ヨハン・ファンデソンペレ（Jo Vandesompele、1974年 - ）は、ゲント大学に所属する分子生物学者、バイオインフォマティクス研究者。リアルタイムPCR（qPCR）における正規化手法、参照遺伝子の発現安定性評価法「geNorm」、qPCRデータ解析法の研究で知られる。2009年に公表されたMIQEガイドラインおよび2025年の改訂版MIQE 2.0の共著者でもある。
経歴 ファンデソンペレは1997年にゲント大学でBioscience Engineeringの修士号を取得し、2002年に同大学でMedical Geneticsの博士号を取得した。本人の博士論文およびゲント大学の公式資料では氏名は一貫して「Jo Vandesompele」と記載されている。
ゲント大学の人物史料UGentMemorialisでは1974年生まれと記録されている。
2007年からゲント大学で教授を務め、現在は同大学医学・健康科学部Department of Biomolecular MedicineのFull Professorであり、Pieter MestdaghとともにOncoRNALabを率いている。
現在の研究は、核酸定量法、デジタルPCR、RNAシークエンシング、空間トランスクリプトミクス、非コードRNA、細胞外RNA、リキッドバイオプシーなどに及び、特に癌におけるRNAの診断・治療への応用を研究している。
研究 qPCRの正規化とgeNorm ファンデソンペレは、qPCRによる遺伝子発現解析において、単一のハウスキーピング遺伝子を内部対照として用いる場合、参照遺伝子自体の発現変動によって定量結果に誤差が生じる可能性を検討した。
2002年、Katleen De Preter、Filip Pattyn、Frank Spelemanらとともに、複数の参照遺伝子の発現量の幾何平均から正規化係数を求める方法を報告した。また、候補となる参照遺伝子の発現安定性を評価し、適切な参照遺伝子を選択するためのアルゴリズム「geNorm」を開発した。
この研究では、一つの参照遺伝子のみを用いるのではなく、実験条件下で安定して発現する複数の参照遺伝子を用いて正規化することの重要性が示された。
qBaseとqPCRデータ解析 2007年にはヤン・ヘレマンスらとともに、複数の参照遺伝子、遺伝子ごとのPCR増幅効率、ラン間補正および誤差伝播を考慮した相対定量の解析フレームワークを提案し、これを実装したソフトウェア「qBase」を報告した。
2013年にはヤン・M・ルイター、マイケル・W・プファール、ヤン・ヘレマンスらとともに、複数のqPCR増幅曲線解析法について、バイアス、精度、分解能などの観点から比較評価を行った。
microRNAの定量 2009年にはPieter Mestdaghらとともに、microRNAのRT-qPCRデータについて、試料中で検出されたmicroRNA全体の平均発現量を正規化係数として使用する方法を検討した。この方法は、比較対象とした従来の正規化法よりも技術的変動を低減し、生物学的変化をより適切に反映したと報告された。
MIQEガイドライン 2009年、スティーブン・A・バスティン、ミカエル・クビスタ、マイケル・W・プファール、カール・ウィットワーらとともに、qPCR実験の設計、実施および報告に必要な情報を標準化するMIQEガイドラインの共著者となった。
2025年に発表された改訂版「MIQE 2.0」にも共著者として参加した。同改訂では、近年のqPCR技術の発展を踏まえ、試料処理、アッセイ設計・検証、データ解析、実験結果の報告などに関する推奨事項が更新された。
主な論文 Vandesompele J, De Preter K, Pattyn F, Poppe B, Van Roy N, De Paepe A, Speleman F. Accurate normalization of real-time quantitative RT-PCR data by geometric averaging of multiple internal control genes. Genome Biology. 2002;3(7):research0034. Hellemans J, Mortier G, De Paepe A, Speleman F, Vandesompele J. qBase relative quantification framework and software for management and automated analysis of real-time quantitative PCR data. Genome Biology. 2007;8(2):R19. Bustin SA, Benes V, Garson JA, et al. The MIQE guidelines: minimum information for publication of quantitative real-time PCR experiments. Clinical Chemistry. 2009;55(4):611–622. Mestdagh P, Van Vlierberghe P, De Weer A, Muth D, Westermann F, Speleman F, Vandesompele J. A novel and universal method for microRNA RT-qPCR data normalization. Genome Biology. 2009;10(6):R64. Ruijter JM, Pfaffl MW, Zhao S, et al. Evaluation of qPCR curve analysis methods for reliable biomarker discovery: Bias, resolution, precision, and implications. Methods. 2013;59(1):32–46. Bustin SA, Ruijter JM, van den Hoff MJB, et al. MIQE 2.0: Revision of the Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments Guidelines. Clinical Chemistry. 2025;71(6):634–651.
関連項目 リアルタイムPCR PCR効率 参照遺伝子 MIQEガイドライン 相対定量 デジタルPCR ヤン・ヘレマンス ヤン・M・ルイター スティーブン・A・バスティン ミカエル・クビスタ マイケル・W・プファール カール・ウィットワー
出典
外部リンク Jo Vandesompele - Ghent University OncoRNALab