日本の鉄道事故（にほんのてつどうじこ）では、2000年以降に発生した日本の主な鉄道事故について記述する。運輸安全委員会（2008年10月1日以降、2008年9月30日以前は航空・鉄道事故調査委員会）の調査案件には★を付す。
なお、明確な正式名称がなかったり、同名だが別の事故が起きたりした場合、便宜上独自の事故名表記としている箇所がある。
1949年以前に発生した日本の鉄道事故については日本の鉄道事故 (1949年以前)を参照。 1950年から1999年までに発生した日本の鉄道事故については日本の鉄道事故 (1950年から1999年) を参照。 大きく報道された鉄道に関する事件については、日本の鉄道に関する事件を参照。
2000年代 2000年 営団日比谷線中目黒駅構内列車脱線衝突事故 2000年（平成12年）3月8日 9時1分頃（列車脱線事故、列車衝突事故） 帝都高速度交通営団（現・東京メトロ）日比谷線の東急東横線直通列車が中目黒駅直前の急曲線で脱線、対向電車の側面をえぐる形で衝突し、死者5名、負傷者64名を出した。この事故で、日比谷線03系1両（03-802）が廃車になった（2001年に代替新造）。ほぼ同位置で1965年にも事故が発生し、さらに同駅付近の引き上げ線で1967年と1992年に事故が発生している。
京福電気鉄道越前本線列車衝突事故（永平寺町） 2000年（平成12年）12月17日 13時頃（列車衝突事故） 京福電気鉄道永平寺線の上り列車（1両編成）がブレーキ故障により分岐駅である東古市駅（現在の永平寺口駅）に停車せず、越前本線に進入し越前本線下り列車と正面衝突、上り列車の運転士1名が死亡、両列車の乗客ら24名が重軽傷を負った。 ブレーキ故障は、車体中央のブレーキシリンダから前後台車の基礎ブレーキ装置へブレーキ力を伝達する引ロッドの改造接続箇所の溶接に欠陥があり、溶接箇所が疲労破断したのが原因であり、同社の車両検査体制が問われた。
2001年 新大久保駅ホーム転落死亡事故 2001年（平成13年）1月26日 19時14分頃（鉄道人身障害事故） 東日本旅客鉄道（JR東日本）山手線新大久保駅でホームから線路に泥酔した男性が転落し、その転落者を助けようとして2名の男性がホームから線路に飛び降りたものの、折からホームへ進入してきた電車と接触し、3名とも死亡した。
福島駅駅ビル衝突事故 2001年（平成13年）4月8日 21時35分頃（列車脱線事故） 福島交通飯坂線福島駅で、飯坂温泉発福島行き列車（7000系、東急7000系の譲渡車両）のブレーキが作用せずホームを通過、車止めを乗り越え12m先の駅ビル・イーストビルに突入し乗員乗客4名が負傷した。この影響で当該車両は廃車となった。 この列車は2駅手前の美術館図書館前駅を発車後、一時車内照明が消えるなど停電に見舞われた後にブレーキ装置が故障、非常用ブレーキ装置も扱ったがこれも作動せず曽根田駅を通過、暴走状態となり事故に至った。この列車は始発前の点検では異常が見つからなかった。現代の車両では、通常は複数の独立したブレーキ装置を備えているが、これらすべてが作用しないという稀有な事例であり、原因は究明されていないが、電源装置の不良によるブレーキ装置の動作不良が疑われている。 この後、東北運輸局は福島交通に対し事故原因の早期究明と再発防止策を求める警告書を出し立ち入り検査を実施した。4月13日深夜に試験運転を行い、翌日の始発から運転を再開した。
東海道線富士駅冒進阻害事故 2001年（平成13年）4月18日（信号違反、線路障害） 東海旅客鉄道（JR東海）東海道本線富士駅で下り貨物列車が、出発信号機の停止現示を見落として進行。東海型過走防止装置により停止したが、同駅始発電車列車に向けられた出発信号機の進行現示を自列車のものと勘違いし、ポイントの開通方向が違うのに気付かずATS停止を無断解除して出発した。駅側がそれに気づき、始発電車の防護無線を発報したが間に合わず、非開通のポイントを割り込んで破損した。 当日は貨物列車が約10分遅れだったことから富士駅始発列車を先行させることとし、貨物列車が到着する番線の出発信号機に「停止」を現示したが、この停止信号を見落として進行したため場内信号による注意現示速度以下の速度で出発信号80m外方の過走防止速度照査が動作して非常制動が働き、75m冒進して停止した。 運転士は4つのエラーを冒したが、特に指令の許可を得ずにATSを解除して出発したことで衝突が危惧される事態となり、JR東海は日本貨物鉄道（JR貨物）に再発防止を求めた。 背景として、ATS-Sxが冒進前提の防御で、停止後は運転士に停止理由が見えないことで遅れ回復の気持ちに押され見落とし、思い違いのままの行動が続いてしまったことが挙げられる。運転士が場内信号も見落としていた場合、注意現示以下に対応する東海型過走防止装置の防御対象外であることから宿毛事故のような高速冒進となる危険があることを示した。
京福電気鉄道越前本線列車衝突事故（勝山市） 2001年（平成13年）6月24日 18時頃（列車衝突事故） 京福電気鉄道越前本線（現・えちぜん鉄道勝山永平寺線）保田駅 - 発坂駅間で、勝山発福井行き上り普通列車（1両編成）と福井発勝山行き下り急行列車が正面衝突し、乗員乗客24名が重軽傷を負った。 事故原因は、本来途中駅で対向する急行列車とすれ違う必要があったのを普通列車の運転士が信号を確認せず早発したという人為ミスだった。2000年12月17日の事故の約半年後に再び衝突事故を起こした京福電気鉄道は厳しい批判を受け、福井地区各線の運行が停止に追い込まれた。
2002年 名鉄新羽島駅電車衝突事故 ★2002年（平成14年）1月3日 10時頃（列車脱線事故） 岐阜県羽島市の名古屋鉄道羽島線新羽島駅構内で、笠松発新羽島行き普通電車（3100系3121編成・2両）が車止めに衝突、先頭車両の前部2.5mが高架橋終端から突き出て停止した。けが人はなかった。 原因は降雪時に耐雪ブレーキを使用せずに運転し、氷塊詰まりにより制動力が極端に落ちたものと推定された。この事故を受けて名鉄では耐雪ブレーキの使用基準などを改めた。また、ホームの長さを2両に短縮し、ドアカットを行う措置を一時的に行った。
鹿児島線列車衝突事故 ★2002年（平成14年）2月22日 21時30分頃（列車衝突事故） 福岡県宗像市の九州旅客鉄道（JR九州）鹿児島本線海老津駅 - 教育大前駅間で、門司港発荒尾行き普通列車（811系＋813系7両編成811系がPM2編成（4両）、813系がRM101編成（3両）。PM2編成が進行方向側に連結されていた。）がイノシシに衝突し車両点検のために停止中、無閉塞運転で進行してきた後続の門司港発荒木行き快速列車（813系5両編成RM008編成（2両）＋RM231編成（3両）。RM008編成が進行方向側に連結されていた。）が追突し134名が重軽傷を負った。 後続列車が中継信号機の進行現示を自列車に対するものと勘違いし、無閉塞運転取扱規則に反して加速したのが原因。 車体はテレスコーピング現象による衝撃で各車とも車端部が破損しており、全車が廃車となった。なお先行列車の先頭車両の前頭部（811系）は九州鉄道記念館の運転シミュレーターとして活用されている。また、事故廃車になった813系は被害を受けていない部品がのちに製造された300番台に再利用されている。
真岡鐵道真岡線久下田駅構内列車脱線事故 ★2002年（平成14年）8月1日 12時18分頃（列車脱線事故） 真岡鐵道真岡線（特殊自動閉塞・CTC付帯）久下田駅で、隣のひぐち駅で故障し走行不能となった営業列車（下館発茂木行き、モオカ63形気動車1両）を連結して救援した列車（同じくモオカ63形気動車1両）が久下田駅構内のひぐち駅方にある11号転轍器へ進入したところ脱線した。 原因は運転指令員が信号および転轍器に対しマニュアルと異なる誤った取り扱いをしたためであった。運転指令員はひぐち駅の両隣である久下田駅と折本駅の間を伝令法による運転に切り替え、ひぐち駅の3駅先の真岡駅から救援列車と要員を派遣し、故障車をひぐち駅から真岡駅まで牽引しようとしたが、救援列車をひぐち駅へ向かわせる際に久下田駅の11号転轍器鎖錠を手動解錠しなかったため、救援列車が通過した時に転轍転換器を破損して半開きのまま固着した発条転轍器の反位側からの通過だが、鎖錠装置付のため事前に手動解錠操作が必要であり、これを失念したものである。また運転士からは鎖錠の状態が確認出来ないことから、鎖錠解錠の確認は派遣駅長が行うべき業務である。。転轍器が破損して復位しないので久下田駅場内信号は停止現示のままになり、故障列車を牽引してひぐち駅から戻ってきた救援列車が再び久下田駅に進入できなくなった。運転指令員は久下田駅の場内信号が停止現示から切り替わらない理由が分からず、場内代用テコで強制的に場内信号を進行現示として救援列車を久下田駅に進入させた。救援列車は損傷した11号転轍機上を通過し、先頭車前方2軸が脱線した。 救援列車の運転士は運転歴29年のベテランで訓練・検査も行われており、異常も無く正常に運転していたが、当時の運転指令員が運転士と兼務の上に運転士の仕事ばかりで全く訓練や検査も行われていなかった。指令業務に不安を覚えた運転指令員は、茂木駅で別の作業をしていた信号関係ベテランの工務区副長の助言を受けながら運転取扱をしていたが工務区副長は直前の業務を中断し、携帯電話で助言をしつつ自動車で現場に向かったが、事故には間に合わなかった。、工務区副長も助言を誤り、関係者が誰もその誤りに気づかなかったために誤った取扱が実施された。さらに人員不足で折本駅に臨時の駅長が派遣されなかったこと、久下田駅に派遣された派遣駅長も訓練を受けておらず代用手信号の現示や転轍機確認を怠ったこと、信号に関する知識の乏しい者を久下田駅派遣信号係としたことなど、複数の対応の誤りが招いた事故であった。
名鉄名古屋本線衝突脱線事故 ★2002年（平成14年）9月26日 8時32分頃（列車脱線事故） 名古屋鉄道名古屋本線新岐阜（現・名鉄岐阜）発豊橋行き特急列車（8両編成。1030系・1230系1134編成6両＋1800系1804編成2両。乗員3名、乗客約900人乗車）が、名古屋本線奥田駅 - 大里駅間にある大里8号踏切（稲沢市奥田堀畑町地内）付近の軌道内で普通乗用車（ホンダ・プレリュード〈4代目〉）と衝突。うち前2両が大きく脱線し、特に先頭車両は線路の東側に設けられていたコンクリート製暗渠の用水路に乗り上げた状態で停止した。 普通乗用車を無免許で運転していたスリランカ人1名が死亡、列車の乗客21名と運転士、車掌各1名の計23名が負傷した。通勤ラッシュ時間帯で脱線した特急列車には多くの乗客が乗っていたため負傷者が多数発生した。なお、事故当時対向列車が事故現場へ近づいていたが、脱線列車が架線柱をなぎ倒したことから停電となり、現場直前で停止したため、さらなる大惨事は免れた。 事故の原因は普通乗用車（盗難車）が遮断桿が下がっていた踏切内に進入、踏切内で脱輪した上に線路上を新名古屋（現・名鉄名古屋）方面に走行し、これに追突した列車が乗用車を巻き込んで脱線したためである。 事故車両のうち後方に連結されていた1800系2両はそのまま修理された。残りの6両のうち大破した1030系2両は事故廃車となったものの、1230系4両は豊橋寄りの中間車に運転台を取り付ける工事を行い、新たな固定編成の1380系として改造された。
東海道線救急隊員死傷事故
★2002年（平成14年）11月6日 19時45分頃（鉄道人身障害事故） 西日本旅客鉄道（JR西日本）の東海道本線（JR神戸線）塚本駅 - 尼崎駅間で、フェンスを乗り越え線路内で遊んでいて大阪発姫路行き新快速にはねられた中学生を救助中の救急隊員2名が、後続の京都発鳥取行き特急「スーパーはくと11号」にはねられ、1名が殉職、もう1名も重傷を負った。 当時のJR西日本に人身事故発生時の明確なマニュアルがなく、現場を監視していた同社社員と同社運転指令所との連携がうまくいかなかったため、運転指令所が現場の状況を正確に把握しないまま運行再開を指示したことが原因の一つであるとされている。なお、のちの裁判では社員に関しては無罪、指令所員に対しては有罪判決が下されている。 後にJR福知山線脱線事故が発生した際、同社の運行管理体制のずさんさを指摘する例としてこの事故が報道などで再び取り上げられることにもなった。 この事故ではきっかけとなった中学生の線路侵入による人身事故で運転抑止が長引くことによって、JR西日本が乗客からの苦情が殺到することを恐れていたことが指摘されている。なお、この事故以降、JR線人身事故時の警察による現場検証などによる運転抑止時間が、安全確保を理由に、それまでの平均20 - 30分から平均1時間以上を要するようになった。 現場付近には慰霊碑が設置されており、JR西日本の社員によって手入れがされている。
2003年 長崎本線特急列車脱線転覆事故 thumb|200px|事故に遭ったSM3編成。下画像が代替製造された400番台。 ★2003年（平成15年）7月18日 21時45分頃（列車脱線事故） 長崎県諫早市のJR九州長崎本線肥前長田駅 - 小江駅間で、長崎発博多行き特急「かもめ46号」（885系SM3編成・6両。乗員2名、乗客76名）が大雨により線路横ののり面から線路上に崩れた岩石に衝突し脱線、転覆した。 この事故で運転士と乗客36名が重軽傷（2両目に乗っていた2名が重傷、運転士と1両目に乗っていた34名が軽傷）。脱線車両の落下場所が梅雨期の水田で衝撃を和らげたこともあり、負傷者は比較的少数で済んだ。岩石は直径80cm・質量約130kgで、線路脇の斜面にあったものが降雨による地盤の緩みで落下したものと思われ、線路周囲の法面の点検の徹底が国土交通省から指示された。 被災した編成のうち、特に損傷の激しかったクモハ885-3・モハ885-3・サハ885-3の3両は事故現場が水田で重機が搬入できないことから、そのまま現場で解体された。約半年後に885系400番台が代替製造されている。また、この事故の影響で長崎本線の湯江 - 諫早間が数日間運休になった。
名鉄新岐阜駅電車衝突事故 ★2003年（平成15年）10月18日 17時15分頃 （列車脱線事故） 岐阜県岐阜市の名古屋鉄道名古屋本線新岐阜駅構内で、豊川稲荷発新岐阜行き急行列車（3100系＋3500系・6両編成。乗員2名、乗客約60名）が所定位置で停車せずに5.7m通り過ぎてホーム端の車止めに衝突、1両目と3両目が脱線し乗客4名が軽傷を負った。 原因は運転士の体調不良による運転操作ミスとされる。運転士が駅進入の際に気を失って運転レバー（主幹制御器）に倒れ込み、加速の向きに操作したため。運転士は事故後の精密検査で睡眠時無呼吸症候群（SAS） の疑いがあると診断された。なお、運転士は新岐阜駅進入の前までは正常に減速運転を行っていたため、2年後に発生した土佐くろしお鉄道宿毛駅衝突事故のような最悪の事態は免れることができた。 この事故を受けて名鉄では以降導入する車両に対し、運転台の主幹制御器をボタンを押さないと力行側に操作できなくするものに変更した。また、事故現場となった新岐阜駅名古屋本線ホームには油圧式の車止めと過走防止用（速度照査用ではない）のATSが設置された。
2004年 飯田線列車脱線転覆事故 ★2004年（平成16年）10月20日 22時50分頃（列車脱線事故） 長野県上伊那郡辰野町のJR東海飯田線羽場駅 - 伊那新町駅間で、天竜峡発辰野行き普通列車（119系2両編成）が脱線転覆し約3m下へ落下、乗客乗員4名が軽傷を負った。 事故当時は台風23号による大雨の影響で盛土が流出していた。事故車両は2006年3月28日付で廃車となった。
上越新幹線脱線事故 ★2004年（平成16年）10月23日 17時56分頃（列車脱線事故）
17時56分頃に新潟県中越地震が発生。震央（いわゆる震源地）に近い上越新幹線浦佐駅 - 長岡駅間を走行中だった東京発新潟行き「とき325号」（200系K25編成・10両）のうち7・6号車を除く8両が脱線した。地震発生当時、同列車は長岡駅への停車のため約200km/hに減速して走行中だったが、早期地震検知警報システム「ユレダス」による非常ブレーキが作動し長岡駅の東京寄り約5kmの地点で停車した。 自然災害が直接の原因とはいえ、新幹線の営業列車が脱線した初の事例（回送列車では既に1973年の東海道新幹線鳥飼基地における冒進脱線事故などがある）となったが、高架橋が頑強に造られており倒壊を免れたこと、脱線はしたものの転覆に至らなかったこと、偶然にも対向列車が無かったことなどが幸いし、死者・負傷者は発生しなかった。
2005年 土佐くろしお鉄道宿毛駅列車衝突事故 ★2005年（平成17年）3月2日 20時41分頃（列車脱線事故） 高知県宿毛市の土佐くろしお鉄道宿毛線宿毛駅構内で、岡山発宿毛行き特急「南風17号」（JR四国2000系気動車3両・乗客11名）が、同駅構内の場内信号が現示していた注意信号の制限速度である45km/hを大きく超えた速度で宿毛駅に進入し、頭端式（行き止まり式）ホームの車止めを突破して駅舎に激突して、地上に転落した。 この事故で運転士が死亡し、車掌1名、乗客10名が負傷した。事故車両は廃車となり、宿毛駅の駅舎が大破し、半年以上にわたって駅舎の使用停止・部分運休を余儀なくされた。
東武伊勢崎線竹ノ塚駅踏切死傷事故 thumb|連続立体交差事業中の伊勢崎線第37号踏切道（2018年1月） 2005年（平成17年）3月15日 16時50分頃（踏切障害事故） 東京都足立区の東武鉄道伊勢崎線竹ノ塚駅南側の伊勢崎線第37号踏切で、女性4名が浅草行き上り準急（当時）にはねられ、2名が死亡し2名が負傷した。 当時、この踏切は手動式（第1種乙踏切）であり、東武鉄道の係員が操作していた。事故発生前の列車が通過後に列車の接近を知らせる警報ランプが点灯したが、次の準急列車通過までに余裕があると踏切警手が思い込み、遮断機のロックを解除して2 - 3メートル上げてしまうという操作が原因だった。 東武伊勢崎線は北千住駅 - 北越谷駅間を複々線化する際、同時に西新井駅 - 竹ノ塚駅間の一区間を除き高架・立体交差化を行っていた。この区間は竹ノ塚駅のすぐ南側に東京地下鉄（東京メトロ）の千住検車区竹ノ塚分室が立地しているなどの理由により高架化が困難なため、踏切をそのまま残して平面交差のままとしていたと東武鉄道は説明した。その一方で、同分室への入出庫列車や駅北側でも当駅始発・終着列車用留置線との出入りが頻繁にあったため、どちらもいわゆる「開かずの踏切」となっており、自動化すると遮断時間が長くなる恐れがあったため手動踏切として残されていた。 しかしながら、輻輳するダイヤの影響で、踏切の待ち時間は長ければ20分以上に至ることもあり、列車が通過して遮断機が開いたかと思いきや、すぐさま警報機が作動して遮断機が再び降りるという現象も頻繁に発生していたため、利用客からの苦情が絶えなかった。さらに、悪質な者は詰め所のドアを蹴ったり、警手に対して罵声を浴びせていた。精神的圧迫を感じていた警手らは「一人でも多くの待ち時間を減らしたい」と考え、焦って踏切に駆け込んできた横断者に対して、違法であることを知りつつロックの解除を行った。この踏切を操作していた警手は2006年2月に業務上過失致死傷罪で、東京地方裁判所より禁錮1年6か月の実刑判決を受けている。 事故後、東武線内に存在していた手動踏切はすべて自動化され、竹ノ塚駅の前後に存在する踏切では踏切道の拡幅や歩道橋の設置が行われた。また、京成電鉄京成高砂駅にあった手動踏切も自動化された。 さらに国土交通省もこの事故を踏まえて踏切対策のスピードアップを図る方針としている。 この事故をきっかけに現場付近は立体交差化されることになった。制度が改正されたことなどにより2011年3月31日には都市計画が決定し、12月20日には東京都から事業認可を取得、翌2012年11月4日に起工式を迎えた。事故発生から約7年7か月での工事着手は異例の早さである。その後、2022年3月に本線の高架化が完了し、現場を含む竹ノ塚駅前後の踏切も廃止された。
福知山線列車脱線転覆事故（JR宝塚線脱線転覆事故） ★2005年（平成17年）4月25日 9時18分頃（列車脱線事故） 兵庫県尼崎市のJR西日本福知山線（JR宝塚線）塚口駅 - 尼崎駅間の曲線で、列車の遅延回復のための速度超過運転などが原因となり、宝塚発同志社前行き上り快速列車（207系7両編成）が脱線・転覆。特に前方の2両目は脱線・転覆後、線路脇のマンションに激突し、さらに3両目から側面衝突されて耐震設計マンションの柱に巻きつく形で大破したため、1階駐車場へ突入した1両目よりも大勢の死傷者が出た。このとき、列車は制限速度70km/hのカーブに116km/hで進入していた。 この事故で運転士1名と乗客106名が死亡し、562名が負傷した。死者の数は鉄道事故としてはJR発足以降および平成年間を通じて最悪で、鉄道事故全般では歴代7番目に多い。また国土交通省航空・鉄道事故調査委員会がまとめた事故報告の事実関係の記述だけで300ページ超と、1985年に発生した日本航空123便墜落事故報告書を上回り、日本の事故調査報告書としては過去最大の分量となる大事故となった。 この事故が日本国内でのトリアージの初の本格運用例となった。 事故車両のうち、損傷が激しかった進行方向前寄り4両は現地解体されたが、被害が少なかった後寄りの3両は、事故の風化防止に役立てるため、解体せず遺族の手記とともに鉄道施設に展示される予定とされた。そして2018年（平成30年）11月17日、事故の風化防止および社員教育活用のため当該車両を保存する意向が正式に発表された。
新飯塚駅構内列車衝突事故 ★2005年（平成17年）8月6日 13時42分頃（列車衝突事故〈逸走に伴うもの〉） 福岡県飯塚市のJR九州後藤寺線・新飯塚駅構内で、直方駅寄りにある引上線に留置されていた車両（キハ40形気動車1両編成）が下り勾配により逸走し、発車待ちをしていた田川後藤寺行き普通列車（キハ40形気動車1両編成）に低速（おおむね15km/h以下）で衝突した。 この事故で普通列車の運転士1名が負傷した。乗客には死傷者なし。逸走車両と普通列車双方の連結器が破損した。 留置車両に手歯止（車輪止ブロック）を使用せずに長時間留置されたため、自動ブレーキの定圧空気タンクの配管接続部分から圧縮空気が徐々に漏れ出し、ブレーキが自然緩解したのが原因とされた。
羽越線特急脱線転覆事故 ★2005年（平成17年）12月25日 19時14分頃（列車脱線事故） 山形県東田川郡庄内町榎木のJR東日本羽越本線北余目駅 - 砂越駅間の第2最上川橋梁で、秋田発新潟行き特急「いなほ14号」（485系3000番台6両編成）が橋梁通過直後に全車両が脱線し、先頭車両は沿線にある家畜共同団地内の養豚場に隣接する堆肥小屋に激突・大破した。 この事故により先頭車両に乗っていた5名が死亡、33名が重軽傷を負った。突風が原因とされている。 その後突風対策として余目駅にドップラーレーダーが設置され、線路沿いには防風フェンスが設置された。
2006年 伯備線保線作業員死傷事故 2006年（平成18年）1月24日 13時20分頃（鉄道人身障害事故） 鳥取県日野郡江府町武庫のJR西日本伯備線の単線区間で、線路内で保線作業中だった同社米子支社の作業員5人が岡山発出雲市行き特急「スーパーやくも9号」にはねられ、3人が死亡、2人が負傷した。 事故を起こした「スーパーやくも9号」は岡山駅で遅れていた山陽新幹線の接続を待ち合わせたため15分程度遅れていた。 この事故では、当時の米子支社の作業責任者が輸送指令から「スーパーやくも9号」の遅れを伝えられていたが、既に同列車が通過したと勘違いして当該列車とは逆方向に当たる上り列車を警戒するように見張員を誤って配置して作業を開始したことが一因とされる。 2008年3月、鳥取地方裁判所米子支部は作業責任者に対して禁錮3年・執行猶予5年の有罪判決を言い渡した。その上でJR西日本の安全対策の不十分さも指摘した。 なお、同線では1969年2月にも同様の接触事故が発生しており、この時には6人が死亡している。
京王井の頭線吉祥寺駅衝突事故 ★2006年（平成18年）4月21日 （軌道、列車衝突事故） 東京都武蔵野市の京王井の頭線吉祥寺駅で、渋谷発吉祥寺行き急行電車（3000系5両編成）が、終点の吉祥寺駅で過走防止装置の動作により正規の停止位置より手前に停車した。その後、正規の停止位置まで移動するため再起動したところ、制動操作が遅れ車止めの手前にある防護枕木に接触した。この事故により乗客1名が負傷し、1時間ほど運転を見合わせた。 事故後、京王電鉄の全乗務員に対し車庫内での実技訓練を実施したほか、正規の停止位置より手前に停止した場合でも、車掌の判断によりそのまま客の乗降を扱えるようにする決まりを設けた。事故現場の吉祥寺駅では、停車位置目標を今までより5m手前へ移設し、目立つ位置に設置するなどの対策を取った。
都電荒川線追突事故 ★2006年（平成18年）6月13日 9時35分頃（軌道、列車衝突事故） 東京都北区の東京都交通局都電荒川線で営業電車ダイヤ間に投入された試運転電車（7000形7020号）が、梶原停留場 - 栄町停留場間で、34km/hから常用ブレーキを最大まで効かせて停止させるブレーキ性能試験を予定どおり実施した。しかし、車間の詰まっていた後続の営業電車（7500形7505号）が止まりきれず追突し、乗客27名および試運転担当者3名が負傷した（うち乗客1名重傷）。 原因解析の結果、車間距離が100m以下に縮まっていたにもかかわらず、追突した電車は約33km/hに加速していたために、非常ブレーキを用いても10km/h程度で衝突してしまったことが分かった。 事故電車運転士を含む荒川線運転士の誰も、試運転電車のブレーキ性能試験を行うことはもとより試運転があると知らされていなかった。また「軌道運転規則」の「先行車両との距離が100ｍ以下のときの運転速度は15km/h以下とする」という規定は形骸化し、教育訓練で徹底されることもなかった。 追突した7500形は緩衝器等が修理されて運用に復帰したが、追突された7000形は緩衝器脱落、空気配管と電線管の損傷のほか、車体台枠の折れ曲がりで床面が盛り上がるなどのダメージが酷かったため、事故後廃車となった。 また後続車から先行車の制動がわかりづらいことも原因のひとつと考えられたため、この事故を受けて荒川線に在籍する全車両に赤色のブレーキランプが取り付けられた。事故後に入線した9000形・8800形・8900形も新製当初から取り付けられている。そのほか、ブレーキ試験時に黄色回転灯を使うことになった。
日豊本線脱線転覆事故 ★2006年（平成18年）9月17日 13時50分頃（列車脱線事故） 宮崎県延岡市のJR九州日豊本線延岡駅 - 南延岡駅間（南延岡駅構内）で、別府発宮崎空港行き特急「にちりん9号」が、徐行で南延岡駅に進入中に台風13号の接近によって発達した積乱雲に伴う竜巻にあおられ、先頭2両が脱線・横転。乗客と運転士あわせて6人が負傷する事故となった。
津山線列車脱線事故 ★2006年（平成18年）11月19日 5時32分頃（列車脱線事故、線路障害） 岡山県岡山市のJR西日本津山線玉柏駅 - 牧山駅間を走行中の津山発岡山行き普通列車（キハ120形気動車2両編成）が、運転士が前方の線路上に笹が倒れているのを視認したため非常制動を執ったが、その箇所で左側に傾き脱線・転覆した。乗客25名と運転士1名が乗車しており、重傷2人、軽傷24人と全員が負傷した。