サムネイル|日蓮によって書かれた題目（南無妙法蓮華經） thumb|240px|日蓮上人像、長崎市本蓮寺 thumb|240px|日蓮上人像、京都市左京区妙傳寺 日蓮（にちれん、承久4年（1222年）2月16日には、「その誕生日の2月16日については自ら記すところではないが、『本門宗要抄』の下巻と、この書と大体同時代の成立と思われる日道の『御伝土代』に誕生を2月16日と記している」とある(但し、漢数字は算用数字に改めた)。なお、『本門宗要抄』には偽書説があるが、それについてはで「日蓮の事蹟・生涯についてはおそらく日蓮の直弟たちの間の周知のこと、またその伝承されていたことがつづられたもので、この両書は日蓮宗の初期の伝承を伝える珍重すべきものである。したがって2月16日の誕生は真を伝えているとみて良い。」としている。 - 弘安5年（1282年）10月13日ユリウス暦では1222年3月30日 - 1282年11月14日、グレゴリオ暦に換算すると1222年4月6日 - 1282年11月21日。グレゴリオ暦の施行は1582年で日蓮はそれ以前に亡くなっているが、日蓮宗諸派では日蓮の事跡をグレゴリオ暦換算の日付で祝うため、グレゴリオ暦の日付を併記している。なお、換算は【換暦】暦変換ツールによる。）は、鎌倉時代の仏教の僧。鎌倉仏教のひとつである日蓮宗後に十三宗のひとつとなる。（法華宗）の宗祖。諡号は立正大師。
概要 文応元年（1260年）7月16日に「立正安国論」を鎌倉幕府に提出して国主諫暁を行う。立正安国論において数多くの経典を引用し、法然らに帰依した日本から日本を守護する天照大神、八幡大菩薩等の諸天善神が去り、代わりに悪鬼が入り、自界叛逆難（内乱）と他国侵逼難（他国からの侵略）により日本は滅亡すると予言した。天照大神、八幡大菩薩等は正法によってその威光勢力を増すとし、正法を建てるよう進言した。立正安国論の内容は、国内外の状況を鑑み、経典を根拠としたものと考えられる（日蓮の時代はモンゴル帝国が各方面に侵攻し、モンゴル・南宋戦争、モンゴルの高麗侵攻など日本の隣国を繰り返し侵略し、前年の正元元年（1259年）には高麗が降伏していた時期であり、日蓮も南宋出身の蘭渓道隆等の渡来僧と交流もあり、民間でも貿易船等の交流もあった）。国内の内乱も多く発生していた。国内の宗教対立を扇動し武装を強化する過激な日蓮は、元寇に対処するために貴族、武士、僧、神社、庶民の一致団結を掲げる幕府に危険視された。
『難を忍び慈悲のすぐれたる事は をそれをも（恐れをも）いだきぬべし』（開目抄）『日蓮が慈悲広大ならば(中略)万年の外未来までもながるべし』（報恩抄）等、その教えは理屈よりも情を重んじる傾向が強い。他宗を激しく批判・否定し「建長寺も極楽寺も寿福寺も鎌倉の寺は焼き祓い、建長寺の蘭渓道隆も、極楽寺の良観房忍性も、首を刎ねて由比ヶ浜にさらせ」等の過激な発言を行い、良観（当時、数々の慈善事業を行い「持戒第一の聖人」「生き仏」として尊崇され、幕府からの信頼も厚かった人物）により幕府に訴えられ、御成敗式目第12条「悪口（あっこう）の咎」御成敗式目 第十二条 一、悪口咎の事 右、闘殺の基（もとひ）は悪口より起る。その重き者は流罪に処せされ、その軽き者は召し籠めらるべきなり。問注（＝裁判）の時悪口を吐けば、則ち論所（＝争点の領地）を敵人に付けらるべし。また論所の事、その理無き者は、他の所領を没収せらるべし。もし所帯なき者は、流罪に処せられるべきなり。
（惡口咎事） 右鬪殺之基起自惡口、其重者被處流罪、其輕者可被召籠也、問注之時吐惡口、則可被付論所於敵人、又論所事無其理者、可被沒收他所領、若無所帶者、可處流罪 也の最高刑となる佐渡流罪となった。その直前に幕府は御成敗式目により自ら下した判決に反して、日蓮を龍の口で斬首しようとしたが、奇瑞が起きた為かなわなかった。文永八年九月、刑場に同行した四条金吾に宛てた書簡には「光物とあらわれて龍の口の頸をたすけ」とその際の様子を振り返っている（但し、御成敗式目に反してまで鎌倉幕府が日蓮を斬首をしようとしたエピソード、及び光り物により斬首を免れたとするエピソードについては、創作とする説があり、注意が必要であるこの光り物により斬首を免れたとするエビソードについては、創作とする説もあり、日蓮は斬首される者であれば目隠しをされたはずであるが、目隠しをされずに移動しており、日蓮自身も「種々御振舞御書」の中では「光り物が出たから処刑が中止になった」とは書いてはおらず「『夜が明けてからでは見苦しいから、早く首を切ってくれ』と言ったが、誰も斬らなかった」と書いており、「種々御振舞御書」自体、その表現に奇跡性、潤色化などが随所に見られるところから、後の人の加筆もあるとされ、真蹟遺文と比べると、資料としての信憑性に欠けるところがあり、この「種々御振舞御書」を日蓮の筆とせず、直弟子ないし孫弟子らによって書かれた初期の伝記本と解釈する研究（新倉善之）もある。 日蓮宗側の研究者からも「種々御振舞御書」を偽書とする見解があり、立正大学教授で日蓮遺文の研究に従事し、祖書学の体系化をはかり「日蓮宗全書」「日蓮宗宗学全書」の編集にあたった浅井要麟は、他の確実視される御書における記述と齟齬のある箇所が多くあり、本書を偽作と推定している。 また御成敗式目第12条「悪口（あっこう）の咎」による元々の判決が最高刑となる佐渡流罪であり、長官たる執権時宗が下した判決を幕府の役人が覆し斬首を行うような権限はなく、刑事裁判を司る法の番人たる侍所が自らの判決に反することは考えにくく、単に日蓮が目的地である厚木市依智へ向かう途中に、通り道として龍の口を通ったものを、日蓮が斬首の刑に処されると勘違いしたものとも考えられ、日蓮自身は、龍の口の法難の直後に相模国の依智から富木常忍に宛てた御真筆の土木殿御返事という手紙の中で、「この十二日酉の時に御勘気をこうむり、武蔵守殿の御あずかりとなり、十三日丑の時に鎌倉を出て、佐渡の国へ流されることになった。当分は本間の領地の依智というところで、依智の六郎左衛門尉殿の代官で右馬太郎という者にあずけられており、いま四、五日はここにとどまるようである。」と書き記している。 他、日蓮の時代には成立していた『平家物語』に平盛久が処刑される時に光り物が現れて、処刑を免れる全く同種のエピソードがあり、この話のオマージュであるとする説もある。(平盛久の罪は許された上、紀伊に所領まで与えられた。この話は『平家物語』の長門本にある）松尾辰雄 (編) 『日蓮御振舞御書解説』, 中公新書, 2005年. 田中正明 『日蓮宗の歴史と文献』, 岩波書店, 2010年. 新倉善之 『日蓮真蹟遺文の研究』, 法藏館出版社, 1998年. 鈴木一郎 『日蓮の書簡と真蹟遺文』, 明治書院, 2002年.）。
文永8年（1271年）に佐渡へ流罪となった後、文永11年（1274年）に佐渡流罪を赦免され鎌倉に戻った折、幕府から寺社の寄進等帰依の申し出があった。
だが、それは元寇に対処するため他宗と肩を並べて敵国調伏の祈祷をしてほしいというものだった為、日蓮は「他宗への帰依を止めることが自身の教えである」とそれを一蹴し、山梨県の身延山に移った。
文永11年（1274年）・弘安4年（1281年）の元寇により他国侵逼難の予言を的中させるが、日本側が勝利し真言亡国の予言が外れ、弘安5年（1282年）10月13日に胃腸系の病により入滅。滅後の延文3年（1358年）、日蓮宗の僧である大覚が雨乞い祈祷によって雨を降らした功績により、後光厳天皇から日蓮大菩薩の位を授けられた（日蓮正宗富士大石寺では、日蓮を釈迦よりも根源的な本仏と位置付けており、日蓮宗とは全く異なる立場をとっている）。大正11年（1922年）には日蓮主義者の本多日生らの嘆願により、大正天皇から立正大師の諡号を追贈された。
日蓮上人、日蓮聖人、日蓮大聖人等と敬称されるが、本項では敬称なしで表記する。
生涯 誕生 日蓮は、承久4年（1222年）2月16日、安房国長狭郡東条郷片海（現在の千葉県鴨川市）の漁村で誕生した日道「御伝土代」『富士宗学要集』第5巻1頁。片海の場所については諸説あるが、内浦湾東岸の地とされている山中講一郎『日蓮伝再考（一）』平安出版 32頁。
両親について、父は貫名重忠、母は梅菊とする伝承がある。日蓮は自身の出自について「日蓮は、安房国・東条・片海のの賤民が子なり」「善無畏三蔵抄」、「海辺の旋陀羅が子なり」「佐渡御勘気抄」、「東条郷・片海の海人が子なり」「本尊問答抄」と述べているので、漁業を生業とする家庭の出身と考えられる。ただし、両親は荘園を所有する領家の夫人から保護を受けており、日蓮自身、東条郷にある清澄寺で初等教育を受けているので、両親は最下層の漁民ではなく、漁民をまとめる荘官級の立場にあったと見られる高木豊『増補改訂 日蓮――その行動と思想』太田出版 10頁。
修学 日蓮は12歳の時、初等教育を受けるため、安房国の当時は天台宗寺院であった清澄寺に登った本尊問答抄「生年十二、同じき郷の内、清澄寺と申す山にまかり登り住しき」。天台宗は智顗以来、妙法蓮華経を最も優れた経典とする五時八教の教相判釈を受け継いでいた。師匠となったのは道善房であり、先輩である浄顕房・義浄房から学問の手ほどきを受けた報恩抄「各々二人は日蓮が幼少の師匠にておわします」。幼名は善日麿「産湯相承事」、あるいは薬王麿日朝『元祖化導記』1478年と伝えられる。
清澄寺に登る前から学問を志していた日蓮は、清澄寺の本尊である虚空蔵菩薩に「日本第一の智者となし給え」という「願」を立てた破良観御書「幼少の時より学文に心をかけし上、大虚空蔵菩薩の御宝前に願を立て、日本第一の智者となし給え。十二のとしよりこの願を立つ」。少年時代の日蓮は、自身の誕生の前年に起きた承久の乱で真言密教の祈禱を用いた朝廷方が鎌倉幕府方に敗れたのはなぜか、との問題意識をもっていた「神国王御書」。また、仏教の内部になぜ多くの宗派が分立し、争っているのか、との疑問もあった「報恩抄」。清澄寺にはこれらの疑問に答えを示せる学匠がいなかったので、日蓮は既存の宗派の教義に盲従せず報恩抄「我、八宗十宗に随わじ」、自身で経典に取り組み、経典を基準にして主体的な思索を続けた。
伝承によれば、日蓮は16歳の時、道善房を師匠として得度・出家し、是聖房蓮長と名乗った（日蓮が17歳の時に書写した「授決円多羅義集唐決上」に是聖房の直筆署名がある）。
宗教体験と遊学 得度した後、虚空蔵菩薩に真剣に祈り、主体的な思索を重ねた結果、日蓮はある日、各宗派や一切経の勝劣を知るという重要な宗教体験を得た清澄寺大衆中「生身の虚空蔵菩薩より大智慧を給わりしことありき。『日本第一の智者となし給え』と申せしことを不便とや思しめしけん、明星の如くなる大宝珠を給びて右の袖にうけとり候いし故に、一切経を見候いしかば、八宗並びに一切経の勝劣ほぼこれを知りぬ」、善無畏三蔵抄「幼少の時より虚空蔵菩薩に願を立てて云わく『日本第一の智者となし給え』と云々。虚空蔵菩薩、眼前に高僧とならせ給いて、明星の如くなる智慧の宝珠を授けさせ給いき。そのしるしにや、日本国の八宗並びに禅宗・念仏宗等の大綱、ほぼ伺い侍りぬ」。
次に日蓮は、この宗教体験を経典に照らして確認し、各宗派の教義を検証するため、比叡山延暦寺・園城寺・高野山などに遊学することになった妙法比丘尼御返事「鎌倉・京・叡山・園城寺・高野・天王寺等の国々寺々、あらあら習い回り候いしほどに」、破良観等御書「その後、叡山・園城・高野・京中・田舎等、処々に修行して自他宗の法門をならいしかども」。
遊学の中心は延暦寺で、比叡山の横川定光院に滞在したと伝えられる日潮『本化別頭仏祖統紀』1730年。比叡山での研鑽の結果、日蓮は「阿闍梨」の称号を得ている「十住毘婆沙論尋出御書」、日興「原殿御返事」。比叡山で日蓮は、妙法蓮華経を中心とする文献的な学問と、いわゆる天台本覚思想を学んでいる高木豊『増補改訂 日蓮――その思想と行動』31頁）。恵心流の碩学・俊範を比叡山における日蓮の師とする説もあるが山川智応『日蓮聖人研究』、浅井要麟『日蓮聖人教学の研究』、日蓮は俊範から学んだとは述べておらず、実際には俊範の講義に参加していた程度と考えられている高木豊『増補改訂 日蓮――その思想と行動』24頁、立正大学日蓮教学研究所『日蓮聖人遺文辞典 歴史篇』525頁。
遊学中に日蓮が書写した文献には「授決円多羅義集唐決上」1238年。真筆は金沢文庫に所蔵。と「五輪九字明秘密釈」1251年。真筆は中山法華経寺に所蔵がある。著作としては「戒体即身成仏義」など数編が伝えられるが、いずれも真筆はなく、偽書の疑いがある。十数年に及んだ遊学の結果、日蓮は、一切経の中で妙法蓮華経が最勝の経典であること、天台宗を除く諸宗が妙法蓮華経の最勝を否認する謗法（正法誹謗）を犯していること、時代が既に末法に入っていることを確認し、32歳で南無妙法蓮華経の弘通を開始することになった。
立教開宗 遊学を終えた日蓮は建長4年（1252年）秋、あるいは翌年春、清澄寺に戻った。建長5年4月28日、師匠・道善房の持仏堂で遊学の成果を清澄寺の僧侶たちに示す場が設けられた。その席上、日蓮は念仏と禅宗が妙法蓮華経を誹謗する謗法を犯していると主張し、南無妙法蓮華経の題目を唱える唱題行を説いた清澄寺大衆中「禅宗・浄土宗なんどと申すは、またいうばかりなき僻見の者なり。これを申さば必ず日蓮が命と成るべしと存知せしかども、虚空蔵菩薩の御恩をほうぜんがために建長五年四月二十八日、安房国・東条郷・清澄寺・道善の房・持仏堂の南面にして、浄円房と申す者、並びに少々の大衆にこれを申しはじめて、その後二十余年が間、退転なく申す」）、聖人御難事「去ぬる建長五年［太歳癸丑］四月二十八日に安房国長狭郡の内、東条郷、今は郡なり。天照太神の御くりや、右大将家の立て始め給いし日本第二のみくりや、今は日本第一なり。この郡の内、清澄寺と申す寺の諸仏坊の持仏堂の南面にして、午の時にこの法門申しはじめて今に二十七年、弘安二年［太歳己卯］なり」。南無妙法蓮華経の言葉は日蓮の以前から存在し、南無妙法蓮華経と唱えることは天台宗の修行としても行われていた。その場合、南無妙法蓮華経の唱題は南無阿弥陀仏の称名念仏などと並行して行われた高木豊『平安時代法華仏教史研究』平楽寺書店 433頁以下。しかし、日蓮は念仏などと並んで題目を唱えることを否定し、南無妙法蓮華経の唱題のみを行う「専修題目」を主張した上野殿御返事「この南無妙法蓮華経に余事をまじえば、ゆゆしきひが事なり」。
日蓮が念仏と禅宗を破折したことは大きな波紋を広げた。念仏の信徒であった東条郷の地頭・東条景信が日蓮の言動に激しく反発して危害を及ぼす恐れが生じたため、日蓮は清澄寺にいることができなくなり、兄弟子である浄顕房・義浄房に導かれて清澄寺を退出した報恩抄「各々二人は日蓮が幼少の師匠にておはします。勤操僧正・行表僧正の伝教大師の御師たりしがかへりて御弟子とならせ給いしがごとし。日蓮が景信にあだまれて清澄山を出でしに、かくしおきてしのび出でられたりしは天下第一の法華経の奉公なり。後生は疑いおぼすべからず」。
伝承によれば、立宗に当たって日蓮は、それまでの「是聖房蓮長」の戒名を改め、「日蓮」と名乗った。また立宗の後、両親を訪れ、妙法蓮華経の信仰に帰依せしめたと伝えられる日省『本化別頭高祖伝』1720年。
鎌倉での活動 「立正安国論」 日蓮は建長5年（1253年）、鎌倉に移り、名越の松葉ヶ谷に草庵を構えて布教活動を開始した。この年の11月、後の六老僧の一人である弁阿闍梨日昭が日蓮の門下となったとされる日潮『本化別頭仏祖統紀』、『富士年表』。鎌倉進出の時期については、建長6年または同8年とする説もある『日蓮聖人遺文辞典 歴史篇』など。
鎌倉進出当時、日蓮が辻説法によって布教したと伝承されるが、日蓮遺文には辻説法を行った事実の記述はない。この時期に、僧侶としては日昭・日朗・三位房・大進阿闍梨、在家信徒としては富木常忍・四条頼基（金吾）・池上宗仲・工藤吉隆らが日蓮の門下になったと伝えられる『本化別頭仏祖統紀』など。
正嘉元年（1257年）8月、鎌倉に大地震があり、ほとんどの民家が倒壊するなど、大きな被害が出た（正嘉地震）『吾妻鏡』。日蓮は多くの死者を出した自然災害を重視し、災害の原因を仏法に照らして究明し、災難を止める方途を探ろうとした「立正安国論奥書」。伝承によれば、正嘉2年（1258年）、日蓮は駿河国富士郡岩本にある天台宗寺院・実相寺に登り、同寺に所蔵されていた一切経を閲覧した日精「家中抄」。この時期、日蓮が仏教の大綱を再確認した成果は、「一代聖教大意」「一念三千理事」「十如是事」「一念三千法門」「唱法華題目抄」「守護国家論」「災難対治抄」などの著作にまとめられた。
その上で日蓮は、文応元年（1260年）7月16日、「立正安国論」を時の最高権力者にして鎌倉幕府第5代執権の北条時頼に提出して国主諫暁を行った。この時の諌暁は、時頼の信頼厚い近臣である宿屋入道を介して行われた。「立正安国論」によれば、大規模な災害や飢饉が生じている原因は、法然（日本浄土宗の宗祖）の教えが流行し、為政者を含めて人々が正法に違背して悪法に帰依しているところにあるとし、その故に国土を守る諸天善神が国を去ってその代わりに悪鬼が国に入っているために災難が生ずる（これを「神天上の法門」という）とする。そこで日蓮は、災難を止めるためには為政者が悪法への帰依を停止して正法に帰依することが必要であると主張する「世皆正に背き、人ことごとく悪に帰す。故に善神は国を捨てて相去り、聖人は所を辞して還りたまわず。これをもって魔来たり鬼来たり、災い起こり難起こる」、「汝早く信仰の寸心を改めて速やかに実乗の一善に帰せよ」。さらに日蓮は、このまま悪法への帰依を続けたならば、自界叛逆難（内乱）と他国侵逼難（他国からの侵略）により、日本が滅びると予言し、警告した。
「立正安国論」で日蓮は、とりわけ法然の専修念仏を批判の対象に取り上げる。それは、貴族階級から民衆レベルまで広がりつつあった専修念仏を抑止することが自身の仏法弘通にとって不可欠と判断されたためである。この時期に作成された「守護国家論」「念仏者追放宣旨事」などでも徹底した念仏批判が展開されている。
松葉ヶ谷の法難 しかし「立正安国論」による国家諫暁は鎌倉幕府から完全に無視された。その一方で日蓮の念仏破折は念仏勢力の激しい反発を招き、文応元年（1260年）8月27日の夜、松葉ヶ谷の草庵が多数の念仏者によって襲撃された（松葉ヶ谷の法難）。この法難の背後には執権・北条長時とその父・北条重時（北条時頼の岳父）の意思があったと推定される「兵衛志殿御返事」、「妙法比丘尼御返事」。
日蓮は草庵襲撃の危難を免れたが、もはや鎌倉にいられる状況ではなくなった。そこで、下総国若宮（現在の千葉県市川市）の富木常忍の館に移り、布教活動を展開したとされる。この時期に下総国在住の大田乗明・曾谷教信・秋元太郎らが日蓮に帰依したと伝えられる『本化別頭仏祖統紀』、『法華霊場記』。
伊豆流罪 弘長元年（1261年）5月12日、鎌倉に戻った日蓮は鎌倉幕府によって拘束され、伊豆国伊東に流罪となった「報恩抄」、「聖人御難事」。その際、という岩礁に置き去りにされた、あるいは川奈の漁師・船守弥三郎の保護を受けたという伝説があるが、いずれも根拠のない伝承に過ぎない新倉善之「日蓮伝小考――『日蓮聖人註画讃』の成立とその系譜」、須田晴夫『日蓮の思想と生涯』鳥影社 137頁。「船守弥三郎許御書」は真筆が現存せず、偽書説が強く出されているので須田晴夫『日蓮の思想と生涯』鳥影社137頁～138頁、根拠にはならない。
伊豆配流中、日蓮の監視に当たったのは伊東の地頭・伊東祐光であった。祐光は念仏者だったが、病を得た折、日蓮の祈念によって平癒したので、日蓮に帰依した「弁殿御消息」。また、伊豆配流中、日蓮が岩本実相寺に滞在していた時に門下となった日興が伊豆に赴いて日蓮に供奉したとされる。
日蓮は伊豆配流中に「四恩抄」を著し、松葉ヶ谷法難・伊豆流罪などの法難が妙法蓮華経の行者であることの証明であると位置づけ、また『教機時国抄』を著していわゆる「宗教の五綱」の教判を明確にしている。
弘長3年（1263年）2月22日、日蓮は伊豆流罪を赦免された。その赦免は『聖人御難事』に「故最明寺殿の日蓮をゆるしし」とあることから、北条時頼の判断によるものと判断される。
小松原の法難 文永元年（1264年）の秋、日蓮は母の病が重篤であることを聞き、母の看病のため、故郷の安房国東条郷片海の故郷に帰った「可延定業書」、円明院日澄『日蓮上人註画讃』。それを知った東条郷の地頭・東条景信は日蓮を襲撃する機会を狙った。同年11月11日の夕刻、天津に向かって移動していた日蓮と弟子の一行に対し、東条景信は弓矢や太刀で武装した数百人の手勢をもって襲撃した。日蓮は頭に傷を受け、左手を骨折するという重傷を負った「南条兵衛七郎殿御書」、「聖人御難事」。この法難で、鏡忍房と伝えられる弟子が討ち死にし、急を聞いて駆け付けた工藤吉隆も瀕死の重傷を負い、その傷が原因となって死去した。
11月14日、日蓮は見舞いに訪れた旧師・道善房と再会した。日蓮は道善房に対し、改めて念仏が地獄の因であると説き、妙法蓮華経に帰依するよう説いた。その後、日蓮は文永4年（1267年）まで房総地域で布教し『本化別頭仏祖統紀』、母の死を見届けて、同年末には鎌倉に戻ったと推定される「星名五郎太郎殿御返事」。
蒙古国書の到来 文永5年（1268年）1月16日、蒙古と高麗の国書が九州の大宰府に到着した。両国の国書は直ちに鎌倉に送られ、幕府はそれを朝廷に回送した。蒙古の国書は日本と通交関係を結ぶことを求めながら、軍事的侵攻もありうるとの威嚇の意も含めたものであった『鎌倉遺文』第13巻9564号。日蓮は、蒙古国書の到来を外国侵略を予言した「立正安国論」の正しさを証明する事実であると受け止め、執権・北条時宗、侍所所司・平頼綱らの幕府要人のほか、極楽寺の良観（忍性）、建長寺の蘭渓道隆ら鎌倉仏教界の主要僧侶に対して書簡を発し、諸宗との公場対決を要求した（十一通御書）。十一通御書においては念仏無間・禅天魔・真言亡国・律国賊という「四箇格言」を見ることができる「建長寺道隆への御状」。「建長寺も極楽寺も寿福寺も鎌倉の寺は焼き祓い、建長寺の蘭渓道隆も、極楽寺の良観房忍性も、首を刎ねて由比ヶ浜にさらせ」等の過激な発言を行った。
幕府は当初は他宗へ依頼したように蒙古調伏の祈祷を日蓮へ依頼したが、未曽有の国難に見舞われた日本の状況下で、過激な発言を繰り返す日蓮教団を危険集団と見なして教団に対する弾圧を検討した（「種種御振舞御書」）。
龍の口の法難 文永8年（1271年）6月、日蓮は、当時関東における真言律宗教団の中心人物で、非人の労働力を組織化することで道路や橋の建設、港湾の維持管理や様々な社会事業を行っていた良観（忍性）が、旱魃に際して幕府に祈雨の祈願を要請されたことを知り、「7日の間に雨が降るならば日蓮が良観の弟子となるが、降らないならば良観が妙法蓮華経に帰依せよ」と降雨祈願の勝負を申し出たが、良観はこれに応じなかった。
1271年9月10日、日蓮は幕府に召喚され、現代で言えば刑事裁判を管轄する侍所の次官である平左衛門尉頼綱の尋問を受けた種種御振舞御書。『御成敗式目』の定めに従い、行敏の訴状に対する「陳状」（答弁書）を日蓮に求めると、日蓮は陳状を提出するが、「庵室に凶徒を集め弓箭（弓矢）・兵仗（武器）を貯えている」との行敏側の指摘は否定せず、日蓮らは、防衛体制強化を行う幕府に異を唱える悪党（反社会的行動をする集団）とされ、流罪の判決が下った。
この法難は鎌倉における日蓮教団の壊滅を意図する大規模な弾圧であり、元寇という未曽有の危機に見舞われ、国内で一致団結した防衛力強化が必要とされる中、過激な他宗批判を行い、国内の宗教対立を扇動する日蓮らの言動を危険視した幕府が、蒙古襲来の危機に対応するため幕府に異を唱える「悪党」を鎮圧する防衛体制強化の一環としてなされたと考えられている高木豊『増補改訂 日蓮――その行動と思想』90頁。
日蓮側の記述では、日延べしても一滴の雨も降らず、結果勝負は良観の惨敗に終わったこと「頼基陳状」、敗れた良観は、鎌倉浄土教勢力の中心人物である良忠や道教と共同して念仏僧・行敏の名を使って日蓮を告発したが、日蓮の反論に遭い、告発は成功しなかったこと「行敏訴状御会通」、良観は次に蘭渓道隆らとともに北条時頼、北条重時の未亡人らにも働きかけ、御成敗式目第12条（悪口の咎）にあたる日蓮の処罰を訴えたこと「妙法比丘尼御返事」「報恩抄」などが主張されており、良観の報復であるとする。
9月12日夕刻、頼綱は数百人の兵士を率いて日蓮の逮捕に向かった。その際、兵士らが松葉ヶ谷の草庵に経典類を撒き散らし、法華経の巻軸をもって日蓮を打擲するなどの暴行を働いたが、日蓮は頼綱に対して日蓮を迫害するならば内乱と外国からの侵略は不可避であると主張し、諫暁した「種種御振舞御書」「撰時抄」。頼綱は日蓮を馬に乗せて鎌倉中を引き回し、佐渡国守護である北条宣時の館に「預かり」とした。
頼綱は、同日夜半、日蓮を龍の口の刑場へと連行した。当時、裁判など規定の手続きを経ず斬首に処すというのは、御成敗式目にも反したものであった。種種御振舞御書によれば日蓮が斬首の場に臨み、刑が執行されようとする時、江の島の方角から強烈な光り物（発光物体）が現れ、太刀を取る武士の目がくらむほどの事態になって刑の執行は中止されたとある。
文永八年九月、日蓮とともに刑場に同行した四条金吾に宛てた書簡において『貴辺たつのくちまでつれさせ給ひ』『月天子は光物とあらはれて竜の口の頸をたすけ』『(法華経)安楽行品に云く、「刀杖も加へず」』『(同)普賢品に云はく「刀尋（つ）いで段々に壊（お）れなん」』等と、その際の様子を振り返っている。また、立正安国論を時頼に提出する際それを介した宿屋入道は、この龍の口の法難の後、日蓮に帰依している。宿屋入道は禅の篤信者で寺を寄進するほどだったが、日蓮の弟子になった後には自宅を寺としている。
文永八年、日蓮は弟子日朗に宛てた土籠御書において、法華経安楽行品第十四を引用し『天諸童子 以為給使 刀杖不可 毒不能害』（天の諸の童子、以て給使を為さん。刀杖も加えず、毒も害すること能わず）と自身の境涯を説いている。
日蓮は「開目抄」で「日蓮といゐし者は去年九月十二日子丑（ねうし）の時に頸はねられぬ」と述べて、それまでの日蓮はひとまず終わったと述べている。また「三沢抄」では、自身が佐渡流罪以前に述べてきた教えは釈尊の爾前経のようなものであると説いている「法門のことは、さどにながされし已前の法門はただ仏の爾前の経とおぼしめせ」。日蓮は龍の口の法難以後、新たな境地に立って布教を開始した。佐渡に出発する前日（10月9日）には初めての文字曼荼羅本尊（「楊枝本尊」と称される）を図顕している。
日蓮は、相模国依智（現在の神奈川県厚木市依知）にある佐渡国守護代・本間重連の館に護送され、1か月ほどそこに留め置かれ、最終的に佐渡へ向かった。この法難で迫害を受けたのは日蓮一人ではなく、鎌倉の門下260余人がリストアップされ、逮捕・監禁、追放、所領没収などの処分を受けた。
佐渡流罪 「開目抄」 文永8年（1271年）10月10日に依智を出発した日蓮護送の一行は、10月28日、佐渡に到着し、11月1日、配所である塚原三昧堂に入った。日蓮には日興など数人の弟子が随行していた。塚原三昧堂は、名前の通り墓（塚）のある野原に建てられた粗末な小堂で、冬は雪が吹き込む建物であり、与えられた食糧も乏しく、極めて厳しい環境だった。
配所に到着した日蓮は、直ちに「開目抄」の執筆に着手、翌年2月に完成させた。執筆の背景には法難によって多くの門下が信心に疑問を持ち、退転していった状況があった。門下の疑問とは、法華経の行者には諸天の加護があるはずであるのに何故日蓮とその門下に加護がなく迫害を受けるのか、というものであった。日蓮は、今後の布教のためにもこの疑問に答える必要があった。