サンフランシスコ・フォーティナイナーズ（、略称: SF）は、アメリカ合衆国カリフォルニア州サンタクララに本拠地をおくNFLチーム。NFC西地区に所属している。
2013年シーズンまでの歴代ホームスタジアムはいずれもサンフランシスコに所在したが、2014年シーズンからサンタクララのリーバイス・スタジアムをホームスタジアムとしている。サンフランシスコ湾の南に位置するサンタクララはサンフランシスコ半島の北端に位置するサンフランシスコと直線距離で約50km以上離れており、都市圏（MSA）も異なるが、広域都市圏（CSA）は同じであり、サンフランシスコ・ベイエリアのチームとしてサンフランシスコを冠し続けている。
日本語では英語表記のまま49ersと記述されることも多い。愛称はナイナーズ（Niners）。
概要 1946年にAll-America Football Conference (AAFC)の一員としてチーム創設、1949年AAFCの破綻に伴い、1950年にNFLに参加した。現在、NFC西地区に所属している。チーム名は、サンフランシスコの東にあるサクラメントで1848年に砂金が発見されてカリフォルニアでゴールドラッシュが起き、金鉱で一攫千金を夢見る鉱山師が翌年に急増した1849年に因む（フォーティナイナーズ＝49ers='49年の人達）。ゴールドはチームカラーのひとつにもなっている。これまでにスーパーボウルに5回優勝している。この記録はダラス・カウボーイズと並んで歴代2位タイである。NFLに加入後1970年まで地区優勝を果たすことはなかったが、1980年代にはプレーオフを逃すことわずか2回で4回のスーパーボウル優勝を果たすなど1980年代を代表するチームであった。チームは3度のスーパーボウルMVPに輝いたジョー・モンタナ、長年プロボウルに選出されたロニー・ロット、史上最高QBレイティングを残したスティーブ・ヤング、歴代最多タッチダウンをあげたジェリー・ライスらによって1980年代と1990年代始めにスーパーボウル5回の優勝を誇った（内4回は1980年代、5回目は1994年、2012年に敗れるまでは5回の出場機会すべて優勝しNFL記録のスーパーボウル5連勝）。またザ・キャッチや第23回スーパーボウルの逆転タッチダウンドライブは有名なプレイとして知られている。
歴史 1960年代まで
1946年、AAFCの一員としてチームが創設された。これはメジャープロスポーツ球団として初めてのサンフランシスコにおけるチームの誕生であっただけでなくアメリカ西海岸にできた最初のプロチームの1つとなった。リーグには圧倒的な強さを見せたクリーブランド・ブラウンズが存在し2位以上の成績をおさめることはできなかった。AAFCが崩壊するとブラウンズ及び初代ボルチモア・コルツと共にNFLに加入した。
1956年のドラフト全体2位でQBアール・モラルを指名したが、翌年にトレードでピッツバーグ・スティーラーズへ放出した。1957年、開幕戦を落とした後、ロサンゼルス・ラムズ、シカゴ・ベアーズ、グリーンベイ・パッカーズを破りホームのキーザー・スタジアムに帰ってきたベアーズ戦7-17とリードされた試合中にトニー・モラビトオーナーが心臓発作で急死してしまう。ハーフタイムに悲報を聞いた彼らは奮い立ち14点をその後入れて21-17と逆転勝利を果たした。11月3日のデトロイト・ライオンズ戦では28-31とリードされた残り10秒、敵陣41ヤードからの攻撃でY・A・ティトルから2人のディフェンス（ジャック・クリスチャンセン後のナイナーズヘッドコーチ、ジム・デビッド）にカバーされたR・C・オーエンスへのタッチダウンパスが決まり逆転勝利したNFLグレイトタッチダウン100 ポリドール ASIN B00005FNUS。このプレイはアリ・ウープ(Alley Oop)と呼ばれている。チームは8勝4敗でライオンズと並んでウェスタンディビジョン首位タイとなり地元サンフランシスコで地区優勝をかけたワンゲームプレーオフで対戦することとなった。ハーフタイムを24-7とリードして迎え、NFLチャンピオンシップゲームのチケットも印刷された。後半開始早々、ヒュー・マケルヘニーが71ヤードを走ったがこのドライブでチームはタッチダウンを奪えず、27-7とリードを広げたにとどまった。ここからシーズン開始早々負傷欠場したボビー・レーンに代わった相手QB、トビン・ロートが率いる相手オフェンスが爆発、トム・トレイシーの2タッチダウンランなどで、27-31でナイナーズは逆転負けを喫したビデオ 伝説の名勝負ベスト15 大逆転!NFL Number VIDEO ISBN 4-16-911614-3 。この試合ナイナーズが勝っていればNFLチャンピオンシップゲームにクリーブランド・ブラウンズを地元で迎えるところであった。チャンピオンシップではライオンズがブラウンズに59-14で勝利して優勝を果たした。
1950年代のチームのバックフィールドを構成した4人（ミリオンダラーバックフィールド）、Y・A・ティトル、ジョン・ヘンリー・ジョンソン、ヒュー・マケルヘニー、ジョー・ペリーは後にプロフットボール殿堂入りを果たした。
その後13年間チームは勝率5割前後をうろうろする並のチームであった。この時代の主力選手はRBのケン・ウィラード、QBのジョン・ブロディ、オフェンスラインのブルース・ボズリーであった。また1960年にヘッドコーチのレッド・ヒッキーはNFLチームとして初めてショットガンフォーメーションを導入し、この知られていないフォーメーションを利用してボルチモア・コルツを破った。1961年、ショットガンフォーメーションを利用したチームは2週連続の完封勝ちを含み4勝1敗でシーズン序盤ダッシュしたが6試合目のシカゴ・ベアーズ戦でスクリメージライン付近に選手を動かした上での相手ディフェンスによるQBへの激しいパスラッシュで0-31と完封負けを喫した。残り試合は3勝4敗1分の成績しか残せず7勝6敗1分に終わった。1962年はロードで5勝したものの地元キーザー・スタジアムではわずか1勝しかあげられず6勝8敗に終わった。大きく負け越した1963年に2勝12敗、1964年に4勝10敗と散々なシーズンを終えた後、1965年に怪我から復帰したジョン・ブロディがリーグトップクラスの3112ヤードのパスを投げ30タッチダウンをあげてチーム成績は7勝6敗1分と改善した。
1968年にダラス・カウボーイズのヘッドコーチ、トム・ランドリーの下でディフェンスコーディネーターを務めていたディック・ノーランがヘッドコーチとなった。1968年は7勝6敗1分、1969年は4勝8敗2分とここ10年ほどと同じく振るわなかった。
1970年代 1970年、チームは7勝1敗1分と絶好のスタートを切り（敗戦したアトランタ・ファルコンズ戦も1点差での敗北）、ライオンズ、ラムズに敗れたが続く2試合に勝利しオークランド・レイダースとの最終節を迎えた。地区優勝争いでラムズに0.5ゲームリードしていたチームはその試合に勝利するかニューヨーク・ジャイアンツがラムズを負かすことで地区優勝ができる状態であった。先に行われた試合でラムズがジャイアンツを30-3と破っていたがナイナーズはレイダースを38-7と破り初の地区優勝を果たした。ディビジョナルプレーオフで前年の第4回スーパーボウルに出場したミネソタ・バイキングスを17-14で破ってNFCチャンピオンシップゲームでダラス・カウボーイズと対戦したが10-17で敗れた。この試合がキーザー・スタジアムでの最後の試合となった。この年チームからはプロボウルにジョン・ブロディ、ジーン・ワシントン、デーブ・ウィルコックスら5人の選手が選ばれブロディがMVPを受賞した。
チームは1971年から新しい本拠地、キャンドルスティックパークに移った。このスタジアムは市の中心部から離れていたがハイウェイを利用したアクセスは容易なものとなった。1971年チームは9勝5敗で地区優勝を果たし、ディビジョナルプレーオフではワシントン・レッドスキンズを24-20で破った。前年に引き続きダラス・カウボーイズとの再戦になったNFCチャンピオンシップゲーム（この年はダラスでのゲーム）では強力な相手ディフェンスによって攻撃が全く機能せずに3-14で敗れた。この年、プロボウルにジミー・ジョンソン、ジーン・ワシントン、セドリック・ハードマン、ヴィック・ワシントン、フォレスト・ブルーら8人の選手が選ばれた。
1972年はシーズン最後の6試合中5試合に勝って3年連続でNFC西地区優勝を果たした（1970年のNFLとAFLの統合後、3年連続地区優勝を果たしたのはナイナーズだけであった。）。この年のプレーオフでもカウボーイズとディビジョナルプレーオフで対戦、ゲーム最初のプレーでヴィック・ワシントンの97ヤードのキックオフリターンTDが決まり、前半は21-6とリード、28-13と15点差をつけて第4Qに入った。ここで相手ヘッドコーチのトム・ランドリーは先発QBのクレイグ・モートンを下げてロジャー・ストーバックを送り込んだ。ストーバックに率いられたカウボーイズの攻撃はFGを決めて28-16、残り時間2分を切ったところでストーバックからビリー・パークスへのタッチダウンが決まり28-23と追い上げられた。ここでトニ・フリッチュのオンサイドキックが成功し、ロン・セラーズへのタッチダウンパスを決められて、ナイナーズは28-30とまたしてもカウボーイズ相手に苦杯を飲んだ。
1973年には最後の8試合のうち、低迷していたニューオーリンズ・セインツ、デトロイト・ライオンズにも敗れるなど6敗し、5勝9敗と1969年以来最低の成績に終わった。長年先発QBを務めたジョン・ブロディはスティーヴ・スパリアーらと併用された。ラッシングゲームも不調でこの年のラッシングリーダーはヴィック・ワシントンだったがわずか534ヤードにとどまった。
1974年、ドラフトでアラバマ大学からウィルバー・ジャクソンを獲得した。ジャクソンは705ヤードを走り、相棒のラリー・シュリーバーと合計で1300ヤード以上を獲得した。QBのスパリアーは負傷によりシーズンのほとんどを欠場し安定したQBを欠いたが6勝8敗と健闘した。
1975年にはプロボウルに3回選出されたタイトエンドのテッド・クワリックがワールド・フットボール・リーグに参加するため退団してしまった（彼はその年オークランド・レイダースでNFLに復帰した。）。またウィルバー・ジャクソンは怪我でシーズンのほとんどを欠場し、デルビン・ウィリアムズがチームトップの631ヤードを走った。チームは最後の4試合に連敗して5勝9敗に終わり、ノーランヘッドコーチはこの年でチームを去った。
1976年、チームはスタンフォード大学時代にハイズマン賞を獲得したジム・プランケットをニューイングランド・ペイトリオッツから獲得した。また新しいヘッドコーチにはモンテ・クラークが就任した。この年チームのラン攻撃は冴え渡り、デルビン・ウィリアムズは1200ヤード以上を走り一流RBの仲間入りを果たしプロボウルに選出された。またウィルバー・ジャクソンも792ヤードを走った。レシーブではジーン・ワシントンがチームトップの457ヤードを稼ぎ6タッチダウンをあげた。シーズン開幕から6勝1敗と1970年以来の好スタートを切ったが強豪との対戦はなく、マンデーナイトフットボールでのロサンゼルス・ラムズ戦ではトミー・ハートの6サックなど、合計10サックを浴びせて16-0で完封した。チームは最後の4試合に同地区ライバルのラムズ、アトランタ・ファルコンズとの対戦を残しプレーオフに望みをつないでいたが4試合とも落とし8勝6敗でプレーオフを逃した。クラークヘッドコーチはわずか1シーズンでゼネラルマネージャーのジョー・トーマスによって解任された。
1977年、エドワード・J・デバルトロ・ジュニアがチームを買い取った。前ダラス・カウボーイズのQBスティーブ・ディバーグと契約した。ケン・マイヤーヘッドコーチが就任したが開幕から5連敗しその内2試合は完封された。続く6試合中5試合で勝利を収めたがその後3連敗し5勝9敗でシーズンを終えた。期待されたプランケットは9タッチダウンしかあげられなかった。ディフェンスラインのトミー・ハート、クリーブランド・イーラムがこの年プロボウルに選出された。またウィルバー・ジャクソンとデルビン・ウィリアムズは合計1600ヤードを走った。ジーン・ワシントンがチームのエースレシーバーとなったが彼はこの年でチームを去った。この年のオフシーズンチームはバッファロー・ビルズからO・J・シンプソンを獲得、マイアミ・ドルフィンズのWRフレディ・ソロモンとデルビン・ウィリアムズをトレード、プランケットを放出、マイアーヘッドコーチもクビにしてピート・マッカリーを新ヘッドコーチとして迎えた。
1978年、チームはシンシナティ・ベンガルズ、タンパベイ・バッカニアーズ戦にしか勝てず2勝14敗で終えた。シンプソンがチームのラッシングリーダーとなったが、ひざの故障を抱えた彼は600ヤード未満の記録に終わった。またウィルバー・ジャクソンも怪我でシーズンのほとんどを欠場した。
1979年には低迷した成績によってドラフト全体1位の指名権が得られるはずであったがシンプソンの獲得でこれを失っており、補強の失敗の責任を取らされてジョー・トーマスGMは解任された。この年スティーブ・ディバーグ（1977年ドラフトで入団）、ポール・フォーファー、ランディ・クロスなどが初出場を果たした。この年、スタンフォード大学のヘッドコーチであったビル・ウォルシュによってチーム状況は好転することとなる。チームはドラフトやフリーエージェントで弱点のてこ入れをしていき、ウェストコーストオフェンスを導入した。1979年にドラフト3巡目で1977年にノートルダム大学を全米ランク1位に導き、また1979年のコットンボウルなど数々の逆転劇を演じたジョー・モンタナを指名した。モンタナはQBとしては身長が低く肩もあまり強くないと見られており他チームのスカウトはあまり注目していなかった。ドラフト当日、ダラス・カウボーイズは次に指名しようとする予定の選手を何人かボードに書き込んでいた。3巡目の指名（ナイナーズより前の指名権があった。）になった際、そこにはモンタナの名前が書き込まれたがストーバック、ダニー・ホワイトがおり、QBよりもタイトエンドの補強をする必要があったカウボーイズはダグ・コスビーを指名、ナイナーズは希望どおりにモンタナを獲得できた。この年チームは2勝14敗に終わった。QBディバーグはタッチダウンよりインターセプトが多かったもののパス成功率60％で3600ヤード以上を獲得した。フレディ・ソロモンはレシーブで800ヤード以上を獲得した。一方ラン攻撃は低調でポール・ホーファーがチームのラッシングリーダーとなったが615ヤード、シンプソン故障のため460ヤードに終わりこのシーズンで現役を引退した。
モンタナ時代 1980年にチームは開幕から3連勝したがその後接戦が多かったものの8連敗を喫した。ディバーグとモンタナは併用されディバーグの方が好成績をあげたがウォルシュは将来性ではモンタナの方に分があると感じていた。この年の第14週ニューオーリンズ・セインツ戦ではシーズン13連敗中だったセインツにハーフタイムで7-35と28点差のリードを許したがモンタナに率いられた攻撃は35-35の同点に追いつき、オーバータイムにレイ・ワーシングの決勝FGが決まり38-35と逆転勝利した。28点差からの逆転勝利は長くNFL史上最多得点差からの逆転劇であった（1993年のプレーオフ、ビルズ対オイラーズで31点差からビルズが勝利を収めた）。この勝利以降モンタナの先発が定着した。この年2年目のWRドワイト・クラークがチームトップの82キャッチ、RBのアール・クーパーが700ヤード以上を走った。
1981年、ウォルシュはディフェンスの改善に乗り出し、新人や経験の乏しかった選手を多数起用した。その中にはロニー・ロット、エリック・ライト、カールトン・ウィリアムソン、ドワイト・ヒックスらである。またベテランLBのジャック・レイノルズ、パスラッシャーのフレッド・ディーンを獲得した。これらの補強によってオフェンスとディフェンスがバランスの取れたチームとなったナイナーズは1勝2敗でスタートしたが残りの13試合で12勝をあげて、13勝3敗とチーム史上最高の成績で終えた。ディーン、ロット、ヒックスがこの年プロボウルに選出された。
モンタナによるショートパスを中心とした攻撃でボールをコントロールし、クラークはポゼッションレシーバーとして、ソロモンはディープスリートとして両WRはしっかりと役割を果たした。ラン攻撃は弱点で543ヤード走ったリッキー・パットンがチームのラッシングリーダーとなり、アール・クーパーはランよりパスターゲットとして活躍し51キャッチを記録した。プレーオフではディビジョナルプレーオフでニューヨーク・ジャイアンツに38-24で勝利し、NFCチャンピオンシップゲームは1970年代のプレーオフで何度も苦杯をなめた相手であるダラス・カウボーイズとの対戦した。シーズン序盤に両者は対戦しておりナイナーズは6回のターンオーバーを喫して14-45で敗れていた。この試合残り時間4分54秒で21-27とリードされ自陣11ヤードからナイナーズは攻撃権を得た。モンタナは敵陣6ヤードまで攻め込み第3ダウン残り3ヤードの状況で第1ターゲットのソロモンがカバーされていたためエンドゾーンのドワイト・クラークへ向かってパスを投げタッチダウンを決めた。このプレーはザ・キャッチとして知られるようになった。このプレーはスポーツ・イラストレイテッドの表紙を飾ったが2005年秋にはゲータレードのCMに使われた。このプレーの後、わずかに残った試合時間でカウボーイズはダニー・ホワイトからのロングパスをドリュー・ピアソンが受けて走ったが、ナイナーズ陣44ヤードのところでエリック・ライトが彼を止めタッチダウンあるいはFGを阻止した。次のプレーでローレンス・ピラーズがホワイトをサックしファンブルを誘いジム・スタッキーがこれを押さえてナイナーズは勝利した。お互い初出場となったシンシナティ・ベンガルズとの第16回スーパーボウルではハーフタイムまでに20-0とリードし最終的に26-21で勝利した。この試合レイ・ワーシングは4本のFGを成功、12プレーで最後はクーパーへのタッチダウンパスを決める92ヤードのドライブを達成したモンタナがMVPに選ばれたが、第3Q自陣3ヤードまで攻め込まれながら4回の攻撃をしのぎきったディフェンスの活躍も見逃せなかった。こうして2勝14敗のシーズンからわずか2年でチームはスーパーボウルを制覇した。
1982年、ストライキで短縮されたシーズン、チームは地元キャンドルスティックパークで1勝もできず3勝6敗でシーズンを終えた。この年のホームでの成績は5敗、アウェイでの成績は3勝1敗であった。NFL史上ホームで未勝利に終わったチームがアウェイで勝ち越したのはこの時のみである。
しかしこの後17年間チームは負け越しのない栄光の時代を迎えることとなる。この年モンタナは5試合連続で300ヤード以上のパスを成功させるなど、2613ヤードを投げて9タッチダウンをあげた。
1983年、チームはシーズン最後に3連勝して10勝6敗でシーズンを終え地区優勝を果たした。モンタナは3910ヤードを投げて26タッチダウンをあげた。ディビジョナルプレーオフでは敵地でデトロイト・ライオンズと対戦し17-9とリードして第4Qを迎えたが相手に2TDを許し17-23と逆転された。しかしモンタナが残り2分にソロモンへのTDパスを決めて、相手キッカーエディ・マレーの逆転を狙ったFGは失敗し24-23で勝利した。翌週のワシントン・レッドスキンズとのNFCチャンピオンシップゲームでは一時0-21とリードされながら同点に追いついたがマーク・モーズリーに決勝FGを決められて21-24で敗れた。
1984年、チームは15勝1敗でシーズンを終えた（これは2007年にニューイングランド・ペイトリオッツがシーズン16戦全勝するまでは1985年のシカゴ・ベアーズ、1998年のミネソタ・バイキングス、2004年のピッツバーグ・スティーラーズなどと共に16試合制になってからNFLシーズンベストの記録であった）。プレーオフではニューヨーク・ジャイアンツを21-10、シカゴ・ベアーズを23-0で破り第19回スーパーボウルに出場した。この試合はシーズン最多タッチダウン記録を作ったダン・マリーノ率いるマイアミ・ドルフィンズとの対戦になったが38-16で勝利した。この年ディフェンスバックのロニー・ロット、エリック・ライト、ドワイト・ヒックス、カールトン・ウィリアムソン4人全員がプロボウルに選出された。
1984年シーズン中には14人の選手たちによって"We are the 49ers" というナラダ・マイケル・ウォルデンが作詞・プロデュースしたシングルが発売された。曲にはR&B、ファンク、ポップ・ミュージックの各要素が取り入れられていた。ボーカルにはロジャー・クレイグ、ドワイト・クラーク、ロニー・ロットらが含まれたがモンタナは参加しなかった（ただしモンタナはヒューイ・ルイス&ザ・ニュースが1986年に発売したアルバム「Fore!」ではロット、クラーク、リキ・エリソンと共にバックボーカルとして参加している。）。この曲は地元ラジオ局などでの放送にとどまり1年後に発売されたシカゴ・ベアーズのスーパーボウル・シャッフルのように全米には広まらなかった。
1985年にロジャー・クレイグがNFL史上初の同一シーズン1000ヤードラッシュ、1000ヤードレシーブを達成した。チームは10勝6敗でワイルドカードでプレーオフに進出したがニューヨーク・ジャイアンツに3-17で敗れた。この年ジェリー・ライスが加入している。
1986年には開幕戦でタンパベイ・バッカニアーズを31-7と破ったが、勝利の代償は大きく、モンタナが背中を痛めて2ヶ月欠場することとなった。ジェフ・ケンプが代わりに先発出場し9月、10月を4勝3敗1分で乗り切った。モンタナが復帰後チームは6勝2敗で同地区のライバル、ロサンゼルス・ラムズを24-14で破る試合もありNFC西地区優勝を飾ったが、ニューヨーク・ジャイアンツとのプレーオフでモンタナはジム・バートにヒットされ前半に退場し、3-49と大敗した。
1987年、モンタナの控えQBとして、タンパベイ・バッカニアーズからスティーブ・ヤングを獲得した。ストライキで短縮されたこの年、チームは13勝2敗でNFLトップの成績をあげた。NFLの大部分の選手は3週間ストライキに参加して欠場したが、モンタナはスト破りをして出場した。チームはトータルオフェンス、トータルディフェンスいずれも1位で優勝候補の筆頭にあげられていたがプレーオフ初戦でミネソタ・バイキングスに24-36と敗れて3年連続プレーオフ初戦で姿を消した。
1988年、チームは6勝5敗でプレーオフ出場も危ぶまれたがマンデーナイトフットボールでワシントン・レッドスキンズを破るなど10勝6敗でシーズンを終え、プレーオフ初戦ではミネソタ・バイキングスに34-9とリベンジし、敵地ソルジャー・フィールドに乗り込んだ。氷点下8度、体感温度氷点下32度、風速13mの中行われた試合はモンタナとライスの活躍でベアーズを28-3で破った。シンシナティ・ベンガルズとの対戦となった第23回スーパーボウルでは残り時間3分余りからFGを決められて13-16と3点を追うこととなった。続くキックオフでホールディングのペナルティを取られて残り3分8秒で自陣8ヤードからの攻撃となった。ここからモンタナはスーパーボウル史上有名な92ヤードのドライブを最後はジョン・テイラーへのタッチダウンで締めくくり20-16でチームはスーパーボウル3回目の優勝を果たした。10勝6敗の成績から優勝したのはナイナーズが初めてであった。
ビル・ウォルシュは第23回スーパーボウルを最後に引退し、1989年からは彼の下でディフェンスコーディネーターを務めたジョージ・シーファートがヘッドコーチとなった。9月24日のフィラデルフィア・イーグルス戦では第4Q途中までに10-21とリードされたが、モンタナが4TDパスを決めて38-28で勝利した。14勝2敗（敗れた2試合の点差合計はわずか5点）でホームフィールドアドバンテージを得たチームはミネソタ・バイキングスを41-13、ロサンゼルス・ラムズを30-3で退け第24回スーパーボウルでデンバー・ブロンコスと対戦した。この試合では、スーパーボウル史上最多得点、最多点差となる55-10で勝利した。スーパーボウルを連覇したチームの中で異なるヘッドコーチの下で優勝した最初のチームとなった。ポストシーズン3試合の得失点差は合計100点に達した。
1990年も開幕からの10連勝を含み14勝2敗でシーズンを終えてスーパーボウル3連覇を目指した。プレーオフではワシントン・レッドスキンズを28-10で破ったがNFCカンファレンスチャンピオンシップゲームでニューヨーク・ジャイアンツをTDなしに抑えながら第4Qにモンタナがレナード・マーシャルのヒットを受けて退場、ロジャー・クレイグのファンブル後にマット・バーに5本目のFGを決められて、チームは13-15で敗れた。1988年から1990年までの3シーズン、チームはロードでも18連勝を達成した。シーズン終了後、プロテクトされなかったクレイグとロットはロサンゼルス・レイダースにプランBの制度で移籍した。またモンタナは続く2シーズンひじの怪我で欠場した。
1991年にチームはスティーブ・ヤングを先発QBとしたが彼は左手親指やひざの怪我で数試合欠場した。10試合経過したところでチームは4勝6敗とつまずいていた。控えQBのスティーブ・ボノが先発し5連勝を果たし、最終節はボノが負傷したためヤングが先発しシカゴ・ベアーズに52-14と圧勝しチームは10勝6敗でシーズンを終えてアトランタ・ファルコンズと同率となったが同地区の対戦成績で劣りプレーオフ出場を逃した。
1992年の最終週、12月28日のデトロイト・ライオンズとのマンデーナイトフットボールの試合後半、モンタナが怪我から2年ぶりに復帰しプレーを行った。彼はパス21回中15回成功し126ヤードを達成し2タッチダウンをあげて試合に勝利した。チームは14勝2敗でホームフィールドアドバンテージを確保しプレーオフに臨んだ。ワシントン・レッドスキンズを20-13で破ったがダラス・カウボーイズに20-30で敗れた。シーズンオフ、オーナー、ヘッドコーチ、モンタナの話し合いの結果、チームはモンタナをカンザスシティ・チーフスに放出することを決定した。デバートロオーナーはモンタナの残留、先発復帰を望んだがモンタナは自分がチームに残ることは自分とヤングのどちらが先発するとしても問題が起きると発言した。
ヤング時代 1993年、チームは10勝6敗でNFC第2シードとなった。ニューヨーク・ジャイアンツを44-3で破ったが敵地テキサス・スタジアムに乗り込んだダラス・カウボーイズ戦で21-38と敗れた。