、2度目はゼボイムの前の文明だが具体的なことは不明）。
ギア、及びゼノギアスに登場する機械兵器 ゼノギアスのギア及び機械兵器の一覧を参照
設定・用語 ヘブライ語や、イスラエルの地名、ユダヤ人の生活習慣などから由来する言葉が多い。
オープニング時代の登場勢力・組織・惑星 ロスト・エルサレム 居住不可能になった地球の事。人類誕生の地だとされている。西暦の時代に地球で、古い地層からゾハルが発見された。OPでの「本星」とはネオ・エルサレムではなく、ロスト・エルサレムを指す。 ネオ・エルサレム 居住不能に陥った地球を捨てた人類が新たに移り住んだ惑星。星間戦争時代の主星。ゼノサーガにおいては「フィフス・エルサレム」（5番目の主星）が主星として登場する。 星団連邦政府 50万もの惑星が集い連邦制で形成された国家。星間戦争が起こっており、プロジェクトゾハルを推し進めていたと思われる。年号はT.C.(Transcend Christ)を使用（エルドリッジ墜落当時の年代はT.C.4767年）。 巡礼船団