コイ亜目（学名：）は、コイ目に所属する魚類の分類群の一つ。コイやヒメハヤなど約3000種が属する。多数の水産重要種を含み、アクアリウムなどで飼育される観賞魚も多い。ゼブラフィッシュ（）など、一部の魚種は生物学における重要なモデル動物として利用されている。名称は古代ギリシア語でコイを意味するキュプリーノス（）にちなむ。
概要
本亜目に所属するパーカーホ（）は、コイ目中の最大種である。タイに分布する本種は少なくとも体長2.5mに達し、3mに及ぶこともある。インドのブラマプトラ川に生息する も最大で2.7mに達するとみられるほか、2mを超える大型種はアジアから他に2種が知られる。コロラド川に分布する は、北アメリカにおける最大のコイ亜目魚類である。ほとんどの一般的なコイ亜目魚類は体長5cm未満で、ミャンマーの河川から知られる 属の2種（ および ）は体長1cm強で成熟する超小型種である。
本亜目の咽頭歯は1-3列で、各列とも8本を超えることはない。多くの種類では唇は薄く、ひだや突起はない。口ヒゲの有無はさまざま。上顎はほぼ完全に前上顎骨のみによって縁取られ、前に突き出すことが可能である。200本以上の鰓耙をもつ種類（）が知られる。
コイ亜目魚類の最古の化石は、アジアにおける始新世の地層から産出する。ヨーロッパおよび北アメリカからはやや遅れ、漸新世のものがもっとも古い。北アメリカには始新世に他の骨鰾類は既に存在していたが、コイ類は分布していなかったとみられている。魚類化石があまりみられない台湾島から、鮮新世の数種の化石（咽頭歯）が報告されている。
かつては餌をとるときに素早く遊泳し頭部が可動性をもつグループと、比較的ゆっくり泳ぎ頭部が固定されたグループという、シンプルな2亜科に分割されていたが、現在ではより詳細に分けられている。コイ目の魚は全て卵生であり、巣作りや卵を保護する習性をもつものも少数ながら存在する。
コイ亜目魚類はメキシコ南部までの北アメリカ・アフリカ大陸・ユーラシア大陸に幅広く分布する一方で、南アメリカやオセアニアには生息しない『Fishes of the World Fourth Edition』 pp.139-143。ほぼすべてが淡水産であるが、ウグイ科のごく一部に汽水域に進出する種類が知られる。
主な種として以下のものが挙げられる。 コイ キンギョ ヨーロッパブナ チャブ バーベル シルバーシャーク ( ダニオ ラスボラ ローチ デイス
分類 従来、本項で扱う分類群は、コイ科1科のみ、またはシロリンクス科とコイ科の2科から構成されるものとして扱われてきた。
2009年、ChenとMaydenは、従来のコイ科を複数の科に分割する分類を提唱したが、一部の分類群には正式な科名を与えず、rasborine cladeやcultrine cladeなどの名称を用いた。2010年には、従来広義に用いられてきたダニオ亜科 Danioninaeが非単系統であることが示され、その範囲が再定義された。一方、同年の別の解析では、Danionidae等を科と扱ったうえで、これと単系統群をなさないとして、SundadanionidaeおよびPaedocyprididaeが新科として記載された。
2016年の系統解析では、PaedocyprisおよびSundadanioを除くDanionidaeの単系統性が100%のブートストラップ値で支持され、両属をそれぞれ独立した科とする扱いが支持された。これらの研究を踏まえ、2018年には本項の属を12科に配分する分類が体系的に整理された。この12科の分類は、その後、Eschmeyer's Catalog of FishesやFishBaseなどの主要な魚類データベースで採用されている。
以下の亜科・属・種の数はEschmeyer's Catalog of Fishesによる。 - 1属3種。 シロリンクス科 - 2属6種を含み、体長8cm程度の小型魚類である。ネパールおよび隣接するインド・ミャンマーの山岳地帯に分布し、流れの速い渓流での生活に適応している。頭部腹面が平らで口は小さく、肉質の唇をもつ。口ヒゲはない。鰓の開口部は小さい。咽頭歯は1列4本。側線が発達する一方、浮き袋は退化的である。 コイ科 - 10亜科168属1819種。コイ・フナ（キンギョ）が一般的に知られているが、ドクターフィッシュ・プンティウス属・シルバーシャークのような熱帯魚も含まれる。 - 2属9種 （=旧ダニオ亜科） - 4亜科39属373種。ラスボラなどの熱帯魚のほか、モデル生物として用いられるゼブラフィッシュも含む。 - 1属（）に5種を含む。東南アジア産。 クセノキプリス科 - 45属165種。東アジアから東南アジアに分布する。カワムツ属・ハス属などはかつてダニオ亜科に含まれていたが、他のダニオとは系統が異なるため分離された 。 テンチ科 - 1属1種。 テンチのみで構成する。 タナゴ科 - 6属86種が属する。中央アジアを除くユーラシア大陸、および日本列島に分布する。カネヒラ・タナゴ・イタセンパラ・アカヒレタビラ・ニッポンバラタナゴ・アブラボテなどのタナゴ類を含む。 カマツカ科 - 30属229種。ユーラシア全域に産するが、 タイリクスナモグリ属 Gobio 以外のほとんどの属は東南アジアおよび日本に限局する。ニゴイ・スゴモロコ・カワヒガイ・モツゴ・カマツカ・ツチフキなど。 アカヒレ科 - 1属9種。 アカヒレ ウグイ科 - 6亜科103属713種。コイ亜目で北アメリカに自然分布する唯一のグループである。インドおよび東南アジアには分布しない。ウグイ・アブラハヤなど。
系統 次のような系統樹が得られている。
コイ科（コイ・マゴイ／観賞・食用）の主なウイルス性疾病 コイヘルペスウイルス病（koi herpesvirus disease; KHVD）：コイ（マゴイ）で問題となる疾病で、病原体はコイヘルペスウイルス（KHV、CyHV-3）（Alloherpesviridae科Cyprinivirus属）である。 コイ春ウイルス血症（spring viraemia of carp; SVC）：コイ類で問題となる急性出血性の疾病で、病原体はコイ春ウイルス血症ウイルス（SVCV）（Rhabdoviridae科Sprivivirus属）である。
脚注 注釈
出典
参考文献
Nelson JS, Fishes of the World (4th ed), New York, John Wiley & Sons INC, 2006, ISBN 0-471-25031-7 上野輝彌・坂本一男 『新版 魚の分類の図鑑』 東海大学出版会 2005年 ISBN 978-4-486-01700-4 川那部浩哉・水野信彦・細谷和海 編・監修 『日本の淡水魚 改訂版』 山と溪谷社 1989年 ISBN 4-635-09021-3 松浦啓一編著 『魚の形を考える』 東海大学出版会 2005年 ISBN 4-486-01674-2 岩井保 『魚学入門』 恒星社厚生閣 2005年 ISBN 978-4-7699-1012-1