明治天皇（めいじてんのう、1852年11月3日〈嘉永5年9月22日〉- 1912年〈明治45年〉7月30日）は、日本の第122代天皇（在位：1867年2月13日〈慶応3年1月9日〉- 1912年〈明治45年〉7月30日）。諱は睦仁（むつひと）、御称号は祐宮（さちのみや、）。お印は。 サムネイル|明治天皇の肖像画 倒幕および明治維新の象徴として近代日本の指導者と仰がれた。維新後、国力を伸長させた英明な天皇として「大帝」と称えられる。東京に皇居（江戸城）を置いた最初の天皇。在位中に皇族以外の摂政（二条斉敬）、太政大臣（三条実美）、左大臣（有栖川宮熾仁親王）、右大臣（岩倉具視）、征夷大将軍（徳川慶喜）が置かれた最後の天皇にして、内閣総理大臣（伊藤博文）が置かれた最初の天皇でもある。皇后と共に和歌も多く残しており、その作品数は93,032首に及ぶ。
今上天皇（第126代天皇・徳仁）の高祖父である。
生涯 生誕 thumb|left|聖徳記念絵画館壁画『御降誕』（高橋秋華画、中山家奉納）。明治天皇が生誕した中山邸の御産所や老松の巨木や秋たけなわに色づく木々、金色の光が輝く空と紫たなびく瑞雲を描いている。 嘉永5年9月22日（1852年11月3日）午の半刻（午後1時頃）に京都石薬師の中山邸の産殿において第121代天皇孝明天皇の第二皇子として生誕。生母は当時権大納言であった公家中山忠能の娘で権典侍だった中山慶子。
孫の誕生を待ちわびていた忠能は、慶子が懐妊した時からお産の準備に大わらわとなった。当時、産殿の建設には、総工費100両が必要とされたが、200石の公家中山家には過重にすぎたため、朝廷から忠能名義で100両、大叔母中山績子（孝明天皇の後宮の女官長格の「大典侍」）名義で50両の合計150両が貸し出され、その資金で六畳、十畳二間の産殿を建設した。慶子は妊娠5か月後の著帯を実家の中山邸で済ませ、9か月目の正式な著帯を8月27日（10月10日）に宮中において行った。
著帯後、慶子は中山邸に新設された産殿に入って出産に備えた。『明治天皇紀』は慶子が出産の兆候を見せた同日辰の刻（午前8時前後）からの動向を詳細に記している。忠能は巳の刻（午前10時前後）に典薬寮医師3人と産婆1人を呼び寄せ、関白鷹司政通、議奏、武家伝奏に書状を出して生誕が間近であることを伝えた。午の半刻（午後1時頃）に慶子が無事皇子を出産した。忠能はこれを心底喜び、生誕を知らせる新たな書状を回した。
父帝がその報告を受けたのは常御殿北庭の花壇の菊の花を愛でながら一献傾けていた時で、待望の皇子生誕の吉報にことの他喜び、さらに杯を重ねたという。父帝には先に九条夙子（英照皇太后）が生んだ第一皇女順子内親王、坊城伸子が生んだ第一皇子があったが、当時の幼児死亡率は極めて高く、前者は3歳で、後者は誕生即日に生母ともども薨去していた。
生誕直後に胞衣（胎盤など）とともに請衣に包まれる儀式を受け、誕生の奏上の後に継入の湯に入れられた。臍帯を切ってこれを縛り、創痕を焼灼する儀式が行われた後、賀茂の水の産湯に入れられた。皇子生誕に当たって勧進のため陰陽頭の土御門晴雄が中山邸に派遣されたが、土御門邸は御所からかなり距離があったために晴雄が中山邸に到着した時には既に皇子は産湯を終えていたが、臍帯の埋蔵の問題が残っており、晴雄の占いの結果に従って洛東吉田神社に埋蔵された。
9月28日に「七夜の礼」が予定されたが、その日は姉の順子内親王の百箇日に当たったため、翌日に延期され、9月29日に七夜の礼が行われ、父帝からの幼名を賜る。これは明治天皇の曽祖父である119代光格天皇と同じ幼名であり、『周易』の「自天祐之、吉无不利」（「天佑があって、吉であり万事に有利」）に由来する。光格天皇は、在位中、江戸幕府に強い姿勢をとって朝廷の再興に邁進し、譲位後も朝廷の政務処理や意思決定に重要な役割を果たし、天皇・朝廷の権威を高めた天皇だった。幕末に天皇が高い権威を帯びて政治の頂点に浮上したのは光格天皇の威光によるところが大きかった『光格天皇』、ミネルヴァ書房、2018年、ⅲ - ⅳ。父帝にとって理想の天皇の一人だった。
ただし、祐宮の皇位継承はこの時点では確定したものではなかった。祐宮を産んだ慶子は羽林家中山家の出身であり、天皇の正室になれる五摂家の娘ではなかったためである。既に父帝には正室・九条夙子（後の英照皇太后）があり、夙子は女御から准后、皇后へと昇格していくことになっていた。夙子に皇子が生まれ成長したなら、祐宮が即位する可能性は低くなる状況にあった。また、有栖川宮幟仁親王（男系で霊元天皇4世孫）は、光格天皇の猶子（養子）として仁孝天皇から親王宣下を受け、有栖川宮熾仁親王（男系で霊元天皇5世孫）・伏見宮貞教親王（男系で崇光天皇15世孫、女系で霊元天皇6世孫）は、仁孝天皇の猶子として親王宣下を受けていた。これら3人の親王は、いずれも皇位継承の有力候補だった。従って、夙子に皇子が生まれなくとも、祐宮が親王となる以前に、父帝が崩じる場合などは、3人の親王の1人が皇位継承する可能性もあった。以上のような事情があったものの、父帝は、光格天皇の幼名を与えるほど、唯一の皇子である祐宮に期待を抱いていた。
生後30日目の10月22日、参内始で、祐宮は初めて父帝と顔を合わせた。父帝からは人形を贈られ、生母慶子の局（部屋）が宮中における在所と定められた。ただし、当時は皇子は生母の実家でしばらく育てられた後に御所に戻る慣習があったため、四歳までは中山邸で育てられ、折りに触れて御所に参内する生活を送った。
中山邸での日々 安政3年9月29日に4歳で御所へ移るまでを中山邸で過ごす。外祖父忠能が父親代わりであり、母慶子は典侍として宮中にいたから、外祖母愛子（肥前国平戸藩主松浦清の娘）や、忠能の母綱子（公家正親町三条実同娘）が母親代わりであった。中山家に新たに井戸が掘られ、「祐井」と名付けられた。この井戸は現代まで保存されている。
忠能が最初に与えた玩具は木剣、竹刀、木馬だったが、祐宮が特に好んだのは木馬だった。四足の下に箱車が付いていて高さ一尺四、五寸の木馬であり、祐宮はこれにまたがってハイハイと声をかけ、侍女や忠能が引いて歩いた。木馬が壊れた時には侍女も忠能も馬になった。
乳は乳母によって与えられた。当初は九条家の家臣の妻が乳母となったが、途中から学者木村縫殿之助の妻ライに替わった。乳母にも自身の赤子があり、赤子を伴っての中山邸入りとなった。この赤子達と祐宮は幼友達となったが、よく喧嘩もしたという。乳母やその赤子の他にも、中山邸には、中山忠光のような型破りな人間や、儒学者・田中河内介のような熱血漢もいた。このような中山家で養育されたことは、祐宮に大きな影響を与えた。
ただ、当時の中山家は経済的に困窮しており、嘉永6年（1853年）2月には、女官が中山家の家計を心配して、祐宮の宮中帰還を提起するほどだった。そうした中で、祐宮は質実に育てられたと考えられる。
嘉永6年9月22日（1853年11月3日）の1歳の誕生日までは、比較的順調に育ったが、1歳の間に何度か10日以上に渡る病気にかかり、2歳の時には水痘にかかり、3歳の時にも高熱を出した。このように、時折体調を崩すことがあったが、この程度の発病は現代の幼児にも普通であり、医薬が未発達なため、祐宮の病気が現代より長引くのは当然で、回復出来ず死亡に至る乳幼児が多い当時において、回復できた祐宮の体は特に弱いわけではなかった。
3歳半になると、好き嫌いの感情をはっきり示すようになった。安政3年（1856年）3月25日の参内の時はに乗るのを嫌がったので乳人が抱いて参内した。また群衆の目や儀式を嫌ったため、中山邸より御所の北の朔平門に近い穴門までの間、道路を横断して幕を張り、一般通行を止めて参内した。それ以降も同様の方法が取られた。このように自我仕方が発達して来たことに、父帝の愛情は一層深まった。
9月22日（11月3日）に4歳の誕生日を迎え、例年同様父帝より祝いの品を与えられた。翌日、忠能に対し、祐宮を宮中へ戻すよう勅命が伝えられ、9月29日に祐宮は中山邸から御所へ移った。祐宮は中山家の人々と屋敷に愛着を持った。宮中で暮らすようになっても、中山邸の杏の実を毎年届けて貰っていた。そのため、明治天皇は、生涯に渡って、果物の中では杏を大変好んだ。
御所での日々 thumb|right|聖徳記念絵画館壁画『御深曽木』（北野恒富画、鴻池家奉納）。御所御三間で祐宮が深曽木の儀を行っている場面。祐宮は右手に扇、左手に松と橘の枝を持ち、碁盤上に置かれた2つの青石を爪先に踏んで、吉方である東南の方角を向かって立っており、左大臣一条忠香が女官の助力を得て鬢を整えている 御所に移った後は、生母の慶子と一緒に居住したが、2か月ほど精神的に不安定な状態が続いた。環境の大きな変化に適応するのに時間が掛かったと考えられる。
父帝は、半年ほど過ぎた安政4年（1857年）春頃より、祐宮に宮中行事を沢山見せるようになった。8歳での親王宣下までの3年半の間に宮中に慣れさせることで、皇位継承者としての自覚を促し、周囲にも認知させるとともに、父子の絆を強めようとした。
5歳の時の安政4年11月に初めての和歌を詠んだ。「月見れ がゐる 水の中にも うつるなりけり」。天皇は、祐宮が自身の所へ出向く度に和歌5題を作らせ、それが出来るといつも菓子を与えた。
権大納言正親町実徳による手習いを経て、安政6年（1859年）3月30日から有栖川宮幟仁親王が祐宮の習字の師範に就いた。幟仁親王は毎月日を定めて参内して師範に当たった。父帝は習字の師範に親王を付けることで、祐宮を並の親王より上に位置付けた。公的な場にも父帝や准后夙子と共に出席することが増え、祐宮が親王宣下を受けて皇位を継ぐことは周知の事実となっていった。
4月27日には明経博士伏原宣明が読書師範となり、満7歳にも満たない年齢で四書五経の素読を始めた。
またこの頃、同年代の公家の子供達と木太刀でチャンバラ遊びをしたり、女官に水鉄砲を掛けたり、万年青の葉を切ったりと、活発でいたずら好きであった。最も好んだ遊びは、中山邸の時と同じく箱車の付いた木馬に乗る木馬遊びであった。公家や大名からおもちゃの献上があっても、祐宮は2度ほど遊ぶと、3度目からは投げ付けて壊し、また木馬に乗った。父帝にねだって貰った柿本人麻呂の土人形を、怒り任せに投げ付けて真っ二つにしたこともあった。勝ち気で気が短く、気に入らないことがあると、誰でも小さな拳でぶっていた。
万延元年閏3月16日（1860年5月6日）、御所の御三間において、子供の頭髪の端を切って揃え、髪が長く成ることを祈る深曽木の儀を行った。
万延元年7月10日（8月26日）、勅命により准后夙子の実子として儲君に定められる。9月3日には式部大輔・文章博士唐橋在光が諱を勧進し、「与仁」「履仁」「睦仁」の三号を選定して奏上。翌日に父帝はこれを関白九条尚忠、左大臣一条忠香ら重臣に示し、その中から最も適切な諱を選ぶよう命じた。8歳を迎えた後の9月28日（11月10日）親王宣下の儀式が行われ、居並ぶ諸卿の前で父帝の宸筆による「」の2字が示された。
8歳になっても睦仁親王のいたずら好きは相変わらずであった。親王は年下の藪実休（公家薮実方の子）を伴って、しばしばいたずらをした。生母の中山慶子は、睦仁親王だけを𠮟るわけにいかず、親王を実休とともに御所の御文庫にお仕置として閉じ込めたこともあった。また明治後期に2度に渡り内閣総理大臣を務める西園寺公望は、文久元年（1861年）の頃から御所に出仕し、3歳年下の睦仁親王に近習として仕えるようになり、以来、両者は親交を結んだ『元老 西園寺公望 古希からの挑戦』文藝春秋〈文春新書〉、2007年、23 - 24頁。さらに同年12月には、前権中納言裏松恭光の孫良光（後の子爵）が親王附児に付けられ、御学友のような存在となった。良光は数え年で12歳、睦仁親王は10歳の時であった。
教育の方では、万延元年（1860年）11月12日、8歳で「大学」の素読を終え、17日から「中庸」の学習に入った。文久元年（1861年）3月に「中庸」をほぼ修了ずると、伏原は続けて「論語」を君徳の養成と啓発のため講義する侍読を行いたいと提言し勅許を得た。ここまでの教育は略式であり、家庭教師が付けられているだけのようなものだが、父帝が陰陽頭土御門晴雄に勧進させた文久2年（1862年）5月27日に読書始の儀を受けたことから、以降正規の皇子教育が始まった。輔育教養の任には外祖父の忠能が当たった。
習字は、引き続き有栖川宮幟仁親王が師範を務め、生母の慶子がそれに付いた。慶子は睦仁親王の習字に関して厳格で、明治天皇が明治20年代頃に自ら語ったところによれば、決められた過程を達成出来ないと、昼になっても食事をさせてくれなかったという。文久元年（1861年）2月20日には、有栖川宮に加えて広橋胤保が四・九の日や当番で御所に参仕する日に習字を教えるようになったが、睦仁親王は習字が好きではなかったため、上達しなかった。
和歌に関しては、父帝が添削を通して直接指導した『宮中の和歌 明治天皇の時代』、明治神宮・宮内庁、2014年、11頁。元治元年（1864年）正月に、歌道師範家として名高い冷泉家当主冷泉為理が、親王の和歌を指導したいと申し出たが、父帝は積極的に応じなかった。父帝は和歌指導を睦仁親王との父子のふれあいの場として楽しんでいた。父帝による和歌直接指導は、父崩御まで続いた。
幕末政治の動乱 安政5年（1858年）6月、江戸幕府はアメリカ合衆国総領事タウンゼント・ハリスとの間に日米修好通商条約に調印し、その条約が勅許を得ていないことが大問題となった。条約に反対であった父帝は、幕府が独断でアメリカとの条約に調印したこと、さらにロシア・イギリス・フランスとも条約を結ぶ方針であることを聞いて激昂し、左大臣近衛忠煕の進言を容れ、無勅許条約を非難する戊午の密勅を水戸藩に下し、その写しが薩摩藩・長州藩・尾張藩・加賀藩・津藩・阿波藩などの雄藩にも下された。勅命を受けた雄藩（特に水戸藩）は、名誉なことと受け止め、以後、条約に反対して天皇のもとに団結し外敵を打払うことを求める尊皇攘夷運動が活発化した。
これを危惧した幕府大老・井伊直弼は、9月に尊皇攘夷派の大弾圧（安政の大獄）を行った。それに憤った元水戸藩士・元薩摩藩士たちは、万延元年（1860年）3月3日、桜田門外の変で井伊を討ち、以降幕府の威信は弱体化。幕府は権威回復のため、公武合体を狙って父帝の異母妹和宮親子内親王を将軍徳川家茂と結婚させようと目論んだ。父帝は、これが幕府の露骨な政略であること、和宮が有栖川宮熾仁親王と婚約済であったことから難色を示したが、侍従・岩倉具視の献策を容れ、和宮降嫁を条件に、攘夷を行って10年以内に条約を撤廃することを幕府に約束させ、万延元年（1860年）8月に嫁がせた『幕末の朝廷』、中公叢書、2007年、295頁。
文久以降、欧米列強との貿易開始によるマイナスの経済的影響が及ぶようになり始めると、各地で尊皇攘夷論が激化し、近い将来、天皇の意思を奉じて攘夷を行うことを公約しておいて、いつまでも実行しない幕府は、朝廷・諸藩・志士から様々な手段で攻撃されるようになった。水戸・薩摩・長州三藩による尊王攘夷を巡る主導権争いも影響し、幕府や雄藩の朝廷政治への介入が本格化した。朝廷内部においても尊皇攘夷派の公卿が影響力を強め、朝廷を動かすほどの勢力となった。そして、このような政治闘争において、天皇は公武合体派と尊王攘夷派のどちらの勢力からも担がれており、天皇の政治的地位、権威はいやが上にも高まった。
外祖父の忠能も当時公武合体政策を推進していたことから批判対象となり、文久3年（1863年）2月1日には親王御肝煎の地位を尊攘強硬派の三条実美と交代し、差控（謹慎）を命じられるなど、政治変動が睦仁親王にも直接影響を及ぼすようになった。
攘夷策と攘夷実行期限の報告を求められた幕府は、翌年に将軍家茂が上洛して報告することを言明。徳川家光以来、230年振りの将軍上洛となった。文久3年（1863年）3月7日、上洛した家茂は、朝廷から攘夷実行期日を迫られると、その意思もないのに「5月10日」と回答した。3月19日、父帝は家茂に拝謁を許した際、睦仁親王もその場に同席させている。
同じ文久3年（1863年）6月19日、老中・小笠原長行が生麦事件についてイギリスとの交渉を朝廷に報告するという名目で、幕兵千余人を率いて京都へ入ろうとし、家茂が淀に留める事件があった。このため、京都では小笠原長行が武力で朝廷に開国を迫り、聞き入れられなかったら都に火を放ち、公家を捕縛して京都を滅ぼそうとしている、幕府が天皇を彦根へ連れ出そうとしている等の噂が流れた。京都の情勢は騒然となり、朝廷も万一を考え、睦仁親王の側近人数を増やし、家司らのうち3人を数夜に渡って交代で仕えさせた。緊迫感は、11歳に近づいた睦仁親王にも肌で感じられるようになって来た。
同年7月19日、関白・鷹司輔煕が攘夷のため天皇が自ら軍を率いる親征を行うことについて在京の各藩主に諮問したところ、鳥取藩主池田慶徳は、天皇や公家が軍隊についてまず知る必要があるため、在京の諸藩主に命じて将兵を訓練させ、これを天皇・公家が見学し、軍事に慣れてから、親征について議論すべきと奉答した。そこで、父帝は京都守護職の会津藩主松平容保に命じて将兵の訓練を禁裏御所の建春門の外で行わせた。訓練日の7月30日は雨天であったが、建春門北穴門にある御覧所において、父帝は睦仁親王や准后、女官・公家・諸藩主らを引き連れてこれを見学。天皇が軍事行事を見ることは江戸幕府成立以来なかったことであった『大元帥と皇族軍人』、吉川弘文館、2016年、9～10頁。父帝や睦仁親王らは、8月5日にも同じ場所で会津・鳥取・徳島・米沢・岡山五藩の訓練を見学した。米沢藩兵は西洋式軍隊を擁しており、大砲や銃の音や煙で子供や女達は驚きの余り血の気が失せたが、睦仁親王は泰然と見学していたという。
文久3年4月11日（1863年5月28日）から翌日にかけて父帝は石清水八幡宮に攘夷祈願の行幸を行った。尊皇攘夷強硬派は、この行幸中に天皇から将軍に攘夷実行の節刀を下賜することで幕府に攘夷の決行を迫る計画であったが、将軍が病気を理由に参加せず、失敗に終わった『天皇と宗教』、講談社、2011年、192頁。睦仁親王は父の石清水行幸を准后と共に禁裏御所の道喜門の御見立所で見送り、翌12日の帰還に際しても、同様に迎え、祝賀の酒肴を一折、父に献じた。
尊王攘夷運動は、朝権の伸張と幕権の衰退を背景に同年に最高潮に達した。長州藩は、5月10日、即ち攘夷決行日とされた日に、下関海峡を通行中の外国船に砲撃を加えた（下関戦争）。そのため、尊皇攘夷派が主導していた朝廷では、長州藩の評価が一段と上昇し、長州藩主毛利家を征夷大将軍に任じる勅命がくだるとの噂が流れた。8月13日には朝廷から天皇が神武天皇陵と春日社に攘夷を祈願するため大和へ行幸し、ついで攘夷親征の軍議を行う旨が布告された。とうとう天皇が軍事指揮権を握って攘夷戦争を遂行する可能性も出て来た。大和行幸布告が出た翌日の8月14日、睦仁親王の叔父で、宮中で睦仁親王の学問や遊び相手も務めた中山忠光も天誅組を組織し、8月17日、大和において、天皇行幸の先鋒軍として幕府に対し挙兵している（天誅組の変）『天誅組の変』、中公新書、2023年、59頁wws、76 - 79頁。
しかし朝廷政治を主導する攘夷派公卿らに警戒を強めていた父帝や中川宮朝彦親王（明治期に久邇宮）は、文久3年（1863年）8月18日、会津・薩摩藩と共に政変を敢行、三条実美ら尊皇攘夷派の公家を宮中から排除し、彼らと連携していた長州藩を京都より追放した（八月十八日の政変）。20日と26日、父帝は小御所に松平容保ら諸侯を招いて労を労ったが、両日共に睦仁親王は中段の間に着座した。政治の場への登場である。とはいえこの後の登場はない。父帝は、強硬な攘夷論の放逐という決断を、睦仁親王に対して意識的に示したと考えられる。政変の結果、忠能も議奏格に復帰し、睦仁親王は鯛など贈って喜んでいる。9月27日には、忠能・愛子夫妻が参内。親王宣下以後、睦仁親王に全く会っていなかった愛子は再会の感激に涙した。しかし、公武合体派の復権により、忠能は疑いを持たれ、12月に睦仁親王に会おうとした際にも、参殿を憚れとの勅命があるとの理由で認められなかった。
翌年6月になると「八月十八日の政変」で失脚した三条実美ら尊皇攘夷派の公家や、彼らと連携していると見做され九門の1つの堺町御門警備を止めさせられた長州藩が、巻き返しを図って、6月末までに二千名以上の兵力を京都近郊に結集させた。彼らの要求は、三条ら尊皇攘夷派公家や長州藩処分を撤回することであったが、禁裏御守衛総督徳川慶喜が長州藩軍追討令を受けると7月18日に禁門の変（蛤御門の変）が始まり、長州藩軍は最初優勢に立つも薩摩藩軍来襲により敗退し、同日中に撤退を余儀無くされた。この戦闘の最中父帝や睦仁親王も他所へ避難すべきという意見も出たが、慶喜らが反対したため、留まることとなり、睦仁親王はその夜御常御殿に連結した御三間へ移って就寝した。
翌20日の夜中、慶喜が参内し十津川郷士らが禁裏御所の中へ潜入し天皇を連れ出そうとしているとの情報があるとして、父帝と睦仁親王を起こして内庭よりさらに遠い紫宸殿へ移ることを奏請。その際、女官達の中には大声をあげて泣き出す者もあり、睦仁親王も驚いて、紫宸殿の中で気を失い、仕えている者が水を飲ませると、ようやく平静にもどったという逸話があるが、これは蜷川新および大宅壮一が最初に唱えた説である。明治天皇のことを「大砲の爆音で気絶するような臆病で気の小さい性質であると理解される」と論評しているが、それについて飛鳥井雅道は『中山忠能日記』の読み違いから出ていることを指摘しており、少年睦仁が気絶したのは蛤御門の変の大砲の音ではなく（蛤御門の変は前日である）、真夜中に起こされて、突如泣き叫ぶ女の中を紫宸殿に移されたからであろうとしている。女官達が叫んでいたのは下女が主人に付き添っていた際、誤ってお歯黒の液の入った壺を落とし、その音が銃声に間違われ、匂いも強烈であったので騒ぎとなったのだということを飛鳥井は指摘している。飛鳥井の『中山忠能日記』からの記述の説明は『明治天皇紀』の内容と一致する。
7月27日には禁門の変の際に長州藩を支持した忠能が、前関白の鷹司輔煕・有栖川宮幟仁親王、同熾仁親王など他の長州藩支持の公家・皇族らと共に参朝を停止させられ、他人との面会も禁じられたため、睦仁親王は再度祖父と会えなくなった。元治元年（1864年）9月22日、睦仁親王が12歳の誕生日を迎えた際も忠能は参朝停止につき例年の鮮魚の献上が出来ず、代わりに忠能の妻・愛子が三種の「寄肴」を献じている。
元治元年、幕府は諸藩に命じて第1次長州征討を行い、同年降伏した長州藩の家老たちが切腹させられ、代わって俗論派（幕府恭順派）が同藩の実権を握ったが、その後高杉晋作ら正義派（倒幕派）の功山寺挙兵を経て、俗論派は失脚、高杉ら正義派が藩政を掌握したため再度倒幕路線を強めた。翌慶応元年に家茂が長州再征を父帝に奏上し、同年9月21日に勅許を得、翌慶応2年（1866年）6月7日から再征が開始されたが、既に同年1月、薩長同盟の密約が成立していたため、薩摩藩は出兵を拒否、他にも出兵拒否の藩が多く、幕府軍の士気は低く、大島口・芸州口・石州口・小倉口の四境において長州藩軍に返り討ちに遭って惨敗、7月20日には家茂が大坂城で病死。幕府の権威は著しく衰えた。
12月5日に慶喜が15代将軍に任じられた。14歳の睦仁親王も父に習い、慶喜に使いの者を送って太刀一口を下賜した。睦仁親王は慶応元年11月11日（1866年1月27日）に皇太子となってから住む予定の花御殿に一時的に移っているなど、皇位継承者としての立場を固めており、将軍宣下にも関わりを持つようになった。
学習の方では、睦仁親王は、慶応元年6月に「論語」の素読を12歳で終了。その6月から「孟子」の素読を開始し、翌慶応2年（1866年）5月には新たな読書伺候として参議阿野公誠が付けられ、同年7月2日に終了した。わずか1年で終えたことで、父帝は睦仁親王の勉学を褒め、師範の伏原宣諭の教育を激賞した。四書の素読を終えた後、天皇は7月1日から「毛詩（詩経）」の素読に進ませた。情勢がますます緊迫する中でも、父帝は睦仁親王への教育を怠らず、大枠の指示を行なっていた。一方でこの時期、睦仁親王は皇子教育に当たる女官の影響を受けて攘夷思想を強めており、父帝は女官の影響を危惧する宸翰を朝彦親王に宛てて書いている。
慶応2年12月11日（1867年1月16日）から父帝が病となり、やがて発疹が現れ、15日に侍医から天然痘と診断された。睦仁親王は赤い綸子、赤い縮緬の服を着て毎日病床で父を看病した。父帝は睦仁親王に天然痘が感染しないよう、全快するまで自分の近くに来ないよう命じたが、外祖父の忠能は睦仁親王を預かっていた間に、蘭学医・大村泰輔に頼んで睦仁親王に種痘を受けさせていた。そのことを父帝に話すと、父帝は安心した。12月25日（1867年1月30日）正午に父の病状悪化の知らせを聞いた睦仁親王は、父帝のもとに駆けつけたが、間もなく小康状態になったように見えたので一度退出するも、午後11時頃、再度病状が悪化、睦仁親王が駆け付けた直後の午後11時15分に崩御した。父を失った睦仁親王の嘆きは深く、夜も余り眠ることが出来ず、食事も進まなかった。
29日に天皇崩御が正式に発表され、大喪が発令された。30日に先帝の亡骸は内槽へ移され、睦仁親王は最後の別れを告げた。
践祚と新政府樹立 thumb|聖徳記念絵画館壁画『践祚』（川﨑小虎画、池田宣政侯爵奉納）。睦仁親王が践祚し、新天皇として二条斉敬（右手前）を摂政に任じる場面。この時清涼殿には孝明天皇の遺体が安置されていたため、臨時の清涼殿として小御所で皇位継承の儀が行われた。 慶応3年1月9日（1867年2月13日）、14歳で践祚して122代天皇を継承。元服前の践祚であったため、立太子礼を経ない皇位継承となった。光格天皇の童形践祚の先例に倣って、髪型は総角（みずら）、衣装は御引直衣、衵、単、張袴、横目扇という童型践祚を行った。
早く祖父忠能と再会したかった天皇は、1月15日に早速大赦を出し、禁門の変の際に長州藩を支持して閉門蟄居させられていた忠能や有栖川宮熾仁親王らに参朝を許した。また同19日には第2次長州征討解兵を命じる勅命を幕府に対して下した。幕府もこれ以上征討を続けても勝利の見込みがないことを認め、24日には征討諸藩に解兵と藩地へ戻るよう命じた。諸藩の兵から成る幕府連合軍が僅か1藩の長州藩に手も足も出せず惨敗した事実は、幕府の権威を地まで落とすと共に天皇の権威を高めた。
2月13日に参内した忠能は、歴代天皇の責務である有職故実をまず学ぶよう天皇に進言した。以後、忠能は、天皇の命に応じて有職故実進講のためにしばしば参内し、6月1日は国書進講を命じられている。薙髪するつもりであった国母慶子も3月13日に典侍を命じられ、奥勤めをするようになり、引続き天皇を支えた。
2月16日には亡き父帝へ「孝明」の諡号を贈った。
先帝崩御で慶喜・容保・定敬を中心とする「一会桑政権」は大打撃を受けていた。彼らは、元治元年（1864年）頃より、公武合体派の先帝の庇護によって、京都を中心に幕府や朝廷政治をリードしていたが、朝廷内最大の権力者の支援を今後は受けられなくなったからである。新帝は父帝ほど親幕派ではなく、新帝に最も影響力を有する外祖父忠能は明確に反幕派であった。しかし、慶喜らは、摂政二条斉敬、朝彦親王ら親幕派の皇族・公家に圧力を掛けることで、引続き朝廷政治のリードを狙っていた。