八重山諸島のマラリア（やえやましょとうのマラリア）では、沖縄県の八重山諸島で1961年まで感染者が発生していたマラリアについて記述する。八重山諸島のうち石垣島、西表島、小浜島、与那国島の4島では、48時間おきに発熱する三日熱マラリア、72時間おきに発熱する四日熱マラリア、不規則に熱発する熱帯熱マラリアの3種類のマラリア感染が見られた。中でも南部沿岸部を除く石垣島と西表島が流行の中心であった。加えて流行が見られない地域からマラリア有病地である南部沿岸部を除く石垣島や西表島まで通って耕作を行う通い耕作と呼ばれる風習があったため、実際には八重山諸島全体でマラリアの感染者が見られた。八重山諸島のマラリアの特徴のひとつとして悪性の熱帯性マラリアが多数を占めており、琉球王国時代から多くの人々を苦しめてきた。とりわけ第二次世界大戦末期に発生した戦争マラリアでは多くの感染者、犠牲者を出した。
明治時代以降、たびたび八重山諸島のマラリアの実態調査が行われた。1921年からはマラリア対策も進められ、一定の成果を挙げたものの戦前期には撲滅に至らなかった。戦後、アメリカによる沖縄統治下において、ウイラープランと呼ばれる本格的なマラリア撲滅計画が実施され、1961年を最後に八重山諸島のマラリアは消滅した。八重山諸島のマラリア撲滅によって石垣島と西表島の観光開発が可能となり、また八重山諸島のマラリア撲滅は熱帯の開発途上国のマラリア対策のモデル事業のひとつとされている。
特徴
熱帯や亜熱帯の高温多湿環境は、細菌、ウイルス、リケッチア、原虫などの病原となる生物や、それらの中間宿主となる生物の繁殖に適しており、病原となる生物による感染症が多発している大鶴（1996）p.7.。沖縄は亜熱帯性気候であり大鶴（1996）pp.3-4.、マラリア、フィラリアが代表的な風土病として知られていた。中でも八重山諸島のマラリアは多くの死者を出していて恐れられ、地域開発の障害となっていた崎原、平良（1996）pp.211-212.。
マラリアはマラリア原虫を蚊がヒトに媒介することによって発病する感染症であり、結核、AIDSとともに三大感染症のひとつとされている飯島（2024）p.162.。ヒトにマラリアを引き起こすマラリア原虫には三日熱(P. vivax)、四日熱(P. malariae)、熱帯熱(P. falciparum)、卵型(P. ovale)、サル・マラリア(P. knowlesi)の5種類が知られていて、いずれもハマダラカのメスが行う吸血行動に伴い、人体に原虫が取り込まれ発病する。具体的にはまずハマダラカのメスの唾液腺に集まったマラリア原虫のスポロゾイトが吸血時に人体に注入される。人体に侵入したスポロゾイトは肝細胞に取り込まれ、肝細胞内で増殖を繰り返し、数千個のメロゾイトとなった時点で肝細胞を破壊して血中に放出される。メロゾイトは赤血球に侵入して輪状体、栄養体、分裂体と変化していき、分裂が進むと赤血球を破壊して放出され、他の赤血球に侵入し、破壊するというサイクルが続く。そのような無性生殖を繰り返す中で一部が性の区別がある生殖母体となり、生殖母体が吸血時にハマダラカのメスに取り込まれると腸内で合体、受精が行われ、オーシストと呼ばれるマラリア原虫となる。オーシストは大量のスポロゾイトを形成し、それが人体へと取り込まれるというサイクルを形成している。人体内でのマラリア原虫の増殖によるマラリア抗原、赤血球の破壊、それらに伴う炎症反応によって発熱、悪寒、振戦というマラリア発作を引き起こし、その他、貧血、黄疸、脾腫、肝腫大といった症状が引き起こされる。中でも熱帯熱マラリアはマラリア原虫に感染した赤血球が血管内皮細胞に付着する性質がある。そのため毛細血管の閉塞に伴い脳や腎臓、肺、消化器などで組織の低酸素症を引き起こしやすく、未治療のままでいると致死率が高い疾患を引き起こす可能性が大きく、他の種類のマラリアよりも危険性が高い。
thumb|400px|八重山諸島でマラリアが見られたのは南部沿岸部を除く石垣島、西表島、小浜島、与那国島であった。 八重山諸島全体でみるとマラリアが見られたのは石垣島、西表島、小浜島、与那国島の4島であった高橋（2000）pp.450-451.。また西表島に近接する内離島、外離島もマラリアの蔓延地であった仲松（1977）p.287.。その他の有人島である黒島、竹富島、新城島、鳩間島、波照間島にはマラリアは無く、また石垣島も南部沿岸地域ではマラリアが見られなかった。しかし後述のようにマラリアの蔓延が見られない島々や石垣島の南部沿岸部から、マラリアの蔓延地に出向いて農耕等を行う通い耕作と呼ばれる習慣があったため、実態としては八重山諸島全体にマラリアの患者が見られた吉野（1956）p.105.。八重山諸島は山地主体の高い島と平たい台地状の低い島の2タイプの島に分類される。高い島には石垣島、西表島、小浜島、与那国島があり、その他の島々は低い島である崎浜（2006）pp.28-29 .。石垣島の南部は琉球石灰岩で覆われた低地が広がり、環境的には低い島に類似している崎浜（2014）pp.19-21.。高い島にはマラリアを媒介するコガタハマダラカ類のボウフラの生育に適した流れの緩やかな渓流があり、また高い島に見られる水田もコガタハマダラカ類の発生に影響を与えていると推測されている崎浜（2006）pp.21-23.崎浜（2014）pp.30-31.。河川がほとんどなく畑作中心の宮古諸島とは異なり、特に稲作が盛んに行われていた石垣島、西表島では激しいマラリアの流行に見舞われた飯島（2023）p.62.飯島（2024）pp.167-168.。
かつて沖縄以外の日本では土着のマラリアとして三日熱マラリアが流行していたが田中、杉田、丸井（2009）p.167.飯島（2024）p.167.和田（2000）p.151.、1950年代半ばには撲滅された田中、杉田、安藤、丸井（2009）pp.23-24.。一方、沖縄県の宮古諸島、八重山諸島では隔日に高熱を発する三日熱の他、中2日おきに高熱を発する四日熱、不規則に熱発する熱帯熱の計三種類のマラリアが流行していた吉野（1956）pp.4-6.田中、熊田、福嶺、川満、伊是名、城間（1959）p.778.宮良（1989）p.456.和田（2000）p.164.。また上記3種のマラリアの複数のタイプを同時に感染する混合感染も見られた仲松（1942）p.328.。宮古諸島はどちらかといえば三日熱マラリアが多く、八重山諸島では熱帯熱マラリアが多数を占めていた崎原、西、當山、宇座、平良（1994）p.79.。熱帯熱マラリアは死亡するケースも多い悪性のものであり、「マラリアが八重山の歴史に残した爪跡はあまりにも大きい」、「（近代以前の）八重山の歴史はマラリアとの苦闘史でもあった」波照間、玻名城（1989）p.15.、「（近代の八重山の歴史は）マラリアとの闘いでもあった」との評がなされている三木（1989）p.30.。
八重山のハマダラカ 八重山諸島にはシナハマダラカ（）、オオツルハマダラカ（）、オオハマハマダラカ（）、タテンハハマダラカ（）、ヤエヤマコガタハマダラカ（）の5種類のハマダラカの生息が確認されている宮城、當間（1978）p.243.津田（2019）pp.82-86.。そのうちマラリアを媒介していたのはシナハマダラカ、オオハマハマダラカ、ヤエヤマコガタハマダラカであると考えられている宮城、當間（2017）p.170.。またオオツルハマダラカもマラリアを媒介した可能性が指摘されている宮城、當間（1978）p.248.。
シナハマダラカとオオツルハマダラカはシナハマダラカ群（Anopheles sinensis sibiling species group）に分類される。ともに水田、湿地、川などといった開けた水域が発生源で、三日熱マラリアを媒介していたと考えられている。またオオハマハマダラカは山地の渓流が発生源で、森林内で見られる蚊である宮城、當間（1978）p.249.。オオハマハマダラカも三日熱マラリアを媒介していたと考えられている。
ヤエヤマコガタハマダラカ コガタハマダラカはインドから東南アジア全域にかけて広域に分布し、マラリアを媒介する蚊として知られている宮城、當間（1978）p.245.高木、津田、都野、沢辺、當間、江下（1990）p.71.。タンパク多型、rDNA双方の解析から、八重山諸島、宮古諸島のコガタハマダラカはタイ、インドネシア、中国南部に分布するものと遺伝的に大きく離れていることが判明している高木、津田、都野、沢辺、當間、江下（1990）p.73.。さらに2001年には東南アジアのものとは別種とされ、ヤエヤマコガタハマダラカと命名された津田（2019）p.86.。なお南方系のコガタハマダラカ類は宮古諸島が北限であり、冬季、先島諸島よりも寒くなる沖縄本島では生息できないと考えられている當間、宮城（1990）pp.17-18.。
ヤエヤマコガタハマダラカは八重山諸島ではオオハマハマダラカよりも開けた日の当たる流れの緩やかな渓流で多く見られる。時々森林内の渓流で発生する場合がある宮城、當間（1978）p.247.當間、宮城（1990）p.18.。また宮古島と小浜島は湧水が豊富であり、宮古島は湧水地、小浜島は湧水地に繋がる水田でコガタハマダラカが発生している宮城、當間（2017）pp.167-168.。コガタハマダラカはヒトの血液を好む性質が知られており、八重山諸島での調査でも人の血を吸うために盛んに飛来しているのが観察されている。ヤエヤマコガタハマダラカは先島諸島で熱帯熱マラリアを媒介し大鶴（1990）p.11.。八重山諸島でマラリアが流行していた時代には石垣島、西表島、与那国島、小浜島で生息が確認されており、前述のようにその四島ではマラリアの流行が見られた宮城、當間（2017）p.167.。
呼称 沖縄本島周辺で話される沖縄語では、マラリアのことを「ヤキー」と呼んだ新川（1978）p.138.宮良（1989）p.446.。沖縄語の「ヤキー」には高熱が間欠的に発生するマラリアに特徴的な症状を指すとともに八重山諸島の風土病との意味があり、沖縄本島から見てマラリアが八重山諸島の疾病として限定されていた様子がわかる。一方、八重山諸島の八重山語では「フーキィ」と呼んだ。「フーキィ」の語源は風気であると考えられ、沖縄語では「フーチ」に当たり、意味的には伝染病一般を指す。その言葉が八重山諸島では特にマラリアを指す言葉として限定されることからも、八重山諸島におけるマラリアの影響力の大きさが想定される波照間、玻名城（1989）pp.15-16.。
八重山へのマラリア伝播について 言い伝えによれば八重山諸島のマラリアは1530年頃、西表島の仲間川の河口付近にオランダ船が漂着した際に持ち込まれたとされている吉野（1956）p.1 .波照間、玻名城（1989）p.16.。この言い伝えに該当すると考えられるオランダ船漂着の記録としては、1725年から1745年頃に成立したとされる『慶来慶田城由来記』に、「天文年間（嘉靖年間）にオランダ船ハナリミジュが漂着し、野菜や魚、薪木、牛、米を救援したお礼として西表島の人々に犬二頭が贈られた」との内容の記述がある。しかしこの『慶来慶田城由来記』の記事にはマラリアや他の疾病に関する記載は全くない大浜（1971）p.222.。
前述のように八重山諸島のマラリアは三日熱、四日熱、熱帯熱の三種類がある。言い伝え通り1530年頃に漂着したオランダ船がマラリアをもたらしたとして、三種類のマラリアのうちどのマラリアを持ってきたのか、そして残りの2種類のマラリアは誰がもたらしたのか、また近隣の台湾、宮古諸島のマラリアの状況をどう説明するのかなど疑問点が多いとして1530年のオランダ船によるマラリア伝播説には批判がある飯島（2023）p.160.。また李朝実録にある朝鮮から先島諸島への漂流民の記録から、15世紀後半には八重山諸島にマラリアが存在した可能性が高いとの指摘もある小林（2003）pp.147-148.。他には、八重山諸島のマラリアは域外から持ち込まれたことは確かであり、もたらされた時期は有史以前ではないか、との説もある。
近世までの八重山とマラリア 古資料によれば17世紀、八重山諸島の人口は停滞状態にあった。18世紀に入ると八重山の人口は増加するようになり、18世紀後半からは減少に転じる。マラリアは17世紀以前から八重山諸島にあったものと考えられ、また17世紀半ばには八重山の近世、近代に大きな影響を与えた人頭税の制度が導入された。それにもかかわらず18世紀には人口増加があったことから、少なくとも18世紀半ば頃までの段階ではマラリアと人頭税のみが八重山の人口動向に影響を与えたとは言い難い千葉（1972）p.463.。
一方、マラリアに対する抵抗力は男性の方が女性より強いと言われていて、また、マラリアの害がない地域から蔓延する地域へ女性が嫁ぐケースが少なかったとも推定されている。実際、18世紀の各集落の人口動向を見てみると、マラリアの蔓延地域にある集落の多くで男性が女性よりも人口が多い傾向が認められている千葉（1972）pp.464-465.。
寄人制による強制移住とマラリア 1609年の薩摩藩による琉球侵攻後、琉球王国は琉球侵攻時の損害に加え、薩摩藩へ年貢を納めるようになり、更に財源であった中国との貿易の利権も薩摩藩に握られ、厳しい財政難に陥るようになった。この危機の解決策のひとつが先島諸島の開発と搾取による増収であった西里（1981）pp.110-111.得能（1981）pp.69-71.。琉球王国はまず八重山諸島に行政単位である間切制度を整備し、その後、1636年から1659年にかけて戸口調査を行い、人口動態を把握した上で個人個人に定額の税を課す人頭税制度を確立させた得能（1981）p.70.。1667年には琉球王国は薩摩藩から開墾の許可を得て、王国内で積極的に開墾を進め、耕地の増大を図った。前述のように18世紀半ば頃まで八重山諸島では人口が増加している。これは生産力の向上もあって新村の設立、耕地の拡大が行われたものと推測されている。
水が豊富である八重山諸島の石垣島と西表島では米作が可能であり、米による納税を重視した琉球王国は、水田耕作が可能な地域への集団での移住を積極的に押し進めることになった大浜（1971）p.244.波照間、玻名城（1989）p.22.飯島（2023）p.59.。八重山諸島での集団移住政策を開始したのは1728年に琉球王国の行政上のトップである三司官に就任した蔡温であった田里（1983）pp.126-127.大浜（1971）pp.243-244.。寄人制と呼ばれた集団移住政策は、当初、宅地、田畑、農具の無償供与、住宅は琉球王国の費用で建設、牛、馬を各一頭供与し、衣服購入費の支給、3か月間の食糧支給、5年間の免税といった優遇策を講じるかわりに帰村、逃散は絶対に認めないといった内容であった田里（1983）p.127.。ところが優遇策にもかかわらず移住希望者が現れないため、琉球王国は「道切り移住」と呼ばれる強権を発動することになった。すなわち、既存の村落に役人を派遣し、道路を境に移住組と残留組とに機械的に分け、移住組は強制的に移住させられた大浜（1971）pp.244-245.。
寄人制による強制移住により、1732年から1785年までに11の村が新設されたと考えられている田里（1983）pp.131-132.。実際の強制移住は 八重山諸島内の小さな離島から石垣島への強制移住 石垣島島内の強制移住 八重山諸島内の小さな離島から西表島への強制移住 西表島島内の強制移住 の4パターンで行われた田里（1983）p.128.。1730年代には八重山の総人口のうち15.9パーセント、1750年代には22.4パーセントが移住させられたとの推計がある得能（1981）p.71.。
強制移住により送り出された開墾地はマラリアの蔓延地であった。琉球王国当局者にも移住先候補が「風気悪しき」場所であるとの情報は届いていた。しかし当局はマラリアの影響力を過小評価して、強制移住によりマラリアの害がない地域から人々を送り込む政策を強行した波照間、玻名城（1989）pp.22-27.。その結果、移住先でたちまちのうちにマラリアに罹患することになった高橋（2009）p.447.。マラリアに追い打ちをかけたのが人頭税の賦課であった。強制移住により新設された各集落の住民はマラリアと人頭税の賦課により著しく疲弊し、集落の多くは近代になって人頭税の廃止後、移住の自由が得られるようになると廃村となる高橋（2009）pp.446-451.。
開墾と明和の大津波の影響 強制移住により新設された集落は亜熱帯の森林地帯の近くに位置していた田里（1983）p.161.。前述のように熱帯熱マラリアを媒介するヤエヤマコガタハマダラカは日の当たる開けた渓流や湧水地で発生する。つまり手つかずの原生林から人手が加わるようになって渓流に日光が入る状態となり、熱帯熱マラリアが広がりやすい環境が整えられたのではないかとの説がある千葉（1972）pp.466-467.。またマラリア原虫の生活サイクルからみて、ヤエヤマコガタハマダラカはヒトや家畜がいない環境下ではマラリア原虫を持つことはあり得ない。つまり開墾という行為自体がマラリアの蔓延を引き起こしたと見ることができる千葉（1972）pp.468-469.。
1771年、八重山地震に伴い明和の大津波と呼ばれる津波が八重山諸島を襲い、人口の約3分の1にあたる9300人余りの死者行方不明者を出した田里（1983）pp.151-153.。津波の被害が最も大きかった石垣島では、津波によって原生林の植生が損傷を受け、渓流に日が当たりやすくなり、新たにヤエヤマコガタハマダラカの発生に適した状況が生み出されたのではないかとの推測がある千葉（1972）pp.466-467.。そして大津波後、八重山諸島では疫病が流行し、飢餓状態の中、多くの餓死者を出した。大津波後に流行した疫病の正体は不明である、ただ、疫病の流行状況がマラリアのそれに類似している点やハエや蚊の発生と関係があるとみられる急性の伝染病らしいところから、マラリアの可能性が高いのではないかとの説がある大浜（1971）pp.218-219.田里（1983）pp.151-154.。八重山諸島では明和の大津波後、19世紀後半までの約1世紀の間、人口の減少が続くことになった田里（1983）pp.154-155.。
通い耕作の成立
八重山諸島の中でもマラリアの害が見られない島々や石垣島の南部沿岸地域から、マラリアの蔓延地である西表島、石垣島の北部にある耕地まで、通い耕作と呼ばれる遠距離の農地への耕作が行われていた浮田（1974）pp.511-512.。通い耕作で耕される農地は基本的に水田であった浮田（1974）p.511.。
通い耕作が行われた最大の理由はマラリアであったと考えられている。李朝実録にある1530年に朝鮮から先島諸島に漂流した漂流民の記録から、1530年には通い耕作が行われていた可能性が高い、と指摘されている小林（2003）pp.146-148.。マラリアが無い地域では生活に必要な物資が不足しており、一方、マラリアが蔓延している西表島や石垣島の北部は生活に必要な物資が豊富であった。そのため、マラリアの害がない地域に居住しながら必要に応じてマラリアの蔓延地に通う生活スタイルが確立されていったと推測されている山口（1992a）p.242.。そして人頭税の制度が通い耕作の必要性を決定づけた。人頭税では八重山住民は米の現物納付を義務付けられたため、水田のない地域ではマラリア感染の危険を冒して危険地の水田への通い耕作を余儀なくされた浮田（1974）pp.513-514.。そのような状況の中で、マラリアが無い地域からの水田を中心とした通い耕作が定着するようになった浮田（1974）pp.512-513.。
マラリア感染の危険を冒して行われる通い耕作では、基本的に14歳から17歳以上の男性が通い耕作に従事した。女性は労働力不足や農繁期に従事するケースこそあったが基本的には行わなかった。特に妊婦は絶対に行ってはならないとされた山口（1992a）p.239.。妊産婦はマラリアに対する抵抗力が弱く、症状が重篤化しやすいとともに、流産や死産、低体重児の出産といったリスクが高まることが知られている山口（1992a）p.243.。このことと、マラリアに対して脆弱な年少者や女性が通い耕作に従事しないこととを合わせると、通い耕作とはマラリアの影響を最小限に食い止めつつ、マラリア蔓延地からの生活に必要な資源獲得を図るシステムであったと評価できる山口（1992a）pp.243-244.。この通い耕作は20世紀半ばまで行われ続けた飯島（2024）p.168.。
開発の障害と調査の開始 琉球処分後の1880年、八重山島役所が設立され、明治政府の統治が八重山諸島で施行される態勢が整えられた飯島（2023）p.63.。やがて八重山諸島に関発の手が及んできた。まずサトウキビ栽培が試みられた。開港後、外国から安価な砂糖が輸入されるようになると、日本在来の製糖業は価格的に太刀打ちできなくなった。そこで輸入砂糖と価格的に競争力を持ちうるサトウキビの栽培地として八重山諸島が注目されるようになった飯島（2023）p.64.。琉球王国時代、琉球王府は米の生産を重視し、八重山でのサトウキビ栽培を禁じていた。そのあと琉球処分後の1881年に八重山諸島でサトウキビの生産が開始され、1891年にはサトウキビ栽培のための開墾が開始された飯島（2023）pp.64-65.。1895年には渋沢栄一らによる八重山糖業株式会社が設立され、1891年から始まった開墾事業を継承、発展させた飯島（2023）p.65.。ところが八重山糖業株式会社は台風による被害と台湾が日本領となったことによる製糖業を巡る環境の変化に加え、多くの従業員がマラリアに罹患したため、1898年には解散に追い込まれる仲松（1942）p.333.。
また琉球王国滅亡後に家禄を失った士族のために、旧琉球王家である尚侯爵家の後援を受けて1892年に八重山開拓移民団が結成され、米作を行うための開墾事業を石垣島で開始した。しかし多くの移民がマラリアに罹患し、20世紀初頭には挫折した。西表島には炭田があり、1886年から1889年にかけて三井物産が開発に乗り出したが、やはり多くの鉱夫がマラリアにかかってしまったため撤退に追い込まれた。このように琉球処分後に相次いで試みられた八重山諸島の開発に、マラリアは大きな障害として立ちはだかった飯島（2023）pp.65-66.。
thumb|170px|田代安定 明治政府としても八重山開発の阻害要因となっているマラリアの調査に乗り出した飯島（2023）p.67.。まず農商務省は1882年と1885年に田代安定を八重山諸島に派遣して調査を行った。田代はマラリアの状況について調査し、西表島、小浜島、石垣島にマラリアが見られ、特に西表島では蔓延していると報告した飯島（2023）p.66.。1887年には東京衛生試験所技師の古川栄が内務省衛生局により八重山諸島に派遣されてマラリアの調査を行った。これは初の医学的調査であった。調査の結果から古川は八重山諸島の風土病の正体はマラリアであることは明らかであるとした古川（1989）pp.98-99.飯島（2023）p.68.。続いて1890年代前半にかけて相次いで、塙忠雄、我如古楽一郎、藤田千次による調査が行われた。また石垣島の出身であり、八重山諸島出身者で初めて近代医学を学び、医師として八重山諸島でも勤務した崎山寛弘もマラリアの調査を行った飯島（2023）pp.68-69.。なおマラリア原虫の発見は1880年であり、ロナルド・ロスがマラリア原虫をハマダラカの体内で発見したのは1897年である和田（2000）p.92 .。19世紀末頃までの段階では、マラリアの感染メカニズムは知られておらず、各調査結果ではマラリアの原因は「気」や「マラリア菌」によるなどとされた。これらのマラリア調査結果の分析から、移住に制限が加えられていた人頭税下の状況下では、蔓延地の幼児から若年層にかけてのマラリア並びに合併症の死亡率が高く、八重山諸島の人口動態に大きな影響を与えていたと推測されている山口（1992b）pp.315-316.。
笹森儀助の視察
1893年4月18日、千島列島の視察を終えた笹森儀助は内務大臣の井上馨を訪問した。井上は砂糖の輸入が増加して国内の糖業を圧迫している現状を指摘した上で、国益を考え南西諸島の糖業を拡張して輸入糖を減らすことが出来るのかどうかを検討するために、南西諸島の実情を把握することが急務であると考えているが、笹森に南西諸島の視察に行ってもらえるかどうかを打診した笹森、東（1982a）p.311.。笹森は行きたい気持ちは山々であるが、北国の弘前出身である笹森にとって南国は不案内であり、砂糖が木から取れるのか草から取れるのかもわからない自分が行くべきかどうかわからないので、検討してみますと答えた。笹森は品川弥二郎、佐々木高行、金原明善らに相談した。品川、佐々木、金原は皆、行くべきであると助言し、他の友人知人も揃って行くべきであると勧めたため、笹森は南西諸島視察に行くと井上に回答した笹森、東（1982a）pp.311-312.。
出発に先立ち、笹森は沖縄の視察を複数回行っている田代安定に面会して情報収集を行った笹森、東（1982b）p.9.飯島（2001）p.5.飯島（2023）p.70.。また笹森は同郷であり対外強硬派としても知られていた陸羯南から視察中に「琉球においては支那との間渉如何のごとき、実に今日の要点」であるとのアドバイスを受けている笹森、東（1982b）p.11.。当時、分島問題が尾を引いていて、先島諸島の所属について日清両国が争っており、しかも日清戦争直前という情勢下にあり、笹森としては視察に当たって先島諸島の日本への帰属を裏付けようとする意識があった飯島（2001）p.7.飯島（2023）pp.71-72.。
八重山諸島の調査に向かうに当たり、笹森はマラリアの感染を恐れキニーネを準備し、マラリアに罹ってしまった場合には自らの体を治療研究用に提供する覚悟であった笹森、東（1982b）pp.46-47.飯島（2023）p.70.。笹森は1893年7月5日に那覇から宮古島へ向かい、先島諸島の調査を開始した笹森、東（1982b）p.171.。7月8日には石垣島に到着し笹森、東（1982b）p.187.、8月24日まで八重山諸島を調査する笹森、東（1983）p.84.。八重山で笹森はマラリアが蔓延し、住民たちが追い込まれているという悲惨な状況を目の当たりにする笹森（1989）pp.156-157.。しかし八重山の役人たちはマラリアに苦しむ人々を支援せずに、集落内のマラリアの有無を尋ねた笹森に「居ない」と答え、罵倒される状況であった笹森、東（1982b）pp.202-203.笹森、東（1982b）pp.211-213.。その上、税としての米の物納のため、水田が無い黒島、新城島などからの通い耕作を行っている状況や、西表島には常駐の医師が居らず、医師の巡回も1年に一度ある程度である、と知って、笹森の怒りは増大した笹森、東（1982b）pp.214-216.。笹森はさらにマラリアの蔓延に苦しみながらも税の負担が重いため、薬代の負担を恐れ、医師の巡回時にもマラリアの罹患を隠蔽するといった悪循環に陥っていると指摘した笹森、東（1983）p.60.。