熊本県の二級水系一覧では、熊本県を流れる水系のうち、熊本県が管理する二級水系を記述する。2000年4月1日現在、81水系、148河川ある。
リストの順序は、北から南に、河口の位置を基準にして並んでいる。島嶼部の河川は末尾にまとめ、それぞれの島内で反時計回りに並んでいる。地形順の参考として一級水系（国土交通省管轄）も記載している。括弧内の水系名が一級水系。
水系名河川延長(km)流域面積(km2)河川数河口所在地備考 関川 熊本県内のみの長さ17.75 47.78 2 大牟田市福岡県境に流出し、諏訪川になる。南関町、荒尾市を流れる。 浦川 7.60 13.84 2長洲町 菜切川 8.92 21.12 2長洲町 宮崎川 2.80 7.34 1長洲町 行末川 4.91 23.82 3長洲町、玉名市 境川 6.50 11.80 1玉名市 （菊池川） 71 996 68玉名市一級水系 唐人川 2.60 16.31 2玉名市 河内川 7.00 16.80 1熊本市 坪井川 22.69 141.70 9熊本市 （白川） 74 480 16熊本市一級水系 除川 3.13 5.94 1熊本市よけがわ 千間江湖川 4.96 2.20 1熊本市せんげんえごがわ （緑川） 76 1100 59熊本市、宇土市一級水系 網津川 4.40 11.20 1宇土市 網田川 3.60 9.60 1宇土市おうだがわ 波多川 6.95 10.50 2宇城市 郡浦川 6.90 8.80 1宇城市こうのうらがわ 里浦川 2.50 3.50 1宇城市 底江川 2.00 2.40 1宇城市 大見川 1.50 3.70 1宇城市 西浦川 1.20 2.20 1宇城市 長崎川 2.50 3.50 1宇城市 浦上川 3.10 6.60 1宇城市 大野川 7.00 25.40 3宇城市 五丁川 5.20 6.10 3宇城市 八枚戸川 4.60 10.50 2宇城市 砂川 11.81 28.30 4宇城市 八間川 6.94 18.65 1宇城市 氷川 20.50 148.60 3氷川町、八代市 鏡川 3.87 10.65 1八代市 大鞘川 13.10 34.59 4八代市 水無川 16.82 18.82 1八代市 （球磨川） 115 1880 82八代市一級水系 流藻川 7.66 25.80 1八代市りゅうそうがわ 二見川 5.80 24.82 2八代市 赤松川 2.10 2.90 1芦北町 田浦川 2.30 6.30 1芦北町 宮の浦川 0.70 2.20 1芦北町 小田浦川 1.87 4.30 3芦北町 佐敷川 16.70 67.00 4芦北町 湯の浦川 13.40 42.50 4芦北町 女島川 1.20 5.70 1芦北町 津奈木川 2.89 16.20 2津奈木町 小津奈木川 3.20 16.40 1津奈木町、水俣市 水俣川 16.55 132.50 5水俣市 坂口川 1.20 2.60 1水俣市 袋川 0.80 7.50 1水俣市 境川 1.10 7.40 1水俣市、出水市 七ツ割川 1.50 1.00 1 上天草市大矢野島 合津川 2.80 4.60 1上天草市上島 今泉川 3.70 5.60 1上天草市上島 教良木川 8.70 29.00 3上天草市上島 楠甫川 1.77 7.40 1天草市くすぼがわ、上島 上津浦川 4.30 6.10 3天草市上島 下津浦川 2.60 9.90 2天草市上島 白洲川 2.50 3.70 2天草市上島 河内川 9.60 23.80 3天草市上島 浦川 6.30 11.00 2天草市上島 目玉川 1.10 0.90 1天草市上島 岩下川 1.80 2.95 1上天草市上島 亀川 9.90 23.00 1天草市下島 町山口川 3.50 10.30 1天草市下島 広瀬川 9.80 22.50 1天草市下島 隅田川 2.44 4.10 1天草市下島 中洲川 1.50 6.60 2天草市下島 内野川 11.10 28.80 6天草市下島 松原川 2.40 6.80 1苓北町下島 上津深江川 1.70 7.48 1苓北町下島 志岐川 6.10 9.50 1苓北町下島 都呂々川 5.00 13.60 1苓北町とろろがわ、下島 下津深江川 8.60 34.70 1天草市下島 高浜川 4.20 25.30 2天草市下島 大江川 2.10 5.67 3天草市下島 今富川 2.30 9.85 1天草市下島 一町田川 13.60 67.73 5天草市下島 路木川 4.13 10.30 3天草市下島 早浦川 2.30 13.21 1天草市下島 亀浦川 1.10 7.70 1天草市下島 桜川 1.60 5.16 1天草市下島 久玉川 1.50 2.13 1天草市下島 中田川 2.00 2.60 1天草市下島 流合川 4.40 15.30 1天草市下島 大宮地川 7.00 32.00 2天草市下島 方原川 8.60 10.40 1天草市ほうばるがわ、下島
関連項目 川 二級水系 日本の川一覧
出典・参考文献 日外アソシエーツ編集発行 『河川大事典』 日外アソシエーツ、1991年。 熊本県土木部河川課編集発行 『熊本の二級河川』 熊本県、2001年。