自性院 (じしょういん)は、日本各地の寺院を指す。
東日本 自性院 (花巻市) - 岩手県花巻市にある真言宗智山派の寺院。 自性院 (潟上市) - 秋田県潟上市にある曹洞宗の寺院。 自性院 (市川市) 自性院 (新宿区) - 東京都新宿区にある真言宗豊山派の寺院。 自性院 (台東区) - 東京都台東区にある新義真言宗の寺院。 自性院 (大田区) - 東京都大田区にある真言宗智山派の寺院。 自性院 (江東区) - 東京都江東区にある天台宗の寺院。 - 東京都江戸川区にある真言宗豊山派の寺院。 自性院 (東京都北区) - 東京都北区にある寺院。 自性院 (横浜市港南区) - 神奈川県横浜市港南区にある高野山真言宗の寺院。 自性院 (横浜市金沢区) - 神奈川県横浜市金沢区にある真言宗御室派の寺院。 自性院 (藤沢市) - 神奈川県藤沢市にある浄土宗の寺院。 自性院 (甲斐市) - 山梨県甲斐市にある曹洞宗の寺院。
西日本 自性院 (福井市) - 福井県福井市にある天台宗の寺院。 自性院 (大阪市中央区) - 大阪府大阪市中央区にある高野山真言宗の寺院。 自性院 (大阪市天王寺区) - 大阪府大阪市天王寺区にある和宗の寺院。 自性院 (笠岡市) - 岡山県笠岡市にある高野山真言宗の寺院。