第13回都市対抗野球大会（だい13かいとしたいこうやきゅうたいかい）は、1939年7月30日から8月7日まで後楽園球場で開かれた都市対抗野球大会である。
概要 前回大会は16チームが参加して行われたが、大陸の戦火拡大の影響から、満洲の2チーム（大連市・満洲倶楽部、奉天市・満鉄倶楽部）は出場を辞退。14チームで試合が行われた。 クラブチームの衰退は著しく、14チーム中企業チームが11チームを占めた。 大会を制したのは前年優勝の藤倉電線。明大卒の吉田正男投手が4連投に加えて打撃でも活躍し、橋戸賞に輝いた。 今大会から橋戸賞に加え、殊勲賞も設けられ、2選手に贈られた。
出場チーム 函館市・函館太洋倶楽部（2年連続9回目） 青森市・青森林友（初出場） 太田市・太田雄飛（3年ぶり2回目） 東京市・藤倉電線（2年連続2回目） 川崎市・コロムビア（5年連続6回目） 長野市・長野法規（初出場） 名古屋市・東邦瓦斯（初出場）大阪市・太陽レーヨン（初出場） 庄内町・庄内田村駒（2年連続2回目） 神戸市・神戸全川崎（2年連続2回目） 呉市・全呉（3年連続8回目） 八幡市・八幡製鉄（3年連続9回目） 京城府・全京城（2年連続8回目） 台北市・全台北団（初出場）
大会 1回戦 第1試合 1 2 3 4 5 6 7 8 9 計青森林友 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0藤倉電線 3 0 0 0 2 0 3 0 X 8 勝：吉田 敗：高瀬
第2試合 1 2 3 4 5 6 7 8 9 計長野法規 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1函館太洋倶楽部 0 2 1 0 0 0 1 3 X 7 勝：山田 敗：金子
第3試合 1 2 3 4 5 6 7 8 9 計神戸全川崎 0 1 0 2 2 1 3 0 0 9全台北団 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 勝：門脇 敗：桑田第4試合 1 2 3 4 5 6 7 8 9 計全呉 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1太陽レーヨン 1 0 1 3 0 1 1 0 X 7 勝：東本 敗：森川
第5試合 1 2 3 4 5 6 7 8 9 計太田雄飛 1 0 0 0 1 0 1 0 0 3東邦瓦斯 1 0 0 0 0 0 0 0 X 1 勝：三富 敗：青山
第6試合－延長12回 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 計コロムビア 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 2全京城 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 1x 3 勝：徳島 敗：日暮
2回戦 第1試合 1 2 3 4 5 6 7 8 9 計函館太洋倶楽部 0 0 0 0 1 0 2 0 0 3藤倉電線 1 2 0 0 1 0 0 1 X 5 勝：吉田 敗：植田
第2試合－延長10回 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 計神戸全川崎 0 0 1 0 0 5 0 0 2 0 8八幡製鉄 4 0 0 0 0 1 0 0 3 1x 9 勝：大崎 敗：門脇 ※神戸全川崎は大会史上初の全員安打を記録第3試合 1 2 3 4 5 6 7 8 9 計太陽レーヨン 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1庄内田村駒 0 0 0 2 0 0 0 0 X 2 勝：河内 敗：東本
第4試合 1 2 3 4 5 6 7 8 9 計全京城 0 0 0 0 0 0 1 5 0 6太田雄飛 1 0 0 0 0 0 0 0 1 2 勝：徳島 敗：三富
準決勝 第1試合 1 2 3 4 5 6 7 8 9 計藤倉電線 0 0 0 1 4 0 0 0 0 5八幡製鉄 2 0 0 0 0 0 0 1 0 3 勝：吉田 敗：塩田第2試合 1 2 3 4 5 6 7 8 9 計庄内田村駒 4 0 0 1 3 0 0 0 0 8全京城 1 0 0 0 0 2 0 0 0 3 勝：河内 敗：徳島
決勝 決勝戦（8月7日） 1 2 3 4 5 6 7 8 9 計庄内田村駒 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0藤倉電線 0 0 0 0 0 2 1 0 X 3 勝：吉田 敗：河内 （藤倉電線は2年連続2回目の優勝）
表彰選手 橋戸賞 吉田正男投手（藤倉電線） 殊勲賞 森谷一塁手（八幡製鉄）、河内投手（庄内田村駒）