thumb|不登校の語が指す範囲は、狭義から広義まで多くの説がある 不登校（ふとうこう）は、学校に登校していない状態を指す。登校拒否（とうこうきょひ）とも言う。日本における「不登校」の語については、研究者、専門家、教育関係者らの間に全国的に統一した定義がなく多義的である。
精神医学者の清水将之が1968年に学会（日本児童青年精神医学会）で初めて使った言葉であり、当初は、病気や貧困、非行などを原因とするものは「不登校」の定義からは除外されていた滝川一廣『学校へ行く意味・休む意味』日本図書センター2012。このような「ありふれた」理由以外での新しい欠席現象に対して名づけられたものであるが、現在は幅広い意味で使われることが多い。
本項目の状態が起因としてできた言葉に引きこもりがある。この言葉は「不登校児が部屋から出てこなくなった、または家から出られなくなったこと」を表現したものが、高齢化・長期化によって切り離され、「本来社会参加に達した年齢の若者の諸問題」として再定義されたものである"「引きこもり」の概念の成立過程について" pp.121-122。
概要 不登校とは登校していない状態を指すが、「欠席」が1日単位で用いられるのに対し、「不登校」は任意（不特定）幅がある時期で使われることが多い。
ただしこれらは学校の通学課程（全日制の課程・定時制の課程など）の場合で、通信制の課程では、一カ月から一週間に一日程度の面接指導日（出席日）が設定されている例が多く、日常的に登校する課程ではないため、上記の類型には、当てはめにくい。
かつて不登校は義務教育諸学校である小中学校を対象に使われていたが、現在では高等学校、大学なども対象になってきているほか、幼稚園における登園拒否も広義の不登校として扱われるようになってきている。
不登校児の学習機会の確保のため、学びの多様化学校（いわゆる不登校特例校）の全国への設置が計画されており、それは、2023年から5年後までにすべての都道府県や政令指定都市に設置し、将来的に全国で300校設置する計画である。
用語の定義 日本の文部科学省による調査のための定義では「不登校児童生徒」とは「何らかの心理的、情緒的、身体的あるいは社会的要因・背景により、登校しないあるいはしたくともできない状況にあるために年間30日以上欠席した者のうち、病気や経済的な理由による者を除いたもの」とされる「不登校の現状に関する認識」文部科学省(mext.go.jp)。2025年11月17日閲覧。「不登校」。国立教育政策研究所(nier.go.jp)。2025年11月17日閲覧。。この定義では、教室ではなく校内教育支援センターに通う児童生徒や、「心因性の不調」「昼夜逆転」などで病気欠席とされる場合などは「不登校」と扱われない黒沢正明「｢不登校35万人超｣過去最多､調査結果に表れない｢出席扱いの子｣の実態は把握できているか？ ｢"学びの多様化学校"の設置だけでは限界｣の訳」『東洋経済ONLINE』2025年11月14日。2025年11月17日閲覧。。
不登校は以下のように分類される。 学籍がなく、登校しない状態のこと。非就学者も参照。過年度生（受験浪人）や就学義務猶予免除対象者なども含まれる。 学籍がある人が、登校しない状態のこと。欠席・長期欠席も参照。休学や停学、出席停止なども含まれる。
「就学」とは学校に在籍していることを指し、不登校であっても就学と呼ぶ。なお「非就学」のうち、小学校就学の始期に達していないために就学していない場合は「未就学」と呼ぶ。
+ 不登校の分類 状態 学籍 処理 出欠不登校 非就学（学籍なし） 学籍を得るまで正規の出席はできない。 就学（学籍あり） 出席停止 欠席とも出席ともみなされない。 欠席 連続的な長期欠席 不登校気味断続的な長期欠席登校 一過性の欠席（短期欠席） 出席 -
歴史 学校制度と就学 学校制度がない時代は、一生就学しないままの例が大多数だった。貴族や富裕層など一部の人しか学校に通えなかった。日本の寺子屋や欧米の日曜学校など類似機関はあったが、現代の学校のような施設ではなかった。
日本では明治初期に学制が施行され、全く学校に通わないこどもは徐々に少数派となった。その後の義務教育制度実施もあって就学率は少しずつ上昇したが、貧困で就学できなかったり、途中で学校に通わなくなる子もいた。義務教育期間が前期中等教育まで延長された終戦直後も、戦後の混乱から就学が難しく、学籍があっても登校できない場合が多かった。これに前後して、A.M.ジョンソンが1941年に論文にて「学校恐怖症」という言い方をした。
高度経済成長期以降は貧困家庭の減少、就学援助の拡充、教員や関係機関の活動により「家庭の貧困」や「家庭の無理解」による不就学や長欠は減少していった尾形利雄、長田三男『夜間中学・定時制高校の研究』 pp.30-45 校倉書房 1967年 ものの、「疾病異常」や「学校ぎらい」による長欠は減らず、中学校では「学校ぎらい」による長欠がむしろ増えていった尾形利雄、長田三男『夜間中学・定時制高校の研究』 pp.46-48 校倉書房 1967年 。この増加は教育熱によって学校が面白くなくなったことが原因であるという説がある。
1974年には高等学校など後期中等教育課程への進学率も90％以上に達するようになった。以後、日本では6歳ごろ（幼稚園まで含めると3歳から4歳ごろ）に就学して15歳から25歳ごろに学校生活を終える例が多い。多くの人は、就職するまで長い期間登校し、就職と共に非就学になる（大学進学経験者の場合、高校卒業から大学入学までに1年以上の非在学期間（浪人時代）があることも珍しくない）。しかし1990年代に入ると、就学率は高いままで欠席率が高くなった。
この現象は日本では1950年代から報告され、「学校嫌い」や、1960年頃からは「登校拒否」とも呼ばれ、その後「不登校」と呼ばれるようになった。また非就学者が学校教育を受けられない問題も並行した。
障害を持つ人の就学については、時代とともに改善されつつあり、現代では重度の障害があっても就学できるようになっている。1979年の養護学校の就学義務化を境に、就学猶予・免除される障害児は激減し、就学率は大幅に向上した。また、一般学校での特別支援教育の力も高まっており、以前なら養護学校（現在の特別支援学校の一部に相当）に通っていたレベルの障害でも、小学校・中学校に通うケースが多くなっている。院内学級の制度により、入院中でも教育を受けられたり、病院内に設置された学校で教育を受けられるようにもなってきている。発達障害がある生徒の場合、通常より長い教育期間のニーズがあるが、高等学校や特別支援学校の高等部などの後期中等教育の課程への進学率も高い。
欧米では19世紀ごろに義務教育制度が作られ、就学率が上昇していった。しかし日本と違って、家庭教育（ホームスクーリング）のみで育つ例もあった（トーマス・エジソンなど）。そのため、就学義務ではなく教育義務を履行する選択肢が市民権をある程度得ていた。日本ほどではないが、現在は欧米でも大多数の人が学齢期に学校に通っている。
世界的に生涯学習の時代に入り、就職と非就学が同一ではなくなり、また成年到達と非就学も同一ではなくなった。このため、就職中や高年齢でも学校在籍の選択肢が選びやすくなっている。
保健制度
1947年、児童福祉法が公布されて児童相談所が設置され、児童相談所では厚生省発統第28号により「学校内での問題行為、登校拒否、学校ぎらい、学業遅滞、長期欠席等」を「健全育成相談 I」として扱うようになった日本衛生統計協会 編『厚生省統計法規集』 帝国地方行政学会 1951年- pp.828ノ2-828ノ3 。
1949年、日本學校衛生會（現日本学校保健会）は「文部省諮問事項に対する答申」において各学校への保健主事の設置などを提言し『学校衛生 28(3)』 日本學校衛生會 1949年6月 、1951年、文部省は「小学校保健計画実施要領（試案）」において「健康に関して児童の出席，欠席，および拒否の事項をつかさどる」ことなどを職務とした保健主事を置くこととし小学校保健計画実施要領（試案） - 第一章 序論 文部省 1950年度、1958年には学校保健法が成立して学校教育法施行規則が改正され、特別の事情がない限り小学校に前述の保健主事が設置されることとなった内閣官房 編『現行法令輯覧 26-1巻 学事1』 p.40ノ3 帝国地方行政学会 1930.12-(1968) 。
1961年、児童相談所の「健全育成相談」が厚生省の「児童相談所における児童記録票の記載方について」によって「長欠不就学」他へと分割される平成22・23年度研究報告書 ―児童相談所に関する歴史年表― 児童相談所のあり方に関する研究 p.21 子どもの虹情報研修センター。
不登校の問題化 日本では義務教育制度が発達しており、住民票がある学齢期の子女は、自動的に小中学校などの学籍を得られ、就学できる。しかし、その場合でも長期欠席が急増するなど「不登校問題」が拡大し、大きな課題となっている。
直接的な原因のない長期欠席について、文部科学省は狭義の「不登校」という用語を付与し、それ以外のものと区別している。
不登校は病気や精神的な問題だけでなく、「家庭の貧困」にも相関することが明らかになっている。東京都板橋区が2009年に公表した調査によると、区立中学校の2006年度の全生徒のうち、不登校の生徒は127人で、発生率は2.41%であった。しかし、生活保護を受ける中学生は、不登校の生徒が52人、発生率は11.58%であり、これは生活保護および就学援助を受けない子の4.8倍の発生率である。また、東京都杉並区が2008年に行った調査では、生活保護を受ける中学生70人を調査して、不登校の発生率は8.6%であり、前年同期の区全体の不登校発生率2.19%の約4倍だったここまで。「中学生不登校 生活苦も原因 保護世帯の1割 東京・板橋」 『毎日新聞』 2009年1月30日付.。これらの結果は、「中流以上の豊かな家庭の子どもに起こる精神的な問題」という、不登校のステレオタイプに対して見直しを迫るものである。
一方、日本国籍を持たない子女の場合、自動的には学籍を得られないので、そのまま就学せず、学校に行かないケースが見られる。古くから定住している在日韓国・朝鮮人などの場合は、一条校や民族学校に通う場合も多いが、日本に出稼ぎに来る外国人の場合、子女を学校に入れようとしないケースも多く、また地方公共団体によっては就学に積極的でない場合もある。こちらは、学齢期の外国人の非就学問題といわれるが、あまりマスメディアで取り上げられることはない。
また、日本の初中等教育の課程では年齢主義の影響が強いため、学齢を超過すると小学校・中学校に通うことが難しくなり（特に小学校）、高等学校も「全日制の課程」の場合は、年齢によっては入学しにくくなる。
そのため、長期欠席をした人が学校を卒業してからは、復学サポートの対象にならない上、統計にも表れず（就学率は学齢期のみであり、それ以降は計算されない）、問題の把握がしにくくなっている。
これは学齢超過者の入学拒否問題といわれるが、学齢期の外国人の非就学問題と同様に、あまりマスメディアには注目されない。
不登校の子どもの受け入れ先として、教育委員会の運営する教育支援センター(公営のフリースクール)が知られている。その他には、一部地域にある夜間中学や、民間のフリースクール、フリースペースが、補助的な形で受け皿となっているが、民間のフリースクールやフリースペースは利用料が毎月数万円から数十万円と費用が高額であり、毎月の利用料とは別に冷暖房費と光熱費（施設によっては食事代や寄付金も徴収されるところもある）を徴収されることから、生活困窮家庭である低所得世帯、ひとり親世帯、生活保護世帯、DV被害者世帯は利用することが難しいと言われている。
また高等学校の場合、義務教育でないため不登校が問題にされにくい。たとえば、中途退学という形で、学校からドロップアウトする例があるが、その後の生活にプラスになっていない例もある。不登校の末に退学した後、そのまま引きこもりに移行するような事例もある。
また、欠席が多くてもあまり復学支援はないし、小中学校ほどではないが同様に年齢が高くなると入学が難しくなる例もあり、そういった理由での不登校も問題にされにくい。
それらの理由もあって、休学・退学後に復学・再入学しない例が多い。これらの現象は、外国で「教育のウェステージ（損耗）」と呼ばれるものに当たる。
上記のように、就学者の不登校は大きな問題になっているのに対し、非就学者の不登校はほとんど問題視されない傾向がある。学籍がないと、学校側の目が届かないため、行政の対応が難しくなるのである。
派生的な意味であるが、「教師の不登校」も存在する。
文部科学省の調査では、2012年度において、日本国内における不登校の発生率は、中学校で2.56％、小学校で0.31％となっている文部科学省 「平成24年度 児童生徒の問題行動等生徒指導上の諸問題に関する調査」 p. 49.年度間に連続または断続して30日以上欠席した児童生徒のうち不登校を理由とする者について調査。ここで「不登校」とは、何らかの心理的、情緒的、身体的、あるいは社会的要因・背景により、児童生徒が登校しない、あるいは、したくともできない状況にあること（ただし、病気や経済的理由によるものを除く）とされている。。
2022年10月27日、文部科学省が2021年（令和3年）度の調査結果を発表し、小中学生の不登校が24万人余となり、20万人を突破したことを発表した。前年度より4万9000人近くも増加したことになる。中学生では20人に1人が不登校となっている。
不登校の契機 文部科学省による小・中学校を対象とした調査では、それぞれの生徒が「不登校になったきっかけと考えられる状況」が集計されている(複数回答可)。中学校で最も多いのは「無気力」で26.4％パーセンテージは不登校児童生徒数に対する割合である。次がほぼ並んで「不安など情緒的混乱」の25.1％であり、以下、「いじめを除く友人関係をめぐる問題」が15.7％、「あそび・非行」が11.4％、「学業の不振」が9.5％などとなっている(以下省略)。小学校では、「不安など情緒的混乱」が最多で33.2％、次いで「無気力」が23.8％、「親子関係をめぐる問題」が20.2％、「いじめを除く友人関係をめぐる問題」が11.0％、「家庭の生活環境の急激な変化」が9.6％、「病気による欠席」が9.3％などであった(以下省略)ここまで。文部科学省 「平成24年度 児童生徒の問題行動等生徒指導上の諸問題に関する調査」。
「無気力」には、「怠学」から「うつ状態」までもが含まれ得る。「無気力」が必ずしも「なまけ」を意味するものではないことに注意しなければならない。うつ状態はもちろん、怠学についても、その背後に家庭環境や学歴社会、校内暴力の影響が無いとは言い切れないためであるここまで。青砥恭 「不登校、ひきこもりは心の問題にとどまらない」 WEDGE Infinity, 2012年9月12日.。また、「不安など情緒的混乱」は中学校で2位、小学校で1位となっており、メンタルヘルスの問題が不登校の契機として最も大きなものの一つとなっている。
前掲の「不登校になったきっかけと考えられる状況」のうち、「いじめ」は中学校で2.1％、小学校で1.9％に留まっているただし、学校側がいじめを十分に把握していない可能性も残る。。いじめが不登校の主な契機の一つとなっている事実は確認されなかった。また、不登校を自ら選択する「意図的な拒否」も、中学校で4.7％、小学校で4.6％であり、上位には入っていない。
給食の完食指導を契機に不登校に陥る場合もある。支援団体には、小中学校で教員に給食の完食を指導されたせいで不登校や体調不良になったとの相談が延べ1000人以上から寄せられ、訴訟に至ったケースも出てきている。
その他、先輩・後輩といった厳しい上下関係（特に運動系部活動において）などといった人間関係の変化になじめず、それをきっかけに不登校に陥るケースもある。
不登校の予防
一次予防 児童生徒一人一人にとって居心地の良い学校環境を作ることが重要となる。たとえばその一つとして、学校がトランスジェンダーの児童生徒にとっても居心地の良い環境となるよう、不必要な性別区分けをなくし、個が尊重される環境を作ることなどが考えられる。また、学級内のいじめや人間関係のトラブルを予防し、児童生徒が安心していられる空間を保つことは、不登校の予防にも寄与しうる。
二次予防 心理的ストレスと不登校感情に関する質問紙調査（チェックリスト）を実施し、そのデータを基に不登校になる可能性の高い生徒たちを抽出し、その生徒たちに対して担任教師がスクールカウンセラーと協働で、心理状態の理解と様々な働きかけ（学業ストレッサー、友人関係ストレッサー、教師関係ストレッサーの得点に応じた働きかけ）を行うことが、不登校予防に効果的であることを示した研究がある。
また、小学校側が不登校リスクのある児童一人一人に関する具体的な情報を載せた個票を作成し、それを基に3月に行われる小中連絡会で情報共有を行うことが、中学校における不登校予防の一助になることを示した研究もある。
不登校の対応 不登校の児童生徒への援助を行う際には、児童生徒の気持ちに丁寧に耳を傾けて温かく受け止め、不登校に至った要因（発生要因）や不登校を継続させている要因（継続要因）を、心理面・学校環境・家庭環境等の視点から多角的に理解することが大切である。その上で、支援者は児童生徒と信頼関係を構築しながら、それらの要因を念頭に多面的な支援を行っていく。
たとえば心理面については、不登校の要因として特定の事柄に対する不安感がある場合、エクスポージャーや認知再構成法などの認知行動療法的アプローチが効果的なケースもある。また、学校環境・家庭環境等の環境面については、当該の児童生徒や保護者の声に丁寧に耳を傾け、そのニーズを基に安心して過ごせる環境を整える環境調整が有効な支援方法となり得る。
多面的・多層的な支援を行うため、担任や不登校対応教員、スクールカウンセラー、スクールソーシャルワーカーなどがチームで協働することが大切である。また、相談機関や医療機関など様々な社会資源での継続的支援に加えて、そのような機関と連携しながら学校側も定期的に家庭訪問をしたり連絡をとったりして児童生徒との信頼関係を築きながら支援を続けることが重要である。
一般的な対応 学校現場では早期対応、家庭訪問、個別指導などの対応が行われる。
不登校問題が深刻化して以降、学校毎にスクールカウンセラーが配置されるなど専門家による対応が実施されている。
また教室に入れない児童生徒は保健室登校や、教育支援センター(適応指導教室)など学校以外（一部は学校内に設置されるものもある）の教育環境が提供され学習指導などが行われる。
ただし、いじめなどで不登校になった場合、その原因となった人間関係があるために保健室等であっても登校することができないケースやそもそも自宅から外へ出ることができないケースがある。これらの場合は家庭訪問などで対応がなされるが、保健室や教育支援センターでの指導に比べ十分な時間や内容が確保しにくい。
保護者の対応としては、不登校に詳しい臨床心理士、精神科医、学校や行政の担当者などと相談しつつ、専門的に解決していくことになる。
保護者が登校刺激を与えれば、早期の再登校につながる場合もあるが、不適切な登校刺激が事態の深刻化を招く場合も多い。保護者などによる暴力的な登校圧力は、教育行政の進歩や、世論の理解において死者が出たことなどにより、現在では更生施設共に推奨されていない。
登校刺激への反応は、生徒によってケース・バイ・ケースであり、複雑である。場合によっては、必ずしも再登校を目標としない選択も考えられる。
学校による登校刺激については、「『指導の結果登校する又はできるようになった児童生徒』に特に効果があった学校の措置」(複数回答可)などが統計として書かれているが、不登校に至った本人にとって学校の登校刺激が最善の利益となるかどうかは全く別である。また、かつての管理教育全盛期には、教職員が自宅に直接押しかけ、自室から力づくで無理やり引きずり出してまで当人を学校に連れ出すといった暴力的な対応をしていた学校もあったが、現在では人権蹂躙などでの問題や批判が多いため、全く推奨されていない。
中学校では、「家庭訪問を行い、学業や生活面での相談に乗るなど様々な指導・援助を行った」が63.1％パーセンテージは不登校児童生徒在籍学校数に対する割合で最も高く、以下、「登校を促すため、電話をかけたり迎えに行くなどした」が60.9％、「スクールカウンセラー等が専門的に指導にあたった」が57.1％、「保健室等特別の場所に登校させて指導にあたった」が48.7％、「保護者の協力を求めて、家族関係や家庭生活の改善を図った」が45.4％、「不登校の問題について、研修会や事例研究会を通じて全教師の共通理解を図った」が41.6％、「全ての教師が当該児童生徒に触れ合いを多くするなどして学校全体で指導にあたった」が39.9％などとなっている(以下省略)。
また、小学校では、「登校を促すため、電話をかけたり迎えに行くなどした」が35.6％、「家庭訪問を行い、学業や生活面での相談に乗るなど様々な指導・援助を行った」が32.3％、「保護者の協力を求めて、家族関係や家庭生活の改善を図った」が27.8％、「不登校の問題について、研修会や事例研究会を通じて全教師の共通理解を図った」が26.2％などであり(以下省略)、中学校と比べて全体的に低い数値となっている。
栃木県宇都宮市は2007年度から、「1日休んだら電話、2日続けて休んだら家庭訪問」の実施など、不登校に組織的な対応を行った。同市内の中学校の不登校率は、2008年度をピークに減少に向かい、2012年度には不登校率が3.21％と過去13年間で最少となった。また、小・中学校とも連続的な欠席者が減り、日数も89日までの短期間欠席の割合が増えたここまで。「中学校不登校が過去最少 宇都宮市の昨年度不登校まとめ」 『下野新聞』 朝刊 12月25日付.。
監禁など犯罪に巻き込まれたことが原因で不登校となった児童・生徒に対しては、保護者や当人が在籍している・いた・する筈だった学校等が不登校期間中の学習をサポートするケースが多い。
学校側はステップルームとよばれる一時的な適応指導教室を開設する。
医療面の対応 うつ病、パニック障害、広場恐怖症、統合失調症などの精神疾患が不登校の原因となっているか、または不登校の過程で精神疾患を併発している場合がある。著しい苦痛または日常生活に障害を引き起こしている症状がある場合DSM-IV-TR 「症状は、臨床的に著しい苦痛、または、社会的、職業的、または他の重要な領域における機能の障害を引き起こしている。」には、精神疾患の疑いで、心療内科、精神科、神経科などこれら3つの診療科は概ね同じものである。「精神科」および「神経科」は、精神疾患を対象とする診療科である。また、個人開業の医院(クリニック)で「心療内科」と称しているものは、「精神科」とほぼ同じである。他に、「精神科」の別称として「精神神経科」などがある。なお、「神経内科」は「精神科」とは別の診療科である。を、出来る限り速やかに受診しなければならないここのみ。厚生労働省 「こころのバリアフリー宣言 ～精神疾患を正しく理解し、新しい一歩を踏み出すための指針～」 平成16年3月 pp. 4, 6.。何らかの身体症状で他の診療科に通院している場合にも、精神疾患の可能性を疑う必要がある（治療法については、「うつ病#治療」「パニック障害#治療」「広場恐怖症#治療」「統合失調症#治療」を参照されたい）。
とくに、うつ状態は自殺につながるリスクがあり、軽症であっても、医療機関での治療をせずに放置することは危険である。しかし、10代のうつ病患者の行動は、反抗的、怠惰と評価されることが多く、受診につながりにくいここのみ。Garland 1994.。児童・思春期うつ病は、基本的には成人と同じ症状が出現するが、成人と比べて多い症状に、イライラ感、身体的愁訴(頭痛、腹痛など)身体の病気が無いのに身体の不調を訴えること。、社交からの退避（不登校など）出典との用語の異同については、 針間博彦 「精神病性障害関連用語の再検討」, 2013. を参照のこと。がある。また、他の精神障害(発達障害含む)、精神疾患と併存して出現することが多い。いずれにせよ、1年以内に軽快する症例が多いが、数年後あるいは成人になって再発する可能性は高いここまで。傳田健三, 「児童・思春期うつ病のマネージメント」, p. 2.ここまで。傳田健三, 「子どものうつ:発達障害の視点から」 『広島大学大学院心理臨床教育研究センター紀要』, 第11巻, 2012, p. 18.。なお、児童・思春期うつ病の6ヶ月有病率は、児童期で0.5-2.5％、思春期で2.0-8.0％傳田健三, 「小・中学生の抑うつ状態に関する調査:Birleson自己記入式抑うつ評価尺度（DSRS-C）を用いて-児童青年精神医学とその近接領域」, 2004, pp. 424-436.Harrington, R. C., “Affective disorders,” Child and Adolescent Psychiatry: Modern Approaches, 3rd ed., In M. Rutter, E. Taylor, and L. Hersov (ed.), Blackwell Scientific, Oxford, 1994, pp. 330-350.とされており、思春期では成人とほぼ変わりが無い。また、後述するように、子どものうつ病は成人と比較して、より深刻な精神疾患である双極性障害、いわゆる躁(そう)うつ病の割合が高い（治療法については、「不定愁訴#管理」「双極性障害#治療」を参照されたい）。
他者と関わることに強い恐怖を感じる社交不安障害、予期しないパニック発作が繰り返し起こるパニック障害、無意味な強迫観念や強迫行為にとらわれる強迫性障害などこれらはDSM-IV-TRで「不安障害」のカテゴリに含まれているもの。もまた、不登校との関連性が高い(後述)。朝起きられない、夜眠れないなどといった睡眠障害も不登校と関係する。これらの患者がうつ病など他の精神疾患を併発している場合もある（治療法については、「社交不安障害#治療」「パニック障害#治療」「強迫性障害#治療」「睡眠障害#診断と治療の原則」を参照されたい）。
自閉スペクトラム症DSM-5から登場した診断基準。DSM-IVで「広汎性発達障害」とされていたものとほぼ重複する。日本語訳は、日本語版DSM-5で「自閉スペクトラム症／自閉症スペクトラム障害」とされ、2023年に発売された日本語版DSM-5-TRで単に「自閉スペクトラム症」となった（「DSM-5-TRの変更点について」ハートクリニック。2025年11月15日閲覧。）。や注意欠陥・多動性障害(AD/HD)などの発達障害、さらには軽度の精神遅滞(知的障害)も不登校に関係している場合がある。これらの疑われる場合もまた、医療機関、専門機関と相談することが望ましい発達障害と精神遅滞はICD, DSMなど現在の診断基準では精神疾患に含まれる。。また、発達障害の併存症(二次障害)として他の精神疾患が現れることもある。同様に、精神遅滞者の約10-40％には他の精神疾患も見られるここのみ。『メルクマニュアル医学百科 家庭版』 オンライン版 「知的障害」 原書最終査読/改訂月 2006年10月.（治療法については、「自閉スペクトラム症#管理」「注意欠陥・多動性障害#治療」を参照されたい）。
医療機関での対応