Slovenian historia kattaa Slovenian valtion alueen lisäksi sloveenien historiaa.
Antiikki ja Rooman imperiumi thumb|Frigiduksen taistelu, Johann Weikhard von Valvasor, 1689.
Paleoliittisen kauden jälkiä on löydetty niukasti, mutta jo neoliittisella kaudella tulleita jälkiä Karstin ja Pannonian alangon välillä on löydetty enemmän. Ljubljanan suoalueelta on löydetty aikakaudelle tyypillisiä rakennuksia.Prunk, s. 17–24.
Slovenian alue siirtyi esihistoriasta kulttuurikauteen kelttien myötä. Keltit olivat saapuneet alueelle noin 400-luvulla eaa. Kelttiläiset perustivat alueelle myös alkeellisen valtion, Noricumin kuningaskunnan. Tämä norikkien kuningaskunnan keskuspaikka sijaitsi nykyisen Itävallan puolella, mutta Celjen alueella lyötiin sen hopearahoja 100-luvulla eaa. Rooman valtakunta taisteli vuosina 35–33 eaa. norikkiheimoja vastaan, jotka lopulta joutuivat antautumaan. Noricum liitettiin Roomaan taisteluitta vuonna 10 eaa.
Nykyisen Slovenian länsiosa kuului Rooman vallan aikana Italiaan osana Regio X Venetia et Histriaa, ja pohjois- ja itäosat kuuluivat Noricumin ja Pannonia superiorin provinsseihin.Lozny, s. 350. Ensimmäinen roomalainen kaupunki Slovenian alueella oli Emona, joka syntyi nykyisen Ljubljanan alueelle. Alueelle johtavaa Roomalaisten rakentamaa tietä kutsuttiin nimellä Via Gemina, jonka varrelle syntyi huomattavia asutuskeskuksia. Näistä tärkeimmät olivat Celeia ja Poetovio, joista Poetoviosta tuli antiikin tärkein kaupunki Slovenian alueella.
Länsigootit ryöstivät Poetovion vuonna 379. Nykyisen Vipavajoen lähellä käytiin vuonna 394 Frigiduksen taistelu Itä-Rooman keisarin Theodosius I:n ja Länsi-Rooman usurpaattorin Eugeniuksen välillä.
Itägooteista tuli Italian hallitsijoita vuonna 489, kun kuningas Theoderik kukisti germaanijohtaja Odovakarin. Viitisenkymmentä vuotta he hallitsivat myös Slovenian aluetta. Langobardit siirtyivät Slovenian alueelle 500-luvulla Pannonian alangolta. Tämä germaanikansa siirtyi kuitenkin jo vuonna 568 Italiaan, jossa he lopettivat Bysantin vallan. Heidän jälkeensä Slovenian alueen otti haltuun jokin slaavilainen kansa, sloveenien esi-isät.Prunk, s. 21–28.
Karantania thumb|Karantanian alue. Karttaan merkitty myös Krnin linna. Vuosien 580 ja 590 välisenä aikana slaavit valloittivat useita kaupunkeja Noricumin alueelta ja löivät vuonna 595 baijerilaiset Lienzin lähellä käydyssä taistelussa. Slaavit tukivat taistelussa avaareja. Tämän jälkeen slaavien asutus alkoi levitä baijerilaisten alueilla ja 600-luvun alussa yhä pohjoisemmaksi ja idemmäksi. Slaavien alue ylsi Pohjois-Istriaan ja Cividaleen.
Alueen slaavit elivät heimoyhteisöissä ja tekivät sotilaallista yhteistyötä avaarien kanssa. Ajoittain slaaviheimot joutuivat kuitenkin avaarien sotilaallisen ylivallan alle, koska alueella oli huomattavan vähän pysyvää avaariasutusta. 600-luvun alussa slaavit tunkeutuivat avaarien kanssa langobardien valtakuntaan ja piirittivät Cividalen.
Yhteydet baijerilaisiin ja langobardeihin helpottivat slaavien oman yhteiskunnan muodostamista. Slaavit nousivat vuonna 626 kapinaan avaareja vastaan, jolloin muodostui Karantania. Karantania on ensimmäinen mainittu slaavivaltio. Sen keskuspaikka oli Krnin linna ja valtiolla oli yhteyksiä 600-luvun puolivälissä Böömiin ja Määriin.
Karantania säilyi itsenäisenä valtiona 700-luvun puoliväliin. On myös mahdollista, että Karantanian eteläpuolella olisi ollut toinen slaavivaltio, Karniola. Karniolaa ovat kuvanneet varsinkin langobardien historioitsijat.
Baijeri ja Frankkien valtakunta thumb|Frankkien valtakunnan laajentuminen vuosina 481–814. Avaarit alkoivat vuonna 740 lisätä hyökkäyksiään Karantaniaa vastaan. Vuonna 745 Karantania pyysi Baijerilta apua, jota se saikin. Vastineeksi avusta Karantania joutui tunnustamaan Baijerin ylivallan. Useita Karantanian ruhtinassuvun jäseniä joutui lähtemään Baijeriin panttivangeiksi vasalliuskollisuuden takuiksi.
Kristinusko alkoi levitä Baijerista myös Karantaniaan. Ensimmäisenä kristinuskoon kääntyivät Baijerissa olleet ruhtinassuvun panttivangit, jotka Karantaniaan palatessaan jatkoivat käännytystä. Baijerilaiset perustivat alueelle myös kaksi lähtetysasemaa, Itä-Tiroliin ja Ylä-Itävaltaan. Osa kansasta vastusti kristinuskoa, mutta vasalliruhtinas Valtunk tyrehdytti suurimman kapinan vuonna 772 baijerilaisten kanssa. Karantanian käännytyksessä oli mukana myös irlantilaisia lähetyssaarnaajia, jotka käännyttivät kansaa Salzburgista käsin.
Vuonna 788 frankit alistivat Baijerin, ja siinä yhteydessä myös sisäisesti itsenäinen Karantania päätyi frankkien valtaan. Karantania säilytti isäisen autonomian ja osallistui yhdessä Karniolan kanssa frankkien rinnalla vuosina 794–796 avaareja vastaan tehtyihin sotaretkiin. Sotaretkien seurauksena avaarikansat tuhottiin.
Sekä Karantania että Karniola nousivat vuonna 819 kapinaan frankkeja vastaan. Kapina kesti vuoteen 823, mutta frankit onnistuivat tyrehdyttämään sen useiden sotaretkien avulla. Kapinoiden jälkeen frankit liittivät molemmat vasalliruhtinaskunnat tiivimmin omaan valtakuntaansa. Alueiden autonomia poistettiin ja alueet liitettiin länsieurooppalaiseen kulttuuripiiriin.
Pyhä saksalais-roomalainen keisarikunta thumb|Otto I Suuren patsas Saksan Magdeburgissa.
Unkarilaiset eli madjaarit aloittivat frankkien valtakunnassa invaasion 900-luvulla. Madjaarit alkoivat vetäytyä alueelta vuonna 955, kun Otto I Suuren johtamat itäfrancialaiset löivät heidät Lechfeldin taistelussa Augsburgissa. Frankkien alueen itäiset rajaseudut jäivät näin tyhjiksi, ja germaanisaksalaiset asuttivat alueen ja perustivat siirtokuntia. Näin Tonavan eteläpuolella asuvat slaavit joutuivat erilleen Böömin ja Määrin slaaveista.
Germaanisaksalaiset alkoivat perustaa alueelle markkeja valtansa vakauttamiseksi. Markkien oli tarkoitus myös lujittaa Pyhän saksalais-roomalaisen keisarikunnan rajoja Unkaria ja Kroatiaa vastaan. Kyseinen raja myös muodosti etnisen itärajan sloveeneille. Tämä raja erotti sloveenit unkarilaisista ja kroaateista.Prunk, s. 29–35.
Vuonna 976 Kärntenin markki nostettiin herttuakunnan asemaan, koska keisari Otto II halusi heikentää Baijerin herttuakunnan asemaa. Kärnteniin liitettiin lukuisia ympäröiviä markkeja, jolloin Suur-Kärnten nosti herttuakunnan poliittista ja strategista merkitystä. Kärnteniin liitetyt markit alkoivat kuitenkin 1000-luvun puolivälissä lisätä itsenäisyyttään ja muokata alueitaan sotien, avioliittojen ja sopimusten avulla. Siten luotiin pohjaa tulevien maakuntien rajoille.
Sloveenialueella oli 1200-luvulle mentäessä syntynyt kaksi vahvaa feodaalidynastiaa: Babenberg-suku Steiermarkissa sekä Spanheim-suku Kärntenissa. Babenberg-suku sammui vuonna 1246 ja Spanheim-suku vuonna 1269. Se oli merkittävä käännekohta sloveenimaakuntien kehityksessä. Runsaassa 20 vuodessa Böömin kuningas Ottokar II Přemysl anasti molempien sukujen omaisuuden itselleen. Ottokarin virkamiehet ja keskitetty hallinto synnyttivät kapinoita valloitettujen maakuntien alueella, muun muassa Steiermarkissa.
Pyhän saksalais-roomalaisen keisarikunnan keisari Rudolf I vaati Ottakaria palauttamaan maakunnat vuonna 1273. Ottokarin kieltäydyttyä palauttamasta maakuntia keisarin ja kuninkaan välille syttyi sota. Ottokar kuoli vuonna 1278 Marchfeldin taistelussa, ja Rudolf otti anastetut maakunnat haltuunsa. Osan alueista Habsburgin sukuun kuuluva Rudolf antoi pojilleen, osan Meinhardin suvulle. Meinhard-suvun sammuttua 1335 Habsburgit ottivat kaikki suvun maat itselleen, lukuun ottamatta Görzin kreivikuntaa. Lähes koko sloveenien alue oli Habsburgien hallinnassa 1300-luvun loppupuolella. Poikkeuksina olivat Görzin kreivikunta sekä Länsi-Istria, joka kuului Venetsian tasavallalle vuoteen 1797, jolloin Napoleon I jakoi alueen Italian ja Ranskan kesken.
Habsburgit saivat kilpailijan sloveenien alueesta 1400-luvun alussa, kun Celjen kreivit kasvattivat valtaansa alueella. Celjen kreivisuku käytti viisaasti ulkomaansuhteita ja liittoutui muun muassa Sigismund Luxemburgilaisen kanssa. Vuonna 1418 Celjet perivät alueita Kärntenista ja Krainista. Vuonna 1423 Habsburgit joutuivat luopumaan feodaalivallastaan kreivisuvun alueella, ja vuonna 1436 keisari Sigismund nosti Celjet keisarillisten ruhtinassukujen joukkoon, jolloin Celjen kreivien alueista tuli ruhtinaskuntia. Celjen suku sammui 1456, kun kreivi Ulrich II murhattiin Belgradissa. Lyhyen sodan jälkeen Habsburgit ottivat itselleen Celjen suvun omaisuuden.
Kapinat 1400-luvun lopulla alkoi talonpoikaiskapinoiden aika. Ensimmäinen suuri kapina puhkesi, kun Kärntenin talonpojat yhdistyivät Bundin talonpoikaisliitoksi vuosina 1473–1476. Kapinan keskus oli Dravan laakso, mutta 1478 kapina ulottui melkein koko Slovenian alueella ja Kärnteniin. Kapinoitsijat kieltäytyivät veromaksuistaan ja alkoivat kerätä veroja itsenäisesti. Keisari Fredrik III kielsi talonpoikia keräämästä veroja. Kapinallisarmeija tuhoutui turkkilaisia vastaan käydyssä Kokovon taistelussa 26. kesäkuuta 1478.Prunk, s. 45–46. Kapinallisarmeijan koko oli 600 miestä, kun taas turkkilaisia oli 20 000 miestä. Legendan mukaan kapinallisarmeijaa johti Kuningas Matjaž.
Seuraavan kapinan alkuna voidaan pitää vuoden 1515 alussa syntynyttä talonpoikaisliittoa. Liiton taustalla oli keisari Maksimilian I:n 1500-luvun alussa aloittama sota Venetsian tasavaltaa vastaa. Tämä lisäsi talonpoikien verotusta. He kärsivät jo ennestään Italian kaupan romahtamisesta, kun Italian ja Unkarin väliset tavarantoimitukset olivat katkenneet. Talonpoikaisliittoa kutsutaan laajuutensa vuoksi yleisslovenialaiseksi talonpoikaisliitoksi.Prunk, s. 46.
Liitto lähetti valtuuskunnan Augsburgiin tapamaan keisaria. Liiton vaatimuksena oli uusien verojen peruutus ja vanhojen olojen palautus. Keisari Maksimilian lupasi harkita ehdotusta, mutta vaati liiton hajottamista. Kapinalliset eivät suostuneet, ja liitto kasvoi entisestään. Keväällä 1515 liittoon kuului 80 000 kapinallista. Lopulta kapina muuttui avoimeksi, ja talonpojat ryöstivät ja polttivat linnoja ja murhasivat isäntiään. Lopulta aateliset pyysivät keisaria apuun. Keisarin palkkasoturijoukot kukistivat kapinan yhdessä Sisä-Itävallan maakunta-armeijan kanssa Konjicessa ja Celjessä. Kapinan kukistamisen jälkeen aateliset ryhtyivät kostotoimiin. Esimerkiksi Grazissa teloitettiin 161 kapinallista. Kapinallisille määrättiin myös lisävero.Prunk, s. 47.
Kolmas kapina puhkesi 1573 Zagorjessa. Tämän slovenialais-kroattialaisen kapinan taustalla oli paroni Ferenc Tahyn julmuus. Talonpoikaisjoukoissa oli nyt ensimmäistä kertaa myös kapinallisia, joilla oli sotilastausta. Kapinalliset vaativatmuun muassa feodaalijärjestelmän korvaamista, keisarin sijaishallitsijan nimeämistä Agramiin, omaa rajavalvontaa sekä vapautusta tulleista ja maksuista. Kapina tukahdutettiin Stubičke Toplicessa, jossa menetti henkensä noin 3 000 kapinallista. Tätäkin kapinaa seurasi aateliston kostoja. Slovenian alueella oli tämänkin jälkeen useita pienempiä kapinoita seuraavan 250 vuoden ajan, kunnes feodaalijärjestelmä lopetettiin.Prunk, s. 48.
Ajanjakso 1573–1711 Sisä-Itävallan hallitsijaksi nousi vuonna 1590 Ferdinand. Ferdinand oli katolilainen ja aloitti pian protestanttisuuden vastaisen kampanjan. Vuonna 1593 Sisakissa käydyssä taistelussa baanin, markkien ja Saksan yhdistetyt joukot voittivat ottomaanit. Voittoa juhlittiin Kroatiassa, Sloveniassa sekä valtakunnan pääkaupungissa Prahassa. Tappio kuitenkin yllytti ottomaanit uuteen sotaan, ja Pitkä sota kesti vuodet 1593–1606. Sota päättyi Zsitvatorokin rauhaan. Ottomaanit eivät onnistuneet valtaamaan alueita Kroatiassa, mikä nosti Kroatian alueen sotilaallista merkitystä. Karlovacin sotilasraja esti taisteluiden leviämisen muun muassa Sloveniaan. Alue muodostui tärkeäksi Sisä-Itävallan politiikassa, varsinkin Slovenian alueen maakunnissa. Näiden maakuntien tehtävänä oli kerätä verot sotilasrajan ylläpitämiseen. Lisäksi kruununmaiden aatelisille jaettiin rajalta sotilasvirkoja, mikä piti aateliset läheisinä vallanpitäjille.Prunk, s. 53.Prunk, s. 54.