熊本城（くまもとじょう）は、熊本県熊本市中央区（肥後国飽田郡熊本1607年（慶長12年）に隈本から熊本へと改名。「角川日本地名大辞典43 熊本県」）にあった安土桃山時代から江戸時代の日本の城。別名「銀杏城（ぎんなんじょう）」。
加藤清正が中世城郭を取り込み改築した平山城で、加藤氏改易後は幕末まで熊本藩細川家の居城だった。明治時代には西南戦争の戦場となった。西南戦争の直前に大小天守や御殿など本丸の建築群が焼失したが平井聖監修『城 〔8〕（九州沖縄・火燃ゆる強者どもの城）』毎日新聞社、1996年、宇土櫓を始めとする櫓・城門・塀が現存し、13棟（櫓11棟、門1棟、塀1棟）が国の重要文化財に指定されている。また、城跡は「熊本城跡」として国の特別史跡に指定されている。
概要 thumb|本丸御殿大広間（木造復元） サムネイル|南大手門（木造復元） 熊本市北区植木町の中心から南に伸びる舌状台地（京町台地）の尖端、茶臼山丘陵一帯に築かれた平山城。現在の地名では中央区の本丸、二の丸、宮内、古城町、古京町、千葉城町に当たる。
中世に千葉城、隈本城が築かれ、安土桃山時代末期から江戸時代初期にかけて加藤清正がこれを取り込み、現在の本丸にあたる部分の築城を行った。 細川氏の時代になると城地の拡張と増築が盛んに行われ、西側に二の丸、三の丸が加わった。明治時代の初めまでは大半の建物が撤去されずに現存していたが、熊本鎮台が置かれた後に建物や石垣、曲輪の撤去や改変が行われ、西南戦争で一部の建物を残して天守を含む御殿や櫓など主要な建物を焼失した。現在は、宇土櫓や東竹之丸の櫓群が残っている（建物が失われる経緯は、同項の歴史（明治時代以降）を参照のこと。）。1889年（明治22年）の熊本地震で石垣の一部が崩落し、改修された部分があるものの、ほぼ江戸期の姿をとどめ、城跡は特別史跡に指定されている（2012年時点で512,300.52平方メートル）。
天守は1960年に鉄筋コンクリート造で外観復元され、内部は「熊本市立熊本博物館分館」となっている。2000年以降は門や櫓、御殿の一部などが木造で復元された。
2016年4月の熊本地震の際に、多くの石垣が崩落したほか宇土櫓などの文化財建造物、大小天守などの復元建築が被災し速報「熊本城の地震被害」 熊本城調査研究センター 2016年6月10日（PDF）、修復が進められている（「熊本地震以降」参照）。今後さらに櫓、門、土塀が木造復元される予定。
サクラの名所としても知られており、日本さくら名所100選に選定されている。
文献によるが、日本三名城の一つにも数えられている。
歴史・沿革 室町時代 thumb|加藤清正 肖像 室町時代の文明年間（1469年 - 1487年）に肥後守護菊池氏の一族・出田秀信が千葉城（ちばじょう、現在の千葉城町）を築いたのが始まりである。
その後、出田氏の力が衰え、大永・享禄年間（1521年 - 1531年）に菊池氏は代わりに託麻・飽田・山本・玉名4郡に所領を持つ鹿子木親員（寂心）に隈本城（くまもとじょう、現在の古城町）を築かせて入れた。寂心は藤崎八旛宮の遷宮を行い、1529年（享禄2年）に後奈良天皇の綸旨、1542年（天文11年）には勅額の下賜を得ている。1550年（天文19年）、豊後守護大友義鑑が家臣の謀反により殺されると、義鑑の弟で菊池氏を嗣ぎ、かつ義鑑と敵対していた守護菊池義武が隈本城に入り、寂心の孫・鹿子木鎮有はこれを迎え入れた。しかし、義鑑の子・大友義鎮により追われ、以後は大友氏に協力した城親冬が居城とした。
1587年（天正15年）、豊臣秀吉の九州平定に際し、薩摩の島津氏に属していた親冬の孫・城久基は城を明け渡して筑後国に移った。秀吉の御伽衆・大村由己の『九州御動座記』には「此所は肥後の府中なり、城十郎太郎（久基）と云者相踏候、数年相拵たる名城なり」と記す。また、秀吉が一柳直末に送った朱印状の中で「肥後は然るべき国に候間、羽柴陸奥守（佐々成政）おかせられ候、熊本名城に候間、居城として御普請仰せ付けられ候」と述べている。
新たに肥後の領主となり隈本城に入った佐々成政は、秀吉の指示に反して検地を強行し、肥後国人一揆を引き起こす。この時、隈本城は国人衆による猛攻を受けたが、城代の神保氏張が死守して落城は免れている。1588年（天正16年）、成政は切腹を命じられ、加藤清正が肥後北半国19万5,000石の領主となり隈本城に入った。
江戸時代 thumb|220x220px|江戸期の城下町の模型 加藤清正は、1591年（天正19年）から千葉城・隈本城のあった茶臼山丘陵一帯に城郭を築き始めた。1600年（慶長5年）頃には天守が完成。同年の関ヶ原の戦いの行賞で清正は肥後一国52万石の領主となる。1606年（慶長11年）には城の完成を祝い、翌年「隈本」を「熊本」と改めた。これが現在の熊本城である。1610年（慶長15年）から、通路によって南北に分断されていた本丸に通路をまたぐ形で本丸御殿の建築が行われた。これにより天守に上がるには、本丸御殿下の地下通路を通らなければならないようになった。
1632年（寛永9年）、清正の子・加藤忠広の改易により豊前小倉城主だった細川忠利が肥後54万石の領主となり熊本城に入った。この時、忠利は天守に上り清正を祀る廟所がある本妙寺の方角に向かって遙拝したと伝えられる。忠利は城の長塀の南、坪井川を渡った所に花畑屋敷を造営し、以後、歴代藩主はここを日常の居所とした。
加藤家の治世末期には、藩財政の疲弊や御家騒動により、城の修理もままならない状況であった。細川家が肥後入部時には、熊本城は現在の本丸周辺のみ整備されていて二の丸の一部と三の丸の大半は未開発であった。 このため細川忠利は入部後、直ちに熊本城の修繕を江戸幕府に申し出ている。この修繕は建築物の修理に留まらず、本丸の増築（二様の石垣に跡が見られる）・二の丸の整備にもおよんで居る。更に上級家臣の下屋敷地や中級家臣用地として順次、現・三の丸や壺川地域（江戸時代中期まで三の丸扱いされていた）の開発が進められ、最後に西端の段山（現在の段山町周辺）の郭が完成したのは明治維新まで30年を切った天保年間である。この時点で城内の櫓は焼失した森本櫓・硫黄櫓を除き62を数えていた。熊本城は細川氏の治世下で江戸時代を通じて拡張され続けていた。
明治時代 thumb|明治初期（1874年）の熊本城、富重利平の撮影による 幕末の熊本藩には学校党、実学党、敬神党の3つの勢力があったが、維新後の1870年（明治3年）に進歩的な実学党が政権を握り、「戦国の余物」「無用の贅物」であるとして熊本城の解体を新政府に願い出た。これは諸藩の改革を促進したい新政府の意向を受けたもので、願い出は聞き届けられた。しかし、作業開始当日になって解体の方針は凍結されることになった。藩知事細川護久の主導で進められた方針に対し、前藩知事で保守派の細川韶邦が不満であるなど、藩内に意見の相違があったためといわれる。代わりに、城内は天守を含めて一般に公開されることとなった。
軍都熊本の名前もあるように、太平洋戦争終戦前は陸軍が使用していた。熊本空襲では一部（将校集会所）松本利徳陸軍曹長 西部第61部隊内務係「まず将校集会所が火に包まれた。兵舎は異常なし」in 熊本大空襲について(1999) 鹿子木敏範『落葉集』p645 桜ケ丘病院 熊本 偕行社である。 を除き、焼失を免れた。
それに先立つ維新直後の1871年、鎮西鎮台が設置された。二の丸を中心に1875年歩兵第13連隊、1925年、熊本陸軍教導学校、1943年、熊本予備士官学校ができた。またその近くの現在監物台樹木園の場所に熊本陸軍幼年学校(1897年9月1日-1927年3月31日)ができた。この施設は軍縮により廃止。その後、清水町に再建された。二の丸と古城の間は、江戸時代は大名屋敷であったが、明治4年、鎮西鎮台病院、その後は陸軍病院となった。1945年より国立熊本病院、その後は国立病院機構熊本医療センターとなっている。1871年（明治4年）の廃藩置県後は熊本県の県庁が二ノ丸に置かれ、同年に花畑邸鎮西鎮台（後に熊本鎮台に改められた）が置かれた。
この時の熊本鎮台司令であった桐野利秋は老朽化した櫓、多重櫓の破却を指示し、特に西出丸は石垣を取り崩し、郭自体を破却している。西南戦争前には天守・本丸御殿を中心とした本丸主要部のみ保存されていた。
1876年（明治9年）の神風連の乱の時には反乱士族が鎮台司令官種田政明などを襲い城内の砲兵営を制圧したが、1日で鎮圧されている。
最初で最後の攻防戦 西南戦争では政府軍の重要拠点であると同時に西郷軍の重要攻略目標となる。西郷軍の総攻撃2日前、1877年（明治10年）2月19日午前11時40分から午後3時まで原因不明の出火で大小天守などの建物（同時に30日間の米、城下の民家約千軒）を焼失した。現時点で西南戦争での焼失が確認されている建造物は、大天守・小天守・本丸御殿・本丸東三階櫓・月見櫓・小広間櫓・小広間西三階櫓・長局櫓・耕作櫓門・三之櫓門・東櫓門である。焼失を免れた建造物は現存のものを除くと西竹之丸脇五階櫓・飯田丸三階櫓・札櫓門・六間櫓・書物櫓・堀預り櫓が確認されているが、西南戦争後から大正期までに陸軍により順次破却されている。
政府軍と西郷隆盛率いる薩摩軍の間には田原坂（たばるざか）の戦いを含む激しい攻防が行われたが、熊本城は司令官谷干城の指揮の下、4000人の籠城で、西郷軍14000人の攻撃に耐え撃退に成功した。なお、この戦いでは武者返しが大いに役立ち、熊本城を甘く見ていた西郷軍は誰一人として城内に侵入することができず、「おいどんは官軍に負けたとじゃなか。清正公に負けたとでごわす」と、西郷が嘆いたというエピソードが伝わっている。こうして清正公が心血を注いで築城した熊本城は、300年の時を超えてその防衛力の高さを存分に発揮することとなった。
1884年 城内に午砲台が設置され、空砲による報時業務が始まる（1941年廃止）。
1888年（明治21年）には、熊本鎮台を母体とする陸軍第6師団の司令部が天守台に置かれた。
大正から昭和時代 1917年（大正6年）、本丸に陸軍第6師団司令部の新庁舎が落成。
1933年（昭和8年）、熊本城の現存建築が「熊本城」（種別：城郭 - 宇土櫓、監物櫓など計13棟）として旧・国宝保存法に基づく国宝（現行法の重要文化財に相当）に指定される国宝保存法における「国宝」（「旧国宝」）と文化財保護法における「重要文化財」とは同等のものである。。同年、城跡は「熊本城跡」として国の史跡に指定される。
1945年（昭和20年）7月1日、市街地の20%を焼失した熊本大空襲など度々空襲に襲われるも、奇跡的に焼失を免れる。戦後は、古城に熊本県立第一高等学校が移転した。同年12月、戦災を受けた熊本大学医学部基礎教室が一時的に二の丸の兵舎を利用した（1962年3月移転）『熊本大学医学部百年史 通史』(1998) p116-121, 熊本大学医学部、熊本市。
1946年（昭和21年）、日本に進駐したアメリカ軍が城内に施設を作った際、車両通行の妨げになるとして、竹之丸門が破却された。同年3月、古京町無番地輜重隊跡に、化学及血清療法研究所京町研究所が設置された（1973年閉鎖）。
1955年（昭和30年）、「熊本城跡」として国の特別史跡に指定された。
1956年（昭和31年）、市政70周年事業で天守閣再建を公約に掲げた坂口主税（さかぐちちから）が市長に当選。
1957年（昭和32年）、加藤神社が新堀町から西出丸の櫨方曲輪に、熊本県護国神社が花岡山から藤崎台に遷祀。
1960年（昭和35年）9月22日、鉄骨・鉄筋コンクリート造の熊本城天守閣の落成式が行われた。
1962年（昭和37年）には熊本大学医学部基礎教室が移転。建物をそのまま利用して熊本県立第二高等学校を開校したが、1968年（昭和43年）に熊本県立第二高等学校が移転。1967年（昭和42年）、跡地を整備して二の丸公園として開園した。
1976年（昭和51年）、二の丸跡の一角に熊本県立美術館設置。
1978年（昭和53年）、三の丸に熊本市立熊本博物館設置。
平成から令和 thumb|本丸御殿大広間（木造復元） 1993年（平成5年）、旧細川刑部邸を三の丸に移築。
1997年（平成9年）に熊本市が「熊本城復元整備計画」を策定。
2006年（平成18年）4月6日、日本100名城（92番）に選定された。
2006年12月 - 2008年5月まで熊本城の築城400年（2007年）を記念して「熊本城築城400年祭」が熊本城一帯で開催された。
2007年（平成19年）、築城400年に際して、本丸御殿大広間をはじめ、西出丸の塀、戌亥櫓、元太鼓櫓、奉行丸の塀、未申櫓、南大手門などの建造物が数年かけて復元された御殿などの落成で2008年度の入場者数は、全国第1位（約222万人）となった。2009年8月にガイド本『名城をゆく1 熊本城』が、小学館ビジュアル新書で刊行され、細川家当主細川護熙も寄稿している。。なお、いまだ復元工事中や、工事未着手の建物もいくつかある。
2011年3月5日には観光施設桜の馬場 城彩苑が開業。
2020年東京オリンピックの聖火リレーで二の丸駐車場がセレブレーション会場となった。 聖火ランナーは公募により1万人程度が選ばれた。 組織委員会は スポンサー企業4社と各都道府県実行委員会が行ったランナー公募に延べ 53万5717件の応募があったと発表した 。
2016年熊本地震以降
2016年（平成28年）4月14日21時26分以降発生している最大震度7の熊本地震の前震と本震（4月16日1時25分発生）など、相次ぐ揺れで被災した。
4月14日発生の地震では、石垣の一部が6箇所で崩落したほかに石垣石の落下が複数個所で確認、重要文化財の長塀が長さ100メートルにわたって倒壊。天守・櫓の屋根瓦や鯱も落下 と報じた。
本震の4月16日未明の被害については、熊本城総合事務所は「余震のため状況確認ができていないが東十八間櫓と北十八間櫓が倒壊した模様」。その櫓の一部が隣にある熊本大神宮境内建物の屋根を突き破った。
2016年6月10日の熊本市議会で石垣の被害について報告があった。熊本城の全石垣約7万9000平方メートルのうち、50カ所の約2万3600平方メートル、517面で石垣の崩落、膨らみ、緩みがあった。そのうち、崩落は50カ所、229面におよんだ。建物は前震のあった4月14日の時点では重要文化財建造物10棟に被害が確認され、その内長塀は80メートルの倒壊、瓦・外壁落下など9棟であったが、本震のあった4月16日の時点で、倒壊2棟、一部倒壊3棟。他は屋根・壁破損など、重要文化財建造物での被害は13棟となった。 そのほかに、復元建造物の被害は20棟におよび、そのうち倒壊は5棟。他は建物下部の石垣崩壊や屋根・壁の破損などの被害が報告された。石垣の大きな崩壊の原因の一つとして、石垣の上に樹齢50-100年の大木が立っていたことを環境建築研究者の岡田好勝は指摘している。樹木は地上の部分の方が根よりも重く、枝の広がりもあって、根は揺れによるモーメントを根回りの土壌に逃がそうとする作用が働き、その反作用で根が埋まっている周辺の石垣に相当な圧力をかけたため崩落を助長したとする主張である月刊エクステリアワーク - 原因は『樹木』だった？熊本城石垣の崩落の盲点 環境建築研究者 岡田好勝。
文化庁の試算では石垣の撤去や積み直しなどの作業に伴って、1平方メートル当たり150万円かかると見込んでおり、総修復費用に約354億円を要するとした試算を明らかにした。今回の報告は石垣のみで、瓦が落下した天守や倒れた櫓・塀などはまだ被害の全容が分かっておらず、これらの修復費用の試算はされていないという。
熊本市の大西一史市長は2016年7月26日、天守の修復を3年で、また全体の修復を20年で終える目標を明らかにしている。天守閣の柱に使う鋼材は一般的なビルディングに用いられる物より薄く複雑な形状を求められるため、溶接などで前回の再建後に開発された新しい技術・工法が導入されている「次世代溶接 熊本城を再建／JFE・阪大／薄く複雑な形、短時間で」『日経産業新聞』2019年5月30日（18面）。。この修理で内部にエレベータを設置することが決まった。
2021年1月29日付で長塀が、同年3月24日付で天守閣の復旧工事が完了し、今後櫓群の解体復旧・修復工事が行われる予定である。
2022年11月22日、前出の同市長は復旧が当初の計画より15年遅れ、完全復旧は2052年度となる見直しであると発表した。
外観復元天守
西南戦争直前の1877年、天守ならびに本丸御殿は焼失した。昭和初期、天守の再建が熊本市議会で議論されるが、計画として実現することはなかった。
1931年、陸軍技師の坂本新八は「建築雑誌」に天守閣の設計図を掲載し、「この名城の復興は、以前より有識者及熊本市民の高唱せる處なりし」と記した。1941年、東京工業大学の藤岡通夫が坂本の設計図について「推定による部分が非常に多かった」と指摘。宇土櫓から発見された史料を基に、新たに天守閣の立面図などを論文で発表した。
1955年10月24日、市の中心商店街で、旅館の経営者と菓子製造の経営者が2人で団扇太鼓を打ち鳴らし、「熊本城本丸を再建させましょう」と通行人に呼び掛けた。「商売ができるのも清正公、熊本城のおかげ」と再建運動に励み、署名を集めた。
1956年3月に行われた熊本市長選挙に、元衆議院議員の坂口主税が天守再建を公約に掲げて立候補し、初当選した。熊本市は予算として2億円を計上。1億5,000万円を国からの借入れとし、残り5,000万円を市民・県民からの募金や民間企業からの寄付金でまかなう計画を立てた。市内古桶屋町で金融業を営んでいた松崎吉次郎が民間からの寄付予定全額分の5,000万円の寄付し、話題となった。
1959年4月1日、起工式開催。1960年4月1日、骨組みが完成した大天守1階で上棟式が行われた。同年5月、奈良の職人が製作した鯱瓦（高さ約155cm・重さ約100kg）が大天守の屋根に据え付けられた。同年8月31日、鉄骨・鉄筋コンクリート造の天守が竣工。大天守は3重6階地下1階、小天守は2重4階地下1階で、総工費は約1億8,000万円であった。9月22日、落成式が行われた。10月1日から3日にかけて再建を祝うお城まつりが開催。「千人清正公」の武者行列や熊本城をテーマにしたスケッチ大会など様々なイベントが行われた。平櫓、塀なども再建され、本丸一帯を公園として整備し入場を有料化した。
天守閣の内部は熊本市立熊本博物館の分館として史料等が展示され、最上階は展望スペースとなっている。また、二の丸に水泳競技用の県営プール、三の丸藤崎台に藤崎台県営野球場が整備された。その他この年は、二の丸に各種官庁が入る合同庁舎も設置された。
構造 thumb|熊本城公園の空中写真 1975年 thumb|長塀と坪井川 城郭の形式は、梯郭式平山城。広さは約98ヘクタール（約98万m2）、周囲は約5.3kmある。南西の古城と北東の千葉城を取り込み、それらを出丸としている。
加藤清正の工事によると伝えられるが、南東を流れる白川を外堀に見立て、これに合流していた坪井川・井芹川を切り離して内堀としたため、城内にある水堀は飯田丸の西にある備前堀1つのみである。本丸は丘陵の東の最も高い部分に造り全面石垣積みとし、西へゆるやかに下る二の丸・三の丸は重点箇所のみに石垣を築き、経費を抑えた。搦手口のある北は他の方面に比べ、内郭に近接しているため一般的に弱点とされるが、断崖と空堀（現在は道路）に仕切られており突破は困難である。これに対し西は開けており、多少なりとも傾斜も緩い。そのため、西出丸・二の丸・三の丸で区画し防備を固めているが、城郭西端の先に独立した小丘として段山（だにやま）がある。兵力の関係で総構えを放棄した西南戦争ではこの段山を巡る戦いが行われた。
郭 熊本城の郭は大きく分けて4つに分類される。現在、有料公開されている本丸周辺に西出丸を加えた本城。二の丸、三の丸。更に出丸として旧隈本城の千葉城、古城、段山がある。
本城 熊本城の江戸時代の図面では本丸周辺の郭と西出丸は纏めて本城と記載されている。
本丸 本丸は大小天守と本丸御殿を中心に数多くの建造物が建てられた。本丸は三箇所の入り口があり特に耕作櫓門と三之櫓門は三階建ての巨大な櫓門で防備を固めていた。この2つの櫓門から天守迄は地下通路となっており、これにより本丸は南北2つに分断されていたがその上に本丸御殿が建てられている。本丸御殿の再建の際、発掘調査が行われ本丸南部は版築により北側と同じ高さまで嵩上げされているのが判明している。
平左衛門丸 平左衛門丸は本丸の西隣の郭。名称は加藤家重臣の加藤平左衛門が屋敷を構えていたことから、但し江戸初期の御城分間では天守西の丸とも記載されており細川家管理の時代になって名称が変わった模様。小天守がない時代は北帯曲輪から天守北側を通り本丸へ至る梯郭式の防備を担っており、大天守北側の石垣と郭の間に門扉が有ったようである。加藤平左衛門の屋敷は加藤家時代には城外へ移転し、城内最大の台所屋敷のみ残っていた。
数寄屋丸は本丸南西側、平左衛門丸の南側の同規模の郭。名称通り入り口の地図石や御殿造りの数寄屋丸二階御広間等、内部は趣向を凝らした造形。但し防備面では巨大な五階櫓に三階櫓を配し、入り口も三階建ての数寄屋丸櫓門や地蔵櫓門で防備を固めている。本丸、平左衛門丸、数寄屋丸は合わせるとほぼ矩形になっており段差も小さい。石垣も築造技術が古く当初は、隈本城の詰の丸として茶臼山頂上に建設されたものだと想定されている。
飯田丸（西竹の丸） 飯田丸は数寄屋丸南面の郭。名称は加藤家重臣飯田覚兵衛直景が郭を管理していたことによるとされている。但し、飯田直景の屋敷が有ったかは確認されておらず、台所屋敷のみ存在が確認されている。又別称として西竹之丸ともあり、西竹之丸脇五階櫓に名称を残している。飯田丸から東竹の丸の南面は加藤清正による分川工事までは白川による河食崖であった。郭西面には城内唯一の水堀がある。天守内の井戸を調査したところこの水堀と水面が同じ高さであり、茶臼山の主要水脈と推定されている。竹の丸から飯田丸までは高低差を活かし元札櫓門、札櫓門を配したS時型の6度も折れ曲がる枡形が厳重な防備を固めており多層櫓なども集中している。
東竹の丸 東竹の丸は本丸南から北側を半円状に囲った郭。西南戦争で焼け残った櫓が集中しており、藩政時代の遺構が一番良く見られる。郭の北端に東櫓門と不開櫓門があり外部から城内への関門になっていた。特に東櫓門は当初熊本城の大手門として作られており、現在の熊本城稲荷神社内に大手道が通っていた。
竹の丸 竹の丸は飯田丸と東竹の丸の南面、更に坪井川に面し直角三角形の様な形状をした郭。古くには嶽の丸とも書かれている。大正以降の坪井川掘削工事で現在は川面が下がっているが、藩政時代は長塀沿いの石垣を川面が洗っており元は白川（坪井川）の河川敷で有ったと推測される。
北帯曲輪 北帯曲輪は本丸北面の郭。当初は郭でなく不開櫓門から平左衛門丸への通路であった。小天守が宇土城より移築され、平左衛門丸への通路がほぼ遮断されたため郭となった。更に、小天守と本丸埋門の間にも石垣が出来（下部に石門と呼ばれる1m四方程の通路はある）たため他の郭と繋がりが無い盲腸のような郭になった。
西出丸 西出丸は数寄屋丸、平左衛門丸の西面北面をL字型に守る郭。清正が肥後一国国主になった以降に縄張りが始まったと見られ、他の城内の中小規模の複雑巧緻に配された郭と違い、直線的な高石垣、当時の火縄銃の射程を超える広大な堀で区画された巨大な郭である。加藤清正は西出丸が完成した時に「この郭だけで100日は防禦でき、私が日本のどこに居ても城に戻れる」と豪語している。郭は西南北の大手櫓門が内枡形を形成しそれにより更に三分割されている。南側は西・南大手門で区切られ藩政時代は奉行所が入っており奉行丸と呼ばれていた。北側の突出部は北大手門で区切られていた。藩政時代は櫨蝋を扱う役所があり櫨方とよばれていた。残った部分はそのまま西出丸と呼ばれており藩政時代は狭義にはここの部分だけ西出丸と呼ばれていた模様である。広大な面積を活かし年貢米を収める米蔵が多数築かれていた。明治維新後、鎮台が狭義の西出丸と奉行丸は石垣を崩し近代堡塁が築いた。西南戦争時には砲台として大いに活躍し、空堀は鎮台家族の避難場所として利用された。西出丸と二の丸の間の空堀は元はv字型の薬研堀であったが、1953年の熊本水害の廃棄物を投棄され、更に1960年の熊本国体の際にテニス会場として整備された（L字型の北側にハードコートの跡が残っている）為、半ば埋め立てられていた。1990年代の西出丸復興整備の際、西側は元の薬研堀に戻されたが、掘り返しの為、重機が入り底が踏み固められて雨水が残るようになり一部水堀の様になっている。
二の丸 二の丸は西出丸の西側を大きく覆う郭。加藤家時代には完成しておらず、細川家入部後に完成している。元和偃武以降の平和な時代に完成したため石垣で防備を固めていない部分もある。櫓は少ないが要所に松井山城預かり二階櫓・有吉預かり二階櫓等、二階建ての多聞櫓で防備を固めている。特徴としては薩摩街道を二の丸西側から北側の二の丸櫓門へと郭内を通しており、平時は庶民も城内を通っていた。二の丸櫓門から京町台の狭隘部は現在橋が掛けられているが、これは明治以降市電を通すために切り通されたもの。藩政時代はそのまま京町台とほぼ同じ高さで繋がっていた。そのため西南戦争では京町台を占拠した薩軍から激しい攻撃に晒されたが、防備が固く1塁も渡さず守りきっている。又、細川重賢により藩校時習館も作られており明治以降、陸軍幼年学校、熊大医学部や県立第二高校も一時置かれる等、文教施設として利用されていた。現在も県立美術館と細川家の文物を展示する永青文庫別館がある。
三の丸 三の丸は二の丸西方にU字型に覆う郭。ほぼ細川藩政時代に整備され、点在する櫓周辺以外は石垣もなく茶臼山の地形そのままを生かしている。そのため、平坦でなく崖下の段丘や茶臼山の山裾も纏めて三の丸とされている。郭内は重臣の中屋敷や中級家臣の上屋敷地として整備され、茶臼山V字型の西端には藤崎八幡宮の鎮守の森となっていた。現在も藤崎台県営野球場の大楠として藤崎八旛宮移転後も痕跡を残している。西南戦争における熊本城攻防戦はこの三の丸や出丸の段山を巡る攻防戦が主で、石垣のある本城周辺では縦深が浅い北側を除き戦闘が行われなかった。薩軍はこの郭の攻防だけで熊本城の攻略に失敗したと言えよう。現在は本城の東側に中心市街地があるが、藩政時代は三の丸の更に西方から南方に城下町があった。そのため二の丸との間を通る薩摩街道に広馬場を設け城下民向けの高札を掲げる場所としていた。又、江戸中期までは現在の内坪井町周辺も三の丸として整備していたが（旧掘割が内坪井公園として残っている）、理由不明ながら放棄し中下級家臣用の屋敷地としている。
出丸
千葉城 千葉城は茶臼山の東側にある小丘陵。茶臼山周辺で最初に作られた城郭である。現在は県道303号線（旧国道3号線）が熊本城との間にありシームレスで繋がっているが、藩政時代は玉川という小河川が流れていた。玉川と坪井川に区切られた独立の城郭であったが、櫓などは無く中級家臣の屋敷地として整備されていた。千葉城は宮本武蔵の屋敷もあったが、氾濫を繰り返す坪井川を大正以降掘削したことで旧宮本武蔵の屋敷地は河道になり、玉川を埋め立て、頂上一帯にNHK熊本放送局の放送会館が建てられたため（2017年に転出）現存では一番破壊された郭となっている。
古城