2006 FIFAワールドカップ・アフリカ予選はアフリカ地区の2006 FIFAワールドカップ・予選である。アフリカサッカー連盟加盟国で行われ、いずれもホーム・アンド・アウェー方式で行われた。出場枠は5。

予備予選 エントリー51カ国のうち、2002 FIFAワールドカップ出場国5カ国と、残り46カ国のうち2003年6月25日発表時のFIFAランキング上位4カ国の、合計9カ国が予備予選を免除される。残る42カ国で2チームずつのホーム・アンド・アウェー方式での対戦を行い、各勝者が最終予選に進む。

勝利数も得失点差も同一の場合、アウェーゴール数の多いチームが勝利となり、それでも決着しない場合は延長戦を行う。

第1戦ホームチーム合計得点第2戦ホームチーム第1戦結果第2戦結果1-41-22-03-41-13-21-50-41-14-14-10-01-21-00-20-90-10-80-30-00-30-70-10-64-33-01-3(aet)3-03-00-04-23-01-21-41-10-31-40-01-43-3(a)3-10-22-11-01-11-31-30-04-13-01-15-31-04-32-32-00-30-70-5(*1)0-2不戦勝（棄権）

(*1)：ソマリアのホームゲームもガーナで実施

最終予選 予備予選に勝った21カ国と予備予選を免除された9カ国の計30カ国を、6チームずつ5グループに分け、グループ首位のみ本大会出場権を得る。なおアフリカネイションズカップ2006の予選も同時に行われ、こちらは上位3カ国が出場権を得る（グループ3に開催国のエジプトが入ったため、エジプトが上位3カ国に入った場合は4位の国が繰り上げ出場となる）。

■：2006 FIFAワールドカップおよび、アフリカネイションズカップ2006の出場権獲得 ■：アフリカネイションズカップ2006の出場権獲得

グループ1 国名勝点試合数勝分敗得点失点得失点差231072120812 21106312181319106131610610103161014-48102261114-3410118327-24

グループ2 国名勝点試合数勝分敗得点失点得失点差211063117413 16104421410416105141214-21310415141311010316815-7810226615-9

グループ3 国名勝点試合数勝分敗得点失点得失点差221071220713 21106311810817105232615111210334810-2610136622-16510127923-14

グループ4 国名勝点試合数勝分敗得点失点得失点差21106311266 21106312171415104331314-110102441113-2810154815-7510127616-10

グループ5 国名勝点試合数勝分敗得点失点得失点差211063125914 2010550177101710523151051010316817-99103071018-86101361226-14

関連項目