La cronometro femminile Junior dei Campionati europei di ciclismo su strada 2016, dodicesima edizione della prova, si disputò il 14 settembre 2016 su un percorso di 12,7 km, con partenza ed arrivo a Plumelec, in Francia. La medaglia d'oro fu appannaggio dell'italiana Lisa Morzenti, la quale completò il percorso con il tempo di 19'02"04, alla media di 40,035 km/h; argento andò all'altra italiana Alessia Vigilia e bronzo alla francese Juliette Labous.
Partenza con 41 cicliste, le quali tutte completarono la competizione.
Ordine d'arrivo (Top 10) CorridoreSquadraTempo1 Lisa MorzentiItalia19'02"042 Alessia VigiliaItaliaa 14"3 Juliette LabousFranciaa 22"4 Jessica RobertsG. Bretagnaa 42"5 Marija NovolodskajaRussiaa 44"6 Karlijn SwinkelsPaesi Bassis.t.7 Henrietta ColborneG. Bretagnaa 47"8 Anne-Sophie HarschLussemburgoa 51"9 Simone EgDanimarcaa 1'00"10 Christa RiffelGermaniaa 1'01"
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Categoria:Campionati europei di ciclismo su strada 2016