Microsoft Windowsにおけるデフラグ（英語での名称はDisk Defragmenter）は、主としてファイルシステムをデフラグメンテーションする（発生しているフラグメンテーションを解消する）ユーティリティプログラムである。Windows 10からはドライブのデフラグと最適化（英語での名称はMicrosoft Drive Optimizer）という名称に変更された。

仕様 MS-DOS, Windows 9x MS-DOS 6.xおよびWindows 9x系ではノートン ユーティリティーズ Speed Diskの簡易版が収録されている。

Windows 98ではIntel Application Launch Accelerator技術が搭載された。これは頻繁に起動されるアプリケーションが読み込むファイルをディスクの読み取り（シーク）が速い部分に配置し、アプリケーションの起動を高速化する機能で、特にFAT32のファイルシステムで効果が発揮される。

Windows NT 内部的にはWindows NT 4.0からデフラグメンテーションに必要なAPIが実装されたが、ユーティリティプログラムは付属しない。当時はデフラグメンテーションを行う無料のソフトウェアが存在しなかったため、ノートン ユーティリティーズやDiskeeperなどのソフトウェア製品を購入する必要があった。

Windows 2000, XP, Server 2003 Windows 2000からDiskeeperの開発元であるExecutive Software International（当時）が開発したツールが収録されている。これはDiskeeperの簡易版でマイクロソフト側の微調整が施されており、Windows 2000, XP, Server 2003には次のような制限がある。 ページファイルとハイバネートファイルはデフラグメントされない。 一度に一つのローカル ボリュームのみしか分析・最適化を実行できない。 コンソール版またはGUI版を複数同時に実行できない。 スケジュールをすることができない。(但し、コマンドスクリプトを作成し、そのスクリプトをタスクに登録すればスケジューリング可能。)

Windows 2000のディスク デフラグ ツールのみ、以下の制約がある。 4 KiBを超えるクラスタサイズでフォーマットされたNTFSボリュームをデフラグメントできない。 NTFSメタデータ (MFT) をデフラグメントできない。 NTFSのEncrypting File Systemで暗号化されたファイルをデフラグメントできない。 未圧縮のNTFSファイルデータの小規模な移動ができない。

Windows Vista, Server 2008, 7 Windows Vista からマイクロソフトの Core File Services チーム製のツールが収録されている。Windows Vista, Server 2008, 7のディスク デフラグ ツールの仕様は、次のようなものがある。 GUIは、Windows 2000, XP, Server 2003のMicrosoft 管理コンソール スナップインによるものではなく、専用のアプリケーションによって提供される。GUI版には、詳細な分析結果を表示する機能がない。 NTFSボリューム上にある64MB以上の断片化は、コンソール版で-wを指定しない限り断片化の統計に含まれず、最適化されない。 Windows 7で対象のボリュームがSSDとして検出された時を除いて、自動実行される。 メタデータをデフラグメントできる。シャドウ コピーに対応する。 優先度が低い設定で実行する。 マウントされていない隠し属性のパーティションをデフラグメントできる。 Core File Services チームは、多くのユーザーがWindows XPのディスク デフラグ ツール分析結果で表示される統計の意味が分からないと答えたことや、処理の進捗を予測するのが困難なことから進捗のパーセント表示には意味がないため、ユーザインターフェースを簡略化したと回答した。また、コンソール版では断片化の状況が詳しく表示されることを補足した。

Windows 8, 8.1, 10 SSD・フラッシュストレージに対しTRIMが実行される。（これはデフラグメンテーションではなく、フラッシュストレージをより効率良く利用するための操作である。） シン・プロビジョニング ストレージ（記憶域プール、マウントしたVHD/VHDXファイル、Hyper-Vの仮想マシンに接続されたVHD/VHDXファイルを含む）に対してスラブ統合とTRIMが実行される。 「ドライブのデフラグと最適化」に改称 ドライブ一覧に隠し属性のパーティションを表示する「詳細ビュー」チェックボックスが追加された (Windows 10 ビルド 20270)

脚註