Niels Thomsen kan henvise til flere personer:
Niels Thomsen (skolemand) (1840-1920) – dansk seminarieforstander Niels Thomsen (vekselerer) (1847-1910) – dansk etatsråd og vekselerer Niels Thomsen (historiker) (1930-2011) – dansk økonomi- og pressehistoriker Niels Thomsen (teolog) (1938-) – dansk frimenighedspræst i Nazarethkirken i Ryslinge og rektor på Præstehøjskolen i Løgumkloster Niels Thomsen (soloklarinettist) (1945-2009) – dansk soloklarinettist Niels Thomsen (grønlandsk politiker) (1981-) – grønlandsk politiker og forhenværende fodboldspiller.