フィリピンの歴史（フィリピンのれきし）。フィリピン史は先スペイン期、スペイン植民地時代（1565年 - 1898年）、アメリカ合衆国植民地時代（1898年 - 1946年）、独立以後の時代（1946年 - 現在）に大別される。
先史時代
カヤオ人
カガヤン州のから6万7千年前のアジア最古のホモ・サピエンス、の人骨が出土した"Archaeologists unearth 67,000-year-old human bone in Philippines". The Daily Telegraph.。パラワン州ので見つかった約1万6500年前のものと見られるの人骨と石器、コウモリや小哺乳類の骨などである青柳洋治「ルーツ」/エリア・スタディーズ(2009) p:22-25。人骨は甕棺に納められており、これを中国の風習の影響と見る人もいる。
ネグリト渡来
また、リサール州のビナンゴナンでは紀元前3000年前のが見つかった。これらの遺物を残したのはネグリト人やオーストロネシア人よりも前にフィリピンに住んでいた人によるものと考える人もいる。
これらの住民との関連性は不明だが、これら住民を除けばフィリピンの初期の住民はネグリト人と考えられている。ネグリト人もいつから住んでいたかは不明である。約2万年前と考える人もいる『知っておきたいフィリピンと太平洋の国々』。ネグリト人は従来オーストラロイドと考えられていたが、遺伝子研究によりオーストラロイドの要素を含む新モンゴロイドであるとする説もある。
オーストロネシア人の拡大
それに続いてオーストロネシア語族の支族マレー・ポリネシア語派が紀元前4000年頃に到来した.。当初はネグリト人は沿岸に住んでいたが、原始マレー系住民に追われて山岳地帯に住むようになった。原始マレー人は簡単な農耕技術を持っていたとされる。
紀元前2000年～前1500年には古マレー人が水田農耕を持って移住したとされる。ルソン島カガヤン渓谷ソラナ東遺跡からイネが出土している。
紀元前500年から13世紀にかけて新マレー人が移住を続けた。
インド文化の到来 3世紀には、扶南国の交易相手として巨延洲の記述があり、フィリピン諸島とみられている。交易品目はイモ・シャコ貝。
西暦300年から700年頃には、東南アジアの島々では海洋民族が活躍しており、インド文化圏の仏教やヒンドゥー教の影響を受けていたと見られるThe Philippines and India – Dhirendra Nath Roy, Manila 1929 and India and The World – By Buddha Prakash p. 119–120.。特にスマトラ島のシュリーヴィジャヤ王国やジャワ島のマジャパヒト王国（いずれも現インドネシア）は交易を通じて文化の発信源となっており、フィリピンにももたらされた。現代フィリピンのタガログ語にもサンスクリット語を語源とする単語が多い。
中世
古代のフィリピンに関する情報は、東南アジア諸地方の中でも非常に少ない。これは、フィリピンがユーラシア大陸から見て遠隔地なため、フィリピンの歴史を目撃する他民族にあまり恵まれなかったという事情もある。また、フィリピンは熱帯のため、考古学的遺物が腐って残りにくかったという事情もある。そのため、歴史研究家の中には「フィリピンにはスペイン時代以前に誇るべき歴史が無い」と断定する人もいるデイビッド・スタインバーグ『フィリピンの歴史・文化・社会』。
ルソン島 トンド王国（呂宋国）
サムネイル|左|250px|ラグナ銅版碑文。真偽は確定していないが、西暦900年に当たる日付が記された裁判記録。 ただし、この時代の様子を窺う資料が全く無いわけではない。1990年、ルソン島のバエ湖で、シャカ紀元822年（西暦900年）の日付が入ったと呼ばれる金属板が見つかった。これは早期カウィ文字に属する文字（バイバインと同じアブギダ）で書かれた一種の裁判記録であり、この時代にフィリピンにある程度の文明社会があったことを証明するのに十分なものだった。ただし、出自があまり明確ではなく、真贋は確定していない。鈴木静夫『物語 フィリピンの歴史』。
トンド王国は、中国・東南アジア・インド・アラブとの中継貿易で栄えた海洋国家である。中国の記録には、「呂宋國」が首都を「トンド」（東都）に置くという記述があり東西洋考、モンゴル帝国に敗れた南宋の残党1279年の崖山の戦いで南宋は滅亡した。が海を渡り建国したという伝承が残っている。
Kingdom of Namayan
ミンドロ島 摩逸
元代の史書『文献通考』によると、982年にフィリピンと思われる摩逸国の商人が交易品を積んで広州を訪れている文献通考/卷三百三十二·四裔考九 に「又有摩逸国 太平興国七年 載宝貨至広州海岸」とある。。また、1225年の著書『諸蕃志』では、この時代のフィリピン（麻逸）の人は木綿の布で体全体または下部を隠しており、青銅の神像を草原に置いており、中国やアラブ諸国とバーター貿易していると解説されている。フィリピンの言語には中国語由来と見られる経済用語も多い。14世紀のにもマニラを意味する麻里の地名が見られる。
ビサヤ Confederation of Madya-as
ミンダナオ島 蒲端國（ブトゥアン王国）
ミンダナオ島北東部の流域のブトゥアンにあった中継貿易で栄えた海洋国家で、10世紀頃には既に、占城（ベトナム南部）や馬来（ヌサンタラ、インドネシア）などとの交易を行っていた。11世紀までにブトゥアンはフィリピン諸島の交易・商業の中心となっていた。
1521年にフェルディナンド・マゼラン一行が、アグサン川河口に碇を下ろしミサを行った記録が残っている。
イスラムの到来 14世紀後半には、中国～東南アジア～インド～中東を繋ぐ航路上で海上交易を行っていたイスラム商人の影響でフィリピン諸島にもイスラム教が広まる。
1433年にはネグロス島の首長が刑法を制定したとされているが、疑わしいと考える研究者もいる荻野芳夫『フィリピンの社会・歴史・政治制度』。
15世紀後半にはマラッカ王国を中心とした貿易が盛んになった。インドのマラバール、コロマンデル、グジャラートやジャワと共に、ルソンからも多数の商人がマラッカを訪れて貿易した弘末雅士『東南アジアの建国神話』。
16世紀のスペインが到来する直前、ルソン島はブルネイの影響にある都市が多く存在した。その首長の何人かはブルネイのスルタンの娘を妻としていた。最大都市マニラには6000人規模の集落があり、その他にも南西部沿岸に都市があった。主な交易品は、輸出品として金、蜜蝋、蜂蜜、蘇木であった。輸入品としては陶磁器、織物、金属製品、日用雑貨などだった。輸入された鉄製品は新たに鋳物として作り直された『東南アジア史 3』より菅谷成子「スペイン領フィリピンの成立」。陶磁器は宋胡禄など中国や東南アジア各地のものが確認されている。
また、フィリピンにはバランガイと呼ばれる数十戸を単位とする集落が数多くあった。バランガイの語は船を意味するマレー語に由来しており、元はマレーからの同一の漂流集団と見られている。バランガイは相互に交易も行っていたが、特定の国家に支配されているものではなかった。
ミンダナオ島 マギンダナオ王国
フィリピン南部のミンダナオ島にはジョホール王国（現ジョホール）からがやってきて、マギンダナオ王国を建国した。
スールー王国
1380年、Simunul（現在のタウイタウイ州, スールー諸島）にメッカからMakhdum Karimがイスラム教をもたらし、フィリピンで最初のモスクSheik Karimal Makdum Mosqueを建設した。
1450年頃にパレンバンから来たがイスラム国家のスールー王国を建国した。いずれもスマトラからの有力移住者が地元の有力者と婚姻を結んでできた王朝である桐山昇ら『東南アジアの歴史』。
ルソン島 麻里魯
都市国家の一つにマニラ王国（麻里魯）（、ジャウィ文字: ）があった。明の時代には歴史的交流のあった同じ海洋国家のマライ人系商人ワリ・サンガの影響を受けたマジャパヒト王国、マラッカ王国のムスリム商人。らを通じ、一部のルソンの人々はイスラム教を取り入れていた。
15世紀頃の地図混一疆理歴代国都之図にはフィリピンの辺りに多くの島が描かれており、中に麻里魯と読める箇所がある湯澤誠『先史時代のフィリピン諸島について(1)』。
1500年代初頭、ポルトガル人は、マラッカ王国を征服する前に立ち寄った中国とマラッカの間にある貿易国家を「ルソニア」（Luçonia）または「ルソン」（Luçon）と記している。
日本の商人もルソンと交易した記録が残っていて、戦国時代に堺商人の納屋助左衛門が貿易商を営んで巨万の富を得た逸話は最も良く知られている。
また、使用開始時期は不明確だが、1603年のスペインの報告書によると、当時のフィリピンの一部ではバイバインと呼ばれる文字が存在していた。
ビサヤ セブ王国
ビサヤ諸島にあった中継貿易で栄えたの海洋国家である。 後述するイスラムの部族長ラプ＝ラプによるマクタン島の戦いの舞台となった。
スペイン植民地時代
スペインによる植民地化
サムネイル|220px|1521年にフィリピンに到達したスペイン王国の航海者、フェルディナンド・マゼラン。
フィリピンに到達した初のスペイン人は1521年のマゼラン率いるスペイン船団である。マゼランはフィリピンに辿り着くと、鎧と槍、火縄銃、大砲などの武器の威力を背景に、部族長たちに対してスペイン王への服属および朝貢と、イスラム教に改宗したセブ王への服従並びにキリスト教への改宗を要求し、部族長を次々と服従させていった。しかし、イスラムの部族長ラプ＝ラプはこれを拒絶した。激怒したマゼランは、1521年4月27日にラプ＝ラプ討伐のためマクタン島へ軍を派遣した。ラプ＝ラプ軍は甲冑で身を固めたスペイン兵の足が無防備なことを見抜くなど、巧みな戦術によってマゼラン軍を破り、遂にマゼラン本人を殺害した。リーダーを失ったマゼランの配下たちは退却していった（マクタン島の戦い）。
スペインは1529年のサラゴサ条約で、ポルトガルにフィリピンの領有を認めさせた。
1543年にはルイ・ロペス・デ・ビリャロボス率いるスペイン船団がサマール島とレイテ島に到着し、この島々にフェリペ皇太子（後のフェリペ2世）に因んで「ラス・イスラス・フェリピナス (Las Islas Felipinas,フェリペナス諸島) 」と命名した(「フィリピン」の国名の由来)。
1565年、ミゲル・ロペス・デ・レガスピ遠征隊がメキシコからセブ島に到着し、これを占領して植民基地を作った。セブ島はヌエバ・エスパーニャ（新スペイン）副王領の一部となった。レガスピはこの帰路にフィリピンからメキシコに向かう航路を発見し（当時は帆船なので来た航路をそのまま引き返すことができなかった）、メキシコとフィリピンの間でガレオン貿易を始めた。ただしポルトガルやフィリピン原住民に最初の拠点セブを追われ、本格的な支配を開始できたのはフアン・デ・サルセードらによる1570年のマニラ征服と1571年のマニラ市の設置からだった。当時のマニラには日本人も20人ほど住んでいた。初期植民地時代のエンコミエンダ制の下で、征服されたフィリピンの原住民はスペイン人征服者によって分配された。分配された徴税権や労働徴発権と引き換えに、スペイン人はフィリピンの原住民に対してカトリックの布教を行うことを義務付けられた。しかし、エンコミエンダ制は原住民組織への打撃が大きかったため、17世紀前半に廃止された池端、生田(1977:25)。
広大なスペイン帝国の中で、フィリピン総督領はメキシコ市を首府とするヌエバ・エスパーニャ副王領の一部となり、ヌエバ・エスパーニャ副王の下で総督を頭とする行政組織が体系化され、州（アルカルデ）、町（プエブロ）、村（バリオ、バランガイ）が行政区画として再編され、総督の権力を監視するためにアウディエンシアが置かれた。
スペインは当初、トルデシリャス条約に抵触せずに香料を産出する地を求めてフィリピンを征服したが、フィリピンでは期待された香料は発見されなかったため、交易中継地として扱われることになった。1573年には初めて中国産品がメキシコにまで運ばれ、ガレオン貿易が始まった。季節風を利用して年に一隻のガレオン船がマニラからアカプルコまで太平洋を横断したガレオン貿易により、アカプルコから山を超えたカリブ海岸のベラクルスを中継してヨーロッパにまでアジアの産物が送られた。さらに、マニラからは1581年と1582年に南米ペルー副王領のカヤオにまでガレオン船が送られたが、ペルーとマニラの貿易は1631年に禁止された。ガレオン貿易のスペイン側からの決済にはメキシコ銀が用いられた。
スペインのフアン・ゴンサーレス・デ・メンドーサは1585年出版のシナ大王国誌(Historia de las cosas más notables, ritos y costumbres del gran reyno de la China)で当時のフィリピンについても言及しており、それによると中国からフィリピンに絹や陶磁器などが非常に安くもたらされ、フィリピンから中国へは金製品やなどが支払われていた松浦章『』、2007年、東アジア文化交渉研究。また、中国の張燮は1617年の東西洋考の中で「フィリピンからの品にフィリピン産のものは何も無く、夷人の銀貨ばかりである」と記している。
サムネイル|260px|スペイン植民地時代に造営されたカトリック教会のサン・アグスティン・デ・マニラ教会。 スペイン入植後、浸透した貨幣経済によって原住民はたちまち居住地を借金の代わりに取り上げられ、スペインからの入植者も増えた。1578年には近隣の有力なイスラム国だったブルネイがスペインに破れたことでイスラム勢力の力が弱まり、1587年にマニラ近郊で首長が反乱を計画したものの、翌年発覚して数名が絞首刑後晒し首となっている（）。当時スペインで布教していたカトリック教会は、スペイン本国からの仕送りが少なく、ガレオン貿易の収益を重要な資金源としていたため、貨幣経済の浸透を止めることは無かった。スペインは荒地の開拓を積極的に進めたが、その労働力をフィリピン原住民に頼り、結果としてスペインによる土地支配が進んでいくことになった。また、信者が遺言で土地を教会に寄進することもあり、スペイン占領末期には全耕作地の7%ほどを占めるようになった<。
1591年豊臣秀吉は、長崎で貿易を営む原田喜右衛門の部下である原田孫七郎を使者として、スペイン領フィリピンに日本国への朝貢を要求する内容の書状を持ってマニラのスペイン領フィリピンの総督ゴメス・ペレス・ダスマリニャスへ遣わした。
1592年、豊臣秀吉によって朱印船貿易が行われ、日本人がスペイン商人を相手とする通商が発展していった。貿易に従事する多くの日本人が東南アジアに移り住み各地で日本人町を形成し、フィリピンにもマニラなどに日本人町が作られた。1570年には20人ほどだった日本人居住者も、17世紀には1500人、最盛期には3000人にもなった。大名の高山右近も日本追放によってマニラを訪れフィリピン総督、フアン・デ・シルバらが歓迎している。しかし1633年から順次施行された日本の鎖国令によって、これらの都市は衰えた。この後、サルセド総督統治時代『呂宋覚書』のフィリピンを日本の川淵久左衛門が訪れており、1671年の口述筆記『呂宋覚書』として残されている。
ガレオン貿易の進展に伴って中国人や日本人が移住し、また、黒人がヌエバ・エスパーニャから連行され、マニラ城外に居住区を築いた。特に中国人はガレオン貿易とフィリピン植民地経営に当たって決定的に重要な役割を果たした。1637年には中国人の人口は約2万人に達し池端、生田(1977:33)、17世紀から18世紀にかけてフィリピン総督による弾圧もあったものの、中国人は現地人女性と通婚してメスティーソ（混血）と呼ばれる社会階層を築きあげ、フィリピン社会に同化した。18世紀半ばの三度に及ぶ中国人追放令発令後、中国系メスティーソは地方の商業に進出したが池端、生田(1977:48-49)、19世紀のマニラ開港後は総督府の中国人移民奨励の影響もあって新規に移民した中国人商人が在来の中国系メスティーソに代わった池端、生田(1977:49-50)。
フィリピンには世俗教会よりも修道会の進出が進んだが、修道会もガレオン貿易に積極的に参加し、フィリピン植民地経済を支えた。しかし、全体として高温多湿の過酷な気候条件と地理的な遠隔さ、経済的な魅力の不足から、スペインからフィリピンへの入植は進まなかった。
スペイン人はフィリピン植民地化の過程で、フィリピン諸島全土を植民地化できた訳ではなかった。特に南部のホロ島やミンダナオ島のムスリムはスペイン人に対して頑強に抵抗し、300年以上に渡ってと呼ばれるスペインとイスラーム勢力との間の抗争が続けられた。また、スペイン支配地域でもカトリック化した原住民の反乱が相次いだ。
17世紀に入ると、政治的にスペインと対立し、東アジアへの進出が盛んだったオランダ連合東インド会社によるフィリピン攻撃が1610年、1660年と断続的に行われた。ヌエバ・エスパーニャ副王政府はこうしたオランダによるフィリピン攻撃からの防衛費をも負担した。1603年には、マニラで最初の華人反乱が起きている。1621年から1622年にかけてはDatuによるBankaw revoltが起こった。
1646年には台湾北部を制圧していたオランダの19隻の艦隊の侵攻を受け、2月から5月にかけて熾烈なが勃発したが、スペイン軍は勝利した。
サムネイル|320px|1795年の時点でのスペインが領有したヌエバ・エスパーニャ副王領の版図。メキシコ市に中心があったヌエバ・エスパーニャ副王領はフィリピンのみならず、北アメリカの広大な地域を領有していた。 18世紀に入ると、七年戦争の最中の1762年にそれまでフィリピンとの密輸を続けていたイギリス東インド会社によってマニラが占領された。イギリス人は1764年にフィリピンから撤退したが、この事件はスペインによるフィリピン経営のあり方を再考させる一つのきっかけとなり、カルロス3世のブルボン改革によってフィリピンにもタバコの強制栽培、専売制度の確立(1782)や王立フィリピン会社の設立(1785)など、プランテーション農業を基盤とした開発型植民地への転換を目指した政策が導入された。
1809年にはイギリスがマニラに商館を設立した。
スペインのフィリピン経営における商品作物の栽培や鉱山開発は失敗に終わったが池端、生田(1977:44)、イギリス海賊の跳梁やメキシコ独立戦争の影響のため1815年にガレオン貿易が廃止され、19世紀初めにフィリピンは重商主義的植民地支配から自由主義的植民地支配に移行した。
1834年にマニラが正式に開港されると、自由主義の下で輸出向けの商品作物の栽培が進み、マニラ麻や砂糖、タバコなどがアメリカ合衆国とイギリスの市場に向けて生産される一方で、商品作物栽培のための土地所有の集中を招き、アシエンダと呼ばれる大土地所有制度が確立されて農民の小作農化が進んだ。
モロ戦争の展開 スペインとイスラーム勢力の間でモロ戦争が継続される中、ホロに都を置いたスールー王国は19世紀に入るとスペイン当局やマカオのポルトガル商人、シンガポールとの交易で栄え、1840年代にはアメリカ合衆国、イギリス、フランスと通商条約を結んだ池端編(1999:194-195)。スペインはスールー王国に対し、1848年から断続的に攻撃をしかけ、1876年のホロ攻略後、1878年に講和を結び、以後はミンダナオ島の攻略に取り掛かった。スペインは1880年代にはミンダナオ島のとの戦争を激化させたが、植民地時代の終焉までスペインがミンダナオ島を完全に支配することはできなかった。
民族運動の展開 150px|サムネイル|マルセロ・ヒラリオ・デル・ピラール。 150px|左|サムネイル|ホセ・リサール。
貿易の自由化に伴うアメリカ合衆国やイギリスとの貿易の拡大は、18世紀以来の高等教育の拡充と合わせて19世紀には自由主義思想がフィリピン原住民の間にも流入した。19世紀末になると、フィリピンにおける有産階級が成長したことや、世界各地を結ぶ航路が整備されたことなどを背景として、フィリピンからスペインへ留学する層が形成されることになった。こうした経験を通じてフィリピンにおけるナショナリズム形成の重要性を感じた留学生、知識人は、徐々に本国政府への改革要求を強め、民族運動を展開していった。
運動は当初フィリピン人の神父によって担われたが、1872年1月に勃発したカビテ暴動をきっかけに、総督によって進歩的なフィリピン人の神父や知識人が弾圧されたことは、スペイン当局のフィリピン・ナショナリズムへの弾圧を強化する事態を招いた。続いて1882年にはマルセロ・ヒラリオ・デル・ピラールによってタガログ語の日刊紙『タガログ毎日』が創刊され、フィリピン本土とスペインに留学したフィリピン人留学生によってプロパガンダ運動と呼ばれるナショナリズム運動が開始された。とりわけ、ホセ・リサールがスペインで発表した『ノリ・メ・タンヘレ』(我に触るな,1887)は植民地支配下のフィリピンにおける諸問題を厳しく告発するものであり、民族運動に影響を与えた。1888年にはバルセロナでフィリピン人によって結社「団結」が結成された。1892年にはホセ・リサールがフィリピンに帰国して「ラ・リガ・フィリピナ（フィリピン民族同盟）」を結成するが、結成間もなくスペインに対する反逆罪で逮捕されるなど弾圧も強化されていった。
フィリピン独立革命
150px|左|サムネイル|フィリピン共和国初代大統領、エミリオ・アギナルド。 220px|サムネイル|フィリピン革命軍の旗。 1892年にホセ・リサール逮捕を機に、アンドレス・ボニファシオらによって秘密結社カティプナンが結成された。本国政府に対して急進的な姿勢をとるカティプナンは1896年に武力蜂起を決行した。しかし、スペイン政府は同年ホセ・リサールを処刑し、本国から軍隊を派遣して革命鎮圧を図った。一方、革命勢力側はボニファシオとエミリオ・アギナルドの間の主導権争いが発生するなど、革命運動の統一を図ることができなかった。結局、実権を握ったアギナルドがボニファシオを処刑してスペインとの戦闘に臨んだが、革命勢力、スペインともに疲弊する中で1897年12月にビアックナバト和約が成立し、アギナルドは香港へ亡命する。しかし、ボニファシオの処刑にみられるように革命勢力は一枚岩ではなかったため、和約の成立後も各地で反スペイン闘争は継続された。
米西戦争
1898年にハバナで起きた米戦艦メイン号の謎の爆沈事件をきっかけに、アメリカ合衆国が第二次キューバ独立戦争に介入、4月に米西戦争が勃発する。アメリカはフィリピンの独立に全面協力することを条件に、香港へ亡命していたアギナルドに米西戦争に協力しフィリピン上陸の案内をするよう要請。アギナルドはこれを受け入れ、5月にアメリカ艦隊と共にフィリピンに帰国し独立運動を再開、同1898年6月12日に現カウィットの自宅にてフィリピンの独立を宣言した(現在も6月12日は独立記念日とされている)。同年8月13日、米軍とともにマニラにあったスペイン総督府を陥落させスペインとの戦闘が終結。
アメリカ統治時代 (1898-1946)
マロロス議会とパリ講和条約 9月15日にはブラカン州マロロスで革命議会を開催した。しかしキューバ、プエルトリコを電撃的に攻略されたスペインは、1898年12月10日にアメリカとパリ講和条約を締結する。スペインはアメリカにフィリピンの領有権を約2000万ドルで譲渡。アメリカ大統領ウィリアム・マッキンリーは「フィリピン群諸島は合衆国の自由なる旗のもとに置かれなければならない」とする声明を発表したが、アギナルドを始めフィリピン国民は一斉に激しく抗議した。
米比戦争
サムネイル|左|260px|米比戦争。
アメリカ合衆国との間に米比戦争が勃発する。翌1899年1月23日にアギナルドはマロロス憲法を公布しフィリピン共和国（第一次共和国）を樹立、初代大統領に就任した。1900年には当時の首都マロロスが陥落し正規軍は解散、ゲリラ戦を展開するが、翌1901年3月、イサベラ州パラナンでアギナルドは米軍に捕らえられアメリカの主権を認めざるを得なくなった。1902年までにアメリカ軍がフィリピン主要部を占領し、アメリカ合衆国の植民地となった。「フィラデルフィア・レジャ」紙は、米比戦争の二年間でルソン島住民の六分の一が殺されたと当時報道しており、これは約61万6000人にのぼる「殺される側の論理」本多勝一著 朝日新聞社1978年,172-3頁。。
米比戦争には12万人のアメリカ兵が投入され、4500人のアメリカ兵の戦死者と20万人の一般のフィリピン人の死亡者を出した池端編(1999:314)末にゲリラ化した革命軍の制圧を続け、1901年7月にはアメリカ軍の軍政から民政移管が実現し、1902年7月に合衆国議会で成立したフィリピン組織法を法的根拠に、陸軍長官ウィリアム・タフトの主導によってフィリピンの植民地化が進んだ。
桂・タフト協定 日露戦争において日本は日本海海戦での勝利を経て、ロシア軍もセオドア・ルーズベルトによる講和勧告を受け入れていた時期の1905年7月29日、タフトは来日し、日本の内閣総理大臣桂太郎との会談の中で、アメリカは韓国における日本の支配権を承認し、日本はアメリカのフィリピン支配権を承認する内容の桂・タフト協定を交わす外務省外交資料「桂・タフト覚書」Q＆A。桂・タフト協定は、1902年の日英同盟をふまえたもので、以下の三点が確認された。 日本は、アメリカの植民地となっていたフィリピンに対して野心のないことを表明する。 極東の平和は、日本、アメリカ、イギリス3国による事実上の同盟によって守られるべきである。 アメリカは、日本の朝鮮における指導的地位を認める。
フィリピン全土平定 1907年にはフィリピン組織法の下でフィリピン議会が選出された。また、米軍は、スペイン主権下に入っていなかった南部のムスリムに対しても戦争を続け、1915年にはスールー王国とカーペンター＝キラム協定（）を結んでアメリカ合衆国の主権を認めさせ、フィリピン全土を平定した。
1916年に米国議会でジョーンズ法(フィリピン自治法)を可決。同法では将来の独立が宣言され、上下二院の立法権を持つ議会の整備や、総督以外の行政機構、閣僚のフィリピン人化が進んだ。こうして米国は、経済的には米比二国間の相互関税免除を旨とした自由貿易体制を確立し、サトウキビとマニラ麻を中心としたフィリピンにおける輸出作物モノカルチャー化が進み、マニラ麻栽培のためにダバオ周辺には日本人移民が導入された。また、公教育の拡充を通して英語の普及が進んだ。
220px|サムネイル|ケソンとルーズヴェルト。 フィリピン・コモンウェルスの成立
1934年に民主党フランクリン・ルーズヴェルト政権下で将来の独立を認めるフィリピン独立法=タイディングス・マクダフィー法が議会で可決、10年後のフィリピン独立を承認。1935年5月には憲法が批准され、同年9月に行われた選挙によってマヌエル・ケソンを大統領とした米自治領政府（独立準備政府)フィリピン・コモンウェルスが成立した。ケソン政権下ではアメリカ軍のダグラス・マッカーサー元参謀総長によってフィリピン軍が創設されたが、機能するには程遠かったために、1938年2月にケソンは日本に対してフィリピンの中立化を布告した池端編(1999:340)。