Københavns Universitet har gennem tiden været ledet af en rektor og i øvrigt haft forskelligt sammensat ledelse. Siden universitetets oprettelse i 1479 har flere end 250 forskellige personer været dets rektor. Indtil Universitetsloven af 2003, der fik effekt i 2005, var rektor valgt af universitetets medarbejdere. Siden da har en bestyrelse udpeget og ansat rektor.

Valgperioden har dog variereret meget og blev ændret i 1488, 1537, 1850 og 1936. I 1837 blev tidspunktet for rektorskiftet flyttet.

Ændringer i embedsperiode, ansættelsesform m.m. I de første år af universitetets historie, 1479-1488, valgte man rektor for et halvt år ad gangen.

I 1488 gik universitetet over til helårlige rektorater. Denne praksis fortsatte, indtil universitetet i begyndelsen af 1530'erne blev opløst samtidig med, at reformationen begyndte at gøre sig gældende.

Reformationen fik også betydning for universitetets struktur. Institutionen blev reformeret i 1537. Man indførte igen halvårlige rektorater, men i praksis blev der efter få års forløb tale om helårlige rektorater. Enkelte rektorer beklædte primært embedet formelt, mens prorektor udførte det reelle arbejde. Derfor optræder to prorektorer på listen.

I 1837 blev det tidspunkt, hvor en ny rektor tog over, flyttet til reformationsfesten, der blev holdt hvert år den 31. oktober. Desuden indførte man i 1850 som noget helt nyt, at direkte genvalg kunne finde sted en enkelt gang. Det blev benyttet jævnligt i det følgende årti, men derefter mistede det sin praktiske betydning.

I 1936 blev det bestemt, at rektors valgperiode skulle vare to år med mulighed for genvalg. I 1973 besluttede universitetet at forlænge valgperioden op til tre år, stadig med mulighed for genvalg. Samtidig afgjorde man for første gang, at ikke kun professorer, men også lektorer, kunne vælges til rektor.

Universitetsloven blev ændret i 2003. Det betød blandt andet, at der skulle nedsættes en bestyrelse for universitetet, og at universitetets ledelse fremover skal ansættes for en periode på 4 år i stedet for at vælges. Den første bestyrelse tiltrådte 1. januar 2005. Dens første opgave var at ansætte rektor, og han tiltrådte 1. november 2005.

Liste over rektorer