この項では、樺太（サハリン島）の淡水魚について記す。
記号 【日】…日本にも生息する種(通し回遊魚の場合は領海内を含む)
分類
ヤツメウナギ目
ヤツメウナギ科
シベリアヤツメ【日】 Lethenteron kessleri カワヤツメ【日】 Lethenteron camtschaticum
チョウザメ目
チョウザメ科
ミカドチョウザメ Acipenser mikadoi アムールチョウザメ Acipenser schrenckii ダウリアチョウザメ Huso dauricus
ウナギ目
ウナギ科
ニホンウナギ【日】 Anguilla japonica
カワカマス目
カワカマス科
カワカマス Esox reichertii
サケ目
サケ科
サケ亜科
コクチマス Brachymystax lenok イトウ【日】 Parahucho perryi
カラフトマス【日】Oncorhynchus gorbuscha サケ【日】 Oncorhynchus keta ギンザケ【日】 Oncorhynchus kisutch サクラマス・ヤマメ【日】 Oncorhynchus masou ニジマス【日】 Oncorhynchus mykiss ベニザケ・ヒメマス【日】 Oncorhynchus nerka マスノスケ【日】 Oncorhynchus tshawytscha アメマス【日】 Salvelinus leucomaenis オショロコマ【日】 Salvelinus malma
シロマス亜科
ウスリーシロマス Coregonus ussuriensis
カワヒメマス亜科
キタカワヒメマス Thymallus arcticus
キュウリウオ目
キュウリウオ科
キュウリウオ亜科
キュウリウオ【日】 Osmerus mordax dentex
ワカサギ亜科
ワカサギ【日】 Hypomesus nipponensis イシカリワカサギ【日】 Hypomesus olidus
コイ目
コイ科
コイ亜科
フナの一種 Carassius sp. コイ【日】 Cyprinus carpio
タナゴ亜科
ノコタナゴ Rhodeus sericeus
カマツカ亜科
ウスリースナモグリ Gobio soldatovi コウライニゴイ Hemibarbus labeo
ウグイ亜科
キタノウグイ Leuciscus waleckii ヒメハヤ Phoxinus phoxinus ジュウサンウグイ【日】 Pseudaspius brandtii brandtii ウグイ【日】 Pseudaspius hakonensis マンシュウウオ Pseudaspius leptocephalus
エゾウグイ【日】 Pseudaspius sachalinensis アブラハヤ【日】 Rhynchocypris lagowskii steindachneri ダルマハヤ Rhynchocypris percnurus mantschuricus ヤチウグイ【日】 Rhynchocypris percnurus sachalinensis
クセノキプリス亜科
ボウウオ Elopichthys bambusa
ドジョウ科
ルーサーシマドジョウ Cobitis lutheri ドジョウ【日】 Misgurnus anguillicaudatus
フクドジョウ科
フクドジョウ【日】 Barbatula oreas エゾホトケドジョウ【日】 Lefua nikkonis
ナマズ目
ナマズ科
ナマズ【日】 Silurus asotus
ボラ目
ボラ科
ボラ【日】 Mugil cephalus メナダ【日】 Planiliza haematocheila
トゲウオ目
トゲウオ科
イトヨ【日】 Gasterosteus aculeatus ニホンイトヨ【日】 Gasterosteus nipponicus トミヨ属汽水型【日】 Pungitius pungitius トミヨ属淡水型【日】 Pungitius sinensis エゾトミヨ【日】 Pungitius tymensis
タラ目
カワメンタイ科
カワメンタイ Lota lota
スズキ目
カジカ科
エゾハナカジカ【日】Cephalocottus amblystomopsis ハナカジカ【日】 Cephalocottus nozawae ハリダシカジカ Mesocottus haitej