270px|thumb|right|人工衛星から見た干拓工事中の諫早湾（2001年（平成13年））
270px|thumb|諫早湾
諫早湾干拓事業（いさはやわんかんたくじぎょう）は、有明海内の諫早湾における干拓事業。
諫早湾は小さい砂や泥、阿蘇山などの火山灰(ガタ土)が次々と堆積する湾で、集中豪雨や台風が来る地域であり排水不良や諫早大水害など高潮・洪水が起きやすかったため、600年以上前から対策として干拓が繰り返されてきたが、本項目では防災機能強化と農地造成のために、1989年（平成元年）に着工した農林水産省による国営干拓事業と、その費用対効果、漁業や生態系への影響を巡る論争について記載する。
概要 220px|thumb|right|有明海側から撮影した潮受け堤防と水門 220px|thumb|right|赤潮と見られる、諫早湾の海水変色現象。2004年（平成16年）8月撮影。 thumb|諫早湾干拓堤防道路
構想・目的 有明海は九州西部にあり、西から時計回りに長崎県、佐賀県、福岡県、熊本県に囲まれている。諫早湾は有明海の西部、長崎県側に位置する。
1952年（昭和27年）に長崎県知事西岡竹次郎（当時）が、長崎県の平地を広げることと、太平洋戦争敗戦後の食糧難を解決するために「長崎大干拓構想」として発案した。これが諫早湾干拓事業が発案されたきっかけである。
干拓によって広大な干拓地が得られるとともに、農地の冠水被害（塩害）が防がれ、農業用水も確保されるとされた。諫早を流れる本明川は数年に一度の頻度で氾濫し、住民は水害に悩まされてきた【翻弄された諫早干拓】「堤防は暮らし守っている」「菅直人元首相がごちゃごちゃにした」諫早市民から歓迎の声 産経新聞 （2018年7月30日）。1957年（昭和32年）には500人以上が犠牲になる諫早大水害が起こっている。諫早市内には水害を防ぐために多数の水門が備えられており、見張り役が立って水門の開け閉めをしていたが、危険を伴う作業であった。
干潟では排水を促すために、大勢の住民が集まって人力で「ミオ筋」と呼ばれる溝掘り作業が行われていた。当初呼ばれていた南部総合開発計画では諫早湾1万1000ヘクタール（ha）を閉め切って巨大な干拓地を造るものであったが、金子岩三農林大臣の干拓中止の決定にも関わらず農水省が防災目的にと決定を覆し規模を1/3に縮小して農水省が1989年（平成元年）に着工した。目的は2つに分けられ、高潮、洪水、常時排水等に対する地域の防災機能強化、灌漑用水が確保された大規模で平坦な優良農地の造成であるが干拓地に適した水田は減反政策のため許されなかった。新たに生じた土地は国有地となり後に長崎県農業振興公社が取得し将来的には賃借人に売り渡しとなる。潮受堤防は全長7キロメートル（km）。 計画面積3500ha 造成面積： 約942ha（農用地等面積：約816ha、うち農地670ha） 調整池面積：約2,600ha 営農計画：露地野菜、施設野菜、施設花卉、酪農、肉用牛 事業費：2,533億円
着工 1989年（平成元年）より「国営諫早湾干拓事業」の工事が行われ、諫早湾奥に潮受け堤防が建設された。1997年（平成9年）4月14日に潮受け堤防の水門が閉じられた。干拓の工事前に漁業補償として総額279.2億円が支払われ、各漁協の漁業権は消滅（潮受堤防内8漁協）または一部放棄・制限された諫早湾干拓事業の漁業への影響に対する補償について 長崎県庁。
2000年（平成12年）に有明海の養殖海苔が不作となると本事業との関連が疑われ、2002年（平成14年）に有明海沿岸の漁業者らが、潮受け堤防の閉め切りが不漁の原因であるとして、工事中止などを求めて佐賀地方裁判所に提訴し、工事中止の仮処分申請も行った。2004年（平成16年）に佐賀地方裁判所は漁業被害との因果関係を一部認め、工事中止の仮処分も決定されたが、2005年（平成17年）の福岡高等裁判所判決では仮処分を取り消され、工事が再開されたわかる？：諫早湾干拓2訴訟控訴審・あす判決 開門是非、どう判断『毎日新聞』西部朝刊2010年12月5日付。
完成・防災効果 潮受け堤防の締め切りから約10年後の2007年（平成19年）11月20日に完工式が行われた。同年12月22日午後5時、潮受け堤防の上に全長8.5kmの諫早湾干拓堤防道路が開通した。水門閉鎖により潮受け堤防内側の調整池は有明海から分離され淡水化された。調整池は農業用水源として使用された。調整池のさらに内側に内部堤防が築かれ、中央干拓地と小江干拓地が造成された。水の流れは干拓地の調整池から有明海への一方通行であり、調整池の水位が海面より+0.2mになると有明海への放流がなされた。潮受け堤防の締め切りにより、高潮の被害はなくなったことで防災効果が示された。
水害の回数も減り、農民らは水害に備えて多めに苗を準備することを止めた(下) 「確定判決は何だったのか」 長い裁判闘争、地域分断 長崎新聞（2018年8月1日） 2025年1月7日閲覧。「ミオ筋」を干拓地に掘る作業も不要になった。干拓の副産物として、干陸地への花の植栽、本明川の競技用ボート場整備、堤防道路を生かしたウォーキング大会やフルマラソン構想などもあり、諫早市では地域活性化に役立てようとしている。以前は大雨のたびに水田は水没し家屋は床下浸水していたが、平成30年7月豪雨では1日に250ミリの降雨があったものの大きな被害はなかった。
潮受け堤防の水門をめぐる動き 干拓に伴う漁業被害の報道 潮受け堤防の水門閉鎖後、深刻な漁業被害が発生していると報じられるようになった。主な被害として、諫早湾近郊海域での二枚貝タイラギの死滅、海苔の色落ちなどがあるとされ、自然保護団体や沿岸の各漁業協同組合（漁協）が反対運動を行った。原因は干潟の浄化作用が機能しなくなったためとされたが、海苔養殖業者が消毒目的に散布した酸や化学肥料による影響との主張もあり、海苔養殖業者同士の紛争も発生した。タイラギ貝の大量死は干拓工事開始の翌年1990年（平成2年）から始まり、1993年（平成5年）からは休漁となっている。長崎県島原市でタコ漁などを営む漁民の一人は、水揚げによる年間売り上げがピーク時と比較して、2006年（平成18年）には1/5に低下したと訴える者もいた諫干、完成へ－残された課題・１／漁民／海の恵み戻らぬまま／生計、抗議運動…展望見えず『長崎新聞』2007年11月15日 本紙-1版 1頁 総合１ (全1,187字)。これらの被害を受けて、水門を開放して再び調整池を海水化したり、水門を撤去したりするよう要求する運動が高まった。
開門を求める運動 潮受け堤防の開門を求めているのは、有明海海域に面した4県の漁業関係者を中心にしたグループであった。自治体として開門を求めたのは佐賀県庁や佐賀市役所などがある「国擁護するだけの裁判に…」「諫早」二審判決で佐賀市長『朝日新聞』2015年9月9日。ただし福岡県と熊本県の漁協は、2017年（平成29年）に提案された国による100億円基金（後述）に同意しており、開門しないという国の方針に既に同意している。佐賀県有明海漁協は内部に一部開門派を抱え開門派であったが、2018年（平成30年）5月に「争いを続けるよりも、基金で有明海の漁業再生に動くべきだ」として基金案に同意した。同年時点は、開門を求める裁判で原告団になっているのは、主に長崎県の漁業関係者である（一部雲仙の漁業者なども含む）。
2005年（平成17年）8月30日には、漁民らが公害等調整委員会に対して求めていた、有明海における漁業被害と干拓事業との因果関係についての原因裁定申請が棄却されている。開門を訴える人々の意見としては下記の内容が主なものである（以下出典は諫早湾開門して大丈夫なの？： ラムサール・ネットワーク日本／よみがえれ！有明訴訟弁護団 よみがえれ！有明訴訟を支援する会／有明海漁民・市民ネットワーク 2011年4月発行（2013年11月18日閲覧））。 潮受け堤防の閉鎖以来、漁業被害がどんどん酷くなっており、その原因は諫早湾の干潟が失われたためである。生態系の回復には、開門による諫早湾の干潟の再生が不可欠である。 潮受け堤防には河川の氾濫を防止する機能はなく、高潮を防止する機能しかない。開門しても洪水の防災効果が損なわれることはない。もともと堤防の防災機能は限定的なものであり、過大評価されている。 調節池を海水化することにより、有毒なアオコが死滅することが期待できる。 調節池を海水化しても、内部堤防によって干拓地への塩分侵入は妨げられ、塩害は増加しない。 水門付近の海底はコンクリートで覆われているので、開門によってヘドロが巻き上がることはない。
2002年の試験開門 これらの反対運動を受けて、2001年（平成13年）に武部勤農林水産大臣（当時）は干拓事業の抜本的な見直しを表明し、翌2002年（平成14年）4月から28日間の短期間に堤防を開門し、その前後の合計8か月間にわたって環境調査が行われた。開門は、調整池が海水面から-1mから-1.2mまでの水位を保つ形で水門が制御され海水が調整池に導かれた。これにより調整池の大部分は塩分濃度は上昇して海水に近い塩分濃度になった。しかし、開門によって調整池の淡水魚が死滅しただけで、有明海の環境の改善は認められなかった。九州農政局では、開門試験の結果とコンピュータを使用した海水モデルでの検討をまとめ、2003年（平成15年）11月に調査報告書を作成した。内容は以下の通りであった。
開門によって調節池の堤防付近に躍層形成（水深によって塩分濃度が異なる層が形成されること）が起こり、堤防近くの底層には酸素飽和度が40%以下に低下した貪酸素層が一次的形成された。 調節池の富栄養化した水は海水によって希釈され、化学的酸素要求量（COD）や栄養塩類濃度は低下した。しかし、環境への負荷収支はむしろ増大する傾向がみられた。調節池での植物プランクトンの活動は活発化し、光合成などによる有機化合物の発生量は増加した。 諫早湾の表層海面において、塩分濃度が2/3程度にまで低下する現象が開門期間中に2度観察された。 堤防からの排水による海面の汚濁は、諫早湾の奥に限局し、諫早湾の中央部分にまでは到達しなかった。 調節池の植物プランクトンは、海水性のものが増えたが、開門終了後には徐々に元の汽水・淡水性の植物プランクトン優位に戻った。諫早湾の植物プランクトンには大きな変化はなかったまとめ 諫早湾干拓地排水門開放調査に関する見解 平成13年12月19日 諫早湾干拓地開門総合調査報告書 概要版 九州農政局 平成15年11月（2019年9月17日閲覧） 「海水の流動性」の評価では、潮流の変化は諫早湾内に限局しており、有明海全体への海水の流動性の影響は認められなかった調査の内容 諫早湾干拓地排水門開放調査に関する見解 平成13年12月19日 諫早湾干拓地開門総合調査報告書 概要版 九州農政局 平成15年11月（2019年9月17日閲覧）。 「水質」の評価では、諫早湾外の有明海では、水門の開閉に関わらず水質の変化は認められなかった。調節池の水質浄化機能（窒素化合物換算）は、有明海全体の0.5%にすぎず、調節池が淡水化ないし海水化されていようが有明海全体への影響はないと判断され、堤防の閉め切りによる有明海全体の水質の影響はないとされた。諫早湾においても、堤防近くでCODが上昇したが、湾中央や湾口ではCODに変化はなかった。 「貪酸素減少」についての検討でも、干拓地からの排水は、有明海全体の広範囲の躍層の原因になっていないと判断され、堤防の閉め切りは佐賀県沖で発生している貪酸素現象の要因にはなっていないとされた。 海底の「底質」の評価では、コンピュータ解析で諫早湾口の一部の領域で、底質が細粒化する傾向がみられたが、実際の環境モニタリング調査では、現地海域で底質が細粒化する一定の傾向は認められなかった。
これに対して、短期の開門調査では「有明海の海洋環境の影響は検証できない」という意見もあった。2006年（平成18年）に農水省は「今後は開門調査は行わない」との方針を表明した。当時の農林水産大臣は、中・長期の調査を行わない理由として、開門によって海底のヘドロによって漁業被害が発生することが懸念され、その対策に600億円以上の多額の費用が必要とされ、代替となる他の方法で開門の影響を検討することになったと説明している諫干の中・長期開門調査見送り／専門家コメント『長崎新聞』2004年05月12日 本紙-1版 25頁 社会１ (全797字)。
「失敗百選」認定 2005年（平成17年）、諫早湾干拓事業による漁業被害は、科学技術振興機構（JST）のまとめた失敗知識データベース「失敗百選」において「ノリを始めとする漁獲高の減少など、水産業振興の大きな妨げにもなっている」として、公共事業（建設事業）での失敗例として事例提供され、この結果に至ったシナリオ（経緯）として「組織、管理、企画、戦略不良、利害関係未調整で事業開始、誤判断、狭い視野、社会情勢に未対応、調査検討の不足、事前検討不足、環境影響調査不十分、計画・設計、計画不良、走り出したら止まらない公共事業、裁判所による工事差し止め命令、二次災害、環境破壊、赤潮発生、漁業被害、社会の被害、人の意識変化、公共事業不信」としている。
ただし情報源は開門派ウェブサイト「ISAHAYA HIGATA NET」とされており、添付された図表なども開門派住民団体側のものを使用していることに留意が必要である。
開門を命じる判決 2010年12月福岡高裁判決 2008年（平成20年）6月27日、漁民側が起こした干拓事業と漁業被害と関連を問う裁判で、佐賀地方裁判所は漁業被害との関連を一部認め、潮受け堤防排水門について調査目的で5年間の開放を行うよう命じる判決を言い渡した。5年間という月日については開門によって生態系が回復するのに2年、その調査に3年とされた。これに対して国と主張が認められなかった漁民51人は福岡高等裁判所に控訴した。赤松広隆農林水産大臣（当時）は、未だ水門は開門されていないが、潮受け堤防排水門の開門調査に向けた環境アセスメントの結果を待たずに開門する可能性について「あり得る」と述べたNEWS プロジェクト〜諫早干拓で環境アセス待たずに開門も『日経コンストラクション』第491号（2010年3月12日）2019年9月15日閲覧。
2010年（平成22年）12月6日、福岡高等裁判所は佐賀地裁の一審判決を支持し、「5年間の潮受け堤防排水門開放」を国側に命じる判決を下した。判決は潮受堤防の閉め切りと漁業被害との間に因果関係を認め、期間中は高潮などの沿岸の防災上やむをえない場合を除き、水門は常時開放されるべきとした。また堤防の撤去と無期限開門については却下とした。国の責任については「大型公共工事による漁業被害の可能性がある以上、率先して解明し適切な施策を講じる義務を負う」として、「中・長期開門調査は不可欠で、これに協力しないのは立証妨害である」とし、国の主張はことごとく退けられた。
菅直人の上告見送り 菅直人はかねてより自由民主党が推進していた本事業を「無駄な公共事業」として強く批判しており、自らが所属する民主党が政権を取る2009年（平成21年）以前にも市民運動家やテレビカメラを伴って水門に押しかけ、水門をただちに開けるよう要求するなどの行動を取っていた。民主党政権は2010年（平成22年）4月に党の検討委員会で「開門調査を行うことが適当」という見解をまとめた。同年6月に内閣総理大臣に就任した菅（菅直人内閣）は12月15日、国が敗訴した福岡高裁判決について上告を断念すると表明した。
これに対して中村法道長崎県知事は「国営事業として進められたのに（地元に）一切相談・報告がなく、報道で初めて聞いた。大変遺憾だ」として不快感を示した。政府内でも福岡高裁判決はあまりにも一方的であるとして上告する意見が大勢であった。諫早市長の宮本明雄（当時）や仙谷由人官房長官（当時）、鹿野道彦農林水産大臣（当時）が説得を試みたが、菅は「私が決断したことだ」と意見を変えず高裁判決を確定させた。
長崎県議会、諫早市議会・雲仙市議会、大村市議会・は、菅の判断に対する抗議の決議書を提出した。『産経新聞』は、菅のこの判断により諫早湾干拓事業の問題が混迷化したと批判した。諫早市長の宮本明雄は、判決確定の直前に長崎県知事の中村法道や地元住民代表らを連れて、首相官邸に菅を訪ねて陳情に行ったが、問題に精通していると自認していた菅が、実は問題に精通しているどころかほとんど何も理解していなかったと述べ、菅首相の「私なりの知見」に基づく独断と暴走が問題をこじれにこじれさせていると批判した。
常時開門に向けた準備 福岡高裁の判決を受けて、国は開門に向けての準備を始める。2011年（平成23年）1月23日、当時の農林水産大臣と農林水産副大臣が長崎県を訪問して地元関係者と意見交換を行った。また開門した場合の環境への影響を調査するために環境アセスメントを実施し、同年10月18日にアセス準備書、8月21日に修正版となるアセス評価書、11月22日にはさらに修正を重ねた「諫早湾干拓事業の潮受堤防の排水門の開門調査に係る環境影響評価書（補正版）」を取りまとめて公表した。翌2012年（平成24年）11月2日、農水省は、この事業で閉門中の水門の開門調査を2013年12月から実施する方向で長崎県側と最終調整する方針である事を発表した。これは前述の判決が2013年（平成25年）12月までに開門調査を始めるようにと命じたものであることによる措置である。 営農側に必要な工事 常時開門から営農側や諫早市民を守るために必要となったとされる工事は下記のとおりである諫早湾干拓事業潮受堤防排水門の開門に伴う主な対策工事の概要 九州農政局 2013年9月配布 2013年11月閲覧。 代替水源対策（海水淡水化処理施設6カ所建設、ため池3カ所設置）および送水パイプライン（全長12.7km）：349億円 常時排水ポンプ所設置（9か所） 既設堤防の補強（67か所） 既設ゲート、桶管補修（計26カ所） 既設ゲートの電動化（10か所） 排水門への汚濁膜設置（5m×1500m） 塩害防止のための自走式スプリンクラーや散水設備設置 海水浸透を防止するための地中への鋼矢板打ち込み（地下4mまで） 当初は海水化して水源として使用できなくなる調整池の代替として地下水利用が提案されたが、過去に地下水の採取によって激しい地盤沈下が発生し、標高が低くなることによって水害も酷くなるという悪循環に苦しんでいた住民はこれを拒否した。2013年（平成25年）7月になって農水省は地下水利用案を諦め、349億円かけて海水を淡水化するプラントを建設する計画を提示した永尾俊彦「諫早湾干拓とは何だったのか 壊された法制度」RONZA （2014年03月28日）2019年9月19日閲覧。海水淡水化プラントを使って農業をするという前例は乏しく、またこれら施設が完成しても、その後の維持には年間数十億円が必要とされることも懸念された。 漁業側に必要な工事 常時開門から漁業側を守るための工事もあった。開門直後から水門周囲に活発な水流が発生し、調整池に溜まったヘドロが一気に諫早湾へ拡散して漁業被害が発生することが懸念されていた。これを防止するために農水省の2003年の試算では、海底の補強や浚渫工事として630億円の費用が必要と見積もられていた諫干訴訟／全開方式は影響最大／農水省「確定」に苦悩 『長崎新聞』2010年12月20日 本紙-1版 2頁 総合２ (全602字)開門命令 諫干判決の衝撃・下／警鐘／公共事業の在り方問う『長崎新聞』2008年06月30日 本紙-1版 1頁 総合１ (全1,004字)。農水省幹部は、2010年（平成22年）の福岡地裁が指示した「3年以内に開門し少なくとも開門した状態を5年間維持せよ」という判決は、水門を常時全開で維持せよと解釈していた。農水省では不完全な開門（部分的ないし段階的な開門）を行えば、原告団から判決不履行として強制執行を求められることを恐れており、判決文の趣旨に忠実に開門を行う方針であった。後に開門当初は流量を制限してヘドロの拡散を防止する制限開門に方針を転換した。
しかし後述の佐賀地裁の判断や住民の反対運動、長崎県の非協力によって頓挫した状態になっている。これとは別に、国は湾の環境調査や漁業再生事業として2004年（平成16年）から2018年（平成30年）までに500億円を費やしている「諫早湾干拓事業 第2次和解勧告 漁業者側弁護団、拒否の回答書」『毎日新聞』西部朝刊2018年5月26日。
開門に反対する運動 堤防の治水機能の重要性を指摘する地元住民や営農者は開門に反対であった。自治体としては長崎県と雲仙市、諫早市などが開門に反対している。
2010年（平成22年）の福岡地裁の開門命令を受けて、農水省は長崎県の地元関係者の元に職員を派遣し戸別訪問を行った。その回数は、2013年度（平成25年度）当初予算成立後の同年5月15日から2014年度（平成26年）3月3日の約10カ月の間に、本省係官によるものが45回、九州農政局係官によるものが368回の合計413回にもなった。しかし、地元住民らの開門に反対する意思は強く、2013年（平成25年）9月9日に国有地で農水省が開門調査のために工事を実施しようとしたところ、長崎県選出国会議員や県議、諫早市議らを含む住民ら約350人が集結してこれを阻止した。9月27日、10月28日にも開門に反対する地区住民のべ1700人に阻止され、工事ができない事態となった。
対策工事の予定地は、開門反対派である民有地や県有地（長崎県と諫早市も開門に反対）が多く、それらの場所については着工する目処が立たず、開門に向けた対策工事は実施不可能となった「諫干請求異議訴訟 制裁金の返還請求も 30日控訴審判決」毎日新聞（2018年7月28日08時30分）。2002年（平成14年）4月から5月にかけて短期間の開門調査では、汚染された調整池の水やヘドロによって漁業被害が出ることが懸念された。
開門判決から5年経過した2015年（平成27年）9月の段階でも、開門に必要な工事は地元住民の反対運動に阻まれて全く着手できなかった。諫早市長の宮本明雄は「開門調査は百害あって一利なし」と述べ、開門に向けての調査は工事は一切認めない考えを示した。また農水省が開門を求める裁判にも地元住民の証言を認めないなど、干拓に対する政府の態度に変化が生じている点を指摘し、「民主党政権になってから諫早湾干拓事業は地元の意見を置き去りにして「無駄な公共事業」の象徴にされてしまった」と述べた。農水省職員が設置した工事看板を、長崎県職員が撤去するなど、役人同士が直接対峙する場面も見られた。
開門反対派の主張 開門に反対する人々が問題としているのは下記の点である（以下列挙の出典は有明海を本気で再生する会 諫早湾干拓事業推進連絡本部）。 水門を常時開放すると、水門の内外での水位差がなくなり、洪水に備えて水門内側の水位を下げておくという対応ができず、洪水被害が増えることが予想される。堤防ができる前は、諫早では数年に一度の頻度で市内を流れる本明川などが氾濫し、たびたび水害に悩まされてきた。昭和32年には500人の死者を出す諫早大水害が起きている。堤防ができてからは高潮や洪水に悩まされることがなくなっている。 干拓地では41経営体により672haの農地で農業が行われ、その背後地には約3500haの穀倉地帯が広がっている。調節池が海水化されて水源として使えなくなり、農業用水が不足する可能性がある。 かつて地下水を農業用水として利用していた地区もあり、地下水の採取による地盤沈下が深刻であった。再び地下水採取が必要となると、地盤沈下が再燃する可能性が大きい。 背後地（約3500haの穀倉地帯）の多くは、今回の干拓地より標高が低く、開門によって調節池の水位が上昇すれば排水不良となる可能性がある。 調節池の水位上昇により地下水位が上昇し、地下からの海水浸透による塩害が危惧される。干拓前は塩害に比較的強い米作が中心であったが、調節池淡水化後は土壌の塩分濃度低下をうけて畑作やビニールハウス栽培も盛んになっており、干拓以前にも増して塩害にシビアな状況になっている。 高潮や冠水にそなえる堤防や排水設備が老朽化しており、水門開放には対応できない。 狭い水門から大量の海水が出入りすることになり、海底のヘドロが巻き上げられ、水質が悪化する可能性がある。
開門を差し止める判決 2011年（平成23年）4月19日、長崎県諫早市側の干拓地の入植者や後背地の住民、長崎県農業振興公社ら352の個人と団体が、国を相手に開門の差し止めを求める訴訟を長崎地方裁判所に提訴した。長崎地裁は2013年11月12日、福岡高裁の判決を受けて国が実施しようとしている開門によって、多数の住民が農業漁業の生活基盤を失い重大な影響を受けるとし、開門に向けて作業の差止命令（仮処分）を出した。国側は開門によって漁業環境が改善される可能性があるとしたが、長崎地裁はその可能性は低いと判断し、開門に伴う環境調査についても公共性の程度は高くないとした。2010年までは水門閉鎖と漁業被害との関連を一部認める判決があったが、その後の調査や漁獲高の推移から、水門との因果関係を疑う判断に傾いた。2015年（平成27年）の福岡高等裁判所の判決では、タイラギやアサリ漁で漁獲高が減っていることは認定したが「漁業環境の悪化が、開門しないことに起因するとは立証されていない」として、1審の漁業者16人への計1億1100万円の賠償命令を取り消した。
制裁金 間接強制の申立 一方、佐賀地裁は2014年（平成26年）4月に漁業者（開門派）の申立により、開門に向けた制裁金（間接強制）を命令した。また長崎地裁も同年6月に営農者（閉門派）の申立により開門時の制裁金を命令した。その結果、開門しなければ漁業者に1日45万円（福岡高裁判決）と、開門すれば営農者に1日49万円（長崎地裁仮処分）という2つの制裁金（間接強制）が確定した。国は抗告したが2015年1月の福岡高裁はいずれの決定をも支持した。国は許可抗告を行ったが、最高裁判所は2015年（平成27年）1月にいずれの制裁金も有効として棄却し、開門の有無に関わらず制裁金支払いが必要となる状態が確定した。決定では「審理すべき立場にない」として開門の是非には踏み込まず、「民事訴訟では当事者の主張により審理で判断が分かれることが制度上あり得る」とし、「国が開門について相反する義務を負うことになっても、根拠となる司法判断がある以上、間接強制を決定できる」とした。
制裁金の増額と課税 さらに佐賀地裁は2015年（平成27年）3月24日、間接強制決定が奏功せず国が支払う制裁金額が不適当であるとして、漁業者側に支払う間接強制の制裁金を日額90万円（1人当たり日額2万円）に増額することを決定した。これに対し税務署は「民事の制裁金は課税対象である」として納税するように指導した。漁業者代表は「納得できないが一時的に納税することにする。納税の是非を巡っては司法の場で争う」とした。
2019年（令和元年）9月時点で、2014年（平成26年）7月から漁業者に計12億3030万円が支払われている諫干請求異議 あす判決 開門「無効」の可否は 長崎新聞（2019年9月12日16:00）諫早「開門」判決、無効に＝国への制裁金認めず―漁業者側逆転敗訴・福岡高裁 時事.COM（2018年7月30日）。漁民1人当たり年間730万円の額であるが、原則的に弁護団が管理している。このため漁業者側には、制裁金を受け取れない一方で、年収増による医療費や介護保険料の減額措置が受けられなくなったという不満が強い。制裁金は農水省が漁協に支払っており、年間3億2850万円を概算要求で毎年政府に予算化要求している「概算要求 諫干基金は再度見送り 農水省」長崎新聞（2019年8月31日13:01）2019年9月16日閲覧。
漁獲高の推移