thumb|Koirarotujen kirjo on laaja. Kuvassa sekarotuinen chihuahua ja tanskandoggi.

Koirarodulla tarkoitetaan koirien ryhmää, joka on valikoivan jalostuksen avulla saatu luonteeltaan ja ulkonäöltään yhtenäiseksi. Käytännössä tietyn koiratyypin muuttuminen roduksi on määrittelykysymys. Koiria on jalostettu eri käyttötarkoituksiin jo tuhansien vuosien ajan. Alun perin jalostus keskittyi ihmisen kannalta hyödyllisten ominaisuuksien, kuten metsästyskyvyn, kehittämiseen. Myöhemmin jalostuksella on pyritty kehittämään lähinnä ulkonäköä ja luonnetta, mistä on seurannut joukko toisistaan huomattavasti poikkeavia koirarotuja.

Rotumääritelmä

pienoiskuva|left|Ensimmäinen rivi: tanskandoggi, bulldoggi, vinttikoira, doggi (viittasi tuolloin mastiffeihin), newfoundlandinkoira. Toinen rivi: ajokoira (vihikoira), bassetti, griffoni, seisoja, artois'najokoira (chien d'artois), spanieli. Kolmas rivi: villakoira, pystykorva, skyenterrieri, bullterrieri (vanhantyyppinen), paimenkoira (beauceron). Kuvitusta kirjasta Petit Larousse vuodelta 1912. Kunkin koirarodun ulkonäkö, luonne ja liikkeet on kuvattu rotumääritelmässä, joka ohjaa rodun jalostusta. Rotumääritelmiä ylläpitävät kansalliset kenneljärjestöt. Rodulle on määritelty alkuperämaa ja kyseisen maan kenneljärjestö vastaa rodun rotumääritelmästä. Tällaisia järjestöjä ovat esimerkiksi Suomen Kennelliitto, Svenska Kennelklubben (Ruotsi) ja American Kennel Club (Yhdysvallat). Kun rodun katsotaan vakiintuneen, myös kansainvälinen kennelliitto Fédération Cynologique Internationale (FCI) hyväksyy rodun, jolloin rotumääritelmä on voimassa kaikissa sen jäsenmaissa.

Perinteisten, suurimpien kenneljärjestöjen hyväksymien koirarotujen edustajia kutsutaan puhdasrotuisiksi tai rotukoiriksi. Rotukirjojen sulkemisen jälkeen rotuun katsotaan kuuluvan vain koirat, joiden vanhemmat ovat myös puhdasrotuisia. Tämä saattaa aiheuttaa rodussa sisäsiittoisuutta, jos rodun geenipooli on pieni. Kahden erirotuisen koiran jälkeläistä kutsutaan moni- tai sekarotuiseksi.

Rotukirjan sanotaan olevan auki silloin, kun rotuun otetaan uusia koiria. Rotuunottoja on viime vuosina Suomessa järjestetty muun muassa valkoisellepaimenkoiralle, jackrussellinterrierille sekä kotimaisille roduillemme lapinporokoiralle, suomenlapinkoiralle ja pohjanpystykorvalle. Rotuunottokatselmuksessa koiran ulkomuoto arvostellaan. Mikäli se vastaa rotumääritelmää arvosanalla tyydyttävä ja koira täyttää muut ehdot rotuunotolle, koira voidaan rekisteröidä kyseiseen rotuun.

Yleensä tietyntyyppiset koirat tunnustetaan omaksi rodukseen, jos tyyppi on riittävän vakiintunut eli pennut muistuttavat aina vanhempiaan riittävästi sekä ulkonäöltään että luonteeltaan. Esimerkiksi tanskalais-ruotsalainen pihakoira hyväksyttiin omaksi rodukseen vuonna 1987. Tämäntyyppisiä koiria on kuitenkin ollut Ruotsin eteläosissa ja Tanskassa jo 1700- ja 1800-luvulla, mutta niitä ei kuitenkaan ollut rekisteröity omaksi rodukseen.

Rotu voidaan myös poistaa FCI:n rotulistalta. Näin on käynyt esimerkiksi harlekiinipinserille, jonka katsotaan nykyään kuolleen sukupuuttoon. Myös belgianmastiffi, belgianseisoja, dupuynseisoja, bouletingriffoni, strellufinajokoira, steinbracke, basset d'artois, languedocinpaimenkoira ja egyptinpaimenkoira ovat aikanaan kuuluneet FCI-rotuihin.

Rotujen alkuperä Vuonna 2015 Current Biology -lehdessä julkaistiin artikkeli ruotsalaisesta tutkimuksesta, jonka mukaan koira olisi kesytetty jo 27 000 - 40 000 vuotta sitten. Tutkijat tarkastelivat 35 000 vuoden takaa peräisin ollutta "taimyrinsuden" luuta, joka oli susien ja nykyisten koirien läheisin esi-isä. Ruotsin luonnonhistoriallisen museon Love Dalénin mukaan "koirat on mahdollisesti kesytetty paljon aikaisemmin kuin mitä on yleisesti luultu".

Konrad Lorenzin mukaan ensimmäinen kesyyntyminen saattoi tapahtua mesoliittisen kauden loppupuolella Intian tasangoilla, minkä hän perustelee sillä että intiansusi olisi kesykoiran esi-isä. Turun yliopiston Olaf Thalmann kuitenkin uskoo vuonna 2014 Science'ssä julkaistussa artikkelissa, että kesyyntyminen tapahtui Euroopassa, aikana jolloin paikalliset ihmiset olivat vielä metsästäjä-keräilijöitä. Kalifornian yliopiston vuonna 2010 Nature'ssa julkaistu tutkimus, jossa kerättiin susien ja koirien genomeja eri puolilta maailmaa, kuitenkin osoittaa, että koira olisi kesyyntynyt Lähi-idässä. Lisäksi jotkin varhaisimmista koirien jäännöksistä on löydetty juuri Lähi-idästä, ajoittuen ajalle noin 10 000 eaa. Tämän teorian mukaan sudet kesytettiin ensin Lähi-idässä, minkä jälkeen ensimmäiset kesykoirat saapuivat Itä-Aasiaan ja risteytyivät uudelleen susien kanssa, tuottaen lisää susien geenejä koiran genomiin. Vuonna 2015 kansainvälisten tutkijoiden ryhmä esitteli 38 eri maasta peräisin olleiden 5000 koiran DNA:sta tehdyt löydöksensä Yhdysvaltain kansalliselle tiedeakatemialle. Löydökset viittasivat siihen, että Keski-Aasia, Mongolia ja Nepali mukaan lukien, olisi ollut kesykoiran syntypaikka noin 13 000 eaa.Baskaran, S. Theodore. The Book of Indian Dogs, s. 1-4. Aleph Book Company, 2017, New Delhi. .

Vuonna 1978 Ain Mallahan kaivauksilla Israelissa löydettiin yksi varhaisimmista todisteista koiran ja ihmisen yhteiselosta: noin vuoteen 10 000 eaa. ajoittuneessa haudassa oli naisen ja koiranpennun jäännökset. Vuonna 2011 Venäjän Jakutskista löydettyjen kahden muumioituneen pennun, ns. "Tumat"-koirien, jäännökset ajoitettiin noin vuoteen 10 500 eaa.

Joidenkin lähteiden mukaan koirien erottuminen sudesta alkoi kuitenkin mahdollisesti jo 100 000 vuotta sitten. Keski-Euroopan vanhin koiran kalloksi arveltu löytö on peräisin Goyltin luolasta Belgiassa ja ajoittuu noin ajalle 31 700 eaa - kyseessä ei kuitenkaan ollut välttämättä täysin kesy eläin, vaan yksilö joka oli siirtymävaiheessa kesyyntymistä kohti. Bonn-Oberkasselin alueelta on löydetty selkeästi koiriksi tunnistetut luujäännökset, jotka johtavat myöhäispaleoliittiseen aikaan (noin 13 000 - 9 000 eaa.). Koska ne olivat yhteisessä hautapaikassa ihmisten jäännösten kanssa, oletetaan että kyseiset koirat olivat jo kesytettyjä.

Arkeologiset löydöt viittaavat siihen, että koira on ollut suosittu lemmikki jo esihistoriallisella ajalla. Koira onkin ainut kesytetty eläin, jonka kesyttäminen kotieläimeksi tapahtui jo myöhäisjääkauden ja jääkauden jälkeisen ajan metsästäjä-keräilijä yhteisöissä. Aiemmin uskottiin, että sudet kesyyntyivät itsestään ihmisten leirinuotioiden äärelle hakeutuen ja heidän ruuantähteitään syöden. Nykyisen tutkimuksen valossa on kuitenkin todennäköisempää, että ihmiset systemaattisesti kasvattivat nuoria sudenpentuja, kesyttivät ne leimautumisen avulla (naiset mahdollisesti imettivät pentuja) ja asteittain erottivat ne lähistön villistä susipopulaatiosta.History of the German Spitz: From antiquity to the 19th century. Preußenspitz - all about the German Spitz breed. Haettu 24.11.2025.

Mitokondrio-tutkimus Kaikkien koirien arvellaan olevan peräisin Itä-Aasiasta. Mitokondrio-tutkimusten perusteella ensimmäinen koira eli Etelä-Kiinassa Guizhoun tai Yunnanin alueella 5 400 – 16 300 vuotta sitten. Kävi myös ilmi että nykykoirien DNA on edelleen samanlainen muinaisten yksilöiden DNA:n kanssa. Koska saatiin selville että vanhan maailman koirat ovat nykyisten amerikkalaisten rotujen esi-isiä, päätettiin tutkia 1543 koiran DNA:ta eri puolilta Eurooppaa, Afrikkaa sekä Lounais- ja Kaakkois-Aasiaa. Tutkimukseen käytettiin ainoastaan joko alkuperältään tunnettuja rotuja tai epävirallisia, tiettyyn käyttötarkoitukseen kasvatettuja melko yhtenäisiä koiratyyppejä. Vain fylogeeniryhmät A, B ja C otettiin mukaan, sillä loput ovat harvinaisia ja saattavat olla peräisin kesyyntymisen jälkeen tehdyistä risteytyksistä susien kanssa. de Caprona, Dominique, tri. Mitochondrial DNA Indicates a Single Origin to the Dog in Southern China 5.400 to 16.300 Years Ago. Preserving the Sloughi, 2009. Haettu 10.08.2010.

Susiperimä Tutkimuksen perusteella ryhmissä A ja B oli suden haplotyyppejä. Kyseessä ovat kaksi yleisintä fylogeeniryhmää, joita löytyy suurosalta nykyisistä koiraroduista. A:ssa havaittiin mongolialaisen ja pohjoiskiinalaisen suden, ja B:ssä romanialaisen, pohjoiskiinalaisen, afganistanilaisen ja jugoslavialaisen suden vaikutus. Haplotyyppien perusteella nykyrodut polveutuvat vähintään 51 eri naarassusilinjasta, mikä osoittaisi sen että susien kesyttämisen ja kasvattamisen täytyi olla järjestelmällistä eikä satunnaista.

Geenipooli Vanhan maailman koirista 97,4–100 prosenttia kantoi perimässään ryhmiä A, B ja C, jotka ovat levinneet ympäri vanhaa maailmaa ensimmäisen koiran kehittymisen aikoihin. Ryhmistä löydetyistä haplotyypeistä 14 oli maailmanlaajuisia. Lounaisaasialaisilta ja eurooppalaisilta populaatioilta löytyi 81,5-prosenttisesti sama maailmanlaajuinen haplotyyppi kuin aasialaisilta koirilta, mutta itäaasialaisessa kannassa se oli vain 54,2 prosentilla yksilöistä. Kaakkois-Aasiassa luku oli vieläkin pienempi: 40,8 prosenttia, ja tietyissä provinsseissa vain 18,4 prosenttia.

Euroopassa ne haplotyypit, jotka eivät olleet maailmanlaajuisia, eivät eronneet maailmanlaajuisista kuin yhdellä mutaatiolla. Lähes kaikkien eurooppalaisten koirien perimä pohjautuu siis itäaasialaiseen haplotyyppiin. Itä-Aasiassa ja Jangtse-joen eteläpuolella ero maailmanlaajuisen ja muiden haplotyyppien välillä oli kuitenkin huomattavasti suurempi.

Geneettinen diversiteetti Geenipooli on kapein Euroopan länsirannikolla, laajenee asteittain Euraasiasta Itä-Aasiaan ja on laajin Aasian kaakkoisrannikolla. Tämä johtuu siitä että eurooppalaisesta populaatiosta puuttuvat ne A-ryhmän haplotyypit, jotka eivät ole maailmanlaajuisia tai maailmanlaajuisten mutaatioita. Vastaavasti Jangtse-joen eteläpuolen koirilta löytyy lähes koko A-ryhmä, joten itäaasialaisella ja erityisesti eteläkiinalaisella kannalla on tiettyjä ainutlaatuisia, maailmanlaajuisista paljon poikkeavia haplotyyppejä. Ainoastaan kaakkoiskiinalaisilta koirilta löytyy kaikki 10 eri haplotyyppiä, kun taas eurooppalaisilta vain neljä. Yksi esimerkki paikallisesta kiinalaisesta rodusta, jolla on hyvin laaja geenipooli, on xiasinkoira.

Alkukoira thumb|300px|Tomarctus. thumb|300px|right|Koirarotujen eritytyminen sudesta. Suomennos: vlk=susi; chrti=vinttikoirat; ovcacka plemena=paimenkoirat; mastifove=mastiffit; seversti psi=pohjoiset koirat; honacti psi=karjakoirat; molossoidni plemena horskeho typu=vuoristotyyppiset molossikoirat; evropsti spicove=eurooppalaiset pystykorvat; pincove=pinserit; kniraci=snautserit; terieri=terrierit; slidici=spanielit; prinaseci, pudlove a psi vodni=noutajat, villakoirat ja vesikoirat; barvari=jälkikoirat; honici=ajokoirat; ohari=seisojat; nemecka doga=tanskandoggi; rotvajler=rottweiler; jezevcici=mäyräkoira Niin sanottuna koirien kantamuotona voidaan pitää nykyisin sukupuuttoon kuollutta tomarctus-nisäkästä, joka kehittyi mioseenikaudella ja jonka arvioidaan eläneen noin 15 miljoonaa vuotta sitten. Se oli pieni, sivettikissan kaltainen lihansyöjä. Sen jälkeen kehittyi Canis paliatiniVeiga, Vitor. The Portuguese Podengo, s. 18. 2005., josta 6000 eaa. jalostui neljä maailman ensimmäistä koirarotua: Canis familiaris metris-optimae, Canis familiaris intermedius, Canis familiaris leiner ja Canis familiaris inostranzewi.Wells, Reginald. Dog Genealogy. Sports Illustrated, 14.2.1955. Haettu 29.6.2013

Koirat muinaisessa Egyptissä thumb|300px|right|Molossikoira, pieni vahtikoira ja vinttikoira. Ensimmäiset erilliset rodut syntyivät muinaisessa Egyptissä 5000–3000 eaa. Siellä tunnettiin neljä rotua: nuubialaista alkuperää ollut dalmatialainen vinttikoira (joka metsästi gaselleja); dingotyyppinen koira; molossikoira; sekä melko pienikokoinen ja erittäin lyhytraajainen vahtikoira (joka metsästi jyrsijöitä).Historia Genealógica del Ratonero Murciano de Huerta. Canina Nacional de España ACCAM. Haettu 25.6.2022.

Varhaisimmat rodut Euroopassa