相対定量（そうたいていりょう、）とは、リアルタイムPCR（qPCR）において、標的核酸の量を絶対的なコピー数として求めるのではなく、基準となる試料や対照群に対する比として評価する定量方法である。遺伝子発現解析では、試料間のRNA量や実験操作による変動を補正するため、安定した発現を示す参照遺伝子による正規化が一般に行われる。
概要 相対定量では、標的核酸について試料と基準試料との量的な差を求める。遺伝子発現解析では、標的遺伝子の測定値を一つまたは複数の参照遺伝子によって正規化し、処置群と対照群などの間で発現量の変化を比較する。
代表的な解析法として、2−ΔΔCt法（comparative Ct method）が広く用いられてきた。この方法では、標的遺伝子と参照遺伝子のCt値の差（ΔCt）を求め、さらに基準試料との差（ΔΔCt）から相対的な発現量を算出する。ただし、標的遺伝子と参照遺伝子のPCR増幅効率がほぼ等しいことを前提とする。
一方、PCR増幅効率が異なる場合には、増幅効率を考慮した相対定量法が用いられる。Pfafflは2001年、標的遺伝子と参照遺伝子それぞれのPCR効率を組み込んだ相対発現比の算出法を報告した。
2025年に改訂されたMIQE 2.0ガイドラインでは、Cq値はPCR増幅効率を補正した標的量へ変換して解析することが推奨されている。また、参照遺伝子についても、実験条件下で発現が安定していることを検証した上で正規化に使用することが求められている。MIQE 2.0では、増幅効率を100%と仮定する2−ΔΔCq法にはPCR効率の差による偏りなどの制約があるとして、定量解析を同法のみに依存することを推奨していない。
脚注
関連項目 リアルタイムPCR Ct値 ΔΔCt法 絶対定量