『ポケットモンスターSPECIAL』（ポケットモンスタースペシャル）は、ゲームソフト『ポケットモンスター』シリーズを題材とする漫画作品。通称はポケSP、ポケスペなど。シナリオ担当者は日下秀憲。作画担当者は真斗（1 - 9巻）、山本サトシ（10巻 - ）。
なお、2014年より「通常の単行本」（通巻版）と、それに先駆けて別レーベルで発売される「新章の先行版」の2形態でリリースされているが（詳細は後述）、本記事における「○巻」や「単行本」という用語は特記のない限り通巻版のものを指す。
概要 1997年4月から小学館の学年別学習雑誌『小学四年生』で連載開始。以降、2009年度までは『小学四年生』 - 『小学六年生』（2004年度は『小学三年生』-『小学六年生』 2005年 度は『小学三年生』 - 『小学五年生』）の3誌で縦断連載され、『小学五年生』・『小学六年生』休刊後の2010年度からは、新たに『コロコロイチバン!』と『ポケモンファン』で連載開始。既存の『小学四年生』も休刊となった2012年度以降は『コロコロイチバン!』と『ポケモンファン』の2誌縦断連載となり、2015年からはWebコミックサイト『クラブサンデー』でも連載開始し（それに伴い『ポケモンファン』での連載は一時休止）、2016年途中より『サンデーうぇぶり』に移籍。過去には『ポケモンワンダーランド』に連載されていた時期もあった。
ちなみに学年誌時代の3誌縦断連載だが、学年誌の1話完結形式ではない漫画作品の中では非常に特徴的な連載形式であり、通常の学年誌での漫画は、学年誌で同じ年度学年別に同じ漫画を連載する際は同じ話を同時に掲載するか、学年度事に第1話、最終回を複数描き同じキャラクターで別のストーリーを展開するのが定席であった(単行本の時は複数の話からセレクトし、矛盾を防ぐ為全話が掲載される事は稀であった)。しかしこの作品はあらかじめ物語のロードマップを定め、各年度事に別のストーリーを展開しながら単行本の時に全話が本来の順番に戻され一つのストーリーとなるという方式で連載されていた(例を上げると1章では単行本第1話〜3話が「六年生」に掲載された1〜3話、4〜5話が「四年生」に掲載された1〜2話…などを雑誌でも単行本でも違和感なく構成している)。
ゲーム本編の新作が発売される度にそれを題材にした新章が連載されており、ポケモンを題材とする漫画の中では、穴久保版『ポケットモンスター』に次ぐ長期連載となっている。2017年12月時点で全世界累計発行部数は3000万部程度を記録している。2015年からは電子書籍としてもリリースされている。
当初は原作と同じ『ポケットモンスター』のタイトルで連載開始したが、単行本を発売する際に先行して単行本がリリースされていた穴久保版と書店・取次所に対しての区別をつけるために、判型の異なる『てんとう虫コミックススペシャル』レーベルでの発売が決まり、同様の理由でタイトルにもレーベル名から『SPECIAL』が付いたという経緯があるポケSPedia 192頁。他のタイトル候補には『ポケットモンスター G（ゲット）』、『ポケットモンスター Z』などがあった日下秀憲のツイートより（2010年11月7 - 8日発言）。、、、、。
第一章と第二章の単行本の初期の版の帯には、田尻智・石原恒和・宮本茂・杉森建・イマクニ・増田順一らポケモンに関わった人達の推薦文が書かれており、田尻は「僕が伝えたかった世界に最も近い」との文章を寄せているポケSPedia 131頁。
作風 権威ある研究者から「ポケモン図鑑」を託された、ゲーム版に登場する人物を元にした個性豊かな主人公「図鑑所有者」たちが、ポケモンを悪事に使おうとする勢力と戦う中で成長していく物語。章ごとに主人公が交代していく体制であり、同じ主人公が一貫して登場することはなく、登場しない間隔も長期間であるゲームでカントー地方・ジョウト地方と全く繋がりのない第4章（ルビー・サファイア編）と第7章（ダイヤモンド・パール）などでは過去の主人公は回想シーンやシルエットを除いては一切登場しない。ただしルビー・サファイア・エメラルドは過去の主人公と対面している。。ホウエン地方・シンオウ地方・イッシュ地方・カロス地方・アローラ地方・ガラル地方のシリーズではゲーム本編も過去の地方との繋がりがないため、登場キャラクターが一新されている事が多くなった。ただし、基本的に内容はゲーム版の発売順に進行していくため、次章で連続して同じ主人公が登場する場合もある。
他のポケモンメディアミックス作品に比べるとドラマ性が重視されたシリアスな作風が特徴であり、ストーリーはゲーム版をベースにしながらもアレンジが加えられた独自の展開で進んでいく。特に第3章（金・銀・クリスタル編）以前では、一部のジムリーダーや四天王が悪役として登場する場合もあった。
ポケモンの技・特性・姿や、ゲーム内でのポケモン図鑑の説明文や小ネタなどの設定が何らかの形でストーリーや演出に組み込まれることが多い。また、『ポケモンレンジャー』のような本編以外の外伝作品や、アニメ版（特に劇場版）やポケモンカードゲームといったゲーム以外のメディアにおける設定が反映されることもある。
戦闘シーンでは、戦っている最中に相手が気付かない内に違う技を仕掛けたり、複数のポケモンの技を合体させ威力を高めるといったゲームでは決して出来ない戦い方も特徴の1つ。悪人に至っては敵トレーナーを直接攻撃する、モンスターボールの開閉スイッチを破壊し控えポケモンを出せなくするなど、より悪人らしく手段を選ばず襲撃することもある。 各話のタイトルは、一部第5章（ファイアレッド・リーフグリーン編）の全話、第12章（X・Y編）の先行版、一部の章の終盤。を除き全て「VS（ポケモンの名前）」例えば第1話は『VSミュウ』。となっており、第4章以降は別個にサブタイトルも設定されている。また、「全てのポケモンと技を登場させる」事を方針としており公式サイト「とうこう広場」Question No.71、第9章（ハートゴールド・ソウルシルバー編）完結時点で第四世代（『ポケットモンスターダイヤモンド・パール・プラチナ』『ポケットモンスター ハートゴールド・ソウルシルバー』）までに登場したポケモンと技は名前のみ登場の「わるあがき」を除き全て登場済みである。
連載に関する事項 作画担当者交代 第3章（金・銀・クリスタル編）連載途中の2000年後半、作画担当の真斗が体調を崩しより（2011年2月19日発言）。休載が増加より（2011年2月20日発言）。。最終的に本人の申し出により降板となりより（2011年2月19日発言）。、物語上ではそれまでの主人公であるゴールドとシルバーが「行方不明」という形で一旦退場となった。代理原稿として『小学六年生』2月号では10ページの特集記事がより（2011年2月23日発言）。、『小学四年生』・『小学五年生』・『小学六年生』の3月号にはお詫びを知らせる1ページの記事が掲載されたより（2011年2月23日発言）。。編集部の間では心機一転の意もあって、日下と新しい作画担当者の手で「本作とは別の新しいポケモン漫画」を連載する案もあったが日下秀憲のツイートより（2011年2月21日発言）。、、日下の強い希望により「SPECIALのつづき」を連載することになったより（2011年2月21日発言）。。
新しい作画担当者は3組の候補から選考の末より（2011年2月28日発言）。、2000年末に山本サトシに決定しより（2011年2月17日発言）。、2001年度より新キャラクターのクリスタルへ主人公を交代した『クリスタル編』の連載が開始。連載が軌道にのるにつれて、徐々に2000年度までの『金・銀編』の内容や布石に合流させていきより（2011年2月21日発言）。、最終的に『金・銀・クリスタル編』という一貫したストーリーになった。
この影響もあって、第3章の単行本化は7巻（第2章完結分）発売から1年以上経過した後に8・9・10巻同時発売という形で開始され、山本担当分は10巻からの収録とすることで区切りがつけられた。なお、作画交代の直後はクリスタル以外の当時の図鑑所有者の素顔が見えないように描かれていた。
山本担当後も、回想シーンで真斗が担当していた時代のシーンが載ることもある。 単行本発売のペース 本作品は単行本の発売が不定期になりやすい。これは、章が変わっても巻数が継続する仕様上、単行本において古い章が完結するまでは新しい章の単行本化が行われないためである。
章ごとに違う雑誌で並行連載が行われている場合、主要な連載誌である月刊誌では、ゲーム本編の最新作に合わせた新しい章の連載が優先して行われる。一方の古い章は、不定期刊行雑誌で連載される場合もあるが、それさえも新しい章の連載が優先されて、完結しないまま連載停止になってしまうことも少なくない。その結果、章の終盤に差し掛かるとストック切れが深刻になり、残りのストーリーは単行本へ直接の描き下ろしを余儀なくされるため、単行本の刊行ペースは鈍化する。その為、連載誌と単行本では大幅に台詞や展開が異なる場合も存在する。
一方の新しい章は、単行本において古い章が完結するまでは、単行本化ができないままひたすらストックを増やしていくことになり、最終的に単行本化が実現するのは、連載開始から2年近く経った後になることも多い。逆にひとたび単行本化が可能になれば、それまでに溜まった膨大なストックを一気に消費できるため、数か月連続で刊行されることもある。
このことは以下のような事情にも発展した。特に第7 - 9章は掲載誌の休刊や第10章の開始でペースが複雑化している。
第6章（エメラルド編）描き下ろしの事情 第6章は中盤以降から、連載を学年誌から『ポケモンワンダーランド』に移行したが、同誌は不定期刊行であったため、2007年7月14日のvol.9発売から2008年10月18日のvol.10発売まで、1年3ヵ月の期間を要した。その影響で単行本化が出来ず、『ポケモンワンダーランド』での連載は当初vol.11まで行う予定だったが、それをvol.10で打ち切り、残りの部分は29巻に直接描き下ろされた。そのため28巻が発売されてから29巻が発売されるまで約1年かかることになり、第7章（ダイヤモンド・パール編）の単行本への収録は、第7章（ダイヤモンド・パール編）連載開始から約2年が経過した2008年12月発売の30巻からとなった。 学年誌の休刊に伴う連載雑誌変更および連載停止事情 2009年度をもって『小学五年生』と『小学六年生』が休刊となったため、第7章と第8章（プラチナ編）が連載停止。2010年度からは『コロコロイチバン!』と『ポケモンファン』に移行し、既存の『小学四年生』を含めた3誌とも、新たに第9章の連載を開始したが、同年9月より第10章（ブラック・ホワイト編）に順次移行した。そのため第7章・第8章・第9章が停止状態となった。この結果、これらの章の終盤は単行本描き下ろしの割合が非常に多くなり、第8章完結分が収録された40巻に至っては全ページ描き下ろしとなった。 さらに2011年度をもって『小学四年生』が休刊になったため、3誌縦断連載というスタイルが維持できなくなり、2012年度からは『コロコロイチバン!』と『ポケモンファン』の2誌のみでの縦断連載へ変更。その為、第12章（X・Y編）に順次移行し、第11章（ブラック2・ホワイト2編）は連載数僅か6回で連載休止。加えて『ポケモンファン』は不定期発売のため、連載ペースは過去に比べると大幅に低下、その後『ポケモンファン』上での連載も中止された。 2015年からは学年誌の代わりにWebサイト『クラブサンデー』にて第13章（オメガルビー・アルファサファイア編）が連載開始され、休止となっていた第11章も第13章完結後に後継として『サンデーうぇぶり』で再開された。 2025年からは『コロコロイチバン』での連載を終了し、週刊コロコロコミックでのWeb連載に移行。 第12章（X・Y編）より先行単行本化（2ライン化）の開始以下の内容は、公式サイト内の『X・Y編コミックス化に際して』を出典とする。 以上のような事例を重ねた結果、第12章は単行本1冊分のストックが溜まり次第、第11章（ブラック2・ホワイト2編）の単行本化に先駆けて『ポケットモンスターSPECIAL X・Y』のタイトルで、従来とは別の巻数による単行本を発売するようになった。 ただし、これはあくまで「『コロコロイチバン!』の読者をメインターゲットにした先行単行本化」そのため、第12章の先行版は『コロコロイチバン!』連載分のみ収録しており、『ポケモンファン』連載分は通巻版のみの収録となる。という形であり、これまでの巻数がリセットされたわけではない。従来の販売フォーマットも「通巻版」として継続し、第12章の通巻版は従来通り前章（第11章）が単行本上で完結した後のリリースを予定している。第13章（オメガルビー・アルファサファイア編）以降も同様の2ライン体制を採用しており、『ポケットモンスターSPECIAL オメガルビー・アルファサファイア』などといったタイトルで、通巻版に先駆けて先行版を別途発売している。 なお、この先行版は収録内容に加えてレーベルや判型も通巻版と異なっており、通巻版が「てんとう虫コミックススペシャル」（B6サイズ）であるのに対し、先行版は「てんとう虫コロコロコミックス」や「てんとう虫コミックス」（いずれもB40（新書判）サイズ）となっている。
翻訳版 公式に翻訳版が発売されているのは、北アメリカなどの英語圏のほか、シンガポール・マレーシア・タイ・ベトナム・中国・台湾・香港・韓国といったアジア、またイタリア・フランス・ドイツ・スペイン・フィンランド・ポーランド・ギリシャなどの欧州、メキシコ・ブラジル・アルゼンチンなどの中南米を含め、20か国以上である。
日本では『ポケットモンスター 赤・緑』が発売された後に『ポケットモンスター青』が発売されたのに対して、国外では日本版の『緑』にあたるものが『Blue（青）』として発売され、『Green（緑）』という名前のバージョンは発売されなかった（ただしリメイク版は海外版も『ファイアレッド（FireRed）』・『リーフグリーン（LeafGreen）』として発売されている）ため、日本版のグリーンは海外版ではブルーに、日本版のブルーは海外版ではグリーンという名前になっている公式サイト「とうこう広場」Question No.25。
中国語版では『神奇寶貝特別篇（台青文版）/寵物小精靈特別篇（港青文版）/精灵宝可梦特别篇（吉林版）』というタイトルで図鑑所有者の名前はそれぞれ種類が異なり（青文版）、レッドとグリーンは中国語では「小智（サトシ)」・「小茂(シゲル)」というデフォルト名であり、ブルー・ゴールド・シルバー・ラクツ・ファイツ・そうど（創人）は「小藍」・「阿金」・「阿銀」・「黑次」・「白慈」・「創人」という外来語の中国語読み、イエロー・クリスタル・ルビー・サファイア・エメラルド・ダイヤモンド・パール・プラチナ・ブラック・ホワイト・エックス・ワイ・サン・ムーン・シルドミリア（しーちゃん）は「小洛」・「克麗絲塔兒」・「路比」・「莎菲雅」・「米拉特」・「戴亞蒙德」・「帕爾」・「普蘭汀娜」・「布萊克」・「懷特」・「艾克斯」・「華依」・「桑恩」・「暮恩」・「希露朵米莉雅（小希）」という外来語の当て字読みである。
日本の漫画が大人気の欧米では、ゲーム版の人気がピークの内に漫画版を販売したかったため、第10章（ブラック・ホワイト編）が英語とフランス語に翻訳されて、日本に先駆けて単行本が発売された。このため、海外では章によっては別の巻数で発売されている。アメリカ版は、ニコロデオンマガジンまんが賞の「Favorite Manga Series」（1番好きな漫画賞）を受賞した。
補足 過去に2度、限定版が出版されている。連載10周年記念として2007年8月に発売された27巻限定版（10万部限定）には、特製アートボードが付属。節目となる50巻目を迎えたことを記念して2014年3月に発売された50巻限定版には、64ページのカラーイラスト集が付属した。いずれも値段は通常版よりやや高め。
2013年に刊行されたムック本『ポケモン・ザ・コミック』（）に、描き下ろしとして『シロガネ山修行編』が掲載された。主役は単行本累計発行部数1000万部突破記念の人気投票で1位になったレッドとピカ（ピカチュウ）。時系列は第3章から第5章までの間であり、第6章や第9章では当該エピソードの出来事について触れられているが、現時点で単行本未収録。
教育出版から発行されている小学5年生向けの国語の教科書（2002年度版以降）の漫画の表現方法について解説している単元に、本作の1巻の一部が掲載されている公式サイト「とうこう広場」Question No.20。
東京書籍から発行されている中学2年生向けの英語の教科書の異文化交流を行う設定の単元に、日本の漫画文化の代表例の一つとして本作の1巻の表紙が載っていたが、2009年度版以降の版では別の漫画に差し換わっている。
ダ・ヴィンチが2012年に調査した「アニメ化してほしい小説・コミック」では3位にランクインしたアニメ化してほしい小説・コミック 1位に西尾維新「戯言シリーズ」 | ダ・ヴィンチ電子ナビ。
各章の概要・あらすじ 現在までに計16章（第15章まで完結済）が発表されており、以下の通りに構成されている。
章 タイトル 連載媒体 話数単行本で描き下ろしの追加や構成の変更などが行われる場合があるため、連載回数と話数は必ずしも合致しない。 通算話数 通巻版 先行版 第1章 赤・緑・青編 小学四年生-六年生1997年4月号 - 1999年12月号Chu’net 99年春号 全40話 第1 - 40話 1 - 3巻 未発売 第2章 イエロー編 全50話 第41 - 90話 4 - 7巻 第3章 金・銀・クリスタル編 小学四年生2000年1月号 - 2003年1月号小学五年生2000年1月号 - 2003年3月号小学六年生2000年1月号 - 2003年2・3合併号 全90話 第91 - 180話 8 - 15巻 第4章 ルビー・サファイア編 小学四年生2003年2月号 - 2005年3月号小学五年生2003年4月号 - 2006年3月号小学六年生2003年4月号 - 2004年10月号、2006年4月号 - 9月号小学三年生2003年5月号 - 7月号 全87話 第181 - 267話 15 - 22巻 第5章 ファイアレッド・リーフグリーン編 小学三年生2004年4月号 - 2005年3月号→小学四年生2005年4月号 - 2006年3月号→小学五年生2006年4月号 - 2007年3月号→小学六年生2007年4月号 全35話 第268 - 302話 22 - 26巻 第6章 エメラルド編 小学三年生2005年4月号 - 2006年3月号→小学四年生2006年4月号 - 2007年3月号ポケモンワンダーランドvol.9・vol.10 全35話 第303 - 337話 26 - 29巻 第7章 ダイヤモンド・パール編 小学三年生2006年12月号 - 2007年3月号小学四年生2007年4月号 - 2009年3月号小学五年生2007年4月号 - 2010年3月号小学六年生2007年4月号 - 2010年2・3合併号 全79話 第338 - 416話 30 - 38巻 第8章 プラチナ編 小学四年生2009年4月号 - 2010年3月号ポケモンファン第13号（vol.13） 全25話 第417 - 441話 38 - 40巻 第9章 ハートゴールド・ソウルシルバー編 小学四年生2010年4月号 - 12月号コロコロイチバン!新4号 - 新7号（2010年1月号 - 4月号）ポケモンファン第12号（vol.12） 全19話 第442 - 460話 41 - 43巻 第10章 ブラック・ホワイト編 小学四年生2010年12月号 - 2012年3月号コロコロイチバン!新8号 - 新37号（2010年5月号 - 2013年8月号）ポケモンファン第14号 - 第30号（vol.14 - 30） 全64話 第461 - 524話 43 - 51巻 第11章 ブラック2・ホワイト2編 コロコロイチバン!新38号 - 新40号（2013年9月号 - 11月号）ポケモンファン第25号・第31号・第32号（vol.25・31・32）サンデーうぇぶり2016年11月22日更新分 - 2020年4月17日更新分 全24話 第525 - 548話 52 - 55巻 第12章 X・Y編 コロコロイチバン!新41号（2013年12月号） - 2017年1月号ポケモンファン第33号 - 第39号（vol.33 - 39） 全47話先行版では全39話。 第549 - 595話 55 - 62巻 全6巻 第13章 オメガルビー・アルファサファイア編 クラブサンデー2015年1月6日更新分 - 2016年7月5日更新分サンデーうぇぶり2016年8月2日更新分 - 2016年9月6日更新分 全23話（連載回数） 第596話 - 62 - 65巻（予定） 全3巻 第14章 サン・ムーン・ウルトラサン・ウルトラムーン編 コロコロイチバン!2017年1月号 - 2020年1月号 全37話（連載回数） 65巻（予定） - 全6巻 第15章 ソード・シールド編 コロコロイチバン!2020年1月号 - 2023年8月号 全43話（連載回数） 全7巻 第16章 スカーレット・バイオレット編 コロコロイチバン!2023年10月号 - 2025年4月号、週刊コロコロコミック 既刊4巻
各章は全て同一世界観となっており、時系列は第1章→第2章→第3章→第4章→第5章→第6章→第9章→第13章→第7章→第8章→第10章→第11章の順。地方間の年単位での時系列が判明しているのはカントー・ジョウト・ホウエンを舞台とする章だけで、それ以外の地方同士における時系列上の正確な互換性は現時点で明らかにされていない。第12章は少なくとも第13章より後、第11章より前の時系列、第14章と第15章は少なくとも第12章より後の時系列だが前章から具体的にどれだけ時間が経過しているかは不明となっている。話数は第1章から通し番号になっている。
第1章/赤・緑・青編 ポケットモンスターSPECIALの最初の物語。ゲーム『ポケットモンスター 赤・緑・青』をモチーフにした章。主な舞台はカントー地方。 あらすじ カントー地方の小さな町・マサラタウンにいる少年レッドは町内では有名な腕利きのポケモントレーナー。 ある日、レッドは森で何かを捜索している様子の黒ずくめの男たちと遭遇する。そこで「西の森に幻のポケモンがいる」という情報を入手した彼は単身で西の森へ向かう。レッドがそこで見たのは、自分と同い年の少年・グリーンが光り輝く謎のポケモン（ミュウ）と戦闘している様子だった。レッドはグリーンに加勢し、ニョロゾを戦闘に参加させるが、その謎のポケモンの一撃を受けて倒されてしまう。 落胆した彼は「強いポケモントレーナーになる方法」を聞くためにオーキド博士の元へ向かう。そこで彼はオーキド博士に「フシギダネ」というポケモンとポケモンの生態を記録する装置「ポケモン図鑑」を譲り受け、“究極のポケモントレーナー”を目指し長い旅に出る。 謎の少女・ブルーやジムリーダーたちとの出会いを通じトレーナーとして成長を続けるレッドはやがてカントー地方全土で暗躍するロケット団の陰謀に立ち向かっていく。
第2章/イエロー編 ゲーム『ポケットモンスター 赤・緑・青・ピカチュウ』をモチーフにした第1章の続編となる章。主な舞台はカントー地方とスオウ島。 あらすじ ロケット団とのシルフカンパニーの戦いから2年の歳月が流れた。レッドはポケモンリーグの優勝者として挑戦者の相手を続け、ブルー・グリーンもそれぞれの目標に向かいマサラタウンを離れていた。ある時、マサラタウンへと帰郷したレッドは新たな挑戦状を受け取り、その挑戦を受けにマサラタウンを後にする。 その後、レッドからの音沙汰はないまま1ヵ月後、オーキド博士の元にやってきたのは傷つき瀕死の状態になったレッドのピカであった。ただならぬ雰囲気を感じた博士の前に現れたのはドードーに乗った麦わら帽子を被った謎の子供・イエローであった。 「レッドの知り合い」だというその子供に戸惑い・不審を感じるオーキド博士だったが、イエローの持つポケモンへの並外れた優しさと気難しい筈のピカが主人（おや）ではないイエローに懐く様子を見た博士はイエローにレッドの捜索を依頼し、レッドのポケモン図鑑とピカを託す。 こうしてイエローはレッドを探すため旅に出るが、ポケモンが人間に害されない世界を作ろうとするカントー四天王との戦いに巻き込まれていく。
第3章/金・銀・クリスタル編 ゲーム『ポケットモンスター 金・銀・クリスタル』をモチーフにした章。主な舞台はジョウト地方。
名目上の主人公はゴールドとなっているが、前述の作画交代から一時はクリスタルが主人公として描かれており、連載時にはそれに伴い一時期「ポケットモンスター☆SPECIAL クリスタル(crystal)」というタイトルになっていた。ゴールド合流後の後半においても、各話でスポットが当てられる人物が目まぐるしく変わる。
あらすじ カントー四天王事件から1年後。ジョウト地方・ワカバタウンに住む少年・ゴールドは近所では有名な「ポケモン屋敷の坊」であり、近所の人気者でもあった。 ある夜、ゴールドはひょんなことからたんぱんこぞうのゴロウと出会う。オーキド博士から言い付かってウツギ博士に荷物を届けに行く途中だというゴロウの話を聞いたゴールドは、オーキド博士とラジオで共演している憧れのアイドル・クルミちゃんのサイン目当てにゴロウが荷物を届けオーキド博士の所に戻るまでの道中に強引に同行することを決める。 ところが道中でゴールドのリュックと、中に入っていたポケモンが何者か（ロケット団残党）に盗まれてしまう。犯人はウツギ博士へ届ける荷物と間違えてゴールドのリュックを盗んだのではないかと推測したゴールド達は犯人が次にウツギ博士のところに向かうと予想し、ウツギ博士の研究所へと向かう。研究所に到着したゴールドが遭遇したのは赤色の髪をしたゴールドと同年代の少年だった。その少年がウツギ博士が研究中の3匹のポケモンの中の1匹・ワニノコを盗み出した事を知ったゴールドは、ワニノコとリュックを取り返すために、3匹の中のもう1匹・ヒノアラシと共に少年と戦うも少年には逃げられ、リュックを取り返すことも出来なかった。この事件は警察には任せておけないと感じたゴールドは自分の手で少年を捕まえることを決める。 その夜、ゴールドはオーキド博士と出会う。オーキド博士が偶然見つけてくれた自身のリュックに喜ぶゴールド。しかし、あの赤髪の少年が“ポケモン図鑑”を盗んだことを知ると少年に対抗するために自分もポケモン図鑑が欲しい、とオーキド博士に頼み込む。最初は断られたがゴールドの熱意がオーキド博士の心を動かし、ポケモン図鑑を譲り受ける。ゴールドはリュックのポケモンをゴロウに任せ、新たな相棒・ヒノアラシの「バクたろう」とともに赤髪の少年・シルバーを追って冒険へと出発する。 シルバーとの共闘や捕獲の専門家クリスタルとの出会いを経たゴールドは復活したロケット団残党を影から操る「仮面の男」に挑む。
第4章/ルビー・サファイア編 ゲーム『ポケットモンスター ルビー・サファイア』をモチーフにした章。主な舞台はホウエン地方。
連載時に「ルビー・サファイア・エメラルド編」と書かれていた時期があったが正式には、ルビー・サファイア編。従来の「人とポケモンとの交流」よりも人間同士のドラマが主体となって描かれている(以降この主体が強く現れてくる)。
4年間に渡って連載され、ゲーム『ポケットモンスター ファイアレッド・リーフグリーン』・『ポケットモンスター エメラルド』はおろか、『ポケットモンスター ダイヤモンド・パール』発売直前まで連載が続いていたため、後の第5章・第6章・第7章の連載や単行本化に大きく影響を与えた。
また、本章の後半から山本独自の絵柄に変化していった。 あらすじ