日本のキリスト教史（にほんのキリストきょうし）では、日本におけるキリスト教の歴史とその展開について述べる。
日本の宗教全般については「日本の宗教」を参照のこと。
世界のキリスト教の歴史については、「キリスト教の歴史」を参照のこと。
概要
thumb|left|7世紀頃には、唐にキリスト教が伝わっていたことを示す大秦景教流行中国碑。中国の影響を強く受けた日本でも、キリスト教が何らかの形で伝えられていたという説はあるも、確証はない。 thumb|キリスト教の儀式を行う日本人と司祭 thumb|イエズス会士と日本人（1600年頃） thumb|イエス・キリストの踏み絵 「日本にいつキリスト教が到来したか？」という日本の歴史上の問いに関しては、歴史的・学問的に見て証拠が多く、高等学校日本史の文部科学省検定済教科書で、キリスト教の日本への最初の伝来となっているのは、「1549年にカトリック教会の修道会であるイエズス会のフランシスコ・ザビエルによる布教」である。
戦国時代のさなかであり、当初は、ザビエルたちイエズス会の宣教師のみで、キリスト教の日本布教が開始された。
宣教師たちは、日本人と衝突を起こしながらも布教を続け、時の権力者織田信長の庇護を受けることにも成功し、順調に信者を増大させた。
しかし、豊臣秀吉の安土桃山時代には、勢力を拡大したキリスト教徒が、。他、ポルトガル商人によって日本人が奴隷貿易の商品となって海外へ人身売買されているという話も出ており、。秀吉が奴隷貿易に怒って追放令を発したとの説もあるが、最新の研究はこの説を否定しているJesuits and the Problem of Slavery in Early Modern Japan, Doctoral Dissertation, Rômulo da Silva Ehalt, pp. 514-523。
しかし、この時は南蛮貿易の利益が優先され、また下手に弾圧すると、九州征伐で平定したばかりの九州での反乱が考えられたため（当時の日本では、特に宣教開始の地である九州地方でキリシタン大名や信者（キリシタン）が多かった）、本格的な追放は行われず、宣教活動は半ば黙認されていた。だが、サン＝フェリペ号事件が起きたころ、秀吉はキリスト教の本格的な弾圧を開始した。
やがて時代が移り、関ヶ原の戦いで勝利を収めて豊臣政権に代わって、天下統一を成し遂げた徳川家康の江戸時代には、一時的に布教は認められた。しかし、その後は江戸幕府が禁教令を出し、キリスト教を禁教として鎖国政策を採ったため、宣教師はもちろん、外国人も許可無しでは日本に入国できなくなった。
一方で檀家制度を整備して、キリスト教徒をあぶり出すため、庶民に踏み絵を踏ませた。その間、江戸時代の末まで、一部の信者たちが密かにキリスト教の信仰を伝えていくこととなった。この信者たちのことは「隠れキリシタン」と呼ばれている。
やがて明治維新が起き、江戸時代は終わった。明治には欧米列強と不平等条約を結ばされ、諸外国と対等になろうと必死であった明治政府は日本の近代化を図り、富国強兵や殖産興業、文明開化といった政治・法律・経済・軍事など、西洋式に倣ってあらゆる分野の改革を断行した。その中には、国内でのキリスト教の布教・国民の信仰許可も含まれており、完全ではなかったものの信教の自由が法的にも保障された。
以後、キリスト教は再度日本での布教を開始していった。戦国時代ではカトリックが主であったが、明治以降はプロテスタントや正教会など、各派が布教を行った。この時、クリスマスなどのいくつかの行事が日本に持ち込まれ、日本の文化の一つとして定着していった。
第二次世界大戦が始まると、「敵国の宗教」ともみなされたキリスト教も神道や仏教など他の宗教と同じく、政府・大本営から戦争協力を命じられ、それを拒絶した宗教団体は、特別高等警察から徹底的に弾圧されることとなった。第二次世界大戦がと日本の敗北で終結すると、日本ではほぼ完全な形での信教の自由が日本国憲法で（第20条）保障され、不自由のないキリスト教の布教が開始された。
英国国教会とルーテル教会はフランシスコ・ザビエルを崇敬し、命日の12月3日を記念日としている。日本二十六聖人についてもルーテル教会、英国国教会、聖公会は殉教した日の2月5日または翌日の2月6日を記念日としている。
現在、キリスト教の文化は（教会での結婚式やクリスマスなどに象徴されるように）日本の文化に様々な影響を与えている。しかし、日本は公的機関が宗教の割合を詳しく調査していないので不明な点もあるが、キリスト教の信者そのものは、カトリック・プロテスタント・正教会の全てを合計しても、日本人全体の1%前後程度といわれている。文化庁の宗教年鑑では、信者数で1%となっている。また、CIAの調査によると、日本のキリスト教徒の割合は1.5%ほどと推定されている。東京基督教大学の日本宣教リサーチによれば、2014年の日本のキリスト教人口は約104万人で、日本の全人口のうち、0.82%となっている。2018年も信者数の概数は105万人で、対人口比で0.83%で、概数は変わっていない。
各国の宗教団体には普遍的に見られることだが、日本のキリスト教団体も、教義や伝道方法への考え方の相違、行動方針や政治的主張を巡っての対立があり、多くの諸団体に分かれている。それぞれの団体は、協力、もしくは対立関係にある。
戦国時代から安土桃山時代 背景 16世紀、ドイツ（当時の神聖ローマ帝国）でマルティン・ルターが起こした宗教改革が各国に波及しており、カトリックのお膝元のイタリアでさえ教皇の権威に陰りが見えていた。
カトリック教会は、権威を取り戻すために遠くアジアでの布教活動も視野に入れ始めていた。信者数が増えればプロテスタント勢力への牽制にもなる。また、金銭的な問題からも、アジア布教は急務と教会上層部は考えていた。当時は贖宥状（免償符）への風当たりが強くなったため、売り上げが急減しており、カトリックの財政事情に影響を及ぼしていた。アジアの有力者を信者にすれば、カトリック教会への莫大な献金が期待できた。なお、贖宥状の金銭での売買は、トリエント公会議の決議によって1563年に禁止されている。
このようなヨーロッパの宗教事情が、日本にイエズス会やフランシスコ会の宣教師が入国する下地となっていった。
宣教師は、アジアへ活発に派遣されていった。まず、植民地化が進んでいたインドや東南アジアに大量に送り込まれた。宣教師たちはさらに東にも目を向け、やがて極東にまで進出してくるようになった。
フランシスコ・ザビエルによる宣教活動 イエズス会（カトリック教会の修道会）の創設メンバーの一人で、西インドで宣教活動に従事していたバスク人司祭フランシスコ・ザビエルがマラッカで知り合った「ヤジロウ」（アンジロウとも）という日本人によって、日本のことを知り興味を抱いたことが、日本における宣教活動のきっかけとなった。農民の家の子供であるフェルナン・メンデス・ピントは支那沿岸から颶風（ぐふう・熱帯気候 低気圧の旧称の風）に遭って薩摩の種子島に漂着したのであるが、そこからまたインドに渡ったりして、先に日本から伴って行った勘四郎に教理を教えて聖霊降臨日の大祝日に洗礼を受けさせた勘四郎と云う男（洗礼名、パウロ）と日本人の従者二人（ヨハネとアントニオ）が日本人で最初の洗礼を受けたカトリック信者である「日本カトリック教史」三木露風、著作の本に書かれている。p 53, 頁である
1549年に始まるザビエルによる宣教活動が、日本へのキリスト教の最初の伝来で、これは歴史事実として教科書等に記述されて、一般にも広く知られている。
フランシスコ・ザビエルとイエズス会 200px|thumb|フランシスコ・ザビエル ザビエルは、ヤジロウやコスメ・デ・トーレス、ジョアン・フェルナンデスらとともに8月15日（この日は「聖母マリアの被昇天の祭日」に当たり、ザビエルは日本を聖母マリアに捧げた。）鹿児島に上陸し、2年3か月にわたって宣教活動を行った。
ザビエルは「日本国王」（天皇）の宣教許可を得ようと薩摩藩から平戸、山口、堺を経て京にたどりついたが、当時の京都は戦乱で寂れきっていた。天皇の権威も失墜しており、征夷大将軍も不在であったため、ザビエルは目的を果たせなかった。その後、言語や文化の違いなど多大な困難を乗り越えながら、徐々に日本人協力者を得ることができ、700名ほどに洗礼を授けた。各地を旅する中で、ザビエルは日本文化に中国が大きな影響を与えていると見抜き、中国宣教を志して広東の上川島に上陸したが、中国本土を目前にして病没した。
日本人を「もっとも優秀で理性的な国民」であると評価したザビエルは、イエズス会本部にさらなる宣教師の派遣を依頼。それに応えて優秀な人材が積極的に日本に送られた。ザビエル以降、ガスパル・ヴィレラ、ルイス・デ・アルメイダ（豊後府内に日本最初の病院を開設）、ルイス・フロイス（織田信長や豊臣秀吉と会見し、『日本史』を記す）、ガスパール・コエリョなどのイエズス会員が日本に来航し、布教活動にあたった。
また、ザビエルは日本の首都に神学部、法学部、ならびに医学部を兼ね備えたカトリック系の総合大学を建学するという夢を抱いていたが、彼の夢は1913年にイエズス会士によって上智大学が東京に建学したことによって叶えられた（ただし、上智大学において医学部は設置されていない）。なお「上智」とは「ソフィア」の訳である。
日本でのイエズス会の活動
thumb|伊東マンショとグレゴリウス13世の謁見の場面 日本では、他の植民地化されたアジア地域と異なりヨーロッパの影響が及ばず、本国の軍事的・経済的な支援が無かった。そのため、宣教師たちはまずその土地の大名などの有力武将と会見し、南蛮貿易の利益などを訴えながら布教の許可を得ると共に、安全の確保を図った。これ以前、1543年にはポルトガルの船が種子島に難破しており、火縄銃などが伝来していた。大名は、独自に南蛮人との交易の道を模索している真っ最中であり、その南蛮との窓口になりうるザビエルたちは、来日当初、大名たちから基本的に歓迎された。
布教の中心的な役割を果たしたのは、ロレンソ了斎・籠手田氏・一部氏“一部氏館跡” | キリシタンゆかりの地をたずねて. Laudate 女子パウロ会公式サイト・木村氏結城了悟 “2.木村という平戸の侍” | 日本キリシタン物語. Laudate 女子パウロ会公式サイト（末次平蔵の父親の末次興善桐生敏明「末次平蔵と木村一族」『長崎貿易と背教者たち』. Puboo・セバスチャン木村）・ガスパル西・トマス西らなど、肥前国の平戸島・生月島の者達であった。
この過程の中でキリスト教に触れた大名たちの中にも、洗礼を受けるものが現れた。彼らがキリスト教を信仰した理由は、キリスト教の理念に真剣に惹かれた者の他、単に南蛮との貿易をより円滑かつ大規模に行いたいため、または南蛮の文化や科学技術を習得する目的から信仰するようになった者もいた。彼らはキリシタン大名と呼ばれており、特に有名なものとして大友宗麟、大村純忠、有馬晴信、結城忠正、高山友照および高山右近親子、小西行長、蒲生氏郷などがいる。
なお布教当初は、言葉の問題や、ヤジロウが聖書のデウス（神）を「大日」と訳したこと、ザビエルらが仏教発祥の地であるインド（天竺）から来たこと、日本人の間で「外来の宗教と言えば仏教」という考えが強かったことなど、複数の要因からキリスト教は「天竺教」「南蛮宗」などと呼ばれ、仏教の一派と誤解されることも多かった。布教当初、「知らずに仏教用語を使っていたことがキリスト教の正確な理解を妨げている」と認識したザビエルらは、すぐに仏教用語をできるだけ廃した「原語主義」を採用していくこととなる。
イエズス会の宣教方針に則り、日本における宣教方針は、日本の伝統文化と生活様式を尊重すること、日本人司祭や司教を養成して日本の教会を司牧させることにおかれた。これは同時代のヨーロッパ人の、非ヨーロッパ文化に対する態度としては他に例をみないものであった。「適応主義」と呼ばれたこの指針によって日本での宣教は順調に進んだ。しかし日本人には司祭になる能力も適性もないと考えて軽視したフランシスコ・カブラルが布教長であった時代、ポルトガル人と日本人たちの間で溝が深まって宣教活動が停滞した。 160px|thumb|アレッサンドロ・ヴァリニャーノ イエズス会本部からの巡察師として日本を訪れたアレッサンドロ・ヴァリニャーノは各地を回って実情を視察した上で、カブラルを解任してその方針を否定、従来行われていた適応主義の復活を命じた。ヴァリニャーノは日本人司祭の養成を急務とし、各地にセミナリオ（小神学校）とノビシャド（修練院）、コレジオ（大神学校）を設置した。これらの学校では当時の学術語であったラテン語、日本語および哲学・神学、自然科学、音楽、美術、演劇、体育と日本の古典を必修科目として学習させていた。これは人文主義的素養を重視したイエズス会の教育方針によるもので、イエズス会による教育は日本の明治以降の学校教育の先取りともいえるものであった。
さらにヴァリニャーノは将来の日本を担う少年たちに直接ヨーロッパを見せ、同時にヨーロッパに日本の存在をアピールしようと天正遣欧使節（1582年 - 1590年）を企画。イエズス会員に伴われた四人の少年たち（伊東マンショ、原マルティノ、千々石ミゲル、中浦ジュリアン）はヨーロッパ各地で熱狂的な歓迎を受け、使節の企画は大成功を収めた。
宣教師の受けた誹謗中傷 宣教師に対する誹謗中傷の中でも顕著なものに、人肉を食すというものがある岡田章雄『キリシタン・バテレン』至文堂、1955。フェルナン・ゲレイロの書いた「イエズス会年報集」には宣教師に対する執拗な嫌がらせが記録されている。
さらに子どもを食べるために宣教師が来航し、妖術を使うために目玉を抜き取っているとの噂が立てられていた松田毅一監訳『一六・七世紀イエズス会日本報告集』第二冊、同朋舎、1987、217-289頁Myths, missions, and mistrust: The fate of Christianity in 16th and 17th century Japan, John Nelson, Pages 93-111, 2010,, History and Anthropology, Volume 13, 2002 - Issue 2.Okada A. 1955 Kirishitan Bateren, tokyo, shinbun-do, p.159。仏教説話集『沙石集』には生き肝を薬とする説話があり仏教徒には馴染みのある説といえ、ルイス・デ・アルメイダ等による西洋医療に対する悪口雑言ともとれるが、仏僧である大村由己が執筆した『九州御動座記』にある宣教師が牛馬を生きたまま皮を剥いで素手で食べるとの噂da Silva Ehalt, Rômulo (2017). Jesuits and the Problem of Slavery in Early Modern Japan (Thesis). Tesis Doctoral, Tokyo University of Foreign Studies. p. 345-346.とも共通するものがある。
社会的摩擦 1553年、豊後において宣教師による人食いの噂が広まった。これを受け、当地の領主である大友宗麟は、宣教師の住居に対する投石行為を制止する布告を発した1. Strathern A. The Defeat of Christianity in Japan, 1560–1614. In: Converting Rulers: Global Patterns, 1450–1850. Cambridge University Press; 2024:124-162. p.142.。日本初の南蛮外科医である修道士ルイス・デ・アルメイダは、有馬晴純は領内にあった十字架を倒し、キリスト教徒が元の教えに強制改宗するように命じたと1564年十月十四日付、豊後発信の書簡で言及しているTakashi Gonoi, New Omura City History, Volume 2 (Medieval Edition), Chapter 4, Omura City History Compilation Committee. Omura City, 2014-03-31., p.481Cartas que os Padres e Irmaos da Companhia da Iesus, que andao nos Reynos de lapao escreverao aos da mesma Companhia da India, e Europa, desde anno de 1549 ate 1580. Primeiro Tomo, Evora 1598. f. 155.。1563年十一月七日頃には横瀬浦港にある修道院が焼かれ、次いですぐにキリシタンの農民たちの家が焼かれたというCurvelo, Alexandra, and Angelo Cattaneo. Interactions Between Rivals: The Christian Mission and Buddhist Sects in Japan (c. 1549-c. 1647). Peter Lang International Academic Publishers, 2021., p.48.。1573年には深堀純賢によってトードス・オス・サントス教会が焼き払われたTakashi Gonoi, New Omura City History, Volume 2 (Medieval Edition), Chapter 4, Omura City History Compilation Committee. Omura City, 2014-03-31., p.508Ribeiro, Madalena, Gaspar Vilela. Between Kyúshú and the Kinai, Bulletin of Portuguese - Japanese Studies, vol. 15, diciembre, 2007, pp. 9-27.。こうしてキリスト教と仏教の信者間での対立関係が悪化していたがBOXER, C. R. The Christian Century in Japan, 1549 – 1650. California: University of California Press, 1974, pp. 97-98, "But since the Portuguese are unwilling to do this, and they often go to places against the padres` wishes, there is always much jealousy and rivalry between these lords, from which follow in turn to great toil and moil to the padres and to Christianity. And, moreover, it sometimes happens that the Portguese go with their ships to the fiefs of heathen lords who bitterly persecute the padres and Christianity, wrecking churches and burning images, which causes great scandal and contempt of the Christian religion."、日本におけるイエズス会の責任者であるヴァリニャーノは寺社の破壊を禁じていたH・チースリク 「高山右近領の山間部におけるキリシタン――布教・司牧上の一考察」（キリシタン文化研究会『キリシタン研究第十六輯』一九七六年)。
17世紀になって創作された反キリスト教文学の中には、宣教師が行った忌まわしい行為として次のような事例を挙げているElison, Deus Destroyed. p. 215. "They sent out men to search throughout the Capital and its outskirts, in wayside chapels in the hills and plains, and even underneath bridges. They gathered in outcasts and beggars and others with diseases and afflictions, had them take a bath and cleanse the body, and gave them clothing, succor, shelter, and care."。
イエズス会宣教師が非人や重病者を受け入れた病院運営は、らい病や壊血病患者、障害者といった社会的に「不浄」とされた下部階層との接触により、武士や僧侶など上流階級から汚れた底辺の存在とみなされ、忌避され疎外された。
さらに、1637年の島原の乱で出土した矢に記されたメッセージには、「すべての知覚する生き物において、貴族と平民のような区別は存在しない」との文言が含まれていた。この思想は、歴史学者ジョージ・エリソンの見解によれば、宣教師の直接的な教えとは異なるものの、キリスト教の布教が日本の厳格な身分社会に相容れない平等主義的思想を広めたことを示しているGeorge Elison, Deus Destroyed, p. 220. "Among all sentient beings there is no such distinction as noble and base."。
救貧院の設立 長崎のミゼリコルディア（救貧院）は、1583年に役員の初選出と病院の開設により正式に設立が認められたOliveira, João Paulo Costa. "The Misericórdias among Japanese Christian Communities in the 16th and 17th centuries." Bulletin of Portuguese-Japanese Studies 5 (2002): 67-79. p.76。この慈善団体は、都市外にハンセン病患者のための第二の福祉施設を運営しており、これはポルトガル人の到来以前に日本に病院が存在しなかったことから、キリスト教の慣行が大きな影響を与えたことを示している。イエズス会士ルイス・フロイスは、この施設が「日本人にとって忌まわしい」とされた人々に捧げられたと記しているOliveira, João Paulo Costa. "The Misericórdias among Japanese Christian Communities in the 16th and 17th centuries." Bulletin of Portuguese-Japanese Studies 5 (2002): 67-79. p.77, "The brotherhood also had a second hospital outside the city for lepers, which represented an important influence of Christian practices, because there were no hospitals in Japan before the arrival of the Portuguese, and this was devoted to people who had become “repugnant for the Japanese”, according to the Jesuit Luís Fróis (1532-1597)"。この取り組みは、キリスト教の慈善理念に基づく画期的な社会福祉の導入を象徴し、日本社会に新たな枠組みを提示した。さらに、平戸において1561年に早くも救貧院が設立され、寄付を集める役員が活動していた事実は、ミゼリコルディアの制度が日本各地で早期に根付き、キリスト教の慈善理念が地域社会に広く浸透していたことを裏付けるOliveira, João Paulo Costa. "The Misericórdias among Japanese Christian Communities in the 16th and 17th centuries." Bulletin of Portuguese-Japanese Studies 5 (2002): 67-79. p.73。