Azerbaidžan oli suurimman osan 1900-lukua Neuvostoliiton hallinnassa. Kun Neuvostoliitto romahti vuonna 1991, Azerbaidžan itsenäistyi. Azerit ovat kielellisesti ja kulttuurillisesti turkkilaisia, ja heillä on rikas kulttuuriperintö, huolimatta pitkistä ajanjaksoista, jonka he ovat eläneet Persian tai Venäjän vallan alla. Nykyinen Azerbaidžanin alue on historiansa aikana altistunut lukuisille hyökkäyksille, muuttoliikkeille, sekä kulttuurisille ja poliittisille vaikutuksille. Suurimman osan historiastaan Azerbaidžanin alue on ollut persialaisten vaikutusvallan alla, mutta Persian valtakunnan taantuessa alue joutui Venäjän ylivallan alle 200 vuodeksi.
Rooman ja Persian vallan aika thumb|180px|right|Gobustanin kalliopiirroksia ajalta noin 10 000 eaa., osa Unescon maailmanperintökohdetta. thumb|upright=0.8|Momine-Khatunin mausoleumi Nahitševanissa. alt=Entrance of a large mausoleum|thumb|upright=0.8|Şirvanşahien mausoleumi Bakussa. Azerbaidžanin alue on sijainnut heimojen muuttoliikkeen ja sotaretkien risteyspisteenä, jolloin se on joutunut useiden vieraiden valloittajien vallan alle. Yhdeksännellä vuosisadalla eaa. puolipaimentolaiset skyytit asettuivat nykyisen Azerbaidžanin alueelle. Sata vuotta myöhemmin meedialaiset, jotka olivat etnisesti sukua persialaisille, perustivat imperiumin, johon nykyinen Azerbaidžanin eteläosa kuului. Kuudennella vuosisadalla eaa. persialainen Akhaimedinien hallitsija Kyyros Suuri valtasi Azerbaidžanin länsiosan. Vuonna 330 Aleksanteri Suuri alisti koko Akhaimenidien valtakunnan valtansa alle, ja jätti persialaiset satraapit hallitsemaan aluetta. Erään kertomuksen mukaan Atropates, Aleksanterin komennossa oleva persialainen kenraali, jonka nimi tarkoittaa tulelta suojattua, lainasi alueelle nimensä, kun Aleksanteri teki hänestä alueen kuvernöörin.
Ensimmäisen ja kolmannen vuosisadan eaa. välisenä aikana Rooman valtakunta valtasi nykyisen Azerbaidžanin alueen skyyteiltä ja seleukideilta, joka oli yksi Aleksanteri Suuren pirstoutuneen valtakunnan seuraajista. Roomalaiset kutsuivat aluetta Albaniaksi. Roomalaisten vallan heikentyessä Sassanidien dynastia palautti alueelle persialaisten vallan.
Arabivalloitusten myötä alueelle levisi islam. Arabit hallitsivat aluetta 600-luvulta 1100-luvulle. 1100-luvun puolivälissä turkkilaisia kieliä puhuneiden oguusien seldžukkidynastia hyökkäsi Azerbaidžanin alueelle Keski-Aasian suunnalta ja kukisti arabivallan. Seldžukit toivat mukanaan turkinsukuiset kielet ja turkkilaiset tavat. 1300-luvulle tultaessa Azerbaidžanin kansan peruspiirteet oli jo nähtävillä. Tällä aikakaudella useita azerbaidžanilaisen arkkitehtuurin ja kirjallisuuden mestariteoksia luotiin kulttuurin kultakaudella, joka ulottui 1100-1300-luvuille. Tämän ajanjakson merkittävimpiä kulttuurimonumentteja ovat Nizami Ganjavin kirjoitukset ja Momine-Khatunin mausoleumi Nahitševanissa.
1300-luvun alussa Hülegü-kaanin johtamat mongolit hyökkäsivät Lähi-itään, eikä Azerbaidžankaan säästynyt mongolivalloituksilta. Hülegü hallitsi Azerbaidžania ja Persia Tabrizin kaupungista käsin. 1400-luvulla Azerbaidžaniin hyökkäsivät Timur Lenkin joukot, juuri kun alueella kukoistanut Şirvanşah’n hallinto oli elpynyt. Sulttaani İbrahim tunnusti alueella timuridien ylivallan. Tältä aikakaudelta on peräisin Bakussa sijaitseva Şirvanşahien palatsi.
1500-luvulla Safavidien dynastia otti vallan Persiassa. Safavidit torjuivat Osmanien valtakunnan pyrkimykset saada Azerbaidžan hallintaansa. Safavidit eivät kuitenkaan kyenneet estämään Venäjän etenemistä alueelle. Venäjän ja Persian välisen sodan jälkeen solmitun Pietarin rauhan mukaan Baku, Derbent, Gilan, Širvanin alueen maakunnat, Mazandaran ja Astrabad luovutettiin Venäjälle.
Venäjän vallan aika 1700-luvun alusta lähtien Venäjä vahvisti hitaasti poliittista ylivaltaa Azerbaidžanin pohjoisosassa, kun taas Persia säilytti hallinnan Etelä-Azerbaidžanissa. 1800-luvulla Venäjän ja Persian Azerbaidžanin välinen jako määräytyi suurelta osin kahdella maiden välisten sotien jälkeen solmitulla sopimuksella. 1804-1813 käydyn sodan jälkeen solmitun Gulistanin rauhan mukaan Venäjän ja Persian raja vahvistettiin kulkemaan suunnilleen Araks-jokea myöten. Vuosien 1826-1828 sodan jälkeen solmitun Turkmantšain rauhan mukaan Venäjälle luovutettiin Jerevanin ja Nahitševanin kaanikuntien alueet. Samalla muodostui tuleva Iranin ja Neuvostoliiton, ja myöhempi Iranin ja Azerbaidžanin välinen raja. Nykyinen Azerbaidžanin alue jäi Venäjän keisarikunnan hallintaan, kun taas Iranin Itä- ja Länsi-Azerbaidžanin maakunnat jäivät Iranin puolelle rajaa. Tästä lähtien Kaukasiaan jääneet azerit erotettiin suurimmasta osasta Iranin puolelle jääneistä kielellisistä ja uskonnollisista maanmiehistään. Venäläisvaikutus azereiden elämään oli vähäistä. Suurimman osan 1800-luvusta Venäjän keisarikunta toi hyödykkeitä Azerbaidžanista ja investoi vain vähän talouteen. Azerit molemmin puolin rajaa pysyivät suurelta osin maaseudun asukkaina, vaikka 1800-luvun jälkipuoliskolla syntyi pieni kauppiasluokka ja työväenluokka.
Kun Bakusta tuli Venäjän tärkein öljyn lähde, Apšeronin niemimaalle alkoi virrata kymmeniä tuhansia iranilaisia, armenialaisia ja venäläisiä etsimään työtä. Tämän jälkeen Venäjän taloudellinen ja poliittinen vaikutus alueella kasvoi merkittävästi. Vaikka etniset venäläiset alkoivat hallita öljyliiketoimintaa ja valtionhallintoa 1800-luvun lopulla, azerit olivat näkyvästi esillä tietyillä öljyntuotannon aloilla, kuten Kaspianmeren öljykuljetuksissa. Paikallisina virkamiehinä ja kauppiaina Bakussa vaikuttivat erityisesti armenialaiset.
Azerbaidžaniin valtiota ei ollut olemassa ennen vuonna 1918, ja toisin kuin armenialaiset ja georgialaiset, azereilla ei ollut valtiollisia perinteitä. Transkaukasian muslimit näkivät itsensä osana suurempaa muslimimaailmaa, ummaa. Venäläiset kutsuivat heitä tataareiksi; etnonyymi azereista tuli käyttöön vallankumousta edeltävinä vuosikymmeninä, ensin kaupunkien nationalististen keskuudessa. Vasta Neuvostoliiton aikana siitä tuli tämän kansan virallinen ja laajalti hyväksytty nimi.
Venäjän keisarikuntaan kuuluminen tarjosi koulutetuille azereille uuden tien, josta osa kääntyi uskonnollisesta kasvatuksesta maallistuneempiin näkemyksiin. Huomattavia tässä joukossa olivat varhaiset tutkijat, jotka aloittivat azerin kielen tutkimuksen. Abbasqulu Bakıxanov kirjoitti runoutta ja alueen historiaa, ja Mirzə Fətəli Axundov kirjoitti ensimmäiset azerinkieliset näytelmät. Heidät sisällytettiin lopulta kertomukseen Əli bəy Hüseynzadən kansallismieliset kirjoitukset.
Bakun väkiluku lähti 1800-luvun jälkipuoliskolla dramaattiseen nousuun. 1860-luvulla kaupungin väkiluku oli 13 000 ja vuonna 1897 väkiluku oli 112 000. Vuonna 1913 asukkaita oli 215 000, mikä teki Bakusta Kaukasuksen alueen suurimman kaupungin. Tässä vaiheessa yli kolmasosa Bakun väestöstä oli etnisiä venäläisiä. Bakun kaupunki tuotti 1900-luvun alussa yli puolet maailman öljytuotannosta. Etnisesti kaupunki oli hajanainen, venäläiset ja armenialaiset olivat kaupungin keskiosassa, ja muslimit olivat ryhmittyneet erillisille alueille. Poliittisen epävarmuuden aikana etniset ja uskonnolliset erot synnyttivät jakolinjoja väestönsien väliin. Verisiä yhteenottoja azereiden ja paikallisten armeenien välillä syntyi vuosina 1905 ja 1918. thumb|right|upright=0.8|alt=Formal photo|Məhəmməd Əmin Rəsulzadə oli yksi Azerbaidžanin demokraattisen tasavallan perustajista.
Levottomuutta azereiden ja muiden välillä aiheutti myös se, että koulutus ja palkkataso asetti muslimiväestön alemmalle tasolle kuin kristityt. Bakussa kaupunginduuma pysyi varakkaiden armenialaisten ja venäläisten käsissä. Azerit eivät järjestäytyneet vielä 1900-luvun taitteessa mitenkään poliittisesti, ja he olivat joko välinpitämättömiä tai tietämättömiä poliittisesti intellektuelleista azerinationalisteista. Yksikään vuoden 1905 jälkeen syntyneistä pienistä puolueista ja poliittisista ryhmistä ei saanut paljon seuraajia älymystön ulkopuolella. Vuonna 1911 perustettu Məhəmməd Əmin Rəsulzadən johtama Müsavat-puolue osoittautui näistä kestävimmäksi. Müsavat otti tavoitteekseen itsenäisen Azerbaidžanin valtion perustamisen.
Ensimmäinen maailmansota ja itsenäisyys Bolševikkien vallankumouksen jälkeen vuonna 1917 ja ensimmäisen maailmansodan aikana Venäjän joukot vetäytyivät Kaukasiasta. Azerbaidžan muodosti yhdessä Armenian ja Georgian kanssa Transkaukasian federaation, mutta muodostelma ei ollut pitkäikäinen. Valtioliitosta muodostettiin Azerbaidžanin, Georgian ja Armenian itsenäiset valtiot vuoden 1918 aikana. Baku pysyi kuitenkin kommunistisen hallituksen käsissä, paikallisten armenialaisten sotilaiden avustamana. Liittoutumalla etenevän Turkin armeijan kanssa syyskuussa 1918 Azerbaidžanin nationalistit saivat turvattua pääkaupunkinsa Bakun, mikä toi azerit myös osalliseksi armenialaisten kansanmurhaan.
Vaikka azerit saivat Bakun hallintaansa, kohtasivat Azerbaidžanin nationalistit vastustusta venäläisten, armenialaisten ja muslimityöväestön taholta. Nationalistit olivat riippuvaisia talonpoikaisväestöstä, mutta heillä ei kansallista tietoisuutta edelleenkään ollut. Nationalistien asema Bakussa ei ollut täysin turvattu, sillä siellä oli bolševismi syvään juurtunutta. Ensimmäisen maailmansodan päätyttyä turkkilaiset vetäytyivät. Azerbaidžanin valtio sai tunnustuksen liittoutuneilta tammikuussa vuonna 1920. Mutta kun huhtikuussa 1920 puna-armeija marssi Bakuun, vastarinta oli vähäistä, sillä Azarbaidžanilaiset taistelivat Vuoristo-Karabahin alueella, yrittäen tukahduttaa alueen armenialaisten separatismin. Neuvosto-Venäjän johtaja V.I. Lenin perusteli Bakun haltuunottoa sen öljyvarojen tärkeydellä, edelleen jatkuvassa sisällissodassa.
Neuvostoliiton aika Neuvosto-Venäjän hyökkäys Azerbaidžaniin vuonna 1920 aloitti maassa neuvostohallinnon täydellisen poliittisen ja taloudellisen hallinnan. Neuvosto-Venäjän hallitsemista alueista muodostettiin Neuvostoliitto vuonna 1922. Neuvostohallinto muodosti Armeniasta, Georgiasta ja Azerbaidžanista Transkaukasian neuvostotasavallan, josta tuli osa Neuvostoliittoa. Muodostetussa tasavallassa kaikki kolme maata luovuttivat nimelliset toimivaltansa ulkopolitiikassa ja taloudessa neuvostotasavallan keinotekoiselle auktoriteetille. Vuonna 1936 suoritettu hallinnollinen uudistus hajotti Transkaukasian Armenian, Georgian ja Azerbaidžanin sosialistisiksi neuvostotasavalloiksi.
Vuonna 1920 puna-armeija miehitti Nahitševanin, Azerbaidžanin erillisalueen, joka rajoittuu Armeniaan ja Luoteis-Iraniin. Alue julistettiin omaksi neuvostotasavallakseen, jolla oli läheiset siteet Azerbaidžaniin. Kansanäänestys vahvisti vuonna 1921, että suurin osa erillisalueen väestöstä halusi kuulua Azerbaidžaniin. Tarkempi rajojen määritys jätettiin Transkaukasian neuvostotasavallan päätettäväksi. Huolimatta Azerbaidžanin viranomaisten vastustuksesta Nahitševan nimettiin virallisesti autonomiseksi tasavallaksi, jolla oli laajat paikalliset valtuudet. Tämä asema alueella on edelleen.
Koska enemmistö azereista asui Pohjois-Iranissa, neuvostoviranomaiset näkivät tämän tekosyynä karkottaa tasavallasta kaikki azerit, joilla oli Iranin passi. Toisen maailmansodan aikana Neuvostoliitto miehitti Iranin pohjoisosan. Miehittäjät yrittivät lietsoa alueella irtaantumishalukkuutta, mutta aluemuutoksia Neuvostoliiton ja Iranin välillä ei sodan seurauksena tullut. Länsivallat pakottivat Neuvostoliiton vetäytymään Iranista vuonna 1946. Sodan jälkeen Iranin hallitus aloitti ankaran azerikultuurin tukahduttamisen, joka jatkui aina 1980-luvulle saakka.