Pernaja tarkoittaa muun muassa seuraavia:

Pernaja, entinen kunta

Sukunimi Antero Pernaja (1902–1985), arkkitehti, professori Ilmari Pernaja (1892–1963), voimistelija ja olympiamitalisti

Muita Pernajan mestari, kirkonrakentaja, mahdollisesti saksalainen

Luokka:Luettelot henkilöistä sukunimen mukaan