ポルトガルの歴史は現在のポルトガル共和国の領域で展開した歴史である。古代にはローマ帝国の支配を受け、中世にはゴート人、イスラム勢力の支配を受けた。レコンキスタの進行した、12世紀にポルトガル王国が成立し、13世紀にはほぼ現在の領域が確定した。その後、海外へと植民地を獲得して隆盛を極めたのち、ナポレオン戦争で王制は動揺した。近代には共和制に移った。
原始・古代 先史時代 right|thumb|200px|アルメンドレスのクロムレック イベリア半島には初期から人類が進出し、ポルトガルの南北にかけて旧石器時代前期の遺跡が多く発見されているマルケス『ポルトガル』1、17頁。旧石器時代から中石器時代のイベリア半島ではアジール文化、ソーヴェテール文化、カンピニアン文化、タルドノワ文化などの文化が生まれ、同時にアフリカからイベリア半島に移住したカプス人と先住民との混血が進んでスペイン人、ポルトガル人と共通する特徴を多く持つ人種が誕生したマルケス『ポルトガル』1、18頁。石器時代のイベリア半島西部では移住生活が営まれ、突出した勢力を持つ部族は存在していなかったバーミンガム『ポルトガルの歴史』、21-23頁。ドウロ川の支流であるの流域には、牛、馬、山羊などの線画が書かれた旧石器時代後期の巨石が点在する金七『図説 ポルトガルの歴史』、10頁。紀元前5000年代の新石器時代には定住生活が営まれるようになり、磨製石器と土器の製造、農耕が始まり、野生動物の家畜化が進められる。新石器時代に建てられたドルメン（巨石墓）、クロムレック（環状列石）は、ポルトガル各地に残されている。
北と東の境界線が比較的緩やかだったポルトガルには移住者が自由に出入りすることができ、彼らによって銅細工、青銅器、鉄器の製造といった新しい技術が持ち込まれ、金細工の発達は豪奢な宝飾品の製造を促した。鉄器時代に地中海沿岸部やアフリカなどの地域から古代ケルト人などの様々な民族がポルトガルに移住し、こうした移住者はポルトガル文化の成長に寄与した。紀元前1000年頃から北方に住んでいたケルト人は陸路を通ってイベリア半島に移住し、ケルト人と先住民のイベロ族の混血が進んだ結果、ケルト・イベロ（セルティベロ、ケルティベリア）族が現れた。古代ケルト人の文化は音楽、ポルトガル北部に残る家族構成と集落の組織などに痕跡をとどめている。
ケルト・イベロ族の子孫とされるは狩猟、農業を営み、彼らが居住するミーニョ川以南からグアディアナ川までの地域はルジタニア（ルシタニア）と呼ばれていた安部『波乱万丈のポルトガル史』、17頁。紀元前8世紀頃銀を求めるフェニキア人がイベリア半島沿岸部に到来し、それに遅れてギリシア人が植民した。現代のポルトガルの領土に含まれるイベリア半島北部での植民活動はほとんど見られなかったが、ポルトガル南部にはフェニキア人とギリシア人の遺跡が多く残り、アルガルヴェには植民都市が建てられたマルケス『ポルトガル』1、19頁。遠方から訪れた商人たちはポルトガルに造船技術を伝え、彼らが持ち込んだワインはポルトガル産のビールとともに愛飲されていた。フェニキア人の都市国家ティルスがアッシリアの攻撃によって陥落した後、ティルスが北アフリカに建設した植民都市カルタゴが西地中海のフェニキア人の交易拠点を支配し、イベリア半島の植民都市もカルタゴが継承する玉置「アルタミーラからローマ帝国まで」『スペイン・ポルトガル史』、33頁。
ローマ支配
ローマとカルタゴの間でポエニ戦争が始まるとイベリア半島はカルタゴの軍事拠点となった。紀元前201年に第二次ポエニ戦争が終結するとカルタゴは海外植民地を全て喪失し、ローマがイベリア半島の支配権を握った玉置「アルタミーラからローマ帝国まで」『スペイン・ポルトガル史』、34頁。ローマは既に属州にしているヒスパニアに続いて、紀元前155年にはイベリア半島奥地への征服戦争であるルシタニア戦争（紀元前155年 - 紀元前139年）を展開した。テージョ川とドーロ川の間に住むルシタニア人は族長の元に集まり、ローマの征服に抵抗する。およそ1世紀にわたってルシタニア人の抵抗は続くが、紀元前19年にアウグストゥスが実施したカンタブリア戦争によってドーロ川以北の地域が征服され、イベリア半島は完全にローマの支配下に収まった金七『図説 ポルトガルの歴史』、11-12頁。アウグストゥスはイベリア半島をバエティカ、タラコネンシス、ルシタニアの3つの属州に区画し、後の時代にタラコネンシス西部とルシタニアにまたがった地域にポルトガルが建国される。3世紀末にディオクレティアヌスはタラコネンシスを三分割し、新たにカルタギネンシス、ガラエキアが創設された。
ローマの支配下（パックス・ロマーナ）で人種的・文化的に異なるイベリア半島の先住民のローマ化が進展し、共通の言語としてラテン語が使われるようになる。しかし、ローマ文明の影響は都市部に留まり、農村部には定着しなかったと考えられている玉置「アルタミーラからローマ帝国まで」『スペイン・ポルトガル史』、40頁。やがてポルトガルとスペインのガリシア地方で、俗ラテン語から派生したガリシア・ポルトガル語が話されるようになる。
ゲルマン人の進出 right|thumb|260px|438年から448年にかけてのスエビ王国の拡大 5世紀の初頭には衰退の進んだローマではゲルマン人の反乱が相次ぎ、彼らはローマに侵入してきた。ポルトガル北部に侵入したゲルマン人の一団は、ローマ化したルシタニア人の居住地に隣接した地域で定住生活を開始するバーミンガム『ポルトガルの歴史』、27-28頁。ゲルマン人は通貨制度など様々なローマ人の伝統を取り入れ、5世紀前半にはスエビ族によってブラカラ（ブラガ）を首都とするガリシア王国（ブラガ王国）が建国された。411年にイベリア半島北西部に到達したスエビ族はヒスパニア北部のガラエキアを中心に勢力を拡大し、最盛期にはガラエキア、ルシタニア、バエティカ、一部のカルタギネンシスを支配したマルケス『ポルトガル』1、31-32頁。スエビ王国は東ローマ帝国（ビザンツ帝国）と同盟関係を結んでいたが、やがて西ゴート族の西ゴート王国に併合される。456年にブラカラは西ゴート族に支配され、翌457年にスエビ族の王レキアリウスが西ゴート人によって殺害される。レキアリウスの死後、マルドラ（マスドラ）王によってポルトガル北部にスエビ王国の新王朝が樹立され、およそ100年の間スエビ王国は命脈を保つ。576年頃から西ゴート王国はスエビ王国の攻撃を開始し、585年にスエビ王国は西ゴート王国によって滅ぼされる。
7世紀にポルトガルを支配した西ゴート王国の首都はトレドに置かれており、トレドから離れたポルトガルの司法、経済、文化に及ぼした影響は強いものとはいえなかった。ゲルマン人の統治下ではキリスト教の拡大が推進され、ブラガがポルトガル最高位の司教座に定められた。スエビ王国ではアタナシウス派のキリスト教を信仰する先住民ヒスパノロマーノ人が多数派であり、スエビ族はこれまで信仰していたアリウス派からアタナシウス派に改宗して先住民との融和を図る金七『図説 ポルトガルの歴史』、13頁。スエビ族に勝利した西ゴート族もアタナシウス派に改宗し、王権と教会の間に同盟関係が成立する。
中世 イスラム支配とレコンキスタ 7世紀にイスラム教のもとに結束したアラブ人が各地へと征服戦争を展開し始めると、彼らの勢力は北アフリカの西部に達した。711年にイスラーム勢力はジブラルタル海峡を渡ってイベリア半島に進出し、西ゴート王国を滅ぼした。715年までに最北部を除くイベリア半島全域はイスラーム勢力の支配下に入るが、アラブ人と征服活動に従軍していたベルベル人の間で内戦が起きる金七『図説 ポルトガルの歴史』、14頁。755年にイベリア半島に上陸したウマイヤ家のアブド・アッラフマーンは内乱を鎮定し、翌756年にこの地で後ウマイヤ朝を創始した。イスラーム勢力の影響下に置かれなかったイベリア半島北部では、718年に西ゴート系の貴族ペラーヨを王とするアストゥリアス王国が建国された金七『図説 ポルトガルの歴史』、15頁。1031年に後ウマイヤ朝が断絶した後、イベリア半島にはタイファと呼ばれる小王国が乱立したため、イスラーム勢力は弱体化する。
イベリア半島のイスラーム化の波はポルトガルにも及び、キリスト教徒とユダヤ教徒は信仰を容認されていたが、大部分のポルトガル人はイスラム教に改宗したバーミンガム『ポルトガルの歴史』、27頁。イスラーム勢力下の地域では従来どおりラテン語が常用語の地位を保っていたが、植物、道具、度量衡、馬車、馬具に関する専門用語はアラビア語から借用されたバーミンガム『ポルトガルの歴史』、28頁。ポルトガルの科学と文化の発展には、イスラーム世界の学者が大きな役割を果たしている。インド洋を航行するためのイスラーム世界の造船技術は、ポルトガルに入った後に大西洋の航行に適した形に応用された。レンガ舗装、有蓋煙突、タイル張りの壁と言ったイスラーム建築の特徴がポルトガルの建築に導入され、後の時代にはイスラム風の幾何学模様のタイル壁画に代わって、戦争や日常生活を描いたタイル壁画がキリスト教徒の手によって制作される。農業の分野では水を汲み上げる水車の導入によって灌漑技術が発達し、手動の粉砕機に代わる機械が普及した。
10世紀頃からレオン王国、アストゥリアス王国などがレコンキスタと呼ばれる「国土回復運動」を展開し始めた。868年にアストゥリアス王アルフォンソ3世はドーロ川河口の都市ポルトゥカーレを征服し、にこの地を与える。1064年にはキリスト教国家とイスラーム勢力の係争の地となっていたコインブラがレオン王国に征服され、レオン王フェルナンド1世はモサラベのセズナンドにコインブラの支配を委ねた。ドーロ川とミーニョ川の間に広がるポルトゥカーレ伯領、ドーロ川とモンデゴ川の間に広がるコインブラ伯領が、後のポルトガル王国の中核になる金七『ポルトガル史』増補版、44頁。1096年、カスティーリャ＝レオン連合王国のアルフォンソ6世は、娘婿でブルゴーニュ家の騎士アンリ・ド・ブルゴーニュ（エンリケ・デ・ボルゴーニャ）にポルトゥカーレ伯領とコインブラ伯領を併せて与えた。アンリの領土は北部のガリシア地方では領主制が支配的であったのに対して、南部には広く自治権を認められた都市共同体が組織されており、南北の地域格差はポルトガル独立の一因になる関「キリスト教諸国家の確立」『スペイン・ポルトガル史』、97頁。
1086年に北アフリカからイベリア半島に進出したムラービト朝とカスティーリャ王国の軍隊がサグラハスの戦いで衝突し、勝利を収めたムラービト朝はアンダルス地方を併合する。ムラービト朝が衰退した後、1145年に北アフリカのベルベル人のイスラーム国家ムワッヒド朝がイベリア半島に進出した。
ポルトガル王国の成立 right|thumb|260x260px|ドミンゴス・セケイラによって描かれたオーリッケの戦い 1112年にアンリが没した後、ガリシアの有力貴族ペドロ・フロイラス・デ・トラバはガリシアから分断された旧ポルトゥカーレ伯領を取り戻すため、息子のフェルナンド・ペレスをアンリの妻テレサと結婚させようとした金七『図説 ポルトガルの歴史』、19頁。ガリシアの伸張を危惧するポルトゥカーレの貴族、聖職者はアンリの子アフォンソ・エンリケスを旗頭としてテレサに反乱を起こした。1128年6月24日にギマランイス近郊のでポルトゥカーレ軍はガリシア軍を破り、テレサはガリシアに逃亡した。新たに伯となったアフォンソはイベリア半島南部でのレコンキスタを進めて領土を広げるため、1131年頃にギマランイスからコインブラに遷都した。
1137年にアフォンソはカスティーリャ＝レオン皇帝アルフォンソ7世とトゥイ条約を締結し、アルフォンソ7世への臣従と引き換えにポルトガル北部の国境を取り決めた関「キリスト教諸国家の確立」『スペイン・ポルトガル史』、98頁。1139年のオーリッケの戦いでムラービト朝に勝利を収めたアフォンソは南部に勢力を広げ、同時にガリシアに侵入してアルフォンソ7世に王位の承認を要求した。1143年に締結されたサモーラ条約によってアフォンソの臣従を条件として王号が認められ、アフォンソ1世を創始者とするブルゴーニュ（ボルゴーニャ）王朝ポルトガル王国が創始された。アフォンソ1世はサヴォイア伯家、フランドル伯家と婚姻関係を結び、ローマ教皇への従属を誓って外交関係を構築した。1147年にサンタレンを征服し、パレスチナに向かう途上でポルトに寄港した十字軍兵士の支援を受けてリスボンを征服する。1179年に教皇庁によってポルトガル王位が承認される。1211年のナバス・デ・トロサの戦いでキリスト教勢力はムワッヒド朝に勝利し、レコンキスタは急速に進展する金七『図説 ポルトガルの歴史』、21-22頁。
アフォンソ1世の死後、王権の強化を推進する国王とそれに反発する貴族・聖職者の間に対立が起きる金七『図説 ポルトガルの歴史』、22頁。1245年にサンシュ2世がローマ教皇によって廃位された後、新たに王位に就いたアフォンソ3世はポルトガルの秩序の回復に努めた。1249年にアフォンソ3世はアルガルヴェ東部のファロとシルヴェスをイスラーム勢力から奪回し、ポルトガル内のレコンキスタを完了させる。1254年にはこれまで貴族と聖職者のみが参加していたコルテス（身分制議会）に平民の代表の参加が認められた。翌1255年、コインブラに代わってリスボンがポルトガル王国の首都機能を持ち始める。
ポルトガル王国の発展と衰退、アヴィス王朝の成立 ディニス1世の治世にポルトガル王権の強化、経済活動は最盛期を迎える合田「ポルトガルの誕生」『スペイン・ポルトガル史』、366頁。国内外の貿易活動が活性化し、特にフランドル地方、イギリス、フランスを相手とする交易が盛んに行われていた合田「ポルトガルの誕生」『スペイン・ポルトガル史』、366-367頁。リスボン、ポルトの商人が海上貿易において主要な役割を果たし、立地と良港に恵まれたリスボンはポルトガル南北地域の統合と経済活動の中心地となる合田「ポルトガルの誕生」『スペイン・ポルトガル史』、368-369頁。レコンキスタの達成によって地中海の自由な航行が可能になるとイタリアの商人がポルトガルに進出するようになるが、特にジェノヴァの商人は商業と航海技術に大きな影響を与え、1317年にジェノヴァ人マヌエル・ペサーニャによってポルトガルに海軍が創設される金七『ポルトガル史』増補版、57頁。1312年にテンプル騎士団が廃止された後、ディニスは1317年にキリスト騎士団を新設してポルトガル国内のテンプル騎士団の財産を移管し、富の国外への流出を未然に防いだマルケス『ポルトガル』1、108頁。また、1290年にはコインブラ大学の前身となる法学者の養成を兼ねた学校がリスボンに開設される金七『ポルトガル史』増補版、55-56頁。
レコンキスタの進展に伴ってドーロ川以北で話されていたガリシア・ポルトガル語がテージョ川以南のルシタニア・ムデハル語と融合し、ガリシア・ポルトガル語から分化したポルトガル語が成立する金七『図説 ポルトガルの歴史』、28-29頁。ディニス1世による公文書のラテン語からポルトガル語への転換、南フランスで活躍していたトルバドゥール（吟遊詩人）の活動は、ポルトガル語の確立に大きな役割を果たした。
1340年代にヨーロッパ・北アフリカを襲った黒死病（ペスト）は1348年秋にポルトガルでも流行し、ポルトガルの人口のおよそ3分の1が減少したと推定されている合田「ポルトガルの誕生」『スペイン・ポルトガル史』、369頁。黒死病の流行は農業労働力の減少をもたらし、歳入の減少と貴金属の不足に対する応急処置として悪貨が鋳造されたため、都市下層民の生活に大きな負担がのしかかった。農村人口の減少と移動への対処として1349年から農民を土地に拘束する強制就労法が施行され、その中でも1375年のセズマリア法は有名であるが、十分な成果は上がらなかった金七『ポルトガル史』増補版、57-58頁。ポルトガル王フェルナンド1世はカスティーリャの王位継承権を主張して3度の軍事行動を実施するが、ポルトガルの大敗に終わる合田「ポルトガルの誕生」『スペイン・ポルトガル史』、370頁。和約によってフェルナンド1世の唯一の子供である王女ベアトリスはカスティーリャ王フアン1世と結婚したため、ポルトガルがカスティーリャに併合される可能性が現れる。戦争の敗北に加えて教会大分裂（大シスマ）も国内の混乱を悪化させ、聖職者と一般の信徒は2つの立場に分かれて対立するマルケス『ポルトガル』1、111頁。
1383年にフェルナンド1世が没した後、カスティーリャに嫁いでいた王女ベアトリスがポルトガル王位に就き、ベアトリスの母レオノールが摂政となる。反レオノール派はペドロ1世のアヴィス騎士団長ドン・ジョアンを担ぎ出し、ポルトガルは大貴族を中心とするレオノール派と中小貴族、ブルジョアジーを中心とするジョアン派に二分された金七「ジョアン1世」『スペイン・ポルトガルを知る事典』新訂増補版、152-153頁。レオノールはカスティーリャに援軍を要請し、1384年2月にリスボンはカスティーリャ軍の包囲を受ける。リスボン市民はジョアンを「王国の統治者、防衛者」に選出してカスティーリャの攻勢に抵抗し、ジョアン派はリスボンの防衛に成功する。1385年4月にコインブラで開催されたコルテスでジョアンはポルトガル王に選出され、彼を創始者とするアヴィス王朝が成立した。同年8月のアルジュバロータの戦いでポルトガル軍はカスティーリャ軍に勝利し、国家の独立を守り抜いた。
近世 海外進出 right|thumb|236x236px|エンリケ航海王子 1415年にドゥアルテ、ドン・ペドロ、ドン・エンリケ（エンリケ航海王子）らジョアン1世の王子たちがモロッコの港町セウタを占領し、ポルトガルの海外進出が始まった。1419年からエンリケ航海王子による西アフリカ探検が開始され、カナリア諸島、アゾレス諸島、マデイラ島などの大西洋の島々の発見と植民が行われた。1434年にポルトガルが派遣した探検家ジル・エアネスはボジャドール岬に到達した頃から探検事業は急速に進展し、キャラベル船の導入など航海技術も向上を見せる増田『図説 大航海時代』、5,51頁。西アフリカではポルトガルとカスティーリャの競争が激化するが、1479年に締結されたアルカソヴァス条約によってポルトガルはカナリア諸島を除く大西洋の島々とヴェルデ岬以南の西アフリカの沿岸部を確保した合田「海洋帝国の時代」『スペイン・ポルトガル史』、379頁。ポルトガルによってアルギン、サン・ジョルジェ・ダ・ミナに設置された拠点からは金のほかに奴隷も出荷され、1450年から1500年までの間におよそ150,000人の奴隷がポルトガル人によって送り出されたと言われている増田『大航海時代』、168-169頁。
left|thumb|246x246px|ヴァスコ・ダ・ガマの事跡を称えて喜望峰に建てられた記念碑 1486年にベニン王国に辿り着いた探検家アフォンソ・アベイロはアフリカ奥地にオガネーというキリスト教国が存在する情報をリスボンの宮廷にもたらした増田『大航海時代』、49頁。オガネーがプレステ・ジョアンの国と考えた国王ジョアン2世は陸路と海路の両方に捜索隊を派遣し、船団の指揮を命じられたバルトロメウ・ディアスはアフリカ大陸沿岸を南下し、1488年1月に喜望峰に到達する増田『大航海時代』、50頁。1498年5月にヴァスコ・ダ・ガマが率いる船団がインドのカリカット（コーリコード）に到達、翌1499年9月にガマはリスボンに帰還し、ヨーロッパとインドを直接結ぶ航路が開拓される金七『図説 ポルトガルの歴史』、38頁。1500年3月にはペドロ・アルヴァレス・カブラルが率いる船団がインドに向けて出港するが、船団は航行中に貿易風によって西に流され、南アメリカ大陸に流れ着いた。ポルト・セグーロに上陸したカブラルは土地を「ヴェラクルス」と名付け、やがて産出される染料に因んだ「ブラジル」の名前で呼ばれるようになる金七『図説 ブラジルの歴史』、11-12,16-17頁。
アジアに進出したポルトガルは領土の獲得ではなく、要塞・商館の建設という手段で商業網の確保に乗り出した金七『ポルトガル史』増補版、83頁合田「海洋帝国の時代」『スペイン・ポルトガル史』、382頁。フランシスコ・デ・アルメイダ、アフォンソ・デ・アルブケルケらによってインド洋世界にポルトガルの拠点が築かれ、1510年にゴア、1511年にマラッカがポルトガルの支配下に入り、1522年にはモルッカ諸島のテルナテ島に要塞が建設された。アラビア半島、ペルシア湾方面ではアデンの攻略に失敗したものの、1503年にソコトラ島に要塞を建設して紅海に睨みを利かせた。1515年にペルシア湾の都市ホルムズを征服したポルトガルは香料交易を一手に収める合田「海洋帝国の時代」『スペイン・ポルトガル史』、382-383頁金七『図説 ポルトガルの歴史』、40-41頁。ポルトガル人はアジア内の貿易にも積極的に介入し、1557年に明からマカオを租借した後、中国の生糸と金、日本の銀を扱う中継貿易で大きな利益を上げた合田「海洋帝国の時代」『スペイン・ポルトガル史』、385頁。
従来はヴェネツィア共和国の商人がイスラム商人を通してアジアで生産された胡椒を輸入し、ヨーロッパで独占的に販売していたが、新航路の開拓によって状況は一変する金七『図説 ポルトガルの歴史』、38-39頁。香料の流入が遮断されたため、15世紀末までヨーロッパの香料貿易を独占していたヴェネツィア商人は打撃を受ける金七『ポルトガル史』増補版、82頁。ヨーロッパ・アジア間の香料貿易はリスボンに置かれたインド商務院によって統轄され、1518年から1519年にかけては海外収入が国家歳入の63%を占めていた金七『図説 ポルトガルの歴史』、41-42頁。
他方でブラジルには染料以外に有望な資源がない報告を受け取ったマヌエル1世はインドの香料交易に力を入れ、1502年にフェルナン・デ・ロローニャの商人団にブラジルの開発を委任する金七『図説 ブラジルの歴史』、16頁。しかし、民間によるブラジル開発は失敗に終わり、1548年からポルトガル王室はブラジルに総督を配置して本格的な植民地経営に着手する金七『図説 ブラジルの歴史』、19-21頁。1560年代からブラジルの砂糖生産が軌道に乗り始め、砂糖産業は1670年代まで成長を続ける金七『図説 ブラジルの歴史』、21頁。
15世紀後半から王室はカスティーリャ、スペインとの結びつきを強め、血縁関係をより緊密なものにしていた合田「海洋帝国の時代」『スペイン・ポルトガル史』、390頁。スペイン文化の影響は宮廷内にとどまらず上流階級に波及し、イベリア半島に存在する国家が統一される可能性が高まっていった。マヌエル1世の治世にはイタリアの都市国家やイギリスなど他国の海外交易に参入し、貴族たちは王家間の婚姻関係を軸にイベリア半島を統一する方法を模索していたバーミンガム『ポルトガルの歴史』、48頁。メキシコとペルーに銀山を抱え、メキシコ・フィリピン・中国を結ぶ航路を開拓したスペインは、交易路の拡大を望むポルトガルの商人にとって魅力的な市場になっていたマルケス『ポルトガル』2、35頁。ポルトガルとカスティーリャ、そしてスペインは相互に文化的影響を与え合い、ポルトガル語とスペイン語両方の言語で作品を残した作家が多く現れたマルケス『ポルトガル』2、36頁。
大航海時代の交易によってもたらされた利益と見聞は、ポルトガルの美術と学芸の世界にもいくらかの影響を与えている合田「海洋帝国の時代」『スペイン・ポルトガル史』、387頁。建築の分野では航海に関するモチーフが施されたマヌエル様式が発達し、ゴメス・エアネス・デ・ズララの『ギネー踏査征服史』やトメ・ピレスの『東洋諸国誌』などの探検事業の記録が著された。イタリアやフランドル地方からもたらされたルネサンスの人文主義運動が盛んになる一方、自国語を重視する動きも見られた合田「海洋帝国の時代」『スペイン・ポルトガル史』、388頁。1572年に発表されたルイス・デ・カモンイスの『ウズ・ルジアダス』は古代からガマの航海までのポルトガルの歴史を語る叙事詩であり、ポルトガルだけでなくヨーロッパの他地域でも読まれていた。
ハプスブルク家の統治 right|thumb|300px|ハプスブルク時代のスペイン・ポルトガル同君連合の支配領域。青色で示された範囲がポルトガル王国の支配領域を表す。 1578年に国王セバスティアン1世が未婚のままアルカセル・キビールの戦いで戦死すると、彼の大叔父である枢機卿ドン・エンリケが王位に就くが、ドン・エンリケにも嗣子はいなかった金七『ポルトガル史』増補版、117頁。1580年1月にエンリケ1世は後継者を決定しないまま没し、マヌエル1世の孫たちが王位継承権を主張した。大部分の貴族、知識人、官僚、商人の支持を集めるスペイン王フェリペ2世と、民衆からの人気が高いクラトの修道院長ドン・アントニオが争い、フェリペ2世が派遣したスペイン軍は各地で勝利を収めた。1581年4月にトマールで開催されたコルテスでフェリペ2世はポルトガル国王として承認され、イベリア半島にスペイン王がポルトガル王を兼ねる同君連合が成立した金七『ポルトガル史』増補版、118頁。
フェリペ2世は甥のアルベルト・デ・アウストリアをポルトガル総督に任命し、評議会との合議制を敷いてポルトガルを統治した。フェリペ2世はポルトガルで寛大な統治を実施し、ポルトガルの自治が尊重されただけでなくポルトガル人はスペイン国内でも優遇を受けた金七『ポルトガル史』増補版、124頁。ポルトガルは宮廷の維持費の負担から解放され、スペインとの間に設けられた国境税関の廃止、新大陸のスペイン領への進出によって商人は大きな恩恵を受ける。この結果ポルトガル経済は回復し、植民地の経営状態も良化する。スペインの首都をリスボンに遷都する計画が立てられ、リスボンとトレドを結ぶテージョ川の運河の建設が始められたが、利権の喪失を恐れるセビリアの反対によって計画は頓挫した。1588年に実施されたスペイン艦隊のイギリス遠征にはポルトガル艦船も加わっていたが、同年夏のアルマダの海戦でスペイン艦隊はイギリス艦隊に敗北し、ポルトガルの海運も痛手を受けた金七『ポルトガル史』増補版、125頁。
1598年のサントメ島とプリンシペ島の攻撃を皮切りに海外のポルトガルの支配領域であるアジア、西アフリカ、ブラジルでポルトガルとオランダの抗争が起こり、戦争は1663年のインドのマラバールの陥落まで続いた。オランダの進出によってアジアにおけるポルトガル人の勢力は大きく減退するが、オランダは西アフリカ、ブラジルから退却せざるを得なかった金七『ポルトガル史』増補版、126頁。
東アフリカのポルトガルの拠点は1538年にアデンがオスマン帝国に占領された直後から圧力を受けるようになり、1585年から1586年の間にオスマン帝国のミール・アリ・ベイによってマリンディを除くポルトガルの拠点が奪われた増田『大航海時代』、169頁。ポルトガルは敵対的なスワヒリ都市のモンバサとオスマン帝国の連携を阻止するため、1592年にマリンディと連合してモンバサを攻撃した富永智津子『スワヒリ都市の盛衰』（世界史リブレット, 山川出版社, 2008年12月）、39-41頁。モンバサを占領したポルトガルは島にフォート・ジーザスを建設し、この地を拠点として半世紀ほど東アフリカでの軍事的優位を保つ。ペルシア湾方面のポルトガル植民地はサファヴィー朝イランの攻撃に晒され、1602年にバーレーン島、1622年にホルムズが奪われる福田安志「ペルシア湾と紅海の間」『イスラーム・環インド洋世界』収録（岩波講座世界歴史14, 岩波書店, 2000年3月）、123-124頁。