San Rafaelin kansallispuisto (Parque Nacional San Rafael) on luonnonsuojelualue Paraguayssa. Puisto sijaitsee maan kaakkoisosassa lähellä Paraná-jokea. Siihen kuuluu viimeisiä suojeltuja alueita Mata Atlântica -rannikkosademetsästä.
Kansallispuistossa on tavattu yli 400 lintulajia, joista monet ovat kotoperäisiä rannikkosademetsän lajeja. Tunnetuimpia lajeja ovat harpyija, viiniamatsoni ja tulipalokärki. Merkittäviä suurikokoisia nisäkkäitä ovat puuma, tapiiri, muurahaisarhu ja jaguaari. Kasvillisuuteen kuuluu yli 322 putkilokasvilajia.
Alue suojeltiin asetuksella vuonna 1992, mutta sen hallinnollinen asema on muuttunut useita kertoja. Suuri osa alueesta kuuluu edelleen yksityisille maanomistajille.
Lähteet
Luokka:Paraguayn kansallispuistot