明智 光秀（あけち みつひで）は、戦国時代から、安土桃山時代にかけての武将、大名。明智氏は第56代清和天皇を祖とする清和源氏頼光流多田源氏の一流土岐氏の流れを汲む一族であるが、光秀が同明智氏出身かは不明。
通説では美濃国の明智氏の支流の人物で、俗に美濃の明智荘の明智城の出身と言われているが、他の説もある明智光秀はいつ生まれたのかもわからない、謎の男だった。越前国の一乗谷に本拠を持つ朝倉義景を頼り、長崎称念寺の門前に十年ほど暮らし、このころに医学の知識を身に付ける一次資料があり、2014年に熊本県で新たに発見された『針薬方』（しんやくほう）という医学書に「明智十兵衛（光秀）」の名があり、そこで解説されているセイソ散が「越州朝倉家之薬」つまり朝倉家の傷薬であると書いてあり、医学書の奥書には「明智十兵衛（光秀）が近江国高嶋郡の田中城（滋賀県高島市）に籠城したときの医薬の秘伝をまとめたもの」と明記されている。。その後、足利義昭に仕え、さらに織田信長に仕えるようになった。元亀2年（1571年）の比叡山焼き討ちへ貢献し、坂本城の城主となる。天正元年（1573年）の一乗谷攻略や丹波攻略にも貢献した。
天正10年（1582年）、京都の本能寺で織田信長を討ち、その息子信忠も二条新御所で自刃に追いやり（本能寺の変）、信長親子による政権に幕を引いた。その後、自らも織田信孝・羽柴秀吉らに敗れて討ち取られた（山崎の戦い）。
生涯 出自・生年・出身地 『続群書類従』所収「明智系図」や『美濃国諸旧記』などでは、清和源氏の土岐氏支流である明智氏に生まれたとされるが、一次史料はない。その上、足利義昭が越前国に滞在している頃には、足利義輝期に創設された足軽衆（将軍直臣ではない者で構成された）に属していたことから、少なくとも足軽衆より格上である奉公衆に名を連ねた土岐氏流明智氏の本流出身ではないことは明らかである。しかし、細川家の宿老クラスだった薬師寺たちが、足軽衆に編制されていた以上、光秀が足軽衆に繰り入れられていたのも、当時の身分編制からすれば、おかしなことではない。父は江戸時代の諸系図などでは明智光綱上田正昭、津田秀夫、永原慶二、藤井松一、藤原彰『コンサイス日本人名事典 第5版』三省堂、2009年、20頁。・明智光国・明智光隆などと記載されるが、一次史料からは土岐明智氏嫡系の人物に「光」の字を有している者がいないため、江戸時代の創作であると考えられる。小林正信は、光秀の父とされる人物を史料上から見出すことはできない、と述べている。そのため、低い身分の土岐支流ともいわれている。小和田哲男は、光秀の父である人物が何度も変名したとすれば問題はないのかもしれないが疑問が残るとし、谷口研語は明智氏の系図は南北朝時代の時点ですでに錯綜しており、現存の系図はほとんど信用できないとしている小和田哲男『明智光秀・秀満』（ミネルヴァ書房、2019年）。ただし、光秀と同年代に生きた立入隆佐が天正7年（1579年）頃に記した『立入左京亮入道隆佐記』には「美濃国住人ときの随分衆也」とあり、周囲の人間から土岐氏と関連した人物であると認識されていたことも事実である。
林則夫氏所蔵「明智光秀公家譜古文書」や「明智氏一族宮城家相伝系図書」などでは、明智光綱には実子がおらず、妹が嫁いでいた山岸信周（進士信周）の子（後の光秀）を養子としたとしている。
光秀は自身の出自に関する証言をほとんど残していないが、『多聞院日記』天正10年（1582年）6月17日条やルイス・フロイスの『日本史』には、義昭の御供衆であった細川藤孝に仕えていたことが記されている。また、『松雲公採集遺編類纂』所収の「戒和上昔今禄」という記録には、天正5年（1577年）に発生した興福寺と東大寺の相論の奉行を務めた光秀が「我、先祖致忠節故、過分ニ所知被下シ尊氏御判御直書等所持スレトモ」と発言したことが記されている。この記述に従えば、光秀の祖先が足利尊氏に仕えてその書状を光秀が持っていたということになる。つまり、光秀の家は、当初は室町幕府御家人に連なる方向にあったが、その後、守護土岐氏に仕える被官になっていった、土岐明智氏の傍流であったととらえた方がよい。明智氏初代の明智頼重は足利尊氏・足利義詮・足利義満の足利将軍家に仕えたとされる。
『尊卑分脈』には「光」の字を持つ明智（明地、明知）氏は、明地光高、明知光重、明地光兼など複数人が確認できるが、光秀とそれらの人物との関係を検討してみる必要があるように思われる。
光秀は将軍・足利義昭上洛早々の永禄11年（1568年）11月15日、近衛稙家の子で聖護院門跡の道澄、公家の飛鳥井雅淳、連歌の宗匠・紹巴ら錚々たる人々が出座した格式高い連歌の席に、弘治年間（1555年-1558年）からしばしば連歌会に名を連ね、一流文化人と認められていた細川藤孝に伴われて同座している。このような格式高い連歌会に同座できたことから、光秀が無名時代に相当高いレベルの連歌の素養を身に付けていたこと、および将軍・足利義尚、将軍・足利義材、将軍・足利義澄直臣の奉公衆であり、寛正3年（1462年）に頼宣の名で細川勝元と連歌に同座して以来、細川管領家が毎年催した細川千句に参加するなど、連歌を通じて幕府・朝廷・連歌界に幅広い人脈を有し、武家でありながら、延徳元年（1489年）12月に宗祇から連歌宗匠の後任に推薦され、明応4年（1495年）1月6日の『新撰菟玖波祈念百韻』に出座し、『新撰菟玖波集』に9句入集を果たした、当時の連歌界の超有名人である明智玄宣（光高）の曾孫（光秀の父明智光兼、祖父明智光重）の可能性が指摘されている明智憲三郎『光秀からの遺言』河出書房新社2018年。小和田哲男は、細川藤孝が足利義昭の越前滞在中に、「もしや奉公衆の明智の一族か」と光秀に接近し、光秀が藤孝の手足となって義昭の上洛を手助けしたのではないかと考えている小和田哲男『明智光秀・秀満』ミネルヴァ書房pp.81-82。
応仁の乱では、玄宣は幕府奉公衆として東軍に属したが、玄宣の叔父の明智頼弘は西軍に与せず美濃に帰って領地を守った。また、美濃守護の土岐成頼は西軍の主力として戦い、応仁の乱後は、西軍の担いだ足利義視・義材父子を文明9年（1477年）から延徳元年（1489年）までの12年間美濃に保護したので、玄宣と成頼や義材との関係は良好でなかったと推測される。玄宣の系統は土岐明智氏の嫡流であったが、内部抗争が起こり、明応4年（1495年）に将軍・足利義高（後に義澄）の裁定により、従兄弟の頼定と美濃の知行が折半となった。文亀2年（1502年）、頼定の子・頼尚が知行の大部分を支配してその正当性を主張し、嫡男の頼典を義絶して頼明に家督を譲った。玄宣の系統はその後没落した。『明智軍記』などによると、光秀は義絶された頼典の孫となっている。
当時の美濃国は守護・土岐政房の後継者争いが起こり、嫡男の頼武を守護代の斎藤利良が担ぎ、次男の頼芸を小守護代の長井長弘とその家臣の長井新左衛門尉（斎藤道三の父）が担いだため、戦となった。永正14年（1517年）12月、頼武派が勝利して、頼芸は尾張に逃れた。永正15年（1518年）8月、永正9年（1512年）に守護の土岐政房と対立して尾張に逃れていた前守護代の斎藤彦四郎が加勢して、頼芸は美濃に攻め入って勝利し、頼武は越前に逃れた。永正16年（1519年）、頼武は朝倉氏の援護を得て美濃に侵入し、美濃北半分を支配して守護となり、永正17年（1520年）に大桑城を築いた。大永5年（1525年）8月、頼武と頼芸の間で大乱が起こり、頼武は死亡したか、越前へ逃れたと見られる。大永9年（1526年）9月、玄宣の子で奉公衆の明智政宣が京から東国に赴いた。
生年 生年は信頼性の高い同時代史料からは判明せず、不詳である。ただし、後世の史料によるものとして、『明智軍記』などによる享禄元年（1528年）説、および『当代記』による永正13年（1516年）説の2説がある。また、近年その存在が広く紹介されるようになった津山藩森家の記録である『武家伝聞録』編者は津山藩士の木村昌明とされる。後に『森家先代実録』の原史料にもなった。 所収の「古今之武将他界之覚」（巻一）では享年七十と記されており、逆算すると永正10年（1513年）となる。また、江戸時代には大永6年（1526年）生まれとする説もあったという。一方、橋場日月は『兼見卿記』にある光秀の妹・妻木についての記述から、光秀の生年は大幅に遅い天文9年（1540年）以降と推定している（この場合、天文3年（1534年）生の織田信長より年下となる）。
生誕地、幼少期の土地 『明智軍記』によると、生地は美濃国の明智荘の明智城（現・岐阜県可児市）と言われる。少なくとも美濃国（岐阜県南部）周辺で生まれたのは事実とみられている。谷口研語によると、『続群書類従』本「明智系図」や「土岐文書」に見える明智氏の家系は、可児郡明智荘を伝領した形跡がなく谷口研吾『明智光秀』洋泉社2014年、p.22、戦国時代の可児郡明智壮に明智城があり、そこに土岐明智氏が拠っていたことを証明する確実な史料は、今のところ１点も発見されていない小和田哲男『明智光秀・秀満』ミネルヴァ書房p.14。光秀の父が土岐頼武に仕えたとしたら、光秀の生地は福光館（現・岐阜市福光東町）近傍か、玄宣の領地、おそらく頼尚所領譲状に半分知行と書かれた駄智村（現・土岐市駄知町）・細野村（現・土岐市鶴里町細野）ということになる。ただし、光秀が頼尚や玄宣などの奉公衆・明智氏とは別系統の明智氏出身であることが明らかになっているので、現在では可児郡明智荘（現・可児市瀬田）の明智城出身とする説が有力である。また、1525年に土岐頼武が敗れた際、光秀は越前国に逃れ、そこで幼少期を過ごした可能性が指摘されている。越前国における伝承によると、一乗谷周辺の栃泉町の小字「坊の城」は光秀が幼少期に母とともに居住した場所とされ、同町内の小字「西畦」では光秀が薪割りをしたとの伝承も残る新谷和之「越前国における明智光秀伝承の創出」『民俗文化』 (32) 2020年10月、pp.189-205。
このほかに、近江国出生説もある明智光秀、出生地の通説に異論 鍵を握る一族の口伝とは 来年大河ドラマで注目 2019年12月28日京都新聞(2018.12.28access)。江戸時代前期に刊行された『淡海温故録』には、光秀の2、3代前の祖先が土岐氏に背いて六角氏を頼り、近江国犬上郡で生まれ育ったと記述する。同郡の多賀町佐目（さめ）には「十兵衛屋敷跡」（十兵衛は光秀通称）と呼ばれてきた場所がある。光秀の初期活動は近江で確認され、多賀町説は簡単に除けられないと指摘されている千田嘉博『城郭考古学の冒険』幻冬舎新書、2021年 pp.136-138。岐阜県瑞浪市説や、後述する同県大垣市上石津町説を含めて、出生地とされる地域は6ヵ所ある多賀町説 井上優・滋賀県教育委員会文化財保護課主幹 【be report】明智光秀、出生地伝説が続々／産湯の井戸は4ヵ所も、深まる謎『朝日新聞』be（土曜日朝刊別刷り）2019年4月27日・4面、2019年6月17日閲覧。。
青年期 青年期の履歴は不明な点が多い。光秀は美濃国の守護・土岐氏の一族で、『明智軍記』によると、土岐氏に代わって美濃の国主となった斎藤道三に仕えるも、弘治2年（1556年）、道三・義龍の親子の争い（長良川の戦い）で道三方であったために義龍に明智城を攻められ、一族が離散したとされる。
一方で、年未詳8月22日付で前野丹後守に宛てた光秀書状に、「……仍次郎越州へ罷越候ニ付て、朝倉殿より被進候御状之通被仰下候、令畏存候、……然ニ越州御同心之筋目候之条、致満足候、……」とあり、次郎という人物が越前に行くことや朝倉氏がその人物に味方することについて書かれている。土岐家惣領は代々次郎を名乗っており、光秀は土岐頼純の側近として仕え、土岐頼芸・斎藤道三と対峙していたとされる。この光秀書状は天文13年（1544年）に年次比定されている。
天文4年（1535年）8月、頼純は朝倉氏と六角氏の支援を得て、頼芸を担ぐ道三と戦い敗れ、母の兄である朝倉孝景を頼って、越前へ逃れた。天文5年（1536年）9月にも、頼純は道三と戦った。天文6年（1537年）2月、頼芸・道三と頼純・朝倉氏・六角氏が和睦し、天文7年（1538年）8月、頼純は越前から美濃に帰国し、大桑城に入った。天文12年（1543年）末、頼純は道三と大桑で戦い敗れ、織田信秀を頼って尾張へ逃れた。天文13年（1544年）9月、朝倉氏・織田氏の支援を得て、朝倉軍とともに、美濃に攻め込んだが、道三に敗れ越前に逃れた。天文15年（1546年）、頼純は道三と和解し、美濃へ帰国し、道三の娘を娶った。天文16年（1547年）11月、頼純は24歳の若さで急死。道三による暗殺とみられている明智憲三郎『光秀からの遺言』河出書房新社、2018年。光秀は頼純の死後も美濃に留まったとみられ、『美濃明細記』には、弘治2年（1556年）の長良川の戦いで斎藤義龍軍に参陣した32人の土岐一族の武将の5番目に、明智十兵衛という名前がある伊東實臣・間宮宗好著、平塚正雄編纂『美濃明細記』一信社出版部、1932年、167頁。。
その後、光秀は越前国の朝倉義景を頼り、10年間仕え、長崎称念寺門前に居住していたとも言われる。『武家事紀』には「元濃州明智人也、朝倉義景家臣黒坂備中守所ニツカヘ、後細川藤孝ニ仕ユ、藤孝カ處ヲ出テ、直ニ将軍家義昭ニ奉公ノ列タリ」とあり山鹿素行『武家事紀』原書房、1982年、471-472頁。、黒坂備中守景久は舟寄城主で、舟寄城と称念寺は約500メートルの距離である。越前国に在住していた傍証は、越前地付きの武士の服部七兵衛尉宛の、天正元年8月22日（1573年9月18日）付け光秀書状がある。
光秀の躍進 2016年時点で判明している限りでは、「米田文書」（個人蔵）に含まれる『針薬方』が光秀の史料上の初見である。これは2014年に熊本藩細川家の家臣で医者だった米田貞能（米田求政）の、熊本市にある子孫の自宅で発見された医学書で、光秀自身が「高嶋田中籠城之時（高嶋田中城に籠城）」に語った内容を含んでいる沼田勘解由左衛門尉の所持本を、永禄9年10月20日（1566年12月1日）に近江坂本において米田貞能が作成した写本である。定説の元となった『明智軍記』には、永禄9年10月9日に光秀は越前から美濃の岐阜に来たと書かれているが、光秀は『針薬方』が書かれた永禄9年10月20日以前に、幕府方として、高嶋田中城に籠城したことになる。
その後の調査の結果、明智光秀が若き日に語った医学的知識を、人づてに聞いた米田によりまとめられたものだと推測されており、出産や刀傷の対処法など、当時としては高度な医学的知識に関する記述などが見られ、この古文書を一般公開した熊本県立美術館は、光秀が信長に仕える前は医者として生計を立てていた可能性があることを推測させる貴重な資料だとしている。
確定はできないものの、光秀の「高嶋田中籠城之時」は、永禄8年5月9日（1565年6月7日）に室町幕府第13代将軍・足利義輝が暗殺された（永禄の変）直後であると考えられるが、前述の朝倉義景仕官時代と重なる恐れがある。田中城は現在の滋賀県高島市安曇川町にあった湖西から越前方面へ向かう交通の要衝で、かねてからここを拠点に活動していたと見れば、後の元亀2年（1571年）に滋賀郡に領地を与えられるのも理解しやすくなる。
義昭は各地に檄文を発していたので、身を持て余していた人々が馳せ参じたかもしれず、光秀もその一人だったと考えられる。そして、琵琶湖の西部に位置する高嶋の地に軍事的緊張が高まった永禄9年8月から10月20日の間に、足利義昭方として、対三好軍戦の防御網の一角である高嶋田中城詰に参加し、その後家臣団の整備の際に足軽衆として正式に編入されたのだろう。
一方で、永禄9年に入り、江北の浅井長政は高島郡の山徒・土豪を引き入れるかたちで積極的に高島郡への進出を図った。長政は饗庭氏を中心とする山徒「三坊」（西林坊・定林坊・宝光坊）に、味方に付いたなら、保坂関所・万木の正覚寺跡・河上庄六代官のうち朽木殿分・善積庄八坂名を与えることを約束し、山徒千手坊には「河上六代官之内田中殿分」を与えると約束し、幕府御家人朽木・田中氏らの所領押領を図った。その後の在地の状況が具体的にどのようであったかは不明であるが西島太郎『戦国期室町幕府と在地領主』八木書店、2006年、179-180頁。、5月19日付けで義昭の申次を務めた奉公衆・曽我助乗宛ての光秀書状「高嶋之儀、饗庭三坊之城下迄令放火、敵城三ヶ所落去候て今日帰陣候、然処、従林方只今如此註進候、可然様御披露肝要候、………」があり、近江高嶋で饗庭三坊と呼ばれる西林坊・定林坊・宝光坊の城下に放火し、敵城三カ所を落としたこと、林方よりの注進を義昭に披露してほしいことが書かれている。この光秀書状は、元亀3年（1572年）に年次比定されているが、米田文書の再発見、「来迎寺文書」（4月18日付で長政が西林坊・定林坊・宝光坊の忠節を褒め、知行（朽木氏・田中氏の領地を含む）をあてがう旨の書状）などにより、文禄9年に年次比定されるべきであり、「高嶋田中籠城之時」の同年5月ごろまでに光秀は義昭に加勢していたと指摘されている。
足利義昭との関係 永禄8年（1565年）5月19日、三好三人衆や松永久秀らによって、兄の将軍足利義輝、母の慶寿院、弟の鹿苑寺の院主周暠を殺害され（永禄の変）、院内に幽閉されていた南都興福寺一条院門跡であった覚慶（足利義昭）は同年7月28日、大和国から脱出し、翌日近江国甲賀郡和田（現・滋賀県甲賀市）に到着して、和田惟政の屋形に入った。この脱出には、朝倉義景の働きかけもあった久野雅司『足利義昭』戒光祥出版、2015年、10-12頁。。その直後から義昭は織田信長を含む各地の武将に上洛と自身の将軍擁立を促し、和田惟政や細川藤孝が使者に立ち信長は了承したが、当時は美濃国平定前であった。義昭が幕府再興でもっとも期待をよせていたのは、織田信長と上杉謙信の二人であった。8月14日付で朝倉義景の重臣前波吉継が義昭を越前に迎える意思を表明した返書を和田惟政宛てに送っており、光秀が義景から派遣された可能性も考えられる。
同年11月、三好一門の内訌（三好三人衆対松永久秀）が起こり、戦火が畿内全域に広がると、同年12月21日、義昭は六角氏（六角義賢）の好意で同じ近江国内の野洲郡矢島（現・滋賀県守山市）の少林寺に移座し、翌年2月17日に還俗して義秋に改めた。
「米田文書」の『針薬方』には、「右一部、明智十兵衛尉高嶋田中籠城之時口伝也」という奥書を持つ沼田勘解左衛門尉の所持本を、米田貞能が近江坂本において写したとあり、光秀はこれが書かれた永禄9年10月20日以前に、義昭に加勢し、高嶋田中城に籠城した。
永禄9年（1566年）4月、義昭側が織田・斎藤両家の間に和睦を結ばせたので、信長は同年8月29日（1566年9月12日）に美濃の国境へ出兵したが、斎藤龍興によって撃退され、上洛は頓挫した。
同年8月3日、矢島を襲撃しようとした三好三人衆の兵を坂本で迎撃して、難を逃れ、また同年夏頃、六角氏が松永久秀を圧倒した三好三人衆と手を結んだため、同年8月29日夜半、義昭は妹婿である若狭国守護・武田義統の下に逃れたが、この頃武田氏の家中で騒擾が起き、攪乱していたため、越前の朝倉氏を頼り、同年9月8日、敦賀に至った。しばらくここで過ごした。
永禄10年（1567年）11月21日、朝倉氏の本拠地である一乗谷（現・福井県福井市）の安養寺に移座し、永禄11年4月15日に元服して義昭に改めた。足利幕府の役人名簿である『永禄六年諸役人附』の後半部の足軽衆に「明智」と書かれているが、外様衆に「織田尾張守信長」と「三好左京太夫義継」が書かれていることから、『永禄六年諸役人附』の後半部の作成時期は永禄10年2月から永禄11年5月が妥当とされており、義昭が越前にいる間に作成されたことになる。光秀は安養寺から3キロほど離れた東大味に居住していたとみられる。東大味から峠を一つ越えれば、一乗谷である。東大味から一乗谷へと続く峠越えの道は「大手道」と呼ばれ、一乗谷城下町に向う正面（表）の道であり、一乗谷から東大味を経て、越前国府（武生市・現越前市）そして京都へとつながる道である。
義昭が信長に不信を募らせて、いったん見切りをつけ、さらに各地に援助を求め朝倉義景を頼ったことから、光秀は義昭と接触を持つこととなった。しかし、義昭が上洛を期待しても義景は動かない。光秀は「義景は頼りにならないが、信長は頼りがいのある男だ」と信長を勧め、そこで義昭は永禄11年6月23日（1568年7月17日。『細川家記』）、斎藤氏から美濃を奪取した信長に対し、上洛して自分を征夷大将軍につけるよう、前回の破綻を踏まえて今回は光秀を通じて要請した。しかしながら、信長は永禄8年（1565年）に上洛の意志があることを表明しており、永禄9年以降、藤孝はしばしば義昭の上使として自ら尾張へ行っている谷口研吾『明智光秀』洋泉社2014年、p.36ため、この光秀のすすめによって藤孝が信長との交渉を始めたという『細川家記』の記述は疑わしい。2回目の使者も細川藤孝だが、信長への仲介者として光秀が史料にまとまった形で初めて登場する。この記事に「信長の室家に縁があってしきりに誘われたが大祿を与えようと言われたのでかえって躊躇している」と紹介している。光秀の叔母は斎藤道三の夫人であったとされ、信長の正室である濃姫（道三娘）が光秀の従兄妹であった可能性があり、その縁を頼ったとも指摘されている。また、従兄妹でなくても何らかの血縁があったと推定される。斎藤利治も末子（弟）で同様との指摘もある。
永禄11年7月頃、美濃国を併呑し、北伊勢を攻略した信長が義昭に「上洛戦のお供をしたい」と言上してきたので、義昭は越前を去り、同年7月22日、美濃国岐阜に到着した。
小和田哲男は、将軍・義輝の近臣の名を記録した『永禄六年諸役人附』「光源院殿御代当参衆并足軽以下衆覚」（『群書類従』収載）に見える足軽衆「明智」を光秀と解し、朝倉義景に仕えるまでの間、足軽大将として義輝に仕えていたとする。しかし『永禄六年諸役人附』は、記載された人名から前半の義輝期と後半の足利義昭の将軍任官前の二部に分かれ、「明智」の記載があるのは後半部であり、義昭時代から足軽衆として仕え高位ではなかったとも言われる。 この足軽衆とは雑兵ではなく、行列などの際に徒歩で従う侍のことであり、戦場で稀有の働きを期待された精鋭部隊の兵士という意味であり土山光仁『光秀を追う』岐阜新聞社、2020年、57-58頁。、将軍義輝の段階で創設され、出自は多士済々であるが、将軍直臣でない者たちで構成されていたとされる。これは末尾に名字だけで記載され、当時の義昭にとって光秀は取るに足りない存在だとうかがわせる。室町幕府では、土岐氏は三管領四職家に次ぎ諸家筆頭の高い家格で、十余支族も幕府奉公衆となり、土岐明智氏などは将軍家と結んで独自の地位を築いた。その奉公衆や外様衆などの高位に就いてきた「土岐明智氏」の家系に連なる者を、形式的な伝統を重んじ家格に配慮する義昭が、足軽衆に格下げして臣従させたことになり、「土岐明智氏」なのか疑問がもたれている。また、光秀を奉公衆「土岐明智氏」と直接結びつけた現存の系譜の信憑性に疑いを持って「土岐明智氏」が事実だとしても傍流出身であったとする説もある。しかも、光秀が幕府に仕えた頃には、所領を失って領主としての性質は持っておらず、越前の朝倉義景に属していたわけだから、奉公衆ではなく、足軽衆とする幕府の判断も妥当だろう。また、細川家の宿老クラスだった薬師寺たちが、足軽衆に編制されていた以上、「立入左京入道隆佐記」で美濃守護土岐氏の重臣の一人だったとされ、薬師寺たちと同様の立場だった光秀が足軽衆に繰り入れられていたのも、当時の身分編制からすれば、おかしなことではない。ただし、現在残されている番帳（『永禄六年諸役人附』）は原本とは見なされず、足軽衆「明智」は後世の追記と見る説もある。
小林正信は、永禄の変で父子とも死亡記録のある室町幕府奉公衆の実力者の進士晴舎の息子・進士藤延が生き残り、改名して明智光秀になり、光秀の妹・御ツマキは義輝の側室小侍従局、光慶は小侍従局が産んだ義輝の子である、と主張している。
細川藤孝と朝倉家との関係 本能寺の変後に、ルイス・フロイスの『日本史』や英俊の『多聞院日記』には、光秀は元は細川藤孝に仕える足軽・中間（主人の身のまわりの雑務に従事する武士の最下層）であったと記すが、これは両者の地位に大きな差があったということで、当時には何らかの上下関係があったと見てよい。そのほか、寛文4年（1664）に百歳で没した江村専齊という医者が語った話を聞き書きした『』にも、「光秀は初め藤孝の家臣だった」と書かれている。また、元禄9年（1696）に肥前平戸藩主・松浦鎮信が編纂した『武功雑記』にも、「明智は細川藤孝の家臣だった」と書かれている。
信長への仕官の初祿は『細川家記』では500貫文で朝倉家と同額としており、これは雑兵ら約百人を率いて馬に乗り10騎位で闘うの身分であり、通説となってきた。しかし、太田牛一の『太田牛一旧記』では、朝倉家で「奉公候ても無別条一僕の身上にて」と、特色の無い部下のいない従者1人だけの家臣だと記述している金子拓『『信長記』と信長・秀吉の時代』 P.214 収載『太田牛一旧記』P.310-312 勉誠出版 2012年。
足利義昭の家臣から織田信長の家臣へ 永禄11年9月26日（1568年10月16日）、義昭の上洛に加わる。
同年11月15日、近衛前久の弟で聖護院門跡の道澄が主催し、信長の右筆である明院良政を主賓にすえた連歌会で、道澄、雅淳、紹巴、昌叱、藤孝らと同座し、6句詠んだ『連歌総目録』明治書院、1997年、453頁。。
永禄12年1月5日（1569年1月21日）、三好三人衆が義昭宿所の本圀寺を急襲した（本圀寺の変）。防戦する義昭側に光秀もおり、『信長公記』への初登場となる。その翌月から文書発給に携わり始め、2月29日に光秀・村井貞勝・日乗上人連署で文書を発給している芝辻俊六『織田政権の形成と地域支配』戒光祥出版、2016年、176-180頁。。
同年4月頃から木下秀吉（後に羽柴へ改姓）、丹羽長秀、中川重政と共に織田信長支配下の京都と周辺の政務に当たり、事実上の京都奉行の職務を行う。秀吉・光秀の連署した賀茂荘中宛文書、秀吉・丹羽長秀・中川重政・光秀の連署した公家の立入左京亮宛文書、宇津右近大夫宛文書が発行されており、幕府奉公衆として署名したとみられる。
『言継卿記』には、永禄12年6月と7月に、信長方の朝山日乗と幕府方の光秀が対になって朝廷方と対応していることが書かれている。6月20日、言継が日乗を訪問し、東寺に関する依頼事項について質問したところ、「光秀に度々申し入れているが返事がない」と日乗が答えている。7月12日、言継は、日乗と光秀に立入左京亮に関する件を書状で申し入れている。元亀元年（1570）に年次比定されている4月10日付の『東寺百合文書』に、光秀が幕府の命と称して八幡宮山城下久世荘を押領しているのを止めさせるように東寺が要求した幕府宛の文書があるが、1年前の永禄12年4月の可能性が指摘されている。義昭は永禄12年1月の本圀寺の変で手柄を立てた光秀を早々に奉公衆に取り立て、下久世荘を給付した。これに対して東寺は幕府だけでなく、朝廷にも働きかけた明智憲三郎『完全版 本能寺の変』河出書房新社2019年、pp.73-77。
同年10月、信長と義昭が意見の食い違いで衝突して信長が突如として岐阜に戻る。
永禄13年（1570年）1月23日、信長が義昭に承認させた「五ヶ条の誓書」の宛名は、光秀と朝山日乗となっている。同日、信長名で「禁裏と将軍御用と天下静謐のために信長が上洛するので、共に礼を尽くすため上洛せよ」との触れが全国の大名に出される。同年2月30日には上洛した信長が光秀の邸宅を宿所としている。
同年1月26日、公家の山科言継は幕府奉公衆へ年頭の礼に回り、その中に光秀も含まれており、光秀はすでに幕府直参の奉公衆となっており、上京に住んでいた山科言継著、山田安栄ほか校『言継卿記』4、1915年、381頁。。
同年3月1日（1570年4月6日）、信長は将軍から離れた立場で正式に昇殿し、朝廷より天下静謐執行権を与えられる。